Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 3,532,593 | C→A | 21.2% | intergenic (‑156/‑223) | yhgE ← / → pck | DUF4153 family putative inner membrane protein/phosphoenolpyruvate carboxykinase [ATP] |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,532,593 | 0 | C | A | 21.2% | 205.4 / 9.7 | 94 | intergenic (‑156/‑223) | yhgE/pck | DUF4153 family putative inner membrane protein/phosphoenolpyruvate carboxykinase [ATP] |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (56/16); new base A (2/20); total (58/36) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.85e-09 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GCAGGTAGCAAACCAGACCCTGAAGTAATCCGGTAGCAATCATCCCCCAGCGTGTTGCGGGTGAAAGTTCAACGTTATCCATG‑TTGGTTATCCAGAATCAAAAGGTGGGTTAATTATCGCATCCGGGCAGTAGTATTTTGCTTTTTTCAGAAAATAATCAAAAAAAGTTAGCGTGGTGAATCG‑ATACTTTACCGGTTGAATTTGCATCAATTTCA‑TTCAGGAATGC‑GATTCCACT‑CACAATATTCCCGCC‑ATATAAACCAAGATTTAACCTTTTGAGAACATTTTCCACACCTAAAATGCTATTTCTGCGATAATAGCAACCGTTTCGTGACAGGAATCACGGAGTTTTTTGTCAAATATGAATTTCTCCAGATACGT‑AAATCTATGAGCCTTGTCGCGGTTAACACCCCCAAAAAGACTTTACTATTCAGGCAATACATATTGGCTAAGGAGCAGTGAAATGCGCGTTAACAA > NC_000913/3532356‑3532829 | gcagGTAGCAAACCAGACCCTGAAGTAAGCCGGTAGCAATCATCCCCCAGCGTGTTGCGGGTGAAAGTTCAACGTTATCCATG‑TTGGTTATCCAGAATCAAAAGGTGGGTTAATTATCGCATCCGGGCAGTAGTATTTTGCTTTTTTCAGAAAATAATCAAAAAAAGTTAGCGTGGTGAATCG‑ATACTTTACCGGTTGAATTTGCATCAATTTCA‑TTCAGGAATGC‑GATTCCACT‑caca < 2:399407/239‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |