| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,206,475 | T→A | 17.8% | S5R (AGT→AGA) | ttdA → | L‑tartrate dehydratase, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,206,475 | 0 | T | A | 17.8% | 114.9 / 3.8 | 64 | S5R (AGT→AGA) | ttdA | L‑tartrate dehydratase, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (13/35); new base A (3/9); total (20/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCAC‑ATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGG‑TGAATTTTTC‑CA‑GACAAAT‑ACAAAAACTGGAGTTGCC‑ATGATGAGCGAAAGTAATAAG‑CAACAGGCAGTGAATAAGT‑TGACAGAGATT‑GTCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATGCCGAAACGTCGTCGATGGGGAAAATTATCTACCATACGATGTTCGACAACATGCAAAAAGCGATTGACCTGAATCGTCCTGCCTGTCAGGACACCGGGGAGATTATGTTCTTCGTTAAAG > NC_000913/3206259‑3206707 | aaTTTTCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTTTTTTTCTGAAAACATTGCCCTTCCCTGCTCTGGCTCAATATTCATTCTTATGTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCAC‑ATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGG‑TGAATTTTTC‑CA‑GACAAAT‑ACAAAAACTGGAGTTGCC‑ATGATGAGCGAAAGTAATAAG‑CAACAGGCAGTGAATa < 1:33148/239‑1 (MQ=255) 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gAGTTGCC‑ATGATGAGCGAAAGTAATAAG‑CAACAGGCAGTGAATAAGT‑TGACAGAGATT‑GTCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATGCCGAAACGTCGTCGATGGGGAAAATTATCTACCAAACGATGTTCGCCAACAGTCAAAAAGCGATTAACCGGAATCGTCCTCCCTGTAAGGCAACCGGGGAGAtt > 2:810649/1‑239 (MQ=255) gCC‑ATGATGAGCGAAAGTAATAAG‑CAACAGGCAGTGAATAAGT‑TGACAGAGATT‑GTCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATGCCGAAACGTCGTCGATGGGGAAAATTATCt > 1:934563/1‑160 (MQ=255) gCC‑ATGATGAGCAAAAGTAATAAG‑CAACAGGCAGTAAATAAGT‑TGACAGAGATT‑GTCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATGCCGAAACGTCGTCGATGGGGAAAATTATCt < 2:934563/160‑1 (MQ=255) atgaGCGAAAGTAATAAG‑CAACAGGCAGTGAATAAGT‑TGACAGAGATT‑GTCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATGCCGAAACGTCGGCGATGGGGAAAATTATCTACCATACGATGTTCGACAAAATGCAAAAACCGATTAACCGGACATGGCCTGCCTTTCCGCAACCCGGGGTGATTTAGttcttctt > 1:1272376/1‑237 (MQ=255) 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NC_000913/3206259‑3206707 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |