| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 422,231 | A→T | 18.8% | I416F (ATC→TTC) | proY → | proline‑specific permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 422,231 | 0 | A | T | 18.8% | 118.1 / 3.2 | 58 | I416F (ATC→TTC) | proY | proline‑specific permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (9/36); new base T (8/4); total (17/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.50e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GATGACTACCGCGCTGCTGTTTGCGGTGTATCTGAACTACATCATGCCGGAAAACGTCTTCCT‑GGTGATCGCTTCGCTGGCAACCTTCGCCACGGTGTGGGTGTGGATTATGATCCTGCTGT‑CGCAAATTGCCTTCCGTCGCCGTTTGCCGCCAGAAGAAGTTAAGGCGCTGAAATTTAAAGTGCCGGGTGGGGTAGCAACGACCATCGGCGGGCTGATTTTCCTGCTCTTTATTATCGGGTTGATTGGTTATCACCCGGATACGCGTATCTCGCTGTATGTCGGTTTCGCGTGGATTGTTGTGCTGTTGATTGGCTGGATGTTTAAACGCCGCCACGATCGTCAGCTGGCTGAAAACCAGTAATCCTTGCGTTCTGTAAGCCGG‑TTCAGGAGGAAATCCTGATCCGGCTA‑TTCCGAAAGTTATCCGCCCCCGTCCTCCTCCCCCAAATATCCTTCAGATGATGAGTGATC > NC_000913/421996‑422466 | gttgaCCACCGCGTGTCTGTTCGGGGTGTATCTTAACCACATCATGCCGGAAAACTTCTTCCG‑GGTGATCGCTTCGCTGGCAACCTTCGCCACGGTGTGGGTGTGGATTATGATCCTGCTGT‑CGCAAATTGCCTTCCGTCGCCGTTTGCCGCCAGAAGAAGTTAAGGCGCTGAAATTTAAAGTGCCGGGTGGGGTAGCAACGACCATCGGCGGGCTGATTTTCCTGCTCTTTATTATc < 2:457881/236‑1 (MQ=255) 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GATGACTACCGCGCTGCTGTTTGCGGTGTATCTGAACTACATCATGCCGGAAAACGTCTTCCT‑GGTGATCGCTTCGCTGGCAACCTTCGCCACGGTGTGGGTGTGGATTATGATCCTGCTGT‑CGCAAATTGCCTTCCGTCGCCGTTTGCCGCCAGAAGAAGTTAAGGCGCTGAAATTTAAAGTGCCGGGTGGGGTAGCAACGACCATCGGCGGGCTGATTTTCCTGCTCTTTATTATCGGGTTGATTGGTTATCACCCGGATACGCGTATCTCGCTGTATGTCGGTTTCGCGTGGATTGTTGTGCTGTTGATTGGCTGGATGTTTAAACGCCGCCACGATCGTCAGCTGGCTGAAAACCAGTAATCCTTGCGTTCTGTAAGCCGG‑TTCAGGAGGAAATCCTGATCCGGCTA‑TTCCGAAAGTTATCCGCCCCCGTCCTCCTCCCCCAAATATCCTTCAGATGATGAGTGATC > NC_000913/421996‑422466 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |