Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,501,720 | T→A | 8.3% | Y53* (TAT→TAA) | tehB → | tellurite, selenium methyltransferase, SAM‑dependent, tellurite, selenium resistance protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,501,720 | 0 | T | A | 8.3% | 149.4 / 2.7 | 45 | Y53* (TAT→TAA) | tehB | tellurite, selenium methyltransferase, SAM‑dependent, tellurite, selenium resistance protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (22/19); new base A (2/2); total (24/21) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 |
TCTTTACCAATTTTATTATTGCAATACTGCTCATCCGTACTTTTGCGCTTCTGATGCAGGGAAAATTGTTAGTCAGAACCGAGCGCGCCGTTTTAATGAAAGCAGAGGACAAAGAATGATCATTCGTGACGAAAACTATTTTACTGATAAATATGAATTAACCCGCACACACTCTGAAGTACTGGAAGCGGTGAAAGTGGTTAAACCGGGTAAAACGCTGGATCTGGGCTGTGGCAATGGTCGTAACAGTCTTTACCTGGCAGCCAATGGTTATGATGTTGACGCATGGGATAAAAATGCCATGAGTATCGCCAACGTCGAGCGCATTAAATCCATTGAAAATCTGGATAATTTACACACCCGAGTCGTTGATCTGAATAACCTCACATTTGATAGACAGTACGATTTTATTCTTTCGACTGTGGTGCTGATGTTCCTTGAGGCTAAAACCATCCCCGGGTTGATTGCCAATATGCAACGTTGCACTAAACCTGGTGGTTACAACCTGATTGTGGCGGCGATGGATACCG‑CTGATTATCCATGTAC > NC_000913/1501447‑1501992 | tCTTTACCAATTTTATTATTGCAATACTGCTCATCCGTACTTTTGCGCTTCTGATGCAGGGAAAATTGTTAGTCAGAACCGAGCGCGCCGTTTTAATGAAAGCAGAGGACAAAGAATGATCATTCGTGACGAAAACTATTTTACTGATAAATATGAATTAACCCGCACACCCTCTGAAGTACTGGAAGCGGTGAAAGTGGTTAAACCGGGTAAAACGCTGGATCTGGGCTGTGGCAATGGTCGTAACAGTCTTTACCTGGCAGCCAATGGTTATGATGTTGACGGATgg > 2:282172/1‑289 (MQ=255) tttATTATTGCAATACTGCTCATCCGTACTTTTGCGCTTCTGATGCAGGGAAAATTGTTAGTCAGAACCGAGCGCGCCGTTTTAATGAAAGCAGAGGACAAAGAATGATCATTCGTGACGAAAACTATTTTACTGATAAATATGAATTAACCCGCACACACTCTGAAGTACTGGAAGCGGTGAAAGTGGTTAAACCGGGTAAAACGCTGGATCTGGGCTGTGGCAATGGTCGTAACAGTCTTTACCTGGCAGCCAATGGTTATGATGTTGACGCATGGGATAAAAATg > 2:405087/1‑288 (MQ=255) cTCATCCGTACTTTTGCGCTTCTGATGCAGGGAAAATTGTTAGTCAGAACCGAGCGCGCCGTTTTAATGAAAGCAGAGGACAAAGAATGATCATTCGTGACGAAAACTATTTTACTGATAAATATGAATTAACCCGCACACACTCTGAAGTACTGGAAGCGGTGAAAGTGGTTAAACCGGGTAAAACGCTGGATCTGGGCTGTGGCAATGGTCGTAACAGTCTTTACCTGGCAGCCAATGGTTATGATGTTGACGCATGGGATAAAAATGCCATGAGTATCGCCAACg > 1:180605/1‑288 (MQ=255) cTCATCCGTACTTTTGCGCTTCTGATGCAGGGAAAATTGTTAGTCAGAACCGAGCGCGCCGTTTTAATGAAAGCAGAGGACAAAGAATGATCATTCGTGACGAAAACTATTTTACTGATAAATATGAATTAACCCGCACACACTCTGAAGTACTGGAAGCGGTGAAAGTGGTTAAACCGGGTAAAACGCTGGATCTGGGCTGTGGCAATGGTCGTAACAGTCTTTACCTGGCAGCCAATGGTTAAGATGTTGACGCATGGGATAAAAATGCCATGAGTATCGCCAACg > 2:459233/1‑288 (MQ=255) 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aaCTAATTTACTGATAAATATGAATTAACCCGCACACACTCTGAAGTACTGGAAGCGGTGAAAGTGGTTAAACCGGGTAAAACGCTGGATCTGGGCTGTGGCAATGGTCGTAACAGTCTTTACCTGGCAGCCAATGGTTATGATGTTGACGCATGGGATAAAAATGCCATGAGTATCGCCAACGTCGAGCGCATTAAATCCATTGAAAATCTGGATAATTTACACACCCGAGTCGTTGATCTGAATAACCTCACATTTGATAGACAGTACGATTTTATTCTTTCGACtg < 2:190772/289‑1 (MQ=255) aTAAATATGAATTAACCCGCACACACTCTGAAGTACTGGAAGCGGTGAAAGTGGTTAAACCGGGTAAAACGCTGGATCTGGGCTGTGGCAATGGTCGTAACAGTCTTTACCTGGCAGCCAATGGTTATGATGTTGACGCATGGGATAAAAATGCCATGAGTATCGCCAACGTCGAGCGCATTAAATCCATTGAAAATCTGGATAATTTACACACCCGAGTCGTTGATCTGAATAACCTcac < 2:40825/241‑1 (MQ=255) aTAAATATGAATTAACCCGCACACACTCTGAAGTACTGGAAGCGGTGAAAGTGGTTAAACCGGGTAAAACGCTGGATCTGGGCTGTGGCAATGGTCGTAACAGTCTTTACCTGGCAGCCAATGGTTATGATGTTGACGCATGGGATAAAAATGCCATGAGTATCGCCAACGTCGAGCGCATTAAATCCATTGAAAATCTGGATAATTTACACACCCGAGTCGTTGATCTGAATAACCTcac > 1:40825/1‑241 (MQ=255) aTAAATATGAATTAACCCGCACACACTCTGAAGTACTGGAAGCGGTGAAAGTGGTTAAACCGGGTAAAACGCTGGATCTGGGCTGTGGCAATGGTCGTAACAGTCTTTACCTGGCAGCCAATGGTTATGATGTTGACGCATGGGATAAAAATGCCATGAGTATCGCCAACGTCGAGCGCATTAAATCCATTGAAAATCTGGATAATTTACACACCCGAGTCGTTGATCTGAATAACCTCACATTTGATAGACAGTACGATTTTATTCTTTCGAGTGTGGTGCTGATGtt > 1:76413/1‑289 (MQ=255) tAAATATGAATTAACCCGCACACACTCTGAAGTACTGGAAGCGGTGAAAGTGGTTAAACCGGGTAAAACGCTGGATCTGGGCTGTGGCAATGGTCGTAACAGTCTTTACCTGGCAGCCAATGGTTATGATGTTGACGCATGGGATAAAAATGCCATGAGTATCGCCAACGTCGAGCGCATTAAATCCATTGAAAATCTGGATAATTTACACACCCGAGTCGTTGATCTGAATAACCTCACATTTGATAGACAGTACGATTTTATTCTTTCGACTGTGGTGCTGATGtt > 1:388838/1‑288 (MQ=255) atatGAATTAACCCGCACACACTCTGAAGTACTGGAAGCGGGGAAAGTGGTTAAACCGGGTAAAACGCTGGATCTGGGCTGTGGCAATGGTCGTAACAGTCTTTACCTGGCAGCCAATGGTTATGATGTTGACGCATGGGATAAAAATGCCATGAGTATCGCCAACGTCGAGCGCATTAAATCCATTGAAAATCTGGATAATTTACACACCCGAGTCGTTGATCTGAATAACCTCACATTTGATAGACAGTACGATTTTATTCTTTCGACTGTGGTGCTGATGTTCCtt < 2:277869/289‑1 (MQ=255) aTTAACCCGCACACACTCTGAAGTACTGGAAGCGGTGAAAGTGGTTAAACCGGGTAAAACGCTGGATCTGGGCTGTGGCAATGGTCGTAACAGTCTTTACCTGGCAGCCAATGGTTATGATGTTGACGCATGGGATAAAAATGCCATGAGTATCGCCAACGTCGAGCGCATTAAATCCATTGAAAATCTGGATAATTTACACACCCGAGTCGTTGATCTGAATAACCTCACATTTGATAGACAGTACGATTTTATTCTTTCGACTGTGGTGCTGATGTTCCTTGAGGCt > 1:461902/1‑289 (MQ=255) cccGCACACACTCTGAAGTACTGGAAGCGGTGAAAGTGGTTAAACCGGGTAAAACGCTGGATCTGGGCTGTGGCAATGGTCGTAACAGTCTTTACCTGGCAGCCAATGGTTATGATGTTGACGCATGGGATAAAAATGCCATGAGTATCGCCAACGTCGAGCGCATTAAATCCATTGAAAATCTGGATAATTTACACACCCGAGTCGTTGATCTGAATAACCTCACATTTGATAGACAGTACGATTTTATTCTTTCGACTGTGGTGCTGATGTTCCTTGAGGCTaaaa > 1:159147/1‑288 (MQ=255) cccGCACACACTCTGAAGTACTGGAAGCGGTGAAAGTGGTTAAACCGGGTAAAACGCTGGATCTGGGCTGTGGCAATGGTCGTAACAGTCTTTACCTGGCAGCCAATGGTTATGATGTTGACGCATGGGATAAAAATGCCATGAGTATCGCCAACGTCGAGCGCATTAAATCCATTGAAAATCTGGATAATTTACACACCCGAGTCGTTGATCTGAATAACCTCACATTTGATAGACAGTACGATTTTATTCTTTCGACTGTGGTGCTGATGTTCCTTGAGGCTaaaa > 2:28472/1‑288 (MQ=255) acacacTCTGAAGTACTGGAAGCGGTGAAAGTGGTTAAACCGGGTAAAACGCTGGATCTGGGCTGTGGCAATGGTCGTAACAGTCTTTACCTGGCAGCCAATGGTTAAGATGTTGACGCATGGGATAAAAATGCCATGAGTATCGCCAACGTCGAGCGCATTAAATCCATTGAAAATCTGGATAATTTACACACCCGAGTCGTTGATCTGAATAACCTCACATTTGATAGACAGTACGATTTTATTCTTTCGACTGTGGTGCTGATGTTCCTTGAGGCTAAAACCATc < 1:459233/288‑1 (MQ=255) gAAGTACTGGAAGCGGTGAAAGTGGTTAAACCGGGTAAAACGCTGGATCTGGGCTGTGGCAATGGTCGTAACAGTCTTTACCTGGCAGCCAATGGTTATGATGTTGACGCATGGGATAAAAATGCCATGAGTATCGCCAACGTCGAGCGCATTAAATCCATTGAAAATCTGGATAATTTACACACCCGAGTCGTTGATCTGAATAACCTCACATTTGATAGACAGTACGATTTTATTCTTTCGACTGTGGTGCTGATGTTCCTTGAGGCTAAAACCATCCCCGGGTTGa < 2:461902/289‑1 (MQ=255) aaGTACTGGAAGCGGTGAAAGTGGTTAAACCGGGTAAAACGCTGGATCTGGGCTGTGGCAATGGTCGTAACAGTCTTTACCTGGCAGCCAATGGTTATGATGTTGACGCATGGGATAAAAATGCCATGAGTATCGCCAACGTCGAGCGCATTAAATCCATTGAAAATCTGGATAATTTACACACCCGAGTCGTTGATCTGAATAACCTCACATTTGATAGACAGTACGATTTTATTCTTTCGACTGTGGTGCTGATGTTCCTTGAGGCTAAAACCATCCCCGGGTTGAt > 1:167680/1‑289 (MQ=255) tGGAAGCGGTGAAAGTGGTTAAACCGGGTAAAACGCTGGATCTGGGCTGTGGCAATGGTCGTAACAGTCTTTACCTGGCAGCCAATGGTTATGATGTTGACGCATGGGATAAAAATGCCATGAGTATCGCCAACGTCGAGCGCATTAAATCCATTGAAAATCTgg < 2:449659/165‑1 (MQ=255) tGGAAGCGGTGAAAGTGGTTAAACCGGGTAAAACGCTGGATCTGGGCTGTGGCAATGGTCGTAACAGTCTTTACCTGGCAGCCAATGGTTATGATGTTGACGCATGGGATAAAAATGCCATGAGTATCGCCAACGTCGAGCGCATTAAATCCATTGAAAATCTgg > 1:449659/1‑165 (MQ=255) gAAGCGGTGAAAGTGGTTAAACCGGGTAAAACGCTGGATCTGGGCTGTGGCAATGGTCGTAACAGTCTTTACCTGGCAGCCAATGGTTATGATGTTGACGCATGGGATAAAAATGCCATGAGTATCGCCAACGTCGAGCGCATTAAATCCATTGAAAATCTGGATAATTTACACACCCGAGTCGTTGATCTGAATAACCTCACATTTGATAGACAGTACGATTTTATTCTTTCGACTGTGGTGCTGATGTTCCTTGAGGCTAAAACCATCCCCGGGTTGATTGCCAata > 1:12623/1‑289 (MQ=255) aGCGGTGAAAGTGGTTAAACCGGGTAAAACGCTGGATCTGGGCTGTGGCAATGGTCGTAACAGTCTTTACCTGGCAGCCAATGGTTATGATGTTGACGCATGGGATAAAAATGCCATGAGTATCGCCAACGTCGAGCGCATTAAATCCATTGAAAATCTGGATAATTTACACACCCGAGTCGTTGATCTGAATAACCTCACATTTGATAGACAGTACGATTTTATTCTTTCGACTGTGGTGCTGATGTTCCTTGAGGCTAAAACCATCCCCGGGTTGATTGCCAATATg < 1:332888/289‑1 (MQ=255) gAAAGTGGTTAAACCGGGTAAAACGCTGGATCTGGGCTGTGGCAATGGTCGTAACAGTCTTTACCTGGCAGCCAATGGTTATGATGTTGACGCATGGGATAAAAATGCCATGAGTATCGCCAACGTCGAGCGCATTAAATCCATTGAAAATCTGGATAATTTACACACCCGAGTCGTTGATCTGAATAACCTCACATTTGATAGACAGTACGATTTTATTCTTTCGACTGTGGTGCTGATGTTCCTTGAGGCTAAAACCATCCCCGGGTTGATTGCCAATATGCAACg < 1:241354/288‑1 (MQ=255) gTTAAACCGGGTAAAACGCTGGATCTGGGCTGTGGCAATGGTCGTAACAGTCTTTACCTGGCAGCCAATGGTTATGATGTTGACGCATGGGATAAAAATGCCATGAGTATCGCCAACGTCGAGCGCATTAAATCCATTGAAAATCTGGATAATTTACACACCCGAGTCGTTGATCTGAATAACCTCACATTTGATAGACAGTACGATTTTATTCTTTCGACTGTGGTGCTGATGTTCCTTGAGGCTAAAACCATCCCCGGGTTGATTGCCAATATGCAACGTTGCACt < 2:388838/288‑1 (MQ=255) gTTAAACCGGGTAAAACGCTGGATCTGGGCTGTGGCAATGGTCGTAACAGTCTTTACCTGGCAGCCAATGGTTATGATGTTGACGCATGGGATAAAAATGCCATGAGTATCGCCAACGTCGAGCGCATTAAATCCATTGAAAATCTGGATAATTTACACACCCGAGTCGTTGATCTGAATAACCTCACATTTGATAGACAGTACGATTTTATTCTTTCGACTGTGGTGCTGATGTTCCTTGAGGCTAAAACCATCCCCGGGTTGATTGCCAATATGCAACGTTGCACt < 2:389239/288‑1 (MQ=255) 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gCAGCCAATGGCTATGATGTTGACGCATGGGATAAAAATGCCATGAGTATCGCCAACGTCGAGCGCATTAAATCCATTGAAAATCTGGATAATTTACACACCCGAGTCGTTGATCTGAATACCCTCACATTTTATAGACAGTACGATTTTATTCTTTCGACTGTGGTGCTGATTGTCTTTGAGGCTATAAACATCCCCGGGTTGATTGCCATTATGAAACGTTGCACTAACCCTGGTGGTTCCAACCTGATTGTGGCGGCAATGGA‑ACCGTCTGCTTATCCATgatc > 2:69084/1‑284 (MQ=255) tgatgTTGACGCATGGGATAAAAATGCCATGAGTATCGCCAACGTCGAGCGCATTAAATCCATTGAAAATCTGGATAATTTACACACCCGAGTCGTTGATCTGAATAACCTCACATTTGATAGACAGTACGATTTTATTCTTTCGACTGTGGTGCTGATGTTCCTTGAGGCTAAAACCATCCCCGGGTTGAt > 2:427627/1‑192 (MQ=255) tgatgTTGACGCATGGGATAAAAATGCCATGAGTATCGCCAACGTCGAGCGCATTAAATCCATTGAAAATCTGGATAATTTACACACCCGAGTCGTTGATCTGAATAACCTCACATTTGATAGACAGTACGATTTTATTCTTTCGACTGTGGTGCTGATGTTCCTTGAGGCTAAAACCATCCCCGGGTTGAt < 1:427627/192‑1 (MQ=255) | TCTTTACCAATTTTATTATTGCAATACTGCTCATCCGTACTTTTGCGCTTCTGATGCAGGGAAAATTGTTAGTCAGAACCGAGCGCGCCGTTTTAATGAAAGCAGAGGACAAAGAATGATCATTCGTGACGAAAACTATTTTACTGATAAATATGAATTAACCCGCACACACTCTGAAGTACTGGAAGCGGTGAAAGTGGTTAAACCGGGTAAAACGCTGGATCTGGGCTGTGGCAATGGTCGTAACAGTCTTTACCTGGCAGCCAATGGTTATGATGTTGACGCATGGGATAAAAATGCCATGAGTATCGCCAACGTCGAGCGCATTAAATCCATTGAAAATCTGGATAATTTACACACCCGAGTCGTTGATCTGAATAACCTCACATTTGATAGACAGTACGATTTTATTCTTTCGACTGTGGTGCTGATGTTCCTTGAGGCTAAAACCATCCCCGGGTTGATTGCCAATATGCAACGTTGCACTAAACCTGGTGGTTACAACCTGATTGTGGCGGCGATGGATACCG‑CTGATTATCCATGTAC > NC_000913/1501447‑1501992 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |