| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 458799 | 4 (0.050) | 78 (1.050) | 51/430 | NT | 95.2% | intergenic (+99/‑89) | clpX/lon | ATPase and specificity subunit of ClpX‑ClpP ATP‑dependent serine protease/DNA‑binding ATP‑dependent protease La |
| ? | NC_000913 | = 609347 | NA (NA) | intergenic (+170/+112) | insL1/entD | IS186 transposase/phosphopantetheinyltransferase component of enterobactin synthase multienzyme complex | |||||
Only 100 of 119 total aligned reads displayed.
ATAATCCAGCCATCGCTGGATTTCCCCCCCAGAAGTGCCGGATCCGAAAAGAAGAACTAACTCGTTGTGGAGAATAACAAAAATGGTCATCTGGAGCTTACAGGTGGCCATTCGTGGGACAGTATCCCTGACAGCCTAC‑AAAAC‑GCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGC‑TTTACACTTTCGCCCGTGGTCAGTGATGGCTGCGGGCGAATCGTACCAGATGTTGTCAATTAATCGTGTTGGCACAGCGTTATGACTATCTTTTCTTTTATCTGCCAGTGCACAGCAAACATCTCATTCTCACGATGAATGATGACCTGCTGTTTATTCCAGCTAATTATCTGATAGTCCAGAAA > NC_000913/609118‑609584 | aTAATCCAGCAATCGCTTGATTTCCCCCCCAGAAGTGCCGGATCCGAAAAGAAGAACTAACTCGTTGTGGAGAATAACAAAAATGGTCATCTGGAGCTTACAGGTGGCCATTCGTGGGACAGTATCCCTGACAGCCTAC‑AAAAC‑GCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAAt < 2:428837/239‑1 (MQ=17) ccATCGCTGGATTTCCCCCCCAGAAGTGCCGGATCCGAAAAGAAGAACTAACTCGTTGTGGAGAATAACAAAAATGGTCATCTGGAGCTTACAGGTGGCCATTCTTGGGCCAGTATCCCTGACAGCCTAC‑AAAAC‑GCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGCCTTAACACGGCACCGAGGCTTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGGAATCCCCgact > 2:867534/1‑235 (MQ=11) ccATCGCTGGATTTCCCCCCCAGAAGTGCCGGATCCGAAAAGAAGAACTAACTCGTTGTGGAGAATAACAAAAATGGTCATCTGGAGCTTACAGGTGGCCATTCGTGGGACAGTATCCCTGACAGCCTAC‑AAAAC‑GCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCACCCCTTAAGTTAACGCTTATGGGGGAAATCCCCGCaa > 1:132999/1‑237 (MQ=12) ccATCGCTGGATTTCCCCCCCAGAAGTGCCGGATCCGAAAAGAAGAACTAACTCGTTGTGGAGAATAACAAAAATGGTCATCTGGAGCTTACAGGTGGCCATTCGTGGGACAGTATCCCTGACAGCCTAC‑AAAAC‑GCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTAGGGGAGTAATCCCCGCata > 2:688129/1‑239 (MQ=25) ccATCGCTGGATTTCCCCCCCAGAAGTGCCGGATCCGAAAAGAAGAACTAACTCGTTGTGGAGAATAACAAAAATGGTCATCTGGAGCTTACAGGTGGCCATTCGTGGGACAGTATCCCTGACAGCCTAC‑AAAAC‑GCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATCCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCata > 2:162382/1‑239 (MQ=25) ccATCGCTGGATTTCCCCCCCAGAAGTGCCGGATCCGAAAAGAAGAACTAACTCGTTGTGGAGAATAACAAAAATGGTCATCTGGAGCTTACAGGAGGCCATTCGTGGGACAGTATCCCTGACAGCCTAC‑AAAAC‑GCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTACACCCTTAAGTTATCTCTATTGGGCGTAAAccccccct > 2:410910/1‑234 (MQ=11) gATTTCCCCCCCAGAAGTGACGGATCCGAAAAGAAGAACGAACTCGGTGGGGAGAATAACAAAAATGGTCATCTGGAGCTTACAGGTGGCCATTCGTGGGACAGTATCCCTGACAGCCTAC‑AAAAC‑GCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTgt < 1:162382/239‑1 (MQ=255) cccccccAGAGGGGGCGGGGTCGGAAGGAAGAACTAGCTCGTGGTGGGGAAAAACAAAAATGGTGATCTGGAGCTTGACGGTGGGCATTCGGGGGACAGTGTCCCTGGCAGCCTAC‑AAAAC‑GCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTGCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTgtcaggt < 1:462079/239‑1 (MQ=14) cctgaaggtcgtgggccGAAAATAAGAAACTACTGGGTGTGGGGGATACCCAAAATGGTCATCGTGAGCTAACGGGTAGCCATGCGTTGGAGAGGATCCCTGACAGCCTAC‑AAAAG‑GGAATTGACGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCCACGAGGAGTCGCATTCTTCGGATGGTGCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTgtcaggtcagta < 1:670183/224‑3 (MQ=255) ccGGATCCGAAAAGAAGAACTAACTCGTTGTGGAGAATAACAAAAATGGTCATCTGGAGCTTACAGGTGGCCATTCGTGGGACAGTATCCCTGCCAGCCTAC‑AAAAC‑GCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGCCGTCGCATTTTTCTGATGGTTAAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCCTATCCGTTTTTCAGGTCAGGATGGGAAGGc > 1:397635/1‑239 (MQ=14) ccGGATCCGAAAAGAAGAACTAACTCGTTGTGGAGAATAACAAAAATGGTCATCTGGAGCTTACAGGTGGCCATTCGTGGGACAGTATCCCTGACAGCCTAC‑AAAAC‑GCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGc > 2:234316/1‑239 (MQ=255) aaaaGAAGAACTAACCTGTTTTGGGAAATAACAAAAATGGGCACCTGGAGCTTACCGGTGGTCATTCGGGGGACAGTATCCCTGACAGCCTAA‑AAAAC‑GCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGC‑ttt < 1:589853/239‑1 (MQ=17) actaactCGGTTGGGAGAATAAAAAAAATGGTCATCTGGAGCTTACAGGTGGCCATTCGGGGGAAAGTTCCCCTGACAGCCTAC‑AAAAC‑GCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGC‑TTTACACttt < 1:65066/237‑1 (MQ=18) tgTTTTGGAGAATAAACAAAATGGTCATCTGGAGCTTAAAGGTGGCCATTCGTGGGACAGTACTCCTGGCAGCCTGC‑AAAAC‑GCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGC‑TTTACACTTTCGCCCGTgg < 1:645536/238‑1 (MQ=18) gTTGTGGAAAATAACAAAAATGGTCATCTGGAGCTTACAGGTGGCCATTCGTGGGACAGTATCCCTGACAGCCTAC‑AAAAC‑GCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGC‑TTTACACTTTCGCCCGTGGt < 2:616504/239‑1 (MQ=255) tttggaaattacaaaaaaTGGCCCCCTGGAGCTTAAAGGGGGCCATTCGGGGGACAGTTACCCTGACAGCCTCA‑AAAAC‑GCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGC‑TTTACACTTTCGCCCGTGGTc < 1:598184/225‑1 (MQ=18) tgtgGAGAATAACAAAAATGGTCATCTGGAGCTTACAGGTGGCCATTCGTGGGACAGTATCCCTGACAGCCTAC‑AAAAC‑GCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGCCAGGATGGTAAGGCACCTGC‑TTTACACTTTCGCCCGTGGTCa > 2:537507/1‑239 (MQ=255) aagaaCAAAAATGGTCATCTGGAGCTTATAGGTGGCCAGTCGTGGGACAGTATCCCTGACAGCCTAC‑AAAAC‑GCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGGCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTgtcaggt < 2:842176/187‑1 (MQ=255) tAACAAAAATGGTCATCTGGAGCTTACAGGTGGCCATTCGTGGGACAGTATCCCTGACAGCCTAC‑AAAAC‑GCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGC‑TTTACCCTTTCGCCCGTGGTCAGTGATg > 2:430644/1‑236 (MQ=255) aaaaaTGGTCATCGGGAGCTTACAGGTGGCCATTCGTGGGACAGGATCCCTGACAGCCTAC‑AAAAC‑GCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGC‑TTTACACTTTCGCCCGTGGTCAGTGATGGCTGCgg < 2:376637/239‑1 (MQ=255) aaaaTGGTCATCGGGAGCTTAAAGGGGGCCATTCGTGGGACAGTATCCCTGACAGCCTAC‑AAAAC‑GCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGC‑TTTACACTTTCGCCCGTGGTCAGTGATGGCTGCggg < 1:498424/239‑1 (MQ=255) aTGGTCATCTGGAGCTTACAGGTGGCCATTCGTGGGACAGTATCCCTGACAGCCTAC‑AAAAC‑GCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAAt > 1:425856/1‑157 (MQ=33) aTGGTCATCTGGAGCTTACAGGTGGCCATTCGTGGGACAGTATCCCTGACAGCCTAC‑AAAAC‑GCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAAt < 2:425856/157‑1 (MQ=33) aTGGTCATCTGGAGCTTACAGGTGGCCATTCGTGGGACAGTATCCCTGACAGCCTAC‑AAAAC‑GCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGGAAGGCACTTGC‑TTTACCCTTTCGCCCTGGGTCAGGGATGGCTGGGGGGGa > 1:528854/1‑239 (MQ=18) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |