| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,217,528 | T→C | 10.6% | intergenic (+128/+26) | yqjI → / ← aer | PadR family putative transcriptional regulator/fused signal transducer for aerotaxis sensory component/methyl accepting chemotaxis component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,217,528 | 0 | T | C | 10.6% | 247.1 / 2.6 | 91 | intergenic (+128/+26) | yqjI/aer | PadR family putative transcriptional regulator/fused signal transducer for aerotaxis sensory component/methyl accepting chemotaxis component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (66/13); new base C (3/9); total (69/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.76e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTGCTGGATTTACGCGTCAACCAGAGCGATATCAGTGATGCACAAATAAAAAAGATCATTGCGGTGATCGACCGCGCCGCTTTTGATATTACGCAACT‑GGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATG‑CGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGC‑GCCAGCATCGCATCAGGCATTGTG‑CTC‑CAACCGCCGGATCCGGCATACCGATTAATGCAGTACCGTCACCGCGTCTTCCAGTCGGCTGGCGCGGTGTTTCACCATCGCCGACACCTGCGCACTCTCTTCCACCAGCTCGGCATTTTTCTGGGTGATCAGGTTAAGCTCATCCACTGCACGGGTCAGGCTGGAAAGCCCATCGGCCTGTTCCAGCGTTGAATGGCTA‑ATCTGGGCGATCAACTGGGTGACGTTTTTCACC > NC_000913/3217296‑3217761 | gTGCTGGATTTACGCGTCAACCAGAGCGATATCAGTGATGCACAAATAAAAAAGATCATTGCGGTGATCGACCGCGCCGCTTTTGATATTACGCAACT‑GGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATG‑CGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGC‑GCCAGCATCGCATCAGGCCTTTTG‑CTC‑CAAc > 2:151933/1‑238 (MQ=255) tGCTGGATTTACGCGTCAACCAGAGCGATATCAGTGATGCACAAATAAAAAAGATCATTGCGGTGATCGACCGCGCCGCTTTTGATATTACGCAACT‑GGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATG‑CGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGC‑GCCAGCATCGCATCAGGCATTGTG‑CTC‑CAAcc > 2:298986/1‑238 (MQ=255) aCGCGTCAACCAGAGCGATATCAGTGATGCACAAATAAAAAAGATCATTGCGGTGATCGACCGCGCCGCTTTTGATATTACGCAACT‑GGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATG‑CGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGC‑GCCAGCATCGCATCAGGCATTGTG‑CTC‑CAACCGCCGGATCCg > 2:749982/1‑238 (MQ=255) aCGCGTCAACCAGAGCGATATCAGTGATGCACAAATAAAAAAGATCATTGCGGTGATCGACCGCGCCGCTTTTGATATTACGCAACT‑GGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATG‑CGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGC‑GCCAGCATCGCATCAGGCATTGGG‑CTC‑CAACCGCCGGATCCg > 2:828385/1‑238 (MQ=255) tCAACCAGAGCGATATCAGTGATGCACAAATAAAAAAGATCATTGCGGTGATCGACCGCGCCGCTTTTGATATTACGCAACT‑GGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATG‑CGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTCCACCCGCTACACACCCCCCAGGCCTGTTAAAATCC‑CCCAGCATCGCACCAGGCCATGTG‑CCC‑CAACCCCCGACTCCGGCaca > 1:146663/1‑236 (MQ=38) tgttgtgggatgccaaaaaaaaaaaaGTTCGTTGGGGGTCTCG‑CCGCGCCCCTTTTTTTAATACCCAACTGGGATTAAACCCCCCTCCCGCCCGGTGCCCGGTTCCATTGGCGGATGCCGACGCTGGAGCCCCCTTCTCCGGCCTACCCCCGCTACACCCCCCGCGGGCCGGATAAGTTGC‑GCCAGATCCGCATCAGGCATTGTG‑CCC‑CAACCGCCGGATCCGGCATACCGATTAATGc < 1:795661/223‑1 (MQ=255) tatCCGTGATGCACAAATAAAAAAGATCATTGCGGTGATCGACCGCGCCGCTTTTGATATTACGCAACT‑GGATTAATCGCCGCATCCGCCACTCGCGCGGTGCAATTCCCGGATG‑CGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACCCCCGCCACACACCCCCCACGCCCGACAAGATCG‑CCCAGCATCCCCACCGGCCCTGTG‑CCC‑CCACCGCCGGATCCgcaaaaccaacacaccccac > 1:323664/1‑220 (MQ=255) 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tccacccCCCGCAGCCCTGAAACAGTGC‑GCAAGCATCGCATCAGGCA‑TGTGCCTC‑CACCCGCCGGATCCGGCATACCGATTAATGCAGTACCGTCACCGCGTCTTCCAGTCGGCTGGCGCGGTGTTTCACCATCGCCGACACCTGCGCACTCTCTTCCACCAGCTCGGCATTTTTCTGGGTGATCAGGTTAAGCTCATCCACTGCACGGGTCAGGCTGGAAAGCCCATCGGc < 2:961225/230‑1 (MQ=255) ccccGCAGGCCTGATAAGATGC‑GCCAGCATCGCATCAGGCATTGTG‑CTC‑CAACCGCCGGATCCGGCATACCGATTAATGCAGTACCGTCACCGCGTCTTCCAGTCGGCTGCCGCGGGGTTTCACCATCCCCGCCACCTCCGCACCCCCTTCCACCAGCTCGGCATTTTTTTGGGGTATCAGGTTAAACCCACCCCCTGCCCGGGCCAGACGGGAAAACCCACCTGCCtcgtcccccgt > 1:432158/1‑228 (MQ=255) cccGCAGGCCTGATAAGATGC‑GCCAGCATCGCATCAGGCATTGTG‑CTC‑CAACCGCCGGATCCGGCATACCGATTAATGCAGTACCGTCACCGCGTCTTCCAGTCGGCTGGCGCGGTGTTTCACCATCGCCGACACCTGCGCACTCTCTTCCCCCAGCTCGGCATTTTTCTGGGTGCTCAGGCTAACCTCATCCCCTGCACGGGTCAGGCTGGAACACCCACCGCCCTGTTCCAACGtgg > 1:565135/1‑237 (MQ=255) ccGCAGGCCTGATAAGATGC‑GCCAGCATCGCATCAGGCATTGTG‑CTC‑CAACCGCCGGATCCGGCATACCGATTAATGCAGTACCGTCACCGCGTCTTCCAGTCGGCTTGCGCGGTGTTTCACCATCGCCGACACCTGCGCACTCTCTTCCACCAGCTCGGCATTTTTCTGGGTGATCAGGTTAAGCTCATCCACTGCACGGGTCAGGCTGGAAAGCCCATCGGCCTGTTTCAGCGTTGa > 2:417214/1‑239 (MQ=255) cGCAGGCCTGATAAGATGC‑GCCAGCATCGCATCAGGCATTGTG‑CTC‑CAACCGCCGGATCCGGCATACCGCTTAATGCAGTACCGTCACCGCGTCTTCCAGTCGGCTGGCGCGGTGTTTCACCATCCCCGACACCTGCGCACTCTCTTCCACCAGCTCGGCATTTTTCTTGGTGATCAGGTTAAGCTCATCCACTGCACGGGCCCGGCGGGAAAGCCCAAGGGCCGGTCCCAGCATTgca > 1:153650/1‑237 (MQ=255) gCAGGCCTGATAAGATGC‑GCCAGCATCGCATCAGGCATTGTG‑CTC‑CAACCGCCGGATCCGGCATACCGCTTAATGCAGTACCGTCACCGCGTCTTCCAGTCGGCTGGCGCGGTGTTTCACCATCGCCGACACCTGCGCACTCTCTTCCACCAGCTCGGCATTTTTCTGGGTGATCAGGTTAAGCTCATCCACTGCCCGGGTCAGGCTGGAAAGCCCATCGGCCTGTTCCACCGTTGCAt > 2:827856/1‑239 (MQ=255) 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2:969693/1‑177 (MQ=255) tGATAAGATGC‑GCCAGCATCGCATCAGGCATTGTG‑CTC‑CAACCGCCGGATCCGGCATACCGATTAATGCAGTACCGTCACCGCGTCTTCCAGTCGGCTGGCGCGGTGTTTCACCATCGCCGACACCTGCGCACTCTCTTCCACCAGCTCGGCATTTTTCTGGGTGATCAGGTTAAGCTCATCCACTGCACGGGTCAGGCTGGAAAGCCCATCGGCCTGTTc > 2:166302/1‑221 (MQ=255) tGATAAGATGC‑GCCAGCATCGCATCAGGCATTGTG‑CTC‑CAACCGCCGGATCCGGCATACCGATTAATGCAGTACCGTCACCGCGTCTTCCAGTCGGCTGGCGCGGTGTTTCACCATCGCCGACACCTGCGCACTCTCTTCCACCAGCTCGGCATTTTTCTGGGTGATCAGGTTAAGCTCATCCACTGCACGGGTCAGACTGGAAAGCCCATCGGCCGGTTCCAGCGTTGAATGGCTA‑At > 2:470267/1‑239 (MQ=255) tGATAAGATGC‑GCCAGCATCGCATCAGGCATTGTG‑CTC‑CAACCGCCGGATCCGGCATACCGATTAATGCAGTACCGTCACCGCGTCTTCCAGTCGGCTGGCGCGGTGTTTCACCATCGCCGACACCTGCGCACCCTCTTCCACCAGCCCGGCATTTTTCTGGGTGATCAGGTTAAGATCATCCCCTGCAAGGGCCAGTCCGGAAAGCCCTCTGGCCCGTTCCCACGGTGAATGGcgac > 1:248761/1‑235 (MQ=255) 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aTAAGATGC‑GCCAGCATCGCATCAGGCATTGTG‑CTC‑CAACCGCCGGATCCGGCATACCGATTAATGCAGTACCGTCACCGCGTCTTCCAGTCGGCTGGCGCGGTGTTTCACCATCGCCGACACCTGCGCAc < 2:95824/131‑1 (MQ=255) aTAAGATGC‑GCCAGCATCGCATCAGGCATTGTG‑CTC‑CAACCGCCGGATCCGGCATACCGATTAATGCAGTACCGTCACCGCGTCTTCCAGTCGGCTGGCGCGGAGTTTCACCATCGCCGACACCTGCGCACTCTCTTCCACCAGCTCGGCATTTTTCTGGGCGATCAGGTTAAGCTCATCCACTGCACGGGTCAGGCTGGAAAGCCCATCGGCCTGTTCCAGCGTTGAATGGCTa‑a > 2:40386/1‑236 (MQ=255) tGC‑GCCAGCACCGCATCAGGAATTGTG‑CTC‑CAACCGCCGGATCCGGCATACCGATTAATGCAGTACCGTCACCGCGTCTTCCAGTCGGCTGGCGCGGTGTTTCACCATCGCCGACACCTGCGCACTCTCTTCCACCAGCTCGGCATTTTTCTGGGTGATCAGGTTAAGCTCATCCACTGCACGGGTCAGGCTGGAAAGCCCATCGGCCTGTTCCAGCGTTGAATGGCTA‑ATCTGGGc < 2:1091418/237‑1 (MQ=255) gc‑gcCAGCATCGCATCAGGCATTGTG‑CTC‑CAACCGCCGGATCCGGCATACCGATTAATGCAGTACCGTCACCGCGTCTTCCAGTCGGCTGGCGCGGTGTTTCACCATCGCCGACACCTGCGCACTCTCTTCCACCAGCTCGGCATTTTTCTGGGTGATCAGGTTAAGCTCATCCACTGCACGGGTCAGGCTGGCAAGCCCATCGGCCTTTTCCACCTTTGAATGGCTA‑ATATggcgtg > 2:930234/1‑234 (MQ=255) 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catcgcatcAGGCATTGTG‑CTC‑CAACCGCCGGATCCGGCATACCGATTAATGCAGTACCGTCACCGCGTCTTCCAGTCGGCTGGCGCGGTGTTTCACCATCGCCGACACCTGCGCACTCTCTTCCACCAGCTCGGCATTTTTCTGGGTGATCAGGTTAAGCTCATCCACTGCACGGGTCAGGCTGGAAAGCCCATCGGCCTGTTCCAGCGTTGAATGGCTC‑ATATGGGCGATCAACggg > 2:1165714/1‑239 (MQ=255) tcttatcAGGCATTGTG‑CTC‑CAACCGCCGGATCCGGCATACCGATTAATGCAGTACCGTCACCGCGTCTTCCAGTCGGCTGGCGCGGTGTTTCACCATCGCCGACACCTGCGCCCTCTCTTCCACCAGCTCGGCATTTTTCTGGGTGATCAGGTTAATCCCATCCACTGCACGGGCCCGGCGGGAAAGCCCAACGGCCTTTTCCAGCGTTGAATGACTA‑ATCGGGGGGATCAACggggg > 1:833624/5‑238 (MQ=255) gcatcgggtttggtg‑CCC‑CAACCGCCGGATCCGGCATACCGATTAATGCAGTACCGTCACCGCGTCTTCCAGTCGGCTGGCGCGGTGTTTCACCATCGCCGACACCTGCGCACTCTCTTCCACCAGCTCGGCATTTTTCTGGGTGATCAGGTTAAGCTCATCCACTGCACGGGTCAGGCTGGAAAGCCCATCGGCCTGTTCCAGCGTTGAATGGCTA‑ATCTGGGCGATCAACTGGGTGa < 2:389041/227‑1 (MQ=255) 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2:1257326/1‑178 (MQ=255) gcccgggtggttg‑CCC‑CAACCGCCGGATCCGGCATCCCGTTTAATGCGTTACCGTCGCCGCGTCTTCCAGTCGGCTGGCGCTGTGTTTCACCATCGCCTACCCCTGCGCACTCTCTTCCACCAGCTCGGCATTTTTCTGGGTGATCAGGTTAAGCTCATCCACTGCACGGGTCAGGCTGGAAAGCCCATCGGCCTGTTCCAGCGTTGAATGGCTA‑ATCTGGGCGATCAACTGGGTGa < 1:833222/226‑1 (MQ=255) tgtg‑CTC‑CAACCGCCGGATCCGGCATACCGATTAATGCAGTACCGTCACCGCGTCTTCCAGTCGGCTGGCACGGTGTTTCACCATCGCCGACACCTGCGCACTCTCTTCCACCAGCTCGGCATTTTTCTGGGTGATCAGGTTAAGCTCATCCACTGCCCGGGTCAGGATGGAAAGGCCCTGGGCCTGTTCCACCGTCAGAAGGCTACACCGGGGCGATC‑ACCGGGTGGCGTTTTTCAcc > 1:475663/1‑239 (MQ=255) | GTGCTGGATTTACGCGTCAACCAGAGCGATATCAGTGATGCACAAATAAAAAAGATCATTGCGGTGATCGACCGCGCCGCTTTTGATATTACGCAACT‑GGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATG‑CGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGC‑GCCAGCATCGCATCAGGCATTGTG‑CTC‑CAACCGCCGGATCCGGCATACCGATTAATGCAGTACCGTCACCGCGTCTTCCAGTCGGCTGGCGCGGTGTTTCACCATCGCCGACACCTGCGCACTCTCTTCCACCAGCTCGGCATTTTTCTGGGTGATCAGGTTAAGCTCATCCACTGCACGGGTCAGGCTGGAAAGCCCATCGGCCTGTTCCAGCGTTGAATGGCTA‑ATCTGGGCGATCAACTGGGTGACGTTTTTCACC > NC_000913/3217296‑3217761 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |