| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,329,771 | A→G | 18.0% | S271G (AGC→GGC) | dacB → | D‑alanyl‑D‑alanine carboxypeptidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,329,771 | 0 | A | G | 18.0% | 178.6 / 5.6 | 79 | S271G (AGC→GGC) | dacB | D‑alanyl‑D‑alanine carboxypeptidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (18/45); new base G (14/2); total (32/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.49e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTGGCATCTTATTACCCCGTTACGATGTTCAGCCAGGTACGCACCCTCCCCCGTGGTTCTGCCGAAGCGCAATACTGCGAACTGGATGTGGTGCCAGGCGACCTGAACCGCTTTACGCTGACGGGATGCCTGCCACAACGTTCTGAGCCGCTCCCGTTGGCTTTTGCCGTGCAGGATGGAGCCAGCTATGCCGGTGCAATTCTGAAAGATGAGTTAAAACAGGC‑GGGTATCACCTGGAGCGGAACACTGCTGCGCCAG‑ACTCAGGTTAACGAACCTGGAACGGTAGTTGCCAGTAAACAGTCGGCCCCGCTGCACGATCTGCTTAAGATTATGCTGAAAAAGTCGGACA‑ACATGATCGCCGATACGGTTTTCCGCATGATAGGCCATGCGCGCTTCAATGTGCCTGGAACATG‑GCGGGCCGGGTCGGACGCCGTGCGTCAGATCCTGCGCCAGCAAGCCGGTGTCGATATT > NC_000913/3329534‑3330004 | gTGGAATCTTATTCCCCCGTTACGATTTTCAGCCAGGTACGCACCCTCCCCCGTGGTTCTGCCGAAGCGCAATACTGCGAACTGGATGTGGTGCCAGGCGACCTGAACCGCTTTACGCTGACGGGATGCCTGCCACAACGTTCTGAGCCGCTCCCGTTGGCTTTTGCCGTGCAGGATGGAGCCAGCTATGCCGGTGCAATTCTGAAAGATGAGTTAAAACAGGC‑GGGTATCACCTGGAg < 2:657092/239‑1 (MQ=255) tGGCATCTTATTCCCCCGTTGCGATGGTCAGCCAGGTACGCACCCTCCCCCGTGGTTCTGCCGAAGCGCAATACTGCGAACTGGATGTGGTGCCAGGCGACCTGAACCGCTTTACGCTGACGGGATGCCTGCCACAACGTTCTGAGCCGCTCCCGTTGGCTTTTGCCGTGCAGGATGGAGCCAGCTATGCCGGTGCAATTCTGAAAGATGAGTTAAAACAGGC‑GGGTATCACCTGGAg < 2:735349/238‑1 (MQ=255) tttcccccctttcgtttgtCACCCAGTTACCCCCCCCCCCCGGGGGGTCTGCCGGACCCAAATTCCGCGAAGCGGATGTGGTGCCAGGCGTCCTGAACCGCTTTACGCTGCCGGGATGCCTGCCACAACGTTCTGAGCCGCTCCCGTTGGCTTTTGCCGTGCAGGATGGAGCCAGCTATGCCGGTGCAATTCTGAAAGATGAGTTAAAACAGGC‑GGGTATCACCTGGAGCGGAACActg < 1:24924/221‑1 (MQ=255) cctgTTCCGGTGTTCAGCCAGGTACCCCCCCCCCCCGGTGGTTCTGCCGAAGCGCAATCCTGGGAACGGGATGGGGTGCCAGGCGACCTGACCCGCTTTACGCTGACGGGATGCCTGCCACAACGTTCTGAGCCGCTCCCGTTGGCTTTTGCCGTGCAGGATGGAGCCAGCTATGCCGGTGCAATTCTGAAAGATGAGTTAAAACAGGC‑GGGTATCACCTGGAGCGGAACACTGCTgcg < 1:518706/236‑1 (MQ=255) 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GTGGCATCTTATTACCCCGTTACGATGTTCAGCCAGGTACGCACCCTCCCCCGTGGTTCTGCCGAAGCGCAATACTGCGAACTGGATGTGGTGCCAGGCGACCTGAACCGCTTTACGCTGACGGGATGCCTGCCACAACGTTCTGAGCCGCTCCCGTTGGCTTTTGCCGTGCAGGATGGAGCCAGCTATGCCGGTGCAATTCTGAAAGATGAGTTAAAACAGGC‑GGGTATCACCTGGAGCGGAACACTGCTGCGCCAG‑ACTCAGGTTAACGAACCTGGAACGGTAGTTGCCAGTAAACAGTCGGCCCCGCTGCACGATCTGCTTAAGATTATGCTGAAAAAGTCGGACA‑ACATGATCGCCGATACGGTTTTCCGCATGATAGGCCATGCGCGCTTCAATGTGCCTGGAACATG‑GCGGGCCGGGTCGGACGCCGTGCGTCAGATCCTGCGCCAGCAAGCCGGTGTCGATATT > NC_000913/3329534‑3330004 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |