| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,795,326 | T→G | 15.7% | V359G (GTA→GGA) | gabP → | gamma‑aminobutyrate transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,795,326 | 0 | T | G | 15.7% | 302.3 / 5.9 | 126 | V359G (GTA→GGA) | gabP | gamma‑aminobutyrate transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (45/53); new base G (23/2); total (71/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.45e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 126 total aligned reads displayed.
CCATGCGAAATTAATCATGGACTGCGTGATATTACTTTCCGTAACCAGTTGCCTGAACTCGGCGCTGTATACCGCGTCAAGGATGCTCTACTCCTTAAGTCGTCGCGGTGATGCTCCCGCGGTAATGGGTAAAATCAACCGCAGTAAAACCCCGTACGTGGCGGTGTTACTCTCCACCGGCGCGGCATTCTTAACGGTGGTGGTGAACTATTACGCGCCTGCGAAGGTATTTAAATTTCTGATCG‑ACAGCTCCGG‑CGCTATCGCCCTGCTGGTTTATTTAGTCATCGCCGTTTCACAGTTGCGGATGCGCAAAATTCTGCGAGCAGAAGGAAGCGAAATTCGCTTGCGAATGTGGCTTTATCCGTGGCTCACCTGGCTAGTCATCGGCTTTATTACCTTTGTGTTGGTAGTGATGCTATTCCGTCCGGCGCAACAGTTAGAAGTGATCTCCACCGGCT > NC_000913/2795099‑2795556 | ccATGCGAAATTAATCATGGACTGCGTGATATTGCTTTCCGTAACCAGTTGCCTGAACTCGGCGCTGTATACCGCGTCAAGGATGCTCTACTCCTTAAGTCGTCGCGGTGATGCTCCCGCGGTAATGGGTAAAATCAACCGCAGTAAAACCCCGTACGTGGCGGTGTTACTCTCCACCGGCGCGGCATTCTTAACGGTGGTGGTGAACTATTACGCGCCTGCGAAGGTATTTAAATTTc < 2:882086/239‑1 (MQ=255) aTGCGAAATTAATCATGGACTGCGTGATATTACTTTCCGTAACCAGTTTGCTGAACTCGGCGGTGTATACCGCGTCAAGGATGCTCTACTCCTTAAGTCGTCGCGGTGATGCTCCCGCGGTAATGGGTAAAATCAACCGCAGTAAAACCCCGTACGTGGCGGTGTTACTCTCCACCGGCGCGGCATTCTTAACGGTGGTGGTGAACTATTACGCGCCTGCGAAGGTATTTAAATTTCTg < 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |