| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,966,913 | A→C | 14.4% | S166S (TCA→TCC) | rho → | transcription termination factor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,966,913 | 0 | A | C | 14.4% | 217.3 / 4.0 | 95 | S166S (TCA→TCC) | rho | transcription termination factor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (44/32); new base C (2/14); total (46/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.73e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CCGTTTCAACCTCCGCACTGGTGATACCATCTCTGGTAAGATTCGCCCGCCGAAAGAAGGTGAACGCTATTTT‑GCGCTGCTGAAAGTTAACGAAGTTAACTTCGACAAACCTGAAAACGCCCGCAACAAAATCCTCTTTGAGAA‑CT‑TAACCCCGCTGCAC‑GCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTACTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTGGCATCACCTATCGGTCGTGGTCAGCGTGGTCTGATTGTGGCACCGCCGAAAGCCGGTAAAACCATGCTGCTGCAGAACATTGCTCAGAGCATTGCTTACAACCACCCGGATTGTGT‑GCTGATGGTTCTGCTGATCGACGAACGTCCGGAAGAAGTAACCGAGATGCAGCGTCTGGTAAAAGGTGAAGTTGTTGCTTCTACCTTTGACGAACCCGCATCTC‑GCCACGTTCAGGTTGCGGAAATG > NC_000913/3966676‑3967150 | ccgTTTCAACCTCCGCACTGGTGATACCATCTCTGGTAAGATTCGCCCGCCGAAAGAAGGTGAACGCTATTTT‑GCGCTGCTGAAAGTTAACGAAGTTAACTTCGACAAACCTGAAAACGCCCGCAACAAAATCCTCTTTGAGAA‑CT‑TAACCACGCTGCAC‑GCAAACTCCCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTACTGAAGATTTAACTGCTCCGGTACTGGACCTGGCATCa > 2:258331/1‑238 (MQ=255) tccacccTCCGCACTTGTAACACCATGTTGGGTAAAGTGCGGCCCCCGAAAGAAGGTGAACGCTATTTT‑GCGCCGCTGAAAGTTAACGAAGTTAACTTCTACAAACCTGAAAACGCCCGCAACAAAATCCTCTTTTAGAA‑CT‑TAACCCCGCTGCAC‑GCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTACTGAAGATTTAACTGCGCGCGTACTGGATCTGGCATCACCTAt < 1:737274/234‑1 (MQ=255) cccccccACTGGTGTTCCCCTCTCTGGTAAGATTCCCCCGCCGAAAGAAGGTGAACGCTATTTT‑GCGCTGGTGAAAGTTAACGAAGTTAACTTCGACAAACCTGAAAACGCCCGCAACAAAATCCTCTTTGAGAA‑CT‑TAACCCCGCTGCAC‑GCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTACTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTGGCATCACCTATCGGTc < 1:648200/233‑1 (MQ=255) cGCACTGGTGATACCATCTCTGGTAAGATTCGCCCGCCGAAAGAAGGTGAACGCTATTTT‑GCGCTGCTGAAAGTTAACGAAGTTAACTTCGACAAACCTGAAAACGCCCGCAACAAAATCCTCTTTGAGAA‑CT‑TAACCCCGCTGCAC‑GCAAACTCTCGTCTGCGTATGGACCGTGGTAACGGTTCTACTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTGCCATAACACATCGGCCGTg > 2:471104/1‑238 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |