| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 735,298 | G→A | 13.0% | pseudogene (1166/1521 nt) | rhsO → | pseudogene, Rhs family |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 735,298 | 0 | G | A | 13.0% | 225.8 / 5.3 | 93 | pseudogene (1166/1521 nt) | rhsO | pseudogene, Rhs family |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (32/47); new base A (10/3); total (42/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.80e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
TTACAACCGCCACCGCTA‑TTATGACCCGCTGCAGGGGAGGTATATCACTCAGGATCCGA‑TTGGGCTGAAGGGGGGATGGAATTTTTATCAGTATCCGCTGAATCCGGTTCAGTATATAG‑ATTCAATGGGACTGGCATCAAAATATGGACACTTAAATAATGGCGGATATGGAGCGAGACCCAACAAACCGCCTACGCCCGATCCAAGTAAATTGCCGGACATAGCG‑AAACAATTAAGACTGCCATATCCTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATG‑TTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTA‑C‑ACACTGTATTGCAG‑GAAGTGGGTAAAACC‑AAATCTGACTTGTACG‑CCACAGGATGATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGAT > NC_000913/735062‑735522 | ttcaaaCCCCCCCCGCTATTTAGGACCCGTTGAGGGGGCGGTATATACCTCAGAAGCGGA‑TTGGGCTGAAGGGGGGATGGAATTTTTACCAGTATCCGCTAAATCCGGTTCAGTATATAG‑ATTCAATGGGACTGGCATCAAAATATGGACCCTTAAATAATGCCGGATATGGAGCGAGACCCAACAAACCGCCTACGCCCGATCCAAGTAAATTGCCGGACATAGCG‑AAACAATTAAGa < 1:693694/235‑1 (MQ=37) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |