| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,850,795 | G→T | 15.1% | intergenic (‑70/+6) | uhpA ← / ← ilvN | response regulator in two‑component regulatory system wtih UhpB/acetolactate synthase 1 small subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,850,795 | 0 | G | T | 15.1% | 191.0 / 6.0 | 80 | intergenic (‑70/+6) | uhpA/ilvN | response regulator in two‑component regulatory system wtih UhpB/acetolactate synthase 1 small subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (22/44); new base T (11/3); total (33/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.58e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATCGCAAATACACACCTGCACACCGCGCCCCGGCAG‑CCCCGCCAGCGCCTCGCGCCCCGAACCAAACTCGGCAACTACCTGCAAATCAGGTTCCAGCCCCAGCAGCTGCGCAAAGCCGGAGCGGACGATGAGGTGATCGTCTATAAGGGCAACGGTGATCATGGTCTTGTCCTGGC‑GGGTAAAAAAAATACGCGCTTAC‑CTTAACGATAAGCGCGATGTTGTTCAAGCCTTGAGCGGTTACTGAAAAAACACCGCGATCTTGTTAAACATCGTCGGATCGGAC‑TGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTGGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTC‑GTCATTGACCAGTAGCCAGATATGGCTTTTGTCGCTGTCCTGAATCGGCAGACAAAGAATGCCTTCAACGTT‑AAAAGCGC‑GGCGGGCAAAAAGGCCACAAACGTGGGTCATTACG > NC_000913/3850564‑3851032 | atCGCAAATACCCCCCGGCCCACCGCGCCCCGGCAG‑CCCCGCCAGCGCCTCGCGCCCCGAACCAAACTCGGCAACTACCTGCAAATCAGGTTCCAGCCCCAGCAGCTGCGCAAAGCCGGAGCGGACGATGAGGTGATCGTCTATAAGGGCAACGGTGATCATGGTCTTGTCCTGGC‑GGGTAAAAAAAATACGCGCTTAC‑CTTAACGATAAGCGCGATGTTGTTCAAGCCTTGAGCGGtt < 2:261066/239‑1 (MQ=255)atCGCAAATACACACCTGCACACCGCGCCCCGGCAG‑CCCCGCCAGCGCCTCGCGCCCCGAACCAAACTCGGCAACTACCTGCAAATCAGGTTCCAGCCCCAGCAGCTGCGCAAAGCCGGAGCGGACGATGAGGTGATCGTCTATAAGGGCAACGGTGATCATGGTCTTGTCCTGGCGGGGGAAAAAAAAAACGC‑CTTCCTCTAAACG‑TAAACGCAATGTTTTTCAAACCCAGAGAGGtg > 1:636824/1‑238 (MQ=255) cgcaacttccccccgcccacccGCCCCCCGGCAG‑CCCCGCCAGCCCCTCCCGCCCCGAACCAAACCCGGCAACTACCTGCAAATCAGGTTCCAGCCCCAGCAGCTGCGTAAAGCCGGAGCGGACGATGAGGTGATCGTCTATAAGGGCAACGGTGATCATGGTCTTGTCCTGGC‑GGGTAAAAAAAATACGCGCTTAC‑CTTAACGATAAGCGCGATGTTGTTCAAGCCTTGAGCGGTTAc < 2:799631/219‑1 (MQ=255) ccaaaatccccccccgccccccGCCCCCCGCCAC‑CCCCCCCAGCCCCTCGCGCCCCGAACCAAACCCGGCAACTACCTGCAAATCAGGTTCCAGCCCCAGCAGCTGCGCAAAGCCGGAGCGGACGATGAGGTGATCGTCTATAAGGGCAACGGTGATCATGGTCTTGTCCTGGC‑GGGTAAAAAAAATACGCGCTTAC‑CTTAACGATAAGCGCGATGTTGTTCAAGCCTTGAGCGGTTAc < 1:730838/219‑1 (MQ=255) tcccccccTGCCCACCGCGCCCCGGCAA‑CCCCGCCAGCGCCTCGCGCCCCGAACCAAACTCGGCAACTACCTGCAAATCAGGTTCCAGCCCCAGCAGCTGCGCAAAGCCGGAGCGGACGATGAGGTGATCGTCTATAAGGGCAACGGTGATCATGGTCTTGTCCTGGC‑GGGTAAAAAAAATACGCGCTTAC‑CTTAACGATAAGCGCGATGTTGTTCAAGCCTTGAGCGGTTACTGaaaa < 2:712151/233‑1 (MQ=255) tACACACCTGCACACCGCGCCCCGGCAG‑CCCCGCCAGCGCCTCGCGCCCCGAACCAAACTCGGCAACTACCTGCAAATCAGGTTCCAGCCCCAGCAGCTGCGCAAAGCCGGAGCGGACGATGAGGTGATCGTCTATAAGGGCAACGGAGATCATGGTCTTGTCCTGGC‑GGGTGAAAAAAAAACCCCCTTAC‑CTTTAAGGTAAACGCGGAGTTGTTTCAGCCCTTAGAGGGTATTGaaaa > 1:36221/1‑239 (MQ=255) cTGCACCCCGGCCCCCGGCAT‑CCCCGCCAGCCCCTCGCGCACCGAACCAAACTCGGCAACTACCTGCAAATCAGGTTCCAGCCCCAGCAGCTGCGCAAAGCCGGAGCGGACGATGAGGTGATCGTCTATAAGGGCAACGGTGATCATGGTCTTGTCCTGGC‑GGGTAAAAAAAATACTCGCTTAC‑CTTAACGATAAGCGCGATGTTGTTCAAGCCTTGAGCGGTTACTGAAAAAACACcg < 2:885834/239‑1 (MQ=255) cTGCACACCGCGCCCCGGCAG‑CCCCGCCAGCGCCTCGCGCCCCGAACCAAACTCGGCAACTACCTGCAAATCAGGTTCCAGCCCCAGCAGCTGCGCAAAGCCGGAGCGGACGATGAGGTGATCGTCTATAAGGGCAACGGTGATCATGGTCTTGTCCTGGC‑GGGGAAAAAAAATACGCGCTTAC‑CTTAACGACAAACGCGAGTGTGTTCAAGCCTTGAACGGTTACTGaaaaacaaac > 2:148122/1‑233 (MQ=255) cccccccccccccGGCCG‑CCCCGCCAGCGCCCCGCGCCCCGAACCAAGCTCGGCAACTACCTGCAAATCAGGTTCCAGCCCCAGCAGCTGCGCAAAGCCGGAGCGGACGATGAGGTGATCGTCTATAAGGGCAACGGTGATCATGGTCTTGTCCTGGC‑GGGTAAAAAAAATACGCGCTTAC‑CTTAACGATAAGCGCGATGTTGTTCAAGCCTTGAGCGGTTACTGAAAAAACACCGCGa < 1:597466/230‑1 (MQ=255) cccccGCGCCCCGGCCGCCCCCGCCGGC‑CCTCGCCCCCCGAACCAAACCCGGCAACTTCCTGGAAAACAGGTTCCCTGCCCAGGCGCGGCCGAAAGGCGGGGGTGACGATGGGGTGATCCTTTATAAGGGCCACGGTGATCATGGGCTTGGCCTGGC‑GGGTAAAAAAAATACGCGCTTAC‑CTTAACGATAAGCGCGATGTTGTTCAAGCCTTGAGCGGTTACTGAAAAAACACCGCGAt < 1:533854/236‑1 (MQ=255) 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tGCAAAGCAGGTTCCAGCCCCAGGAGCTGGCCAAAGCCGGAGCGGACGATGAGGTGATCGTCTATAAGGGCAACGGTGATCATGGTCGTGTCCTGGC‑GGGTAAAAAAAATACGCGCTTAC‑CTTAACGATAAGCGCGATGTTGTTCAAGCCTTGAGCGGTTACTGAAAAAACACCGCGATCTTGTTAAACATCGTCGGATCGGAC‑TGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCtt < 2:773034/239‑1 (MQ=255) gccAACTCAGGTTCCCGCCCCAGCCTCTGCTCAAGACCTGAGGTGACGATTGGGTGATTGTCTTTAAGGGCAACGGTGATCATGGTCTTGTCCAGGC‑GGGTAAAAAAAATACGCGCTTTC‑CTTAACGATAAGCGCGATGTTGTTCAAGCCTTGAGCGGTTACTGAAAAAACACCGCGATCTTGTTAAACATCGTCGGATCGGAC‑TGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCtt < 1:597912/237‑1 (MQ=255) tCAGGTTCCAGCCCCAGCAGCTGCGGAAAGCCGGAGCGGACGATGAGGTGATCGTCTATAAGGGCAACGGTGATCATGGTCTTGTCCTGGC‑GGGTAAAAAAAATACGCGCTTAC‑CTTAACGATAAGCGCGATGTTGTTCAAGCCTTGAGCGGTTACTGAAAAAACACCGCGATCTTGTTAAACATCGTCGGATCGGAC‑TGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGAt < 2:203209/239‑1 (MQ=255) 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ATCGCAAATACACACCTGCACACCGCGCCCCGGCAG‑CCCCGCCAGCGCCTCGCGCCCCGAACCAAACTCGGCAACTACCTGCAAATCAGGTTCCAGCCCCAGCAGCTGCGCAAAGCCGGAGCGGACGATGAGGTGATCGTCTATAAGGGCAACGGTGATCATGGTCTTGTCCTGGC‑GGGTAAAAAAAATACGCGCTTAC‑CTTAACGATAAGCGCGATGTTGTTCAAGCCTTGAGCGGTTACTGAAAAAACACCGCGATCTTGTTAAACATCGTCGGATCGGAC‑TGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTGGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTC‑GTCATTGACCAGTAGCCAGATATGGCTTTTGTCGCTGTCCTGAATCGGCAGACAAAGAATGCCTTCAACGTT‑AAAAGCGC‑GGCGGGCAAAAAGGCCACAAACGTGGGTCATTACG > NC_000913/3850564‑3851032 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |