| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,446,970 | T→G | 18.8% | V953G (GTG→GGG) | tamB → | translocation and assembly module for autotransporter export, inner membrane subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,446,970 | 0 | T | G | 18.8% | 128.5 / 3.7 | 78 | V953G (GTG→GGG) | tamB | translocation and assembly module for autotransporter export, inner membrane subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (26/34); new base G (11/7); total (37/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.82e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTGATGTGCAAAGCCCGCAGTTGTTTGGTCAGCTTCAGGTTACGGGTGTGGATATCGATGGCAACTTTATGCCGTTTGATATGCAACCGAGCCAGCTTGCGGTCAACTTTAACGGTATGCGCTCGACGCTTGCCGGTACAGTACGGACCCAGCAGGGTGAAATCTACCTGAACGGTGATGCCGACTGGAGCCAAATTGAAAACTGGCGGGCGCGGGTAACGGCGAAAGGCAGTAAAGTGCGGATCACCGTGCCGCCGATGGTACGAA‑TGGATGTATCGCCAGAT‑GTTGTA‑TTCGAGGCTACACCAAACCTGTTTACCCTCGATGGTCGC‑GT‑GGATGTCCCTTGGGCGCGCATC‑GTGGTGCACGATCTGCCGGAAAGCGCAGTAGGCGTCTCCAGCGATGTGGTGATGCTTAACGATAACCTGCAACCGGAAGAGCCGAAAACGGCGTCGATTCCGATTAACAGTAACCTGATTGTC > NC_000913/4446733‑4447208 | gggttgtgAAAAGCCCGGTTTTGTTTGGGCAGTTTCCGGGTAGGGGTGGGGATATGGATGGCAACGTTATGCCGTTTGATATGACACCGAGCCAGCTTGCGGTAAACGTTAACGGTATGCGCTCGACGCTTGCCGGTACAGTACGGACCCAGCAGGGTGAAATCTACCTGAACGGTGATGCCGACTGGAGCCAAATTGAAAACTGGCGGGCGCGGGTAACGGCGAAAGGCAGTAAAGTg < 1:78651/235‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |