| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,969,477 | T→G | 20.5% | intergenic (‑502/‑183) | rppH ← / → mutH | RNA pyrophosphohydrolase/methyl‑directed mismatch repair protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,969,477 | 0 | T | G | 20.5% | 156.5 / 5.2 | 84 | intergenic (‑502/‑183) | rppH/mutH | RNA pyrophosphohydrolase/methyl‑directed mismatch repair protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (33/30); new base G (16/4); total (50/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.72e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTCAATGCATTACATGTAATTTTAGTAATGAAAAAGAGTAATTCGTGACCCAGGTCACACCTCTCATTTACGGGTTGGCGAAAGATCAACCAATGCCGTATTTATCCACAGAATGTGCCACTAAGTTAAGCACTGAACCACTAAAAACTGGAGTTTCGTCGCACGTCAAGGCTGTAAATGGAAACAGTAGTGGAGGTTTTTCACAGTTATCCCAGCTTTCTGTGGATAACATGGTGTAAGATCCTGTTTATTTTCAGTGACCAGATTTGGAAAACCCGTTGCAGTGTTGCGCAACTCGATTACCGGCAACCTAAAAAGCAATATAAATCAGAGAATTGAACAACGCATGTGGAAAAAGTTACACTGCGAATATTCGGCACATAATTGCTGTTTGTTTTTTAATCAAGGTATCATGACATGTCCCAACCTCGCCCACTGCTCTCTCCTCCCGAAACTGAAGAACAGTTGTTAG > NC_000913/2969243‑2969714 | gTCAATGCATTACATGTAATTTTAGTAATGAAAAAGAGTAATTCGTGACCCAGGTCACACCTCTCATTTACGGGTTGGCGAAAGATCAACCAATGCCGTATTTATCCACAGAATGTGCCACTAAGTTAAGCACTGAACCACTAAAAACTGTAGTTTCTTCGCACGTCAAGGCTTTAAATGGAAACAGGGTTGGAGGGTTTTCCCAGTTATCCCACCTTCTTTTGGATAAACTGgttgaa > 1:826525/1‑235 (MQ=255) tGCATTACATGTAATTTTAGTAATGAAAAAGAGTAATTCGTGACCCAGGTCACACCTCTCATTTACGGGTTGGCGAAAGATCAACCAATGCCGTATTTATCCACAGAATGTGCCACTAAGTTAAGCACTGAACCACTAAAAACTGGAGTTTCGTCGCACGTCAAGGCTGTAAATGGAAACAGTAGTGGAGGTTTTTCACAGTTATCCTAGCTTTCTTGGGATACAATGGGGTAAggt > 2:459106/1‑235 (MQ=255) caatgtatggTAATTTTGGGAAGAAAAAAGAG‑AAGTCGGGGCCCAGGGTACCCCCTCCATGGAAGGGTTGGCGAAAGAACAACCAAAGACGGATTTAACCACAGAATGGGCCAATAAGGTAAGCGATGAAACACTAAAAACGGGAGTTTAGGCGCACGGCAAGGATGGTAATGGAAACAGGAGTGGAGGGTTTTCACAGTTATACCAGCTTTCTGTGGATAACATGGTGTAAGATcc < 1:724779/228‑1 (MQ=255) ttACATGTAATTTTAGTAATGAAAAAGAGTAATTCGTGACCCAGGTCACACCTCTCATTTACGGGTTGGCGAAAGATCAACCAATGCCGTATTTATCCACAGAATGTGCCACTAAGTTAAGCACTGAACCACTAAAAACTGGAGTTTCGTCGCACGTCAAGGCTGTAAATGGAAACAGTAGTGGAGGTTTTTCACAGTTATCCCAGCTTTCTGTGGATAACATGGGGTAAGATCCTGtt > 2:718709/1‑239 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |