| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,840,287 | G→T | 13.7% | V256L (GTG→TTG) | ascF → | cellobiose/arbutin/salicin‑specific PTS enzymes, IIB and IC components |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,840,287 | 0 | G | T | 13.7% | 174.0 / 2.3 | 71 | V256L (GTG→TTG) | ascF | cellobiose/arbutin/salicin‑specific PTS enzymes, IIB and IC components |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (20/40); new base T (9/2); total (29/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.38e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
CTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGGCGAAAGCGGCCCAGGGTGAACATGTCGAATTTGCCCTGATTCCGGTCACCGCGGTGAAATACACCTACACGGTGATCCCGGCGCTGGTGATGACCTGGTGCCTGTCATATATCGAACGCTGGGTGGACAGCATTACACCGGCGGTGACCAAAAACTTCCT‑CAAACCAATGCTGATTGTGTTGATTGCCGCACCGCTGGCAATCCTGCTGATTGGCCCGATTGG‑TATCTGGATCGGTAGCGCCA‑TTTCGGCGC‑TGGTTTACACCATTCATGG‑TTATCT‑GGGCTG‑GCTTTCAGTCGCCATTA‑TGGGCGCGCTGTGGCCTCTGCTGGTAATGACCGGGATGCACCGCGTCTTTACGCCAACCATCATTCAGACCATTGCCGAAACCGGCAAAGAAGGGATGGTCATGCCGTCAGAG > NC_000913/2840056‑2840523 | cTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGGCGAAAGCGGCCCAGGGTGAACATGTCGAATTTGCCCTGATTCCGGTCACCGCGGTGAAATACACCTACACGGTGATCCCGGCGCTGGTGATGACCTGGTGCCTGTCATATATCGAACGCTGGGTGGACAGCATTACACCGGCGGTGGCCAAAAACTTCCT‑CAAACCCATGCTGATTGTGTTGAt > 2:948032/1‑239 (MQ=255) tGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGGCGAAAGCGGCCCAGGGTGAACATGTCGAATTTGCCCTGATTCCGGTCACCGCGGTGAAATACACCTACACGGTGATCCCGGCGCTGGTGATGACCTGGTGCCTGTCATATATCGAACGCTGGGTGGACAGCATTACACCGGCGGGTGCCAAAAACTTCCT‑CCAACCCATGCTGATTTGTTTGAtt > 2:1012783/1‑239 (MQ=255) tgcgtggagcctCCGGGTTTTGTTGTACGGGTGGCCAAACGGGGCCGGGGTGAACAGTTGTAATTGGCCGCGATTCCTGGCACCGGGGTGAAATGCCCCTACCAGGTGATGCCGGCGCTGGGGATGAGCTGGGGCCTGTCATATATCGAACGCTGGGTGGACAGCATGCCACCGGCGGTGACCAAAAACTTCCT‑CAAACCAATGCTGATTGTGTTGATTGCCGCACCGCTGGCAATCct < 1:233339/228‑1 (MQ=255) tgCTGGTCCACCCGAGGTTTATTGAACGGATGGCGAAAGCGGCCCAGGGTGAACATGTCGAATTTGCCCTGATTCCGGTCACCGCGGTGAAATACACCTACACGGTGATCCCGGCGCTGGTGATGACCTGGTGCCTGTCATATATCGAACGCTGGGTGGAAAGCATTACACCGGCGGTGACCAAAAACTTCCT‑CAAACCAATGCTGATTGTGTTGATTGCCGCACCGCTGGCAATCctg < 1:810304/239‑1 (MQ=255) tCCGAGTTTTATTGAACTGATGGCGAAAGCGGCCCAGGGTGAACATGTCGAATTTGCCCTGATTCCGGTCACCGCGGTGAAATACCCCTACACGGTGATCCCGGCGCTGGTGATGACCTGGTGCCTGTCATATATCGAACGCTGGGTGGACAGCATTACACCGGCGGTGACCAAAAACTTCCT‑CAAACCAATGCTGATTGTGTTGATTGCCGCACCGCTGGCAATCCTGCTGATTGGcc < 2:480668/239‑1 (MQ=255) tCCGAGTTTTATTGAACTGATGGCGAAAGCGGCCCAGGGTGAACATGTCGAATTTGCCCTGATTCCGGTCACCGCGGTGAAATACACCTACACGGTGATCCCGGCGCTGGTGATGACCTGGTGCCTGTCATATATCGAACGCTGGGTGGACAGCATTACACCGGCGGTGACCCAAAACTTCCT‑CAAACCCATACTGATTTTGTTGATTTCCGCCCCCCTGGCAATACTTCTGATTGGc > 2:141751/1‑238 (MQ=255) cccGGGTTTTTTTGAATTTGTGGCGAAGGCGGCCCAGGGTTAACATGTCGAATTTGCCCTGATTCCGGTCACCGCGGTGAAATACACCTACACGGTGATCCCGGCGCTGGTGATGACCTGGTGCCTGTCATATATCGAACGCTGGGTGGACAGCATTACACCGGCGGTGACCAAAAACTTCCT‑CAAACCAATGCTGATTGTGTTGATTGCCGCACCGCTGGCAATCCTGCTGATTGGcc < 1:564099/238‑1 (MQ=255) ccGAGTTTTATTGAACTGATGGCGAAAGCGGCCCAGGGTGAACATGTCGAATTTGCCCTGATTCCGGTCACCGCGGTGAAATACACCTACACGGTGATCCCGGCGCTGGTGATGACCTGGTGCCTGTCATATATCGAACGCTGGGTGGACAGCATTACACCGGCGGTGACCAAAAACTTCCT‑CAAACCAATGCCGATTTTGTTGATTGCCGCCCCGCCGGCAATccctcctgcccctta > 2:707494/1‑226 (MQ=255) gTTTTATTGAACTGATGGCGAAAGCGGCCCAGGGTGAACATGTCGAATTTGCCCTGATTCCGGTCACCGCGGTGAAATACACCTACACGGTGATCCCGGCGCTGGTGATGACCTGGTGCCTGTCATATATCGAACGCTGGGTGGACAGCATTACACCGGCGGTGACCAAAAACTTCCT‑CCAACCAATTCTGTTTTTGTTGATTGCCGCACCCCGGGCAAACCCGCTACTTGGCCCGCtt > 2:503855/1‑239 (MQ=255) tttATTGAACTGATGGCGAAAGCGGCCCAGGGTGAACATGTCGAATTTGCCCTGATTCCGGTCACCGCGGTGAAATACACCTACACGGTGATCCCGGCGCTGGTGATGACCTGGTGCCTGTCATATATCGAACGCTGGGTGGACAGCATTACACCGGCGGTGACCAAAAACTTCCT‑CAAACCAATGCTGATTGTGTTGATTGCCGCACCGCTGGCAATCCTGCTGATTGGCCCGATTg < 2:899823/238‑1 (MQ=255) 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cTACACGGTGATCCCGGCGCTGGTGATGACCTGGTGCCTGTCATATATCGAACGCTGGGTGGACAGCATTACACCGGCGGAGACCCAAAACTTCCT‑CAAACCAAAGATGGTTGTGTTGGATTCCGCACCGCTGGGAATACTGTCGATTGGCCCGGTTGG‑GATCTGGGTCGGTATGGCCA‑TTTCGGGGC‑TGGTTTACACCACTCAAGG‑GTATCG‑TGGGTG‑GCTTTCAAGCGCCATTA‑Tgg > 1:129856/1‑239 (MQ=255) acacGGTGATCCCGGCGCTGGTGATGACCTGGTGCCTGTCATATATCGAACGCTGGGTGGACAGCATTACACCGGCGGTGACCAAAAACTTCCT‑CAAACCAATGCTGATTGTGTTGATTGCCGCACCGCTGGCAATCCTGCTGATTGGCCCGATTGG‑GATCTGGATCGGTAGCGCCC‑TTTCGGCGC‑TGGTTTTAACCATTCATGG‑TTATCT‑GGGCCG‑GCTTTCAATCGCCATTT‑TTGgc > 2:343264/1‑239 (MQ=255) cccGGTGATCCCGTCGCTGGTTATGCCCGTGTGCCTGTCATATATCGAACGCTGGTTGGACAGCATTCCACCGGCGGTGACCAAAAACTTCCT‑CAAACCAATGCTGATTGTGTTGATTGCCGCACCGCTGGCAATCCTGCTGATTGGCCCGATTGG‑TATCTGGATCGGTAGCGCCA‑TTTCGGCGC‑TGGTTTACACCATTCATGG‑TTATCT‑GGGCTG‑GCTTTCAGTCGCCATTA‑TGGgcg < 1:631307/237‑1 (MQ=255) 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gggTGGACAGCATTCCGCCGGGGGTGACCAAAAACTTCCT‑CAAACCAATGCTGATTGTGTTGATTGCCGCACCGCTGGCAATCCTGCTGATTGGCCCGATTGG‑TATCTGGATCGGTAGCGCCA‑TTTCGGCGC‑TGGTTTACACCATTCATGG‑TTATCT‑GGGCTG‑GCTTTCAGTCGCCATTA‑TGGGCGCGCTGTGGCCTCTGCTGGTAATGACCGGGATGCACCGCGTCTTTACGCCAAcc < 2:635455/239‑1 (MQ=255) ggtgACAGTATTACCGCGGCGGGGACCACAATCTCCCT‑CAAACCAATGGTGATTTTGTGGATTGCCGCTCCGCGGGCAATCCTGCTGATTGGCCCGATTGG‑TATGTGGGTCGGTAGCGCCC‑TTTCGGCGC‑TGGTTTACACCATGCATGG‑TTATCT‑GGGCTG‑GCTTTCAGTCGCCATTA‑TGGGCGCGCTGTGGCCTCTGCTGGTAATGACCGGGATGCACCGCGTCTTTACGCCAACca < 1:96728/235‑1 (MQ=255) gTGGACAGCATTTCACCGGCGGTGACCAAAAACTTCCT‑CAAACCAATGCTGATTGTGTTGATTGCCGCACCGCTGGCAATCCTGCTGATTGGCCCGATTGG‑TATCTGGATCGGTAGCGCCA‑TTTCGGCGC‑TGGTTTACACCATTCATGG‑TTATCT‑GGGCTG‑GCTTTCAGTCGCCATTA‑TGGGCGCGCTGTGGCCTCTGCTGGTAATGACCGGGATGCACCGCGTCTTTACGCCAACca < 2:8760/238‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |