| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,280,576 | A→G | 20.1% | S200G (AGC→GGC) | yjcE → | putative cation/proton antiporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,280,576 | 0 | A | G | 20.1% | 118.4 / 2.9 | 60 | S200G (AGC→GGC) | yjcE | putative cation/proton antiporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (5/41); new base G (11/3); total (16/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.44e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GGTGCTTTCTCCGACCGATGCTGTGGCGCTCTCCGGGATTGTTGGCGAAGGGCGCATCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTG‑ATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGA‑CGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCA‑TTCGCTTCTTATCTGATTGCCGAACATATTGGCGTTTCCGGCATCCTCGCTGCGGTTGCCGCCGGGATGACCATCACCCGCTCCGGTGTGATGCGCCGTGCGCCGCTGGCAATGCGCCTGCGTGCAAACAGCACCTGGGCGATGCTGGA > NC_000913/4280341‑4280814 | gttGCTTTCTCCGACCGATTCTGTGGCGCTCTCCGGGATTGTTGGCGAAGGGCGCATCCCGAAAACAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTG‑ATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAgct < 2:393502/237‑1 (MQ=255)ggTGCTTTCGCCGACCGATGCTGTGGCGCTCTCCGGGATTGTTGGCGAAGGGCGCATCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTG‑ATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAgc < 2:693615/238‑1 (MQ=255) tttCTCCGACCGATGCTGTGGCGCTCTCCGGGATTGTTGGCGAAGGGCGCATCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTG‑ATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGGATTCTCCCACGTGTTTGGGTGGgcgggctg > 2:800047/1‑239 (MQ=255) tctcCGGACGATGCTGTGGCGCTCTCCGGGATTGTTGGCGAAGGGCGCATCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTG‑ATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTa < 2:226188/239‑1 (MQ=255) 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gttttttcGCCGGTTTTTGGGTGGGCGGGGTGTCCGGTCGCTCCTCGCTTTTCCTCCGCCGCTGGGGGGGTGATGAACCCGCGA‑CGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCGGCCA‑TTCGCGTCTTATCTGATTGCCGAACATATTGGCGTTTCCGGCATCCTCGCTGCGGTTGCCGCCGGGATGACCATCACCCGCTCCGGTGTGATGCGCCGTGCGCCGCTGGCAATGCGCCTGCGTGCa < 1:581353/233‑1 (MQ=255) aTTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGGTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGA‑CGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCA‑TTCGCTTCTTATCTGATTGCCGAACATATTGGCGTTTCCGGCATCCTCGCTGCGGTTGCCGCCGGGATGACCATCACCCGCTCCGGTGTGATGCGCCGTGCGCCGCTGGCAATGCGCCTGCGTGCaaa < 2:210067/239‑1 (MQ=255) aTTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGA‑CGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCA‑TTCGCTTCTTATCTGATTGCCGAACATATTGGCGTTTCCGGCATCCTCGCTGCGGTTGCCGCCGGGATGACCATCACCCGCTCCGGTGTGATGCGCCGTGCGCCGCTGGCAATGCGCCTGCGTGCaaa < 2:85433/239‑1 (MQ=255) ttCCCGCCGGTTTTGGGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCCGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGA‑CGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCA‑TTCGCTTCTTATCTGATTGCCGAACATATTGGCGTTTCCGGCATCCTCGCTGCGGTTGCCGCCGGGATGACCATCACCCGCTCCGGTGTGATGCGCCGTGCGCCGCTGGCAATGCGCCTGCGTGCaaa < 2:688625/238‑1 (MQ=255) tttGGGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGA‑CGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCA‑TTCGCTTCTTATCTGATTGCCGAACATATTGGCGTTTCCGGCATCCTCGCTGCGGTTGCCGCCGGGATGACCATCACCCGCTCCGGTGTGATGCGCCGTGCGCCGCTGGCAATGCGCCTGCGTGCAAACAGCACCTggg < 2:136908/238‑1 (MQ=255) aGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGA‑CGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCA‑TTCGCTTCTTATCTGATTGCCGAACATATTGGCGTTTCCGGCATCCTCGCTGCGGTTGCCGCCGGGATGACCATCACCCGCTCCGGTGTGATGCGCCGTGCGCCGCTGGCAATGCGCCTGCGGGCAAACAGCACCTGGGCGATGCTGGa > 2:53268/1‑239 (MQ=255) | GGTGCTTTCTCCGACCGATGCTGTGGCGCTCTCCGGGATTGTTGGCGAAGGGCGCATCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTG‑ATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGA‑CGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCA‑TTCGCTTCTTATCTGATTGCCGAACATATTGGCGTTTCCGGCATCCTCGCTGCGGTTGCCGCCGGGATGACCATCACCCGCTCCGGTGTGATGCGCCGTGCGCCGCTGGCAATGCGCCTGCGTGCAAACAGCACCTGGGCGATGCTGGA > NC_000913/4280341‑4280814 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |