| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 4,357,656 | T→G | 11.6% | T321T (ACA→ACC) | cadA ← | lysine decarboxylase, acid‑inducible |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 4,357,656 | 0 | T | G | 11.6% | 378.5 / 3.8 | 136 | T321T (ACA→ACC) | cadA | lysine decarboxylase, acid‑inducible |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (45/68); new base G (18/2); total (66/70) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.96e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 139 total aligned reads displayed.
TGGTGGTGTGCATCATGTAGGCTTCGTTAAAGGTTTCTTCGTTTACGTCA‑CCTTTAACGTGGATCATGGAAGCCTGAGAGAACGCCGCCAGCAGTTTGTGAGTGGACTGGGTTTCGTAAATCACTTTCCCTTCTACACGGCCACCGCTCATACCGCATTTACCTTCGTAAATCGGTGAGAAGTTGGTGTAAGG‑CACCCACGCGGAGTCAAAGTGGATGGATTTCACATCCAGTGTTTTCTTGATGAAGTCGGTGTTGTACAGCAGACCATCATAGGTAGAGTTGGTAATTACAGCATGTACCGGCCAGGTTGCGTTTGGTGTTTCTTTCACGCGCTTAGCAATGGTAGCGTGCTGGAA‑TTCACTCTGTGGGATACCACCAAGAATACCGTAAGCGTTACGGGTCGGGCGGAAATAGATTGGCGTAACATCGCTCATCATCATCAGGTGGGTCAGCGATTTGTGGCAGTTA > NC_000913/4357424‑4357893 | tggtggtgTGCATCATGTAGGCTTCGTTAAAGGTTTCTTCGTTTACGTCA‑CCTTTAACGTGGATCATGGAAGCCTGAGAGAACGCCGCCAGCAGTTTGTGAGTGGACTGGGTTTCGTAAATCACTTTCCCTTCTACACGGCCACCGCTCATACCGCATTTACCTTCGTAAATCGGTGAGAAGTTGGTGTAAGG‑CACCCACGCGGAGTCAAAGTGGATGGATTTCACATCCAGGGttt > 2:197955/1‑237 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |