| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,606,031 | A→G | 20.0% | E408G (GAG→GGG) | hyfD → | hydrogenase 4, membrane subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,606,031 | 0 | A | G | 20.0% | 87.3 / 3.2 | 60 | E408G (GAG→GGG) | hyfD | hydrogenase 4, membrane subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (18/27); new base G (10/3); total (29/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.75e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATCGCCTACATCGTCAACCACGCGTTCGCTAAAAGCCTGTTTTTCCTTGTAGCAGGTGCGCTGAGTTACAGCTGCGGCACGCGCTTGTT‑GCCGCGTCTGCGTGGCGTATTGCACACCCTGCCGTTGCCAGGCGTGGGTTTCTGCGTGGCAGCGCTGGCGATTACCGGCGTGCCGCCGTTCAACGGCTTCTTCAGTAAATTCCCGCTGTTTG‑CTGCCG‑GTTTTGCGTTGTCAGTGGAGTACTGGATCCTGCTGCCCGCCATGATTCTTCTGATGATTGAATCGGTCGCCAGTTTCGCCTGGTTTATTCGCTGGTTTGGTCGCGTTGTGCCTGGCAAACCGAGCGAGGCCGTCGCCGATGCCGCACCGCTGCCAGGATCAATGCGCCT‑GGTGTTGATTGTACTGATTGTGATGTCGCTGATTTCCAGCGTAATCGCCGCGACCTGGTTGCAGTAAGGAGATGATGAATGAC > NC_000913/2605796‑2606264 | ctcgcttactatggcacccctgtgTTCGCTAAAGGCCTGTGTGTCCTTGTAGCAGGTGCTCTGAGTTACGGCTGCGGAACGCGGTTGTT‑GCCGCGTCTGCGTGGCGTATTGCACACCCTGCCGTTGCCAGGCGTGGGTTTCTGCGTGGCAGCGCTGGCGATTACCGGCGTGCCGCCGTTCAACGGCTTCTTCAGTAAATTCCCGCTGTTTG‑CTGCCG‑GTTTTGCGTTGTCAGTGGAGTa < 2:437279/216‑1 (MQ=255)atccgcTACATCCTCAACCACGCGTTCGCTAAAAGCCTGTTTTTCCTTGTAGCAGGTGCGCTGAGTTACAGCTGCGGCACGCGCTTGTT‑GCCGCGTCTGCGTGGCGTATTGCACACCCTGCCGTTGCCAGGCGTGGGTTTCTGCGTGGCAGCGCTGGCGATTACCGGCGTGCCGCCGTTCAACGGCTTCTTCAGTAAATTCCCGCTGTTTG‑CTGCCG‑GTTTTGCGTTGTCAGTGGAGTa < 2:481300/234‑1 (MQ=255) ctgtctactcttCAACCCCGCTGTCGCTAAAAGCCGTTTTTTCCTTGTAGCAGGGTGGCTGAGTTACAGCTGCGGCCCGGGCTTGTT‑TCCGCGTCTGCGTGGCGTATTGCAACCCCTGCCGTTGCCAGGCGTGGGTTTCTGCGTGGCAGCGCTGGCGATTACCGGCGTGCCGCCGTTCAACGTCTTCTCCAGTAAATTCCCGCTGTTTG‑CTGCCG‑GTTTTGCGTTGTCAGTGGAGTACt < 1:863988/228‑1 (MQ=255) aaCCACGCGTTCGCTAAAAGCCTGTTTTTCCTTGTAGCAGGTGCGCTGAGTTACAGCTGCGGCACGCGCTTGTT‑GCCGCGTCTGCGTGGCGTCTTGCACACCCTGCCGTTGCCAGGCGTGGGTTTCTGCGTGGCAGCGCTGGCGATTACCGGCGTGCCGCCGTTCAACGGCTTTTTCCGTAAATTTCCCCCTTTTG‑TTGCCG‑GGTTTTCGTGTTCAGGGGGGGACTGGGGCCggctgc > 1:758874/1‑238 (MQ=255) 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tg‑ctgcCG‑GTTTTGCGTTGTCAGTGGGGTACTGGATCCTGCTGCCCGCCATGATTCTTCTGATGATTGAATCGGTCGCCAGTTTCGCCTGGTTTATTCGCTGGTTTGGTCGCGTTGTGCCTGGCAAACCGAGCGAGGCCGTCGCCGATGCCGCACCGCTGCCAGGATCAATGCGACT‑GGTGTTGATTGTACTGATTGTGATGTCGCTGCTTTCCCGCGTAATCACCGCGACTGGGTTGc > 2:829948/1‑239 (MQ=255) tg‑ctgcCG‑GTTTTGCGTTGTCAGTGGAGTACTGGATCCTGCTGCCCGCCATGATTCTTCTGATGATTGAATCGGTCGCCAGTTTCGCCTGGTTTATTCGCTGGTTTGGTCGCGTTGTGCCTGTCAAACCGAGCGAGGCCGTCGCCGATGCCGCACCGCTGCCAGGATCAATGCGCCT‑GGTGTTGATTGTACTGTTTGTGATGTCCCTGATTTCCAGCGGAATCGCCCCGACCGGGTTGc > 1:553989/1‑239 (MQ=255) ggcG‑GTTTTGCGTTGTAAGTGGGGGATTGGAGCCTGCTGCCCGCCATGATTCTTCGTATGATTGAGTCGGTCGCCAGTTTCGCCTGGTTTATTCGCTGGTTTGGTCGCGTTGTGCCTGGCAAACCGAGCGAGGCCGTCGCCGATGCCGCACCGCTGCCAGGATCAATGCGCCT‑GGTGTTGATTGTACTGATTGTGATGTCGCTGATTTCCAGCGTAATCGCCGCGACCTGGTTGCAGt < 2:501868/236‑1 (MQ=255) gcgg‑gTTTTGCGTTTCCATGGGATTCCTGGATCCTGCTGCCCGCCATGATTCTTCTGATGATTGAATCGGTCGCCAGTTTCGCCTGGTTTATTCGCTGGTTTGGTCGCGTTGTGCCTGGCAAACCGAGCGAGGCCGTCGCCGATGCCGCACCGCTGCCAGGATCAATGCGCCT‑GGTGTTGATTGTACTGATTGTGATGTCGCTGATTTCCAGCGTAATCGCCGCGACCTGGTTGCAGTa < 2:390995/236‑1 (MQ=255) tttGCGTTGTCAGGGGAGTACTGGATCCTGCTGCCCGCCATGATTCTTCTGATGATTGAATCGGTCGCCAGTTTCGCCTGGTTTATTCGCTGGTTTGGTCGCGTTGTGCCTGGCAAACCGAGCGAGGCCGTCGCCGATGCCGCACCGCTGCCAGGATCAATGCGCCT‑GGTGTTGATTGTACTGATTGTGATGTCGCTGATTTCCAGCGTAATCGCCGCGACCTGGTTGCAGTAAGgaga < 2:505570/239‑1 (MQ=255) tCAGTGGAGTACTGGATCCTGCTGCCCGCCATGTTTCTTCTGATGATTGAATCGGTCGCCAGTTTCGCCTGGTTTATTCGCTGGTTTGGTCGCGTTGTGCCTGGCAAACCGAGCGAGGCCGTCGCCGATGCCGCACCGCTGCCAGGATCAATGCGCCT‑GGGGTTGATTGTACTGATTGTGATGTCGCTTATTTCCAGCGTAATCGCCGCGCCCCGGTTGCAGTATGGAgattgtgcat > 2:257618/1‑231 (MQ=255) aGTGGAGTTCTGGATCCTGCTTCCCGCCATTATTCTTCTGATGATTGAATCGGTCGCCAGTTTCGCCTGGTTTATTCGCTGGTTTGGTCGCGTTGTGCCTGGCAAACCGAGCGAGGCCGTCGCCGATGCCGCACCGCTGCCAGGATCAATGCGCCT‑GGTGTTGATTGTACTGATTGTGATGTCGCTGATTTCCAGCGTAATCGCCGCGACCTGGTTGCAGTAAGGAGATGATGAATGAc < 2:73467/239‑1 (MQ=255) aGTGGAGTATGGTATCCTGCGGCCCGCCTTGATTCTTCTGGTGATTGAATCGGTCGCCAGTTTCGGCTGGTTTATTCGCTGGTTTGGTCGCGTTGTGCCTGGCAAACCGAGCGAGGCCGTCGCCGATGCCGCACCGCTGCCAGGATCAATGCGCCT‑GGTGTTGATTGTACTGATTGTGATGTCGCTGATTTCCAGCGTAATCGCCGCGACCTGGTTGCAGTAAGGAGATGATGAATGAc < 2:388889/239‑1 (MQ=255) | ATCGCCTACATCGTCAACCACGCGTTCGCTAAAAGCCTGTTTTTCCTTGTAGCAGGTGCGCTGAGTTACAGCTGCGGCACGCGCTTGTT‑GCCGCGTCTGCGTGGCGTATTGCACACCCTGCCGTTGCCAGGCGTGGGTTTCTGCGTGGCAGCGCTGGCGATTACCGGCGTGCCGCCGTTCAACGGCTTCTTCAGTAAATTCCCGCTGTTTG‑CTGCCG‑GTTTTGCGTTGTCAGTGGAGTACTGGATCCTGCTGCCCGCCATGATTCTTCTGATGATTGAATCGGTCGCCAGTTTCGCCTGGTTTATTCGCTGGTTTGGTCGCGTTGTGCCTGGCAAACCGAGCGAGGCCGTCGCCGATGCCGCACCGCTGCCAGGATCAATGCGCCT‑GGTGTTGATTGTACTGATTGTGATGTCGCTGATTTCCAGCGTAATCGCCGCGACCTGGTTGCAGTAAGGAGATGATGAATGAC > NC_000913/2605796‑2606264 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |