| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,579,748 | T→A | 13.0% | Y348F (TAT→TTT) | ydeM ← | putative YdeN‑specific sulfatase‑maturating enzyme |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,579,748 | 0 | T | A | 13.0% | 270.8 / 5.3 | 91 | Y348F (TAT→TTT) | ydeM | putative YdeN‑specific sulfatase‑maturating enzyme |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (54/23); new base A (4/9); total (58/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.05e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CGTAAGCCAGGATTTTCGCAAGGGAAGATGATGATGACGAAACACCCGACAGGAATTTATGTCGGGTGCCTTGTTAAGGTCATAAGAAGGAGGCTAAGAATGGAGTTAAAAGAGAGCGTTAT‑TAATTATTCTCCATTTGTTTTGCAACATCCATAATGTGGTAAAGCGGTACTCTG‑TTCTTAGCTAACTCT‑ACCATGGCGTTCATATAAGGTACCAT‑GGTTGAAAAAAGGATTTTATAA‑CCT‑TCGCAAAAATAAGAAACAGTCTCATTGTTTACTTTAGTAATACGATGCTTAGGACAACCGCCATTGCAGATAGGTTTATATGCACATTGCTGACATTTCGCTGGAATCCGTTTTTTTTGCGCTGTCAGTTGTACACTGTTCATCGTTTTGAGTTCAGATTTATTAATGTTTCCAATTTTGTACTGTGGATAGACAAAATGGTCGCATTCGT > NC_000913/1579512‑1579964 | cGTAAGCCAGGATTTTCGCAAGGGAAGATGATGATGACGAAACACCCGACAGGAATTTATGTCGGGTGCCTTGTTAAGGTCATAAGAAGGAGGCTAAGAATGGAGTTAAAAGAGAGCGTTAT‑TAATTATTCTCCATTTGTTTTGCAACATCCATAATGTGGTAAAGCGGTACTCTG‑TTCTTAGCTAACTCT‑ACCATGGCGTTCATTTAAGGTACCAT‑GGTTGAAAAAAGGATTTttta > 2:765792/1‑238 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |