Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 4,368,894 | C→T | 18.3% | S77L (TCG→TTG) | fxsA → | suppressor of F exclusion of phage T7 |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,368,894 | 0 | C | T | 18.3% | 122.1 / 4.6 | 71 | S77L (TCG→TTG) | fxsA | suppressor of F exclusion of phage T7 |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (27/30); new base T (12/2); total (39/32) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.49e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CTTTGCGCTGGTTACCTTTTATTGCCATTTTCCTTTATGTCTATATTGAGATTTCAATCTTTATTCAGGTTGCCCATGTATTGGGGGTATTGCTGACCCTCGTGCTGGTTATATTCACGTCAGTTATCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGTGAAAACCCAGCGGC‑GGAGAT‑GA‑TTAAAAGTGTTTCG‑CTGATCA‑TTG‑CT‑GGTTTGCT‑GCTTTTATT‑A‑CCGGGCTTTTTTACCGAC‑TTCCTC‑GGTCTTCTA‑CTTTTATTGCCGCC‑GGTGCAAAAGCATCTGACAGTG‑AAGTTGATGCCGCATTTGCGCTTTTCTCGCATGCCTGGCGGCGGTTTTAGCGCCGGGACCGGTGGCGGTAATACTTTTGATGGTGAGTACCAGCGAAAGGATGATGAGCGCGACCGCCTTGATCATAAAGACGATCG > NC_000913/4368663‑4369131 | cTTTGCGCTGGTTACCTTTTATTGCCATTTTCCTTTATGTCTATATTGAGATTTCAATCTTTATTCAGGTTGCCCATGTATTGGGGGTATTGCTGACCCTCGTGCTGGTTATATTCACGTCAGTTATCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGTGAAAACCCAGCGGC‑GGAGAT‑GA‑TTAAAAGTGTTTCG‑CTGAt < 2:889221/238‑1 (MQ=255) gcgcTGGTTACCTTTTATTGCCATTTTCCTTTATTGCTTTAATGAGAGTTCAATCTTTATTCAGGTTGCCCATGTATTGGGGGTATTGCTGGCCCTCGTGCTGGTTATATTCACGGCAGTTATCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGTGAAAACCCAGCGGC‑GGAGAT‑GA‑TTAAAAGTGTTTCG‑CTGATCA‑TTg < 1:58405/239‑1 (MQ=255) aCCTTTTATTGCCATTTTCCTTTATGTCTATATTGAGATTTCAATCTTTATTCAGGTTGCCCATGTATTGGGGGTATTGCTGACCCTCGTGCTGGTTATATTCACGTCAGTTATCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGTGAAAACCCAGCGGC‑GGGGAT‑GG‑TTAAAAGTGTTTCG‑CTGGTCA‑TTG‑CT‑GGgtt > 2:813332/1‑237 (MQ=255) ccTTTTATTGCCATTTTCCTTTATGTCTATATTGAGATTTCAATCTTTATTCAGGTTGCCCATGTATTGGGGGTATTGCTGACCCTCGTGCTGGTTATATTCACGTCAGTTATCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGTGAAAACCCAGCGGC‑GGAGAT‑GA‑TTAAAAGTGTTTCG‑CTGATCA‑TTG‑CT‑GGTTtgct < 2:841909/239‑1 (MQ=255) tttCCTTTATGTCTATATTGAGATTTCAATCTTTATTCAGGTTGCCCATGTATTGGGGGTATTGCTGACCCTCGTGCTTGTTATATTCACGTCAGTTATCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGTGAAAACCCAGCGGC‑GGAGAT‑GA‑TTAAAAGTGTTTCG‑CTGATCA‑TTG‑CT‑GGTTTGCT‑GCTTTTATT‑A‑CCgg < 2:845669/239‑1 (MQ=255) ttCCTTTATTTATATATTGAGATTTCAATCTTTATTCAGGTTGCCCATGTATTGGGGGTATTGCTGACCCTCGTGCTGGTTATATTCACGTCAGTTATCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGTGAAAACCCAGCGGC‑GGAGAT‑GA‑TTAAAAGTGTTTCG‑CTGATCA‑TTG‑CT‑GGTTTGCT‑GCTTTTATT‑A‑CCggg < 2:752239/239‑1 (MQ=255) ttATGTCTATATTGAGATTTCAATCTTTATTCAGGTTGCCCATGTATTGGGGGTATTGCTGACCCTCGTGCTGGTTATATTCACGTCAGTTATCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGC‑AAAAATGGCGGCGGGTGAAAACCCAGCGGC‑GGAGAT‑GG‑TTAAAAGGGTTTCG‑CTGGTCA‑TTG‑CT‑GGTTTGCG‑GCCTTTTTT‑T‑ACGGGCttttt > 2:661471/1‑239 (MQ=255) tataTTGAGATTTCAATCTTTATTCAGGTTGCCCATGTATTGGGGGTATTGCTGACCCTCGTGCTGGTTATATTCACGTCAGTTATCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGTGAAAACCCAGCGGC‑GGAGGT‑GA‑TTAAAAGGGTTTCG‑CTGATCA‑TTG‑CT‑GGTTTTCT‑GCTTTTATT‑A‑CCGGGCTTTTTTACCGa > 2:652871/1‑239 (MQ=255) atatTGAGATTTCAATCTTTATTCAGGTTGCCCATGTATTGGGGGTATTGCTGTCCCTCGTGCTGGTTATATTCACGTCAGTTATCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGGAGTGGGTGAAAAACACACGGC‑TGAGAT‑GG‑TTAACAGGGATTCC‑GTGATTA‑TTG‑AT‑GGTTTTCT‑GCTTGTATT‑A‑TCGCGCTTTTTTAcctgg > 2:344850/1‑236 (MQ=255) atatTGAGATTTCAATCTTTATTCAGGTTGCCCATGTATTGGGGGTATTGCTGACCCTCGTGCTGGTTATATTCACGTCAGTTATCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTGGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGTGGAAAACCAGCGGC‑GGAGAT‑GA‑TTTAAAGTGTTTTG‑CTTCTCC‑TTG‑CT‑GGTTTGCT‑CCCTTTATT‑A‑CCGGGCTTTTTTTCCg > 1:262126/1‑237 (MQ=255) atatTGAGATTTCAATCTTTATTCAGGTTGCCCATGTATTGGGGGTATTGCTGACCCTCGTGCTGGTTATATTCACGTCAGTTATCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGTGAAAACCCAGCGGC‑GGAGAT‑GA‑TTAAAAGTGGTTTG‑CTGATCA‑CTG‑CT‑GGTTTGCT‑GGCTTTTTT‑A‑CCCGGCGTTTTTTCCg > 2:874328/1‑237 (MQ=255) tatTGAGATTTCAATCTTTATTCAGGTTGCCCATGTATTGGGGGTATTGCTGACCCTCGTGCTGGTTATATTCACGTCAGTTATCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGTGAAAACCCACCGCC‑GGAGAT‑GG‑TTAAAAGTGGTTTG‑CCGATCC‑TTG‑CT‑GGGTTGTT‑GCCTTTATT‑A‑ACGGGCTTTTTTACCGCC‑t > 2:852915/1‑239 (MQ=255) agaTTTCAATCTTTATTCAGGTTGCCCATGTATTGGGGGTATTGCTGACCCTCGTGCTGGTTATATTCACGTCAGTTATCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGTGAAAACCCAGCGGC‑GGGGTT‑TG‑TTTCAAGTGTTTTG‑TTGGTAT‑TTG‑CT‑GGTTTGCTCTCTTTTTTT‑A‑CCGGTGttttttcctactttcc > 1:413062/1‑228 (MQ=255) agaTTTCAATCTTTATTCAGGTTGCCCATGTATTGGGGGTATTGCTGACCCTCGTGCTGGTTATATTCACGTCAGTTATCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGTGAAAACCCAGCGGC‑GGAGAT‑GA‑TTAAAAGTGTTTCG‑CTGATCA‑TTG‑CT‑GGTTTGCT‑GCCTTTATT‑A‑ACGGGCTTTTTTACCGAC‑TTCCTc > 2:393352/1‑239 (MQ=255) gaTTTCAATCTTTATTCAGGTTGCCCATGTATTGGGGGTATTGCTGAACCTCGTGCTGGTTATATTCACGTCAGTTATCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGTGAAAACCCAGCGGC‑GGGAAT‑GG‑TTTAAAGGGGTTCG‑CTGGTCA‑TTG‑CG‑GGTTTGCT‑GCTTTTTTT‑T‑CCGGGCTTTTTTTCCCCC‑TTccctg > 2:257103/1‑236 (MQ=255) aaTTTTTTTTTAGGTTGCCCATGTATTGGGGGTATTGCTGACCCTCGTGCTGGTTATATTCACGTCAGTTATCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGTGAAAACCCAGCGGC‑GGAGAT‑GA‑TTAAAAGTGTTTCG‑CTGATCA‑TTG‑CT‑GGTTTGCT‑GCTTTTATT‑A‑CCGGGCTTTTTTACCGAC‑TTCCTC‑GGtcttc < 1:202147/239‑1 (MQ=255) ttATTCAGGTTGCCCATGTATTGGGGGTATTGCTGACCCTCGTGCTGGTTATATTCACGTCAGTTATCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGTGAAAACCCAGCGGC‑GGAGAT‑GA‑TTAAAAGGGTTTCG‑CTGATCA‑TTG‑CT‑TGTTTGCT‑GCTTTTATT‑A‑CCGGGCTTTTTTACCGAC‑TTCCTC‑GGTCTTCTA‑Ctt > 2:811683/1‑239 (MQ=255) tATTCAGGTTGCCCATGTATTGGGGGTATTGCTGACCCTCGTGCTGGTTATATTCACGTCAGTTATCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGCGGAAACCCAGCGGG‑GGAGGG‑GAGTTAAAAGTGTTTTC‑CTTCACT‑ATT‑CG‑GTTTTTGT‑GGTTTTTTT‑A‑ACGGGCTTTTTTTCCGatcctcccgggtttctcttt > 1:825308/1‑220 (MQ=255) gCCCATGTATTGGGGGTATTGCTGACCCTCGTGCTGGTTATATTCACGTCAGTTATCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGTGAAAACCCAGCGGC‑GGGGAT‑GG‑TTTAAAAGGTTTCT‑CCGATTATTTG‑CT‑GGTTTGCT‑GTTTTTTTT‑A‑‑CGGGCTTTTTTTTCCCC‑CTCCTC‑GGGTTTCTA‑CCTTTATTtccgcc > 1:326844/1‑239 (MQ=255) tttATTGGGGGTTTTGCTGACCCCCGGTCTGGTTATATTCACGTCAGTTTGCGGTATGTCCCTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGTGAAAACCCAGCGGC‑GGAGAT‑GA‑TTAAAAGTGTTTCG‑CTGATCA‑TTG‑CT‑GGTTTGCT‑GCTTTTATT‑A‑CCGGGCTTTTTTACCGAC‑TTCCTC‑GGTCTTCTA‑CTTTTATTGCCGCC‑GGTGc < 1:696229/237‑1 (MQ=255) gggggTATTGCTGACCCTCGTGCTGGTTATATTCACGTCAGTTATCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGTTGAAACCCAGCGGC‑GGAGAT‑GG‑TTAAAAAGGTTTCG‑ATGGTCA‑TTG‑CT‑GGTTTGCT‑GCTTTTATT‑T‑CCGGGCTTTTTTTCCGAC‑TTCCCC‑GGGTTTCTA‑CTTTTTTTTCCCCCGGGTGCaaaac > 2:859486/1‑238 (MQ=255) ggggTATTGCTGACCCTCGTGCTGGTTATATTCACGTCAGTTATCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGTGAAAACCCAACGGC‑GGGGAT‑GA‑TTAAAAGGGGTTCG‑CTGATCC‑TTG‑CT‑GGTTTGCT‑GCTTTTATT‑A‑CCGGGCTTTTTTACCGGC‑TTCCTC‑GGTCTTCTA‑CTTTTATTTTCCCC‑GGGTCaaaaaaa > 2:128343/1‑236 (MQ=255) ggTATTGCTGACCCTCGTGCTGGTTATATTCACGTCAGTTATCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGTGAAAACCCAGCGGC‑GGAGAT‑GA‑TTAAAAGGGTTTCG‑CTGATCA‑TTG‑CT‑GGTTTGCT‑GCTTTTATT‑A‑CCGGGCTTTTTTACCGAC‑TTCCTC‑GGGCTTCTA‑CTTTTTTTTCCCCC‑GGGGCCAAAGCa > 2:185141/1‑237 (MQ=255) tATTGCTGACCCTCGTGCTGGTTATATTCACGTCAGTTATCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGTGAAAACCCAGCGGC‑GGAGAT‑GA‑TTAAAAGTGTTTCG‑CTGATCA‑TTG‑CT‑GGTTTTCT‑GCTTTTATT‑T‑ACGGGCTTTTTTACCGAC‑TTCCCT‑GGGCTTCTA‑CTTTTATTGCCGCC‑GGTGCCAAAACATCtt > 2:262414/1‑238 (MQ=255) tATTGCTGACCCTCGTGCTGGTTATATTCACGTCAGTTATCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGGGGAAACCCAGCGGC‑GGGGAA‑GA‑TTAAAAAGTTTTTG‑CCGGCAA‑TTG‑CT‑GGTTTGCT‑GGTTTTATT‑T‑CCGGGCGTTTTTCCCCAC‑TTTCTC‑GGGCTTTTA‑CTTTTTTTGCCGCC‑CGTGCaaaaaaaactg > 1:583286/1‑232 (MQ=255) tttggcgccccttgtttttgTTATTTTCACGTCAGTTATCGGTATGTCACTGGTACGGAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGTGAAAACCCAGCGGC‑GGAGAT‑GA‑TTAAAAGTGTTTCG‑CTGATCA‑TTG‑CT‑GGTTTGCT‑GCTTTTATT‑A‑CCGGGCTTTTTTACCGAC‑TTCCTC‑GGTCTTCTA‑CTTTTATTGCCGCC‑GGTGCAAAAGCATCTGa < 1:185141/220‑1 (MQ=255) aTTGCTGACCCTCGTGCTGGTTATATTCACGTCAGTTATCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTGAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGTGAAAAACCAGCCGC‑GGGGGA‑GA‑TTAAAAATGGTTTG‑CTGGTCA‑TTGTTT‑GGTTGTTT‑GCTTTTTTT‑A‑CCGGGCTTTTTT‑CCGAC‑TTTCCC‑GGTCTTTTACCTTTTTTTCCCCCC‑GGTGCaaaaaaactt > 1:345390/1‑232 (MQ=255) tGCTGACCCTCGTGCTGGTTATATTCACGTCAGTTATCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGTGAAAACCCCGCGGG‑GGGGGTGGA‑TTAAAAG‑GGTTCG‑CTGGACC‑ATG‑CG‑AGGTTTTT‑GCCTTTTTT‑A‑ACGGGCTTTTTTTACGCCTTTCCCC‑GGTTTTTTT‑CTTTTTTTCCCCCC‑GGGGAAAAAACCTCTCAc > 1:665436/1‑239 (MQ=255) tGCTGACCCTCGTGCTGGTTATATTCACGTCAGTTATCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGTGAAAACCCAGCGGC‑GGAGAT‑GA‑TTAAAAGTGTTTCG‑CTGGTCA‑TTG‑CT‑GGTTTGCT‑GCTTTTATT‑A‑CCGGGCTTTTTTACCCAC‑TTCCTC‑GGTCTTCTA‑CTTTTATTTCCGCC‑CGTGCAAAAGCATCttgca > 2:364658/1‑235 (MQ=255) tGCTGACCCTCGTGCTGGTTATATTCACGTCAGTTATCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGTGAAAACCCAGCGGC‑GGAGAT‑GA‑TTAAAAGTGTTTCG‑CTGATCA‑TTG‑CT‑GGTTTGCT‑GCTTTTATT‑A‑CCGGGCTTTTTTACCGAC‑TTCCTC‑GGTCTTCTA‑CTTTTATTGCCGCC‑GGTGCAAAAGCATCTGa < 2:700114/237‑1 (MQ=255) cttccccTCTTGCTGTTTATTTTTACTTCAGTTATGGGGATGTCACGGGTACGAAACCAGGGTTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGTGAAAACCCAGCGGC‑GGAGAT‑GA‑TTAAAAGTGTTTCG‑CTGATCA‑TTG‑CT‑GGTTTGCT‑GCTTTTATT‑A‑CCGGGCTTTTTTACCGAC‑TTCCTC‑GGTCTTCTA‑CTTTTATTGCCGCC‑GGTGCAAAAGCATCTGACAGt < 1:849258/235‑1 (MQ=255) gACCCTCGTGCTGGTTATATTCACGTCAGTTATCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCCGCGGGTGAAAACCCAACGGCGGGAAAT‑CA‑‑TAAAAGGGGTTCG‑CTGCACA‑TAT‑CC‑GGGTTTCT‑ACGTTTATT‑ATCAGGGTATTTTTACGTCC‑TTACTC‑‑GTCTTCTA‑CATTTTTTTGCGCC‑AGTGCTAAAGCATcacaacgaga > 1:266155/1‑230 (MQ=255) aCCCTCGTGCTGGTTATATTCACGTCAGTTATCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGGGAAAACCCAGCGGC‑GGAGAT‑GA‑TTAAAAAGGGTTTG‑CTGATCA‑TTT‑CT‑GGGTTGCT‑GCCTTTTTT‑A‑CCGGGCTTTTTTTCCGAC‑TTCCCC‑GGTGTTTTA‑CTTTTTTTTCCGCC‑CGGGCCAAAGCAACTTACAGTG‑aa > 2:215177/1‑239 (MQ=255) cGTGCTGGTTATATTCACGTCAGTTATCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGGGAAAACCCAGCGGC‑GGGGTT‑GA‑TTTAAAAAGTTTTG‑CTGAGAT‑ATT‑CT‑GGGTTGGT‑GCTTTTTTT‑A‑TCCGGGTTTTTTTCCACC‑ATTCTCGGGTTTTCTC‑TTTTTTTTGCCCCC‑GGGGAAAAAACATCttaaaggaagtgtg > 1:489241/1‑226 (MQ=255) cGTGCTGGTTATATTCACGTCAGTTATCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGCGGAAACCCACCGGC‑GGGGAT‑GA‑ATAAAAAGGTTTTGCCTGAT‑A‑TTG‑CC‑GGGTTTTT‑GCTTTTTTTAA‑CAGGGTTTTTTTCCCGA‑‑TTCCCC‑GGCCTTCTA‑CTTTTTTTGCCCCC‑CGGGGCCAAGCATCtctaccttgaatt > 1:700114/1‑225 (MQ=255) tcTGGTTTTTTTTCCGTCAGTTTTCGGTATGTCCCTGGTACGGAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGGGCTGATGCAGCAAAAAATGGGGGCGGGTGAAAACCCAGCGGC‑GGAGAT‑GA‑TTAAAAGTGTTTCG‑CTGATCA‑TTG‑CT‑GGTTTGCT‑GCTTTTATT‑A‑CCGGGCTTTTTTACCGAC‑TTCCTC‑GGTCTTCTA‑CTTTTATTGCCGCC‑GGTGCAAAAGCATCTGACAGTG‑AAGTTGATGc < 1:215177/238‑1 (MQ=255) gttgtttATATTCATGTTATTTTTCGGTTTGTCACTGGTACGGAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGTGAAAACCCAGCGGC‑GGAGAT‑GA‑TTAAAAGTGTTTCG‑CTGATCA‑TTG‑CT‑GGTTTGCT‑GCTTTTATT‑A‑CCGGGCTTTTTTACCGAC‑TTCCTC‑GGTCTTCTA‑CTTTTATTGCCGCC‑GGTGCAAAAGCATCTGACAGTG‑AAGTTGATGc < 1:257103/234‑1 (MQ=255) gcgggTTATATTCACGTCAGTTAACGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGTGAAAACCCAGCGGC‑GGAGAT‑GA‑TTAAAAGTGTTTCG‑CTGAt < 2:334486/132‑1 (MQ=255) tataTTCACGTCAGTTATCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGTGAAAACCCAGCGGC‑GGAGAT‑GA‑TTAAAAGTGTTTCG‑CTGATCA‑TTG‑CT‑GGTTTGCT‑GCTTTTATT‑A‑CCGGGCTTTTTTACCGAC‑TTCCTC‑GGTCTTCTA‑CTTTTATTGCCGCC‑GGTGCAAAAGCATCTGACAGTG‑AAGTTGATGCCGCAt < 2:489241/238‑1 (MQ=255) cGTCAGTTATCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGTGAAAACCCAGCGGC‑GGAGAT‑GA‑TTAAAAGGGTTTCG‑CTGATCA‑TTG‑CT‑GGTTTGCT‑GCTTTTATT‑A‑CCGGGCTTTTTTACCGGC‑TTCCTC‑GGGCTTCTA‑CTTTTATTGCCGCC‑GGTGCCAAAGCATCTGACAGTG‑AAGTTGATGCCGCATTTGCGCttt > 2:252272/1‑239 (MQ=255) cGTCAGTTATCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGGGAAAACCCAGCGGC‑GGAGAT‑GA‑TTTAAAGTGTTTCG‑CTGGTCC‑TTG‑CT‑GGTTTTCG‑GCTTTTTTT‑A‑CCGGGGTTTTTTTCCGCC‑TTCCTC‑GGTCTTTTT‑CTTTTTTTTCCCCC‑CGGGCAAAAACATCTTACAGGG‑AAGTTGGTTCCGCATTTTCGGttt > 1:708149/1‑239 (MQ=255) gTCAGTTATCGGTATGTTAGTGGTTCGTAACCAGGGCTTTAAGACTTTCGTGCGTATTCAGAAAAAAATGGCGGCGGGTGAAAACCCAGCGGC‑GGAGAT‑GA‑TTAAAAGTGTTTCG‑CTGATCA‑TTG‑CT‑GGTTTGCT‑GCTTTTATT‑A‑CCGGGCTTTTTTACCGAC‑TTCCTC‑GGTCTTCTA‑CTTTTATTGCCGCC‑GGTGCAAAAGCATCTGACAGTG‑AAGTTGATGCCGCATTTGCGCtttt < 1:96926/239‑1 (MQ=255) aGTTATCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGTGAAAACCCAGCGGC‑GGAGAT‑GA‑TTAAAAGTGTTTCG‑CTGATCA‑TTG‑CT‑GGGTTGCT‑GCTTTTATT‑A‑CCGGGCTTTTTTACCGAC‑TTCCTC‑GGTCTTCTA‑CTTTTATTTCCGCC‑CGTGCCAAAGCATCTGCACGTG‑AAGTTGTTTTCGCAATTGCGGTTTtct > 2:447297/1‑238 (MQ=255) ttATCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGGGAAAACCCAGCGGC‑GGAGAG‑GA‑TTAAAAGTGTTTCG‑CTGATCA‑TTG‑CT‑GGGTTGCT‑GCTTTTTTT‑A‑CCGGGCTTTTTTACCGAC‑TTCCTC‑GGTCTTTTA‑CTTTTATTGCCGCC‑GGTGCAAAAGCATCTGACCGGG‑AAGTTGTTGCCCCATTTGCGCTTTtttccc > 2:328609/1‑237 (MQ=255) tATCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGTGAAAACCCAGCGGC‑GGAGAT‑GA‑TTAAAAGTGTTTCG‑CTGATCA‑TTG‑CT‑GGTTTGCT‑GCTTTTATT‑A‑CCGGGCTTTTTTACCGAC‑TTCCTC‑GGTCTTCTA‑CTTTTATTGCCGCC‑GGTGCAAAAGCATCTGACAGTG‑AAGTTGATGCCGCATTTGCGCTTTTCTCGCa < 2:708149/239‑1 (MQ=255) aTCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGTGAAAACCCAGCGGC‑GGGGAT‑GA‑TTAAAAGTGTTTCG‑CTGATCA‑TTG‑CT‑GGTTTGCT‑GCTTTTATT‑A‑CCGGGCTTTTTTACCGAC‑TTCCTC‑GGTCTTCTA‑CTTTTTTTTCCCCC‑GGTGCAAAAGCACCTTACCGTG‑GAGTTGATTCCGCCTTTTGGCtttttctgcc > 2:96926/1‑232 (MQ=255) gTCACTGGAACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGGGAAAAACCAGCGGC‑GGAGAT‑GC‑TTTAAAAAGTTTTG‑CCGAACC‑TTG‑CTCGGTTGCCT‑GC‑TTTCTT‑A‑CCGGGCTTTTTTTCCCCG‑TTTCCC‑GGCTTTTTA‑CTTTTTTTGCACCC‑CGTGCAAAAACAATTGCGAGTGTAGGTTCATGCCGAATTGGCGCTTTTTCCGCAGGCCgggg > 1:505322/1‑238 (MQ=255) gTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGTGAAAACCCAGCGGC‑GGGGAT‑GG‑TTAAAAGGGTGTCG‑CTGGTCC‑TTT‑GT‑GGTTTGAT‑GCTTTTTTT‑T‑CCTGGCCTTTTTTACGCG‑TTTCTC‑GGTCTTCTA‑CATTTTTTTCCGCC‑GATGCAAAACCATCTGACGGTG‑ACATTCTTACCGCATATGCGCGTTTTTCGCacaccgcggggagggga > 1:370880/1‑223 (MQ=255) tgcGTAACCAGGGCTTTACACTTTTGGTGGTGATGCACCAAAAAATGGGGGCGGGTTAAAACCCAGCGGC‑GGAGAT‑GA‑TTAAAAGTGTTTCG‑CTGATCA‑TTG‑CC‑TGTATGAC‑GGTGTTATT‑C‑CCGGGCTTTTTTACCGAC‑TTCCTC‑GGTCTGCTA‑CTGTTATTGCCGCC‑GGTGCAAAATCATCTGACAGTG‑AAGTTGATGCCGCATTTGCGCGTTTCTCGCATGCCTGGCGGCGGtttt < 1:500616/237‑1 (MQ=255) cGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGTGAAAACCCAGCGGC‑GGAGAT‑GA‑TTAAAAGGGTTTCG‑CTGGTCA‑TTG‑CT‑GGTTTGCC‑GCTTTTATT‑A‑CCGGGCTTTTTTACCGCC‑TTCCTC‑GGTCTTCTA‑CTTTTATTTCCGCC‑GGTGCAAAAGCATCTGACAGGG‑AAGTTGCTTCCGCATTTTCGCTTTTTTCGCATGCCTGGCGGCGGGTTTat > 2:782451/1‑238 (MQ=255) aCCAGGGCTTTAAGAATTTGGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGTGAAAACCCAGCGGC‑GGAGAT‑GA‑TTAAAAGTGTTTCG‑CTGATCA‑TTG‑CT‑GGTTTGCT‑GCTTTTATT‑A‑CCGGGCTTTTTTACCGAC‑TTCCTC‑GGTCTTCTA‑CTTTTATTGCCGCC‑GGTGCAAAAGCATCAGACAGTG‑AAGTTGATGCCGCATTTGCGCTTTTCTCGCATGCCTGGCGGCGGTTTTAGCGcc < 2:262126/239‑1 (MQ=255) gggCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGTGAAAACCCAGCGGC‑GGGGCT‑GG‑TTAAAAAGGGTTTG‑CTGATCA‑TTG‑CT‑GGTTTTCT‑GCTTTTTTT‑T‑CCCGGCCTTTTTTACGCC‑TTCCTC‑GGTCTTCTA‑CTTTTTTTTCCGCC‑CGTTGAAAAGCATCTGACAGGG‑GAGTTGTTGCCGCATTTGCGCTTTTCTCGCATGCCCGGGGGCGGGTTTTGAGCCgcg > 1:176333/1‑236 (MQ=255) tAAGAATTTCGTGGTGATGCAGCAAAAAATGGCTGCGGGTGAAACCCCATCGGC‑GGAGAT‑TA‑TTAAAAGTGTTTCG‑CTGATCA‑TTG‑CT‑GGTTTGCT‑GCTTTTATT‑G‑CCGGGCTTTTTTACCGAC‑TTCCTC‑GGTCTTCTA‑CTTTTATTGCCGCC‑GGTGCAAAAGCATCTGACAGTG‑AAGTTGATGCCGCATTTGCGCTTTTCTCGCATGCCTGGCGGCGGTTTTAGCGCCGGGACCGGTg < 2:825308/239‑1 (MQ=255) tCGTGCTTGTGCAGCAAAAAAGGGCGGCGGGTTAAACCCCGGGGGC‑GGAGAT‑GA‑TTAAAAGTGTTTCG‑CTGATCA‑TGT‑CT‑GGTTTGCT‑GCTTTTATT‑A‑CCGGGCTTTTTTACCGAC‑TTCCTC‑GGTCTTCTA‑CTTTTATTGCCGCC‑GGTGCAAAAGCATCTGACAGTG‑AAGTTGATGCCGCATTTGCGCTTTTCTCGCATGCCTGGCGGCGGTTTTAGCGCCGGGACCGGTGGCGGTAAt < 1:852915/239‑1 (MQ=255) tCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGTGAAAACCCAGCGGC‑GGAGAT‑GA‑TTAAAAGTGTTTCG‑CTGATCA‑TTG‑CT‑GGTTTGCT‑GCTTTTATT‑A‑CCGGGCTTTTTTACCGAC‑TTCCTC‑GGTCTTCTA‑CTTTTATTGCCGCC‑GGTGCAAAAGCATCTGACAGTG‑AAGTTGATGCCGCATTTGCGCTTTTCTCGCATGCCTGGCGGCGGTTTTAGCGCCGGGACCGGTGGCGGTAAt < 2:527117/239‑1 (MQ=255) tCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGTGAAAACCCAGCGGC‑GGAGAT‑GA‑TTAAAAGTGTTTCG‑CTGATCA‑TTG‑CT‑GGTTTGCT‑GCTTTTATT‑A‑CCGGGCTTTTTTACCGAC‑TTCCTC‑GGTCTTCTA‑CTTTTATTGCCGCC‑GGTGCAAAAGCATCTGACAGTG‑AAGTTGATGCCGCATTTGCGCTTTTCTCGCATGCCTGGCGGCGGTTTTAGCGCCGGGACCGGTGGCGGTAAt < 2:277314/239‑1 (MQ=255) aaaTGGCGGCGGGTGAAAACCCAGCGGC‑GGAGAT‑GA‑TTAAAAGTGTTTCG‑CTGATCA‑TTG‑CT‑GGTTTGCT‑GCTTTTATT‑A‑CCGGGCTTTTTTACCGAC‑TTCCTC‑GGTCTTCTA‑CTTTTATTGCCGCC‑GGTGCAAAAGCATCTGACAGTG‑AAGTTGATGCCGCATTTGCGCTTTTCTCGCATGCCTGGCGGCGGTTTTAGCGCCGGGACCGGTGGCGGTAATACTTTTGATGGTGAGTAc < 2:326844/239‑1 (MQ=255) ggggtggTGAAACCCCAGGGGC‑GGAGGT‑GA‑TTAAAAGTGTTTCG‑CTGGTCA‑TTG‑CT‑GGTTTGGT‑GCTTTTATT‑A‑CCGGGTTTTTTTACCGAC‑TTCCTC‑GGTCTTCTA‑CTTTTATTGCCGCC‑GGTGCAAAAGCATCTGACAGTG‑AAGTTGATGCCGCATTTGCTCTTTTCTCGCATGCCTGGCGGCGGTTTTAGCGCCGGGACCGGTGGCGGTAATACTTTTGATGGTGAGTACCAGCg < 2:266155/233‑1 (MQ=255) cggcggGTGAAAACCCAGCGGG‑GGAGAT‑GA‑TTAAAAGTTTTTCC‑GTGATCA‑TTG‑CT‑GGTTTGCT‑GCTTTTATT‑A‑CCGGGCTTTTTTACCGAC‑TTCCCC‑GGTCTTCTA‑CTTTTATTGCCGCC‑GGTGCAAAAGCATCTGACAGTG‑AAGTTGATGCCGCATTTGCGCTTTTCTCGCATGCCTGGCGGCGGTTTTAGCGCCGGGACCGGTGGCGGTAATACTTTTGATGGTGAGTACCAGCg < 1:811683/238‑1 (MQ=255) ggggggGAAAACCCAGCGGG‑GGTGAT‑TA‑TTAAAGGGGTTTCC‑GGGATCT‑TTG‑CT‑GTTTTTCT‑GCTTTTATT‑A‑CCGGGTTTTTTTCCCGAG‑TTCCTC‑GTTCTTCTA‑CTTTTATTGCCGCC‑GGTGCAAAAGCATCTGACAGTG‑AAGTTGATGCCGCATTTGCGCTTTTCTCGCATGCCTGGCGGCGGTTTTAGCGCCGGGACCGGTGGCGGTAATACTTTTGATGGTGAGTACCAGCGaa < 1:447297/236‑1 (MQ=255) taacacccggtggttggttt‑ga‑tTAAAAGTTTTTTG‑CTGATCT‑TTG‑CT‑GTGTTGCC‑TTTTTTATT‑A‑CCGGGCTTTTTTACCGAC‑TTCCTC‑GGTCTTCTA‑CTTTTATTGCCGCC‑GGTGCAAAAGCATCTGACAGTG‑AAGTTGATGCCGCATTTGCGCTTTTCTCGCATGCCTGGCGGCGGTTTTAGCGCCGGGACCGGTGGCGGTAATACTTTTGATGGTGAGTACCAGCGAAAGgatg < 1:93639/219‑1 (MQ=255) aaaaCCCAGCGGC‑GGAGAT‑GA‑TTAAAAGTGTTTCG‑CTGATCA‑TTG‑CT‑GGTTTGCT‑GCTTTTATT‑A‑CCGGGCTTTTTTACCGAC‑TTCCTC‑GGTCTTCTA‑CTTTTATTGCCGCC‑GGTGCAAAAGCATCTGACAGTG‑AAGTTGATGCCGCATTTGCGCTTTTCTCGCATGCCTGGCGGCGGTTTTAGCGCCGGGACCGGTGGCGGTAATACTTTTGATGGGTGGTACCACCGAAAggggtat > 2:45348/1‑234 (MQ=255) aaaaCCCAGCGAG‑GGAGAT‑GA‑TTAAAAGTGTTTCG‑CTGATCA‑TTG‑CT‑GGTTTGCT‑GCTTTTATT‑A‑CCGGGCTTTTTTACCGAC‑TTCCTC‑GGTCTTCTA‑CTTTTATTGCCGCC‑GGTGCAAAAGCATCTGACAGTG‑AAGTTGATGCCGCATTTGCGCTTTTCTCGCATGCCTGGCGGCGGTTTTAGCGCCGGGACCGGTGGCGGTAATACTTTTGATGGTGAGTACCAGCGAAAGgatga < 2:505322/238‑1 (MQ=255) gaaacccccggggtgggtttttttAAATGTTTTTTG‑CTTTTCA‑TTG‑CT‑GGTTTGCT‑GCTTTTATT‑T‑CCGGGCTTTTTTACCGAC‑TTCCTC‑GGTCTTCTA‑CTTTTATGGCCGCC‑GGTGCAAAAGCATCTGACAGTG‑AAGTTGATGCCGCATTTGCGCTTTTCTCGCATGCCTGGCGGCGGTTTTAGCGCCGGGACCGGTGGCGGTAATACTTTTGATGGTGAGTACCAGCGAAAGgatg < 1:262414/216‑1 (MQ=255) cAGCGGC‑GGAGAT‑GA‑TTAAAAGTGTTTCG‑CTGATCA‑TTG‑CT‑GGTTTGCT‑GCTTTTATT‑A‑CCGGGCTTTTTTACCGAC‑TTCCTC‑GGTCTTCTA‑CTTTTATTGCCGCC‑GGTGCAAAAGCATCTGACAGTG‑AAGTTGATGCCGCATTTGCGCTTTTCTCGCATGCCTGGCGGCGGTTTTAGCGCCGGGGCCGGTGGCGGGAATACTTTTGATGGTGGGGACCAGCGAAAggaggagtggcgc > 2:811843/1‑232 (MQ=255) ggggc‑ggAAAT‑GG‑TAAAAAGTGTTTCG‑CTGATCA‑TTG‑CT‑GGTTTGCT‑GCTTTTATT‑A‑CCGGGTTTTTTTACCGAC‑TTCCTC‑GGTCTTCTA‑CTTTTATTGCCGCC‑GGTGCAAAAGCATCTGACAGTG‑AAGTTGATGCCGCATTTGCGCTTTTCTCGCATGCCTGGCGGCGGTTTTAGCGCCGGGACCGGTGGCGGTAATACTTTTGATGGTGAGTACCAGCGAAAGGATGATGAGCGCGa < 2:665436/237‑1 (MQ=255) ggt‑ga‑tTAAAAGTTTTACG‑CAGATAT‑TTG‑CT‑GGTTTGCT‑GCTTTTATT‑G‑CCGGGCTTTTTTACCGAC‑TGCCTC‑GGTCTTCTA‑CTTTTATTGCCGCC‑GGTGCAAAAGCATCTGACAGGG‑AAGTTGATGCCGCATTTGCGCTTTTCTCGCATGCCTGGCGGCGGTTTTAGCGCCGGGACCGGTGGCGGTAATACTTTTGATGGTGAGTACCAGCGAAAGGATGATGAGCGCGACCGCCtt < 2:312176/236‑1 (MQ=255) at‑ga‑tTAAAAGTGTTTCG‑CTGATCA‑TTG‑CT‑GGTTTGCT‑GCTTTTATT‑A‑CCGGGCTTTTTTACCGAC‑TTCCTC‑GGTCTTCTA‑CTTTTATTGCCGCC‑GGTGCAAAAGCATCTGACAGTG‑AAGTTGATGCCGCATTTGCGCTTTTCTCGCATGCCTGGCGGCGGTTTTAGCGCCGGGACCGGTGGCGGTAATACTTTTGATGGTGAGTACCAGCGAAAGGATGATGAGCGCGACCGCCTTg < 2:851937/238‑1 (MQ=255) tAAAAGTGTTTCG‑CTGATCA‑TTG‑CT‑GGTTTGCT‑GCTTTTATT‑A‑CCGGGCTTTTTTACCGAC‑TTCCTC‑GGTCTTCTA‑CTTTTATTGCCGCC‑GGTGCAAAAGCATCTGCAAGGG‑AAGTTGATGCCGCATTTGCGCTTTTCTCGCATGCCTGGCGGCGGGTTTAGCGCCGGGGCCGGGGGGGGCAATACTTTTTATTGCGGGGAACAGCGACAGGGAGATGGGCGAGAGCGCCtcggaccaa > 1:312176/1‑231 (MQ=255) tttCG‑CTGATCA‑TTG‑CT‑GGTTTGCT‑GCTTTTATT‑A‑CCGGGCTTTTTTACCGAC‑TTCCTC‑GGTCTTCTA‑CTTTTATTGCCGCC‑GGTGCAAAAGCATCTGACAGTG‑AAGTTGATGCCGCATTTGCGCTTTTCTCGCATGCCTGGCGGCGGTTTTAGCGCCGGGACCGGTGGCGGTAATACTTTTGATGGTGAGTACCAGCGAAAGGATGATGATCCCGACCGCCTTGATCTTAAAGACGa > 2:256678/1‑238 (MQ=255) tttCG‑CTGATCA‑TTG‑CT‑GGTTTGCT‑GCTTTTATT‑A‑CCGGGCTTTTTTACCGAC‑TTCCTC‑GGTCTTCTA‑CTTTTATTGCCGCC‑GGTGCAAAAGCATCTGACAGTG‑AAGTTGATGCCGCATTTGCGCTTTTCTCGCATGCCTGGCGGCGGTTTTAGCGCCGGGACCGGTGGCGGGAATACTTTTGATGGTGAGTACCAGCGAAAGGATGATGAGCGCGACCGCCTTGATCATAAAGACgc > 2:555116/1‑237 (MQ=255) cG‑CTGATCA‑TTG‑CT‑GGTTTGCT‑GCTTTTATT‑A‑CCGGGCTTTTTTACCGAC‑TTCCTC‑GGTCTTCTA‑CTTTTATTGCCGCC‑GGTGCAAAAGCATCTGACAGTG‑AAGTTGATGCCGCATTTGCGCTTTTCTCGCATGCCTGGCGGCGGTTTTAGCGCCGGGACCGGTGGCGGTAATACTTTTGATTGTGAGTACCCGCGGAAGGATGATGAGCGCGACCGCCTTGATCCTAAAGACGACCg > 2:833240/1‑238 (MQ=255) | CTTTGCGCTGGTTACCTTTTATTGCCATTTTCCTTTATGTCTATATTGAGATTTCAATCTTTATTCAGGTTGCCCATGTATTGGGGGTATTGCTGACCCTCGTGCTGGTTATATTCACGTCAGTTATCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGTGAAAACCCAGCGGC‑GGAGAT‑GA‑TTAAAAGTGTTTCG‑CTGATCA‑TTG‑CT‑GGTTTGCT‑GCTTTTATT‑A‑CCGGGCTTTTTTACCGAC‑TTCCTC‑GGTCTTCTA‑CTTTTATTGCCGCC‑GGTGCAAAAGCATCTGACAGTG‑AAGTTGATGCCGCATTTGCGCTTTTCTCGCATGCCTGGCGGCGGTTTTAGCGCCGGGACCGGTGGCGGTAATACTTTTGATGGTGAGTACCAGCGAAAGGATGATGAGCGCGACCGCCTTGATCATAAAGACGATCG > NC_000913/4368663‑4369131 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |