| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,169,668 | A→C | 14.5% | intergenic (+57/+25) | yegS → / ← gatR | phosphatidylglycerol kinase, metal‑dependent/pseudogene, repressor for gat operon, interrupted by IS3, split galactitol utilization operon repressor, fragment 2, split galactitol utilization operon repressor, interrupted |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,169,668 | 0 | A | C | 14.5% | 136.6 / 2.3 | 59 | intergenic (+57/+25) | yegS/gatR | phosphatidylglycerol kinase, metal‑dependent/pseudogene, repressor for gat operon, interrupted by IS3, split galactitol utilization operon repressor, fragment 2, split galactitol utilization operon repressor, interrupted |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (24/24); new base C (2/9); total (26/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.11e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AACCCGAATATTATCGAAGGCGCTTCGTCGTGGTTTGATATTCAGGCACCACACGACATCACCTTTAATCTTGATGGCGAACCGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATATTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTCGATGAATCGAGAACGGCAATCACTTTATTAGCGGCTGTGACCATCGCACCGCTAATAGAATAACCTTCATTAAAGGT > NC_000913/2169444‑2169902 | aaCCCGAATTTTATCGAAGGGGTTTCGTCGTGGTTGGATATTCAGGCACCACAGGACATGACCTTTAATCTTGATGGCGAACCGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATAGTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATa < 1:226117/239‑1 (MQ=255) ccGAATATTATCGAAGGCGCTTCGTCGTGGTTTGATATTCAGGCACCACACGACATCACCTTTAATCTTGATGGCGAACCGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATATTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAg < 2:31867/239‑1 (MQ=255) ccGAATAATATCGAAGGCGCTTCGTCGTGGTTTGATATTCAGGCACCACACGACATCACCTTTAATCTTGATGGCGAACCGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATATTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAg < 2:672450/239‑1 (MQ=255) ccGAAATTTTTCGAAGGCGCTTGTGTGTGGTTTGATATTCAGGCACCACACGACATCACCTTTAATCTTGATGGCGAACCGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATATTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAg < 1:258880/239‑1 (MQ=255) ggattttctccaaGGCCTTTTGTCGTTGTTTTATTTTCAGGCACCACACGGCCTCACCTTTAATCTTGATGGCGAACCGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATATTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGaa < 1:274741/228‑1 (MQ=255) gAATATTATCGAAGTCGCTTCGTCGTGGTTTGATATTCAGGCACCACACGACATCACCTTTAATCTTGATGGCGAACCGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATATTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGaa < 2:103504/239‑1 (MQ=255) gAATATTATCGAAGGCGCTTCGTCGTGGTTTGATATTCAGGCACCACACGACATCACCTTTAATCTTGATGGCGAACCGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATATTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGaa < 2:433751/239‑1 (MQ=255) gAATATTACCGAAGGCGCTTCGTCGTGGTTTGATATTCAGGCACCACACGACATCACCTTTAATCTTGATGGCGAACCGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATATTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGaa < 2:647335/239‑1 (MQ=255) gtttCGTCGGTGTTTTATATTCGGGCACCACCCGACCTCACCTTTAATCTTGATGGCAAAACGGTGAGTGGGCAAAATTTTCATATTGAAATTCGTCCGGAAGCGGTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGGCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCATGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGtaa < 1:70701/237‑1 (MQ=255) ttGATATTCAGGCCCCACACGACATCACCTTTAATCTTGATGGCGAACCGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATATTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTAccc < 2:594536/238‑1 (MQ=255) atatTCAGGCACCACACGACATCACCTTTAATCTTGATGGCGAACCGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATATTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACCCCGTAATTAATTTTACCcgcg > 2:655667/1‑238 (MQ=255) 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ggtttAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTTTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTCGATGAATCGAGAACGGCa < 1:546342/236‑1 (MQ=255) cGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTCGATGAATCGAGAACGGCaa > 2:268554/1‑239 (MQ=255) cGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTCGATGAATCGAGAACGGCaa > 2:226353/1‑239 (MQ=255) 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aaTCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGGGACGGTAAAATTTCGCTGAATCGAGAAGGGCAATAACTTTTTTACCGGCTGGTACCATCCCACCGca > 1:807424/1‑238 (MQ=255) aTCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACCCCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTCGATGAATCGAGAACGGCAATCACTTTATTAGCGGCTGTGACCATCGCACCGCt < 2:676330/238‑1 (MQ=255) aTCCCTTATTCCGGATGGGGTTTAAACCCCTTACCCGGAATAAAGAAAAATACTACCCCGGAATTAATTTTACCCGTGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTCGATGAATCGAGAACGGCAATCACTTTATTAGCGGCTGTGACCATCGCACCGCt < 1:448622/238‑1 (MQ=255) gCCGGCTGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTAAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTCGCTGAATCGTGAACGAGAATAACTTTATTAGCGGCGGTAACCATccccccccaaaaagataaa > 1:394509/1‑221 (MQ=255) ccGGATGCGGTGTAAACCCCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTCCCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCCCCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTCGATGAATCGAGAACGGCAATCACTTTATTAGCGGCTGTGACCATCGCACCGCTAATAGAATAAc < 2:777286/239‑1 (MQ=255) cGGATGCGGTGTAAACCCCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTCGATGAATCGAGAACGGCAATCACTTTATTAGCGGCTGTGACCATCGCACCGCTAATAGAATAAc < 2:802963/238‑1 (MQ=255) 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gATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTAc > 2:304634/1‑144 (MQ=255) tttaaCACCTTATCCGGCAAACAAAACAATTCTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTTTTCTGCAATGCCAGTTTAACCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTCGATGAATCGAGAACGGCAATCACTTTATTAGCGGCTGTGACCATCGCACCGCTAATAGAATAACCTTCATTaaa < 2:781870/235‑1 (MQ=255) aaaCCCCTTATCCGGCATACAGAACAATCCTACACCGTAATTAATTTTCCCCGCGGCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTCGATGAATCGAGAACGGCAATCACTTTATTAGCGGCTGTGACCATCGCGCCGCTAATAGAATAACCTTCATTAAAGGt < 2:298744/239‑1 (MQ=255) | AACCCGAATATTATCGAAGGCGCTTCGTCGTGGTTTGATATTCAGGCACCACACGACATCACCTTTAATCTTGATGGCGAACCGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATATTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTCGATGAATCGAGAACGGCAATCACTTTATTAGCGGCTGTGACCATCGCACCGCTAATAGAATAACCTTCATTAAAGGT > NC_000913/2169444‑2169902 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |