| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,280,130 | A→G | 12.1% | E51G (GAG→GGG) | yjcE → | putative cation/proton antiporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,280,130 | 0 | A | G | 12.1% | 193.6 / 3.1 | 82 | E51G (GAG→GGG) | yjcE | putative cation/proton antiporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (44/25); new base G (8/3); total (54/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.39e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTTTGCGATATTCTGAAAAAAATGAGAATTCAGGCATAACGTCTTTCTCAGATCATAAAAAACATCGCAAACAGGGAACGCATGGAAATCTTCTTCACCATACTGATAATGACCCTCGTGGTCT‑CGCTGT‑CCGGGGTGGTCACT‑CGTGTCATGCCCTTTCAGATCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTG‑GAGTTTGATCCTGA‑ACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGAACATGGTCGAGAGATTTTCGGCCTCGCGCTGGCGCTGGTGGTGGTCACCGTGGTCGGCATTGGCTTCCTTATTTACTGGGTGGTGCCGGGCATTCCGCTGATCCCTGCCTTTGCGCTGGCGGCGGTGCTTTCTCCGACCGATGCT > NC_000913/4279898‑4280362 | ttttGCGATATTCTGAAAAAAATGAGAATTCAGGCATAACGTCTTTCTCAGATCATAAAAAACATCGCAAACAGGGAACGCATGGAAATCTTCTTCACCATACTGATAATGACCCTCGTGGTCT‑CGCTGG‑CCGGGGTGGTCACT‑CGTGTCATGCCCTTTCAGATCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTG‑GAGTTTg < 2:645467/238‑1 (MQ=255) 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ttGCGATATTCTGAAAAAAATGAGAATTCAGGCATAACGTCTTTCTCAGATCATAAAAAACATCGCAAACAGGGAACGCATGGAAATCTTCTTCACCATACTGATAATGACCCTCGTGGTCT‑CGCTGT‑CCGGGGTGGTCACT‑CGTGTCATGCCCTTTCAGATCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTG‑GGGTTTGAt > 2:227872/1‑238 (MQ=255) tGCGATATTCTGAAAAAAATGAGAATTCAGGCATAACGTCTTTCTCAGATCATAAAAAACATCGCAAACAGGGAACGCATGGAAATCTTCTTCACCATACTGATAATGACCCTCGTGGTCT‑CGCTGT‑CCGGGGTGGTCACT‑CGTGTCATGCCCTTTCAGATCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGTTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGAATGGG‑GAGTTTGAt > 2:520146/1‑237 (MQ=255) tGCGATATTCTGAAAAAAATGAGAATTCAGGCATAACGTCTTTCTCAGATCATAAAAAACATCGCAAACAGGGAACGCATGGAAATCTTCTTCACCATACTGATAATGACCCTCGTGGTCT‑CGCTGT‑CCGGGGTGGTCACT‑CGTGTCATGCCCTTTCAGATCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTG‑GGGTTTGAt > 2:248045/1‑237 (MQ=255) tGCGATATTCTGAAAAAAATGAGAATTCAGGCATAACGTCTTTCTCAGATCATAAAAAACATCGCAAACAGGGAACGCATGGAAATCTTCTTCACCATACTGATAATGACCCTCGTGGTCT‑CGCTGT‑CCGGGGTGGTCACT‑CGTGTCATGCCCTTTCAGATCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTG‑GAGTTTGAt > 2:398636/1‑237 (MQ=255) tatTCTGAAAAAAATTGGAATTCAGGCATAACGGCTTTCTCAGATCATAAAAAACATCGCAAACAGGGAACGCATGGAAATCTTCGTCACCATACTGATAATGACCCTCGTGGTCT‑CGCTGT‑CCGGGGTGGTCACT‑CGTGTCATGCCCTTTCAGATCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTG‑GAGTTTGATCCTGA‑Ac < 2:570512/239‑1 (MQ=255) tatTCTGAAAAAAATGAGAATTCAGGCATAACGTCTTTCTCAGATCATAAAAAACATCGCAAACAGGGAACGCATGGAAATCTTCTTCACCATACTGATAATGACCCTCGTGGTCT‑CGCTGT‑CCGGGGTGGTCACT‑CGTGTCATGCCCTTTCAGATCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTG‑GAGTTTGATCCTGa‑a < 2:196928/238‑1 (MQ=255) 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aTGTG‑GAGTTTGATCCTGA‑ACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGAACATGGTCGAGGGATTTTTGGCCTCGCGCTGGCGCTGGTGGGGGTCACCGTGGTCGGCATTGGCTTCCTTGTTTCCTGGGTGGTGCCGGGCTTTCCGCGGATCCCTGCCTTTGCGCTGGCGGCGGGGCCTTCTcctcgcgctatt > 1:31851/1‑229 (MQ=255) gAGTTTGATCCTGA‑ACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGAACATGGTCGAGAGATTTTCGGCCTCGCGCTGGCGCTggtggtggt > 2:62102/1‑134 (MQ=255) | TTTTGCGATATTCTGAAAAAAATGAGAATTCAGGCATAACGTCTTTCTCAGATCATAAAAAACATCGCAAACAGGGAACGCATGGAAATCTTCTTCACCATACTGATAATGACCCTCGTGGTCT‑CGCTGT‑CCGGGGTGGTCACT‑CGTGTCATGCCCTTTCAGATCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTG‑GAGTTTGATCCTGA‑ACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGAACATGGTCGAGAGATTTTCGGCCTCGCGCTGGCGCTGGTGGTGGTCACCGTGGTCGGCATTGGCTTCCTTATTTACTGGGTGGTGCCGGGCATTCCGCTGATCCCTGCCTTTGCGCTGGCGGCGGTGCTTTCTCCGACCGATGCT > NC_000913/4279898‑4280362 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |