| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,744,002 | T→C | 13.3% | L127P (CTC→CCC) | yfiB → | OM lipoprotein putative positive effector of YfiN activity |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,744,002 | 0 | T | C | 13.3% | 189.2 / 3.5 | 79 | L127P (CTC→CCC) | yfiB | OM lipoprotein putative positive effector of YfiN activity |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (38/29); new base C (2/10); total (40/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.29e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GGGCTTATCAGATGCCATTCTGTTCGCAAAAAATGACTACAAATTGCTCCCGGAAAGCCAGCAACAGATCCAAACCATGGCAGCTAAATTGGCCTCGACAGGGCTAACACAT‑GCCCGTATGGATGGACACACCGATAACTATGGTGAAGACAGTTACAACGAAGGCTTATCATTGAAACGGGCGAAT‑GTCGTGGCCGATGCATGGGCTATGGGTGGACAAATTCCACGCAGCAATCT‑CA‑CCACACAGGGTTTAGGAAAAAAATATCCCATAGCCAGTAACAAGACCGCCCAGGGCCGCGCCGAGAACCGCCGCGTCGCAGTGGTGATTACTACCCCTTAAAACACCAGCAAACAGATAAAAAAGGGCCAGCCAATTGGCCAGCCCTTCTTAACAGGATGTCGCTTAAGCGAAATCTTAGTTAAGACGCTCTTTGATACGAGCAGCCTTACCAGTACGCTCACGCAGGTAGTAC > NC_000913/2743766‑2744238 | tgggttttCAGATGCCATTTTTTTCGCAAAAAATGACTACAAATTGCTCCCGGAAAGCCAGCAACAGATCCAACCCATGGCAGCTAAATTGGCCTCGACAGGGCTAACACAT‑GCCCGTATGGATGGACACACCGATAACTATGGTGAAGACAGTTACAACGAAGGCTTATCATTGAAACGGGCGAAT‑GTCGTGGCCGATGCATGGGCTATGGGTGGACAAATTCCACGCAGCAATCT‑ca < 1:289917/232‑1 (MQ=255) 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1:674529/1‑239 (MQ=255) aTGGGTGGACAAATTCCACGCAGCAATCT‑CA‑CCACACAGGGTTTAGGAAAAAAATATCCCATAGCCAGTAACAAGACCGCCCAGGGCCGCGCCGAGAACCGCCGCGTCGCAGTGGTGATTACTAACCCTTAAAACACCAGCAAACAGATAAAAAAGGGCCAGCCAATTGGCCAGCCCTTCTTAACAGGATGTCGCTTAAGCGAAATCTTAGTTAAGACGCTCTTTGATACGAGCAGCCt > 2:815815/1‑239 (MQ=255) aTGGGTGGACAAATTCCACGCAGCAATCT‑CA‑CCACACAGGGTTTAGGAAAAAAATATCCCATAGCCAGTAACAAGACCGCCCAGGGCCGCGCCGAGAACCGCCGCGTCGCAGTGGGGATTACTACCCCTTAAAACACCAGCAAACAGATAAAAAAGGGCCAGCCAATTGGCCAGCCCTTCTTaa > 2:378705/1‑184 (MQ=255) gACAAATTCCACGCAGCAATCT‑CA‑CCACACAGGGTTTAGGAAAAAAATATCCCATAGCCAGTAACAAGACCGCCCAGGGCCGCGCCGAGAACCGCCGCGTCGCAGTGGTGATTACTACCCCTTAAAACACCAGCAAACAGATAAAAAAGGGCCAGCCAATTGGCCAGCCCTTCTTAACAGGATGTCGCTTAAGCGAAATCTTAGTTAAGACGCTCTTTGATACGAGCAGCCTTACCAGt > 2:87702/1‑239 (MQ=255) 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GGGCTTATCAGATGCCATTCTGTTCGCAAAAAATGACTACAAATTGCTCCCGGAAAGCCAGCAACAGATCCAAACCATGGCAGCTAAATTGGCCTCGACAGGGCTAACACAT‑GCCCGTATGGATGGACACACCGATAACTATGGTGAAGACAGTTACAACGAAGGCTTATCATTGAAACGGGCGAAT‑GTCGTGGCCGATGCATGGGCTATGGGTGGACAAATTCCACGCAGCAATCT‑CA‑CCACACAGGGTTTAGGAAAAAAATATCCCATAGCCAGTAACAAGACCGCCCAGGGCCGCGCCGAGAACCGCCGCGTCGCAGTGGTGATTACTACCCCTTAAAACACCAGCAAACAGATAAAAAAGGGCCAGCCAATTGGCCAGCCCTTCTTAACAGGATGTCGCTTAAGCGAAATCTTAGTTAAGACGCTCTTTGATACGAGCAGCCTTACCAGTACGCTCACGCAGGTAGTAC > NC_000913/2743766‑2744238 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |