| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,126,514 | T→C | 15.9% | E226G (GAG→GGG) | wcaG ← | bifunctional GDP‑fucose synthetase: GDP‑4‑dehydro‑6‑deoxy‑D‑mannose epimerase/ GDP‑4‑dehydro‑6‑L‑deoxygalactose reductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,126,514 | 0 | T | C | 15.9% | 126.6 / 6.7 | 68 | E226G (GAG→GGG) | wcaG | bifunctional GDP‑fucose synthetase: GDP‑4‑dehydro‑6‑deoxy‑D‑mannose epimerase/ GDP‑4‑dehydro‑6‑L‑deoxygalactose reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (35/20); new base C (3/9); total (38/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.29e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CCCCGCTTCCAGTGAGATTTCGTGATACCAGCCAAGCTGATGCAGGCGCGTCACATCCAGCAGTTTGCGCGGCGTGCCATCCGGTTTGCTGGCATCAAAAACCACCCGGCCTTTGTAA‑CCCACCACT‑TTGGCGATGGTTTGCG‑CCAGCTCGCGGATAGTGCAGTCAACGCCCGTGCCGACGTTAATGTGCGACAACATCGGCTGGGTGTTCTCCAGCCAGACTTCA‑TGCGCCAGCTCCATGACATGAATGCTCGCCGCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCATCGGTGTACCGCTGCCCCATACCACCACGTCCGGCGCATTCTGTGCCGTCGCCTCGTGGAAGCGACGCAGCAATGC‑TGGGATCACATGCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATCGCGTCCGTACTGGCGGTTGT > NC_000913/2126279‑2126742 | ccccGCTTCCAGTGAGATTTCGTGATACCAGCCAAGCTGATGCAGGCGCGTCACATCCAGCAGTTTGCGCGGCGTGCCATCCGGTTTGCTGGCATCAAAAACCACCCGGCCTTTGTAA‑CCCACCACT‑TTGGCGATGGTTTGCG‑CCAGCTCGCGGATAGTGCAGTCAACGCCCGTGCCGCCGTTAATGTGCGACAACATCGGCTGGGGGTTCTCCAGCCAGACTTCA‑TGCGCCCGCCCca > 2:1067623/1‑239 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cATCCGGTTTGCTGGCATCAAAACCCACCCGGCCTTTGTAA‑CCCACCACT‑TTGGCGATGGTTTGCG‑CCAGCTCGCGGATAGTGCAGTCAACGCCCGTGCCGACGTTAATGTGCGACAACATCGGCTGGGTGTTCTCCAGCCAGACTTCA‑TGCGCCAGCTCCATGACATGAATGCTCGCCGCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCATCGGTGTACCGCTGCCCCATaccac < 2:1293222/238‑1 (MQ=255) cgttttGCTGGCATCAAAAACCCCCCGGCCTTTGTAA‑CCCTCCCCT‑TTGGCGATGGTTTGCG‑CCAGCTCGGGGATAGTGCAGTCAACGCCCGTGCCGACGTTAATGTGCGACAAAATCGGCTGGGTGTTCTCCAGCCAGACTTCA‑TGCGCCAGCTCCATGACATGAATGCTCGCCGCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCATCGGTGTACCGCTGCCCCATACCACCACGt < 2:964704/236‑1 (MQ=255) ccgttgggggtcATCAAAACCCCCCCGGCCTTTGTAC‑CCCACCCCT‑TGGGCGATGG‑TGGCGCCCAGCCCGCGGATCGGGGAGTGCGCGCCCGTGCGGACGTTAATGGGCGAAAACATCGGCTGGGTGTTCCCCAGCCGGACTTCA‑TGCGCGCGCTCAATGACATGAATGCTCGCCGCCGCCATCTCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCATCGGTGTACCGCTGCCCCATCCCACCACGt < 1:1227948/228‑1 (MQ=255) 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tccccagccagCCTTCA‑TGCGCCAGCCCCATGACATGAATGCTCGCCGCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCATCGGTGTACCGCTGCCCCATACCACCACGTCCGGCGCATTCTGTGCCGTCGCCTCGTGGAAGCGACGCAGCAATGC‑TGGGATCACATGCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATCGCGt < 2:1004662/236‑1 (MQ=255) tccccagccagCCTTCA‑TGCCCCAGCCCCATGAAATGAATGCTCCCCGCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCATCGGTGTACCGCTGCCCCATACCACCACGTCCGGCGCATTCTGTGCCGTCGCCTCGTGGAAGCGACGCAGCAATGC‑TGGGATCACATGCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATCGCGt < 2:629549/236‑1 (MQ=255) tccccagccagACTTCA‑GGCGCCAGCTCCATGACATGAATGCTCGCCGCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCATCGGTGTACCGCTGCCCCATACCACCACGTCCGGCGCATTCTGTGCCGTCGCCTCGTGGAAGCGACGCAGCAATGC‑TGGGATCACATGCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATCGCGt < 2:510635/236‑1 (MQ=255) 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ccagACTTCA‑TGCGCCAGCTCCATGACATGAATGCTCGCCGCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCATCGGTGTACCGCTGCCCCATACCACCACGTCCGGCGCATTCTGTGCCGTCGCCTCGTGGAAGCGACGAAGCAATCC‑TGGGATCACATGCGAATTACTCGGGGGGCAGTTGTCGGTGGGCCCGTAACGGGTGGGCGGCATGACTGGGCGGTAAAcgccgccggaac > 1:948204/1‑230 (MQ=255) ccagACTTCA‑GGCGCCAGGCCCATAAACGGAACGCCCCCCCCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCATCGGTGTACCGCTGCCCCATACCACCACGTCCGGCGCATTCTGTGCCGTCGCCTCGTGGAAGCGACGCAGCAATGC‑TGGGATCACATGCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATCGCGTCCGTACt < 2:455451/239‑1 (MQ=255) a‑TGCGCCAGCCCCGTGACATTATTGCTCGCAGCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCAGCGGTGTACCGCTGCCCCATACCACCACGTCCGGCCCATTCTGTGCCGTCGCCTCGTGGAAGCGACGCAGCAATGC‑TGGGATCACATGCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATCGCGTCCGTACTGGCGGTTGt < 2:1162841/239‑1 (MQ=255) | CCCCGCTTCCAGTGAGATTTCGTGATACCAGCCAAGCTGATGCAGGCGCGTCACATCCAGCAGTTTGCGCGGCGTGCCATCCGGTTTGCTGGCATCAAAAACCACCCGGCCTTTGTAA‑CCCACCACT‑TTGGCGATGGTTTGCG‑CCAGCTCGCGGATAGTGCAGTCAACGCCCGTGCCGACGTTAATGTGCGACAACATCGGCTGGGTGTTCTCCAGCCAGACTTCA‑TGCGCCAGCTCCATGACATGAATGCTCGCCGCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCATCGGTGTACCGCTGCCCCATACCACCACGTCCGGCGCATTCTGTGCCGTCGCCTCGTGGAAGCGACGCAGCAATGC‑TGGGATCACATGCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATCGCGTCCGTACTGGCGGTTGT > NC_000913/2126279‑2126742 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |