Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 2,509,878 | A→C | 15.1% | D84A (GAC→GCC) | yfeO → | putative ion channel protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,509,878 | 0 | A | C | 15.1% | 151.1 / 4.3 | 73 | D84A (GAC→GCC) | yfeO | putative ion channel protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (50/7); new base C (2/14); total (52/21) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.98e-08 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TGTTGTTATTATCGCTCCCCGCCGTGGCAATTGGGATTGCGTCCAGTCTTATTCTGATTGTGGTGATGAAAATCGCCTCGGTATTACAGAATTTGCTCTGGCAACGACTGCCGGGAACTCTGGGGATAGCCCAGGATT‑CACCCCTCTGGATCATCGGTGTATTAAC‑GCTAACGGGTATTGCGGTGGGGTT‑GGTTAT‑CCGTTTCAG‑CCAGGGTC‑ATGCC‑GGACCAGACC‑CCGCCTGTGAACCGCTGATCGGCGCACCGGTTCCGCCCTCTGCGCTACCTGGACTTATCGTAGCATTAATTCTCGGTCTTGCTGGCGGCGTCAGCCTGGGGCCGGAACATCCGATCATGACCGTCA‑ATATCGCCCTTGCGGTTGCCATTGGC‑GCTCGTCTGTTACCGCGCGTCAACCGAATGGAGTGGACTATTTTAGCCTCTGCCGGAACCATCGGCGCACTGTTTGG > NC_000913/2509653‑2510109 | tgttgtTATTATCGCTCCCCGCCGTGGCAATTGGGATTGCGTCCAGTCTTATTCTGATTGTGGTGATGAAAATCGCCTCGGTATTACAGACTTTGCTCTGGCAACGACTGCCGGGAACTCTGGGGATAGCCCAGGATT‑CACCCCTCTGGATCATCGGGTTTTTAAC‑GCAAACGGGTATTGCGGTGGGGTT‑GGTTAT‑CCGTTTCAG‑CCAGGGTC‑ATGCA‑GGACCAGCAC‑CCGCCTGTGa > 2:354332/1‑238 (MQ=255) tgttgtTATTATCGCTCCCCGCCGTGGCAATTGGGATTGCGTCCAGTCTTATTCTGATTGTGGTGATGAAAATCGCCTCGGTATTACAGAATTTGCTCTGGCAACGACTGCCGGGAACTCTGGGGATAGCCCAGGATT‑CACCCCTCTGGATCATCGGTGTATTAAC‑GCTAACGGGCATTGCGGTGGGGTT‑GGTTAT‑CCGTTTCAG‑CCAGGGTC‑ATGCC‑GGACCAGACC‑CCGCCTGTGa > 2:377090/1‑238 (MQ=255) tgttgtTATTATCGCTCCCCGCCGTGGCAATTGGGATTGCGTCCAGTCTTATTCTGATTGTGGTGATGAAAATCGCCTCGGTATTACAGAATTTGCTCTGGCAACGACTGCCGGGAACTATGGGGATAGCCCAGGATT‑CACCCCACCGGATCATCGGTGTATTAAC‑GCTAACGGGAATTGCGGGGGGTTT‑GGTTTA‑CCGTTCTAG‑CAAGGGCA‑ATGCC‑AGACCAACCC‑CCGCCTGGGa > 1:276679/1‑238 (MQ=255) ttattaTCGCTCCCCGCCGTGGCAATTGGGATTGCGTCCAGTCTTATTCTGATTGTGGTGATGAAAATCGCCTCGGTATTACAGAATTTGCTCTGGCAACGACTGCCGGGAACTCTGGGGATAGCCCAGGATT‑CACCCCTCTGGATCATCGGTGTATTAAC‑GCTAACGGGTATTGCGGTGGGGTT‑GGTTAT‑CCGTTTCAG‑CCAGGGTC‑ATGCC‑GGACCAGACC‑CCGCCTGTGAAcc > 2:860410/1‑236 (MQ=255) attatCGCTCCCCGCCGTGGCAATTGGGATTGCGTCCAGTCTTATTCTGATTGTGGTGATGAAAATCGCCTCGGTATTACAGAATTTGCTCTGGCAACGACTGCCGGGAACTCTGGGGATAGCCCAGGATT‑CACCCCTCTGCATCATCGGTGTATTAAC‑GCTAACGGGTATTGCGGCGGGGTT‑GGTTAT‑CCGTTTCAG‑CCAGGGGC‑ATGCT‑GCCCCCGACC‑CCGCCGTGGAACCGCTg > 2:833805/1‑238 (MQ=255) tCCCCGCCGTGGCAATTGGGATTGCGTCCAGTCTTATTCTGATTGTGGTGATGAAAATCGCCTCGGTATTACAGAATTTGCTCTGGCAACGACTGCCGGGAACTCTGGGGATAGCCCAGGATT‑CACCCCTCTGGATCATCGGTGTATTAAC‑GCTAACGGGTATTGCGGTGGGGTT‑GGTTAT‑CCGTTTCAG‑CCAGGGTC‑TTGCC‑GGACCAGACC‑CCGCCTGTGAACCGTTGATCGgcgc > 2:151668/1‑238 (MQ=255) ccgTGGCAATTGGGATTGCGTCCAGTCTTATTCTGATTGTGGTGATGAAAATCGCCTCGGTATTACAGAATTTGCTCTGGCAACGACTGCCGGGAACTCTGGGGATAGCCCAGGATT‑CACCCCTCTGGATCATCGGTGTATTAAC‑GCTAACGGGTATTGCGGTGGGGTT‑GGTTAT‑CCGTTTAAG‑CCAGGGTC‑ATGCC‑GGACCAGACC‑CCGCCTGGGAACCGCCGATCGGCGCCCCGGt > 1:866728/1‑238 (MQ=255) 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gggggggggTTGGGTTTC‑CCGTTTCAG‑CCGGGTTC‑GGGCC‑GCACCAGACC‑CCGCCTGTGAACCGCTGATCGGCGCACCGGTTCCGCCCTCTGCGCTACCTGGACTTATCGTAGCATTAATTCTCGGTCTTGCTGGCGGCGTCAGCCTGGGGCCGGAACATCCGATCATGACCGTCA‑ATATCGCCCTTGCGGTTGCCATTGGC‑GCTCGTCTGTTACCGCGCGTCAACCGAATGGAGTGGa < 2:401714/234‑1 (MQ=255) gtgggggggtgttgttcccctttCCG‑CCCGGGTCGTTGCC‑GGCCCGCCCC‑CCGCCGTGGAACCGGTGTACGGCGCACCGGTTCCGCCCTCTGCGCTACCTGGACTTATCGTAGCATTAATTCTCGGTCTTGCTGGCGGCGTCAGCCTGGGGCCGTAACATCCGAGCATGACCGTCA‑ATATCGCCCTTGCGGTTGCCATTGGC‑GCTCGTCTGTTAGCGTGCGACAACCGAATGGAGTGGa < 1:366533/219‑1 (MQ=255) gggTT‑GGTTAT‑CCGTTTCAG‑CCAGGGTC‑ATGCC‑GGACCAGACC‑CCGCCTGTGAACCGCTGATCGGCGCACCGGTTCCGCCCTCTGCGCTACCTGGACTTATCGTAGCATTAATTCTCGGTCTTGCTGGCGGCGTCAGCCTGGGGCCGGAACATCCGGTCATGACCGTCA‑ATATCGCCCTTGCGGTTGCCTTTGTG‑GCCCGCCTTTTACCCCCCGTCAACCGAATGGGGGGGAAAAtttt > 1:511829/1‑239 (MQ=255) 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ggcccAGCCC‑CCGCCTGTGAACCGCTGATCGGCGCACCGGTTCCGCCCTCTGCGCTACCTGGACTTATCGTAGCATTAATTCTCGGTCTTGCTGGCGGCGTCAGCCTGGGGCCGGAACATCCGATCATGACCGTCA‑ATATCGCCCTTGCGGTTGCCATTGGC‑GCTCGTCTGTTACCGCGCGTCAACCGAATGGAGTGGACTATTTTAGCCTCTGCCGGAACCATCGGCGCACTGTTTgg < 2:460169/236‑1 (MQ=255) gACCAGACC‑CCGCCTGTGAACCGCTGATCGGCGCACCGGTTCCGCCCTCTGCGCTACCTGGACTTATCGTAGCATTAATTCTCGGTCTTGCTGGCGGCGTCAGCCTGGGGCCGGAACATCCGATCATGACCGTCA‑ATATCGCCCTTGCGGTTGCCATTGGC‑GCTCGTCTGTTACCGCGCGTCa < 2:663067/183‑1 (MQ=255) gACCAGACC‑CCGCCTGTGAACCGCTGATCGGCGCACCGGTTCCGCCCTCTGCGCTACCTGGACTTATCGTAGCATTAATTCTCGGTCTTGCTGGCGGCGTCAGCCTGGGGCCGGAACATCCGATCATGACCGTCA‑ATATCGCCCTTGCGGTTGCCATTGGC‑GCTCGTCTGTTACCGCGCGTCa > 1:663067/1‑183 (MQ=255) | TGTTGTTATTATCGCTCCCCGCCGTGGCAATTGGGATTGCGTCCAGTCTTATTCTGATTGTGGTGATGAAAATCGCCTCGGTATTACAGAATTTGCTCTGGCAACGACTGCCGGGAACTCTGGGGATAGCCCAGGATT‑CACCCCTCTGGATCATCGGTGTATTAAC‑GCTAACGGGTATTGCGGTGGGGTT‑GGTTAT‑CCGTTTCAG‑CCAGGGTC‑ATGCC‑GGACCAGACC‑CCGCCTGTGAACCGCTGATCGGCGCACCGGTTCCGCCCTCTGCGCTACCTGGACTTATCGTAGCATTAATTCTCGGTCTTGCTGGCGGCGTCAGCCTGGGGCCGGAACATCCGATCATGACCGTCA‑ATATCGCCCTTGCGGTTGCCATTGGC‑GCTCGTCTGTTACCGCGCGTCAACCGAATGGAGTGGACTATTTTAGCCTCTGCCGGAACCATCGGCGCACTGTTTGG > NC_000913/2509653‑2510109 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |