| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,837,877 | A→G | 11.0% | E309G (GAG→GGG) | setC → | putative arabinose efflux transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,837,877 | 0 | A | G | 11.0% | 217.6 / 2.1 | 94 | E309G (GAG→GGG) | setC | putative arabinose efflux transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (33/46); new base G (12/2); total (46/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.05e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGGGCGGCGAATAATCTCTACATGATAAATATGCCGCTATTTATTATTGATGAACTGCATCTAACCGATAAACTGACTGGAGAAATGATTGGTATCGCTGCCGGTCTGGAAATTCCGATGATGTTAATCGCAGGCTATTACATGAAACGTATTGGCAAGCGACTATTAATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGTACTCATGGCGACGACTCCGGCGGTTGAGCTGGAATTGCAAATTCTTAATGCCATCTTCCTTGGTATTC‑TCTGT‑GGT‑ATCGGCATG‑CTTTATTTTCAGGACTTGATGCCTGAAAAAATAGGCTCTGCGACAAC‑GTTATATGCAAATACTTCACGCGTCGGCTGGATTATCGCCGGCTCTGTTGACGGAATTAT‑GGTTGAAATCTGGAGCTACCATGCGTTGTTCTGGCTGGCGATAGGGATG‑TTGGGTATTGCG > NC_000913/3837639‑3838103 | tgGGCGGCGAATAATCTCTACATGATAAATATGCCGCTATTTATTATTGATGAACTGCATCTAACCGATAAACTGACTGGAGAAATGATTGGTATCGCTGCCGGTCTGGAAATTCCGATGATGTTAATCGCAGGCTATTACATGAAACGTATTGGCAAGCGACTATTAATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGTACTCATGGCGACGACTCCGGCGGTTGa > 2:678428/1‑239 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |