| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,959,172 | A→C | 14.8% | G1085G (GGT→GGG) | recC ← | exonuclease V (RecBCD complex), gamma chain |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,959,172 | 0 | A | C | 14.8% | 217.2 / 4.6 | 98 | G1085G (GGT→GGG) | recC | exonuclease V (RecBCD complex), gamma chain |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (56/20); new base C (3/16); total (59/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.61e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATCATCTGCCAGAATTTAATCTTGTGCTGCACGAGTCAGCCTATGTTTATATAACCATCAGTCCGTGACTGGTGCGCATCATAAAGTAAGCGGATAGATTGCGCAATTTTTATACAGCACTCATGACTGATTAAAGCGAAACAGCGGTAACAGGAAA‑CGTTGCGACTGTTCAACGATGGCCTCCATTGTCTCTGGTGTTAATTGCCGCCAGAGCCTTTGATACCAGATATCATCACCTTCG‑CCACGCACCATCATGTTGCCTTCGTAAGCCTGAAGGAATTTCGTACGGGCTTTTTGCAACGTGGAATCGTCATCCAGCATGGCATCGTTTTGCGCGTCATAACAGGTTTTTAGCCACGCGCCGCCACTTTCAGGTAACACCAGCAATGGCGCGGACATTCCTTCACGATACCCCTCAATCAGTTGTGAGAGGTAATGCAAAGCCTGTTCGGCTGCAAGCGGCGGAAAA > NC_000913/2958938‑2959406 | atcatcTGCCAGAATTTAATCTTGTGCTGCACGAGTCAGCCTATGTTTATATAACCATCAGTCCGTGACTGGTGCGCATCATAAAGTAAGCGGATAGATTGCGCAATTTTTATACAGCACTCATGACTGATTAAAGCGAAACAGCGGTAACAGGAAA‑CGTTGCGACTGTTCAACGATGGCCTCCATTGTCTCTGGTGTTAATTGCCGCCAGAGCCTTTGATACCAGATATCATCACCtt > 1:517763/1‑239 (MQ=255) tcTGCCAGAATTTAATCTTGTGCTGCACGAGTCAGCCTATGTTTATATAACCATCAGTCCGTGACTGGTGCGCATCATAAAGTAAGCGGATAGATTGCGCAATTTTTATACAGCACTCATGACTGATTAAAGCGAAACAGCGGTAACAGGAAA‑CGTTGCGACTGTTCAACGATGGCCTCCATTGTCTCTGGTGTTAATTGCCGCCAGAGCCTTTGATACCAGATATCATCACCTTCG‑cc < 2:147928/239‑1 (MQ=255) gCCAAAATTTTATTTTGGGTTGCACGAGTCTGCCTATGTTTATATAACCATCAGTCCGTGACTGGGGCGCATCATAAAGTAAGCTGATAGATTGCGCAATTTTTATACAGGACTCATGACTGATTAAAGCGAAACAGCGGTAACAGGAAA‑CGTTGCGACTGTTCAACGATGGCCTCCATTGTCTCTGGTGTTAATTGCCGCCAGAGCCTTTGATACCAGATATCATCACCTTCG‑CCACg < 1:95024/239‑1 (MQ=255) gCCAAAATTTAATCGTGTGCTTCCCGAGTTAGCCTATGTTTATATAACCATCAGTCCGTGACTGGTGCGCATCATAAAGTAAGCGGATAGATTGCGCAATTTTTATACAGCCCTCATGACTGATTAAAGCGAAACAGCGGTAACAGGAAA‑CGTTGCGACTGTTCAACGATGGCCTCCATTGTCTCTGGTGTTAATTGCCGCCAGAGCCTTTGATGCCAGATATCATCACCTTCG‑CCACg < 2:577865/239‑1 (MQ=255) 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tataACCATCAGTCCGTGACTGGTGCGCATCATAAAGTAAGCGGATAGATTGCGCAATTTTTATACAGCACTCATGACTGATTAAAGCGAAACAGCGGTAACAGGAAA‑CGTTGCGACTGTTCAACGATGGCCTCCATTGTCTCTGGTGTTAATTGCCGCCAGAGCCTTTGATACCAGATATCATCACCTTCG‑CCACGCACCATCATGTTGCCTTCGTAAGCCTGAAGGAATTTCGTACg > 2:540525/1‑239 (MQ=255) aCCATCAGTCCGTGACTGGTGCGCATCATAAAGTAAGCGGATAGATTGCGCAATTTTTATACAGCACTCATGACTGATTAAAGCGAAACAGCGGTAACCGGAAA‑CGTTGCGACTGTTCAACGATGGCCTCCATTGTCTCTGGTGTTAATTGCCGCCAGAGCCTTTGATACCAGATATCATCACCTTCG‑CCCCGCACCATCATGTTTCCTTCGAAAGACTGCAGAAATTTCGAAgggggt > 1:850078/1‑237 (MQ=255) aCCATCAGTCCGTGACTGGTGCGCATCATAAAGTAAGCGGATAGATTGCGCAATTTTTATACAGCACTCATGACTGATTAAAGCGAAACAGCGGTAACAGGAAA‑CGTTGCGACTGTTCAACGATGGCCTCCATTGTCTCTGGTGTTAATTGCCGCCAGAGCCTTTGATACCAGATATCATCACCTTCG‑CCACGCACCATCATGTTGCCTTCGTAAGCCTGAAGGAATTTCGTACGGGCt > 2:515082/1‑239 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |