| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 71,877 | A→G | 24.9% | E176G (GAG→GGG) | yabI → | DedA family inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 71,877 | 0 | A | G | 24.9% | 59.7 / 3.6 | 37 | E176G (GAG→GGG) | yabI | DedA family inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (4/22); new base G (7/3); total (12/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.19e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCGTTGCATCAACACAGCATGTTCACCATTCTGGTCGGTCGTTTTGTTGGCCCGACGCGTCCGCTGGTGCCAATGGTGGCGGGAATG‑CTGGATCTGCCGGTGGCTAAATTTATTACGCCGAATA‑TTATCGGCTGCCTGCTGTGG‑CCGCCGTTTTACTTCCTGCCAGGGATTCTGGCGGGCGCGGCGAT‑C‑GATATTCCTGCCGGAATGCAGAGCGGT‑GAGTTTAAATGGTTGCTGCTGGCAACAGCGGTGTTTTTGTGGGTTGGTGGCTGGCTGTGCTGGCGGTTATGGCGCAGCGGTAAA‑GCGACTGACCGTTTGAGTCATTATTTGTCCCG‑CGGTCGTTTGTTGTGGCTG‑ACGCCGTTGATTTCTGCCATCGGCGTGGTGGCGCTGGTGGTGTTAATTCGCCACCCGTTGATGCCGGTGTATATCGATATTTTGCGTAA > NC_000913/71660‑72099 | gCGTTGCATCAACACAGCATGTTCACCATTCTGGTCGGTCGTTTTGTTGGCCCGACGCGTCCGCTGGTGCCAATGGTGGCGGGTATG‑CTGGATCTGCCGGTGGCCCAATTTATTCCGCCGACTA‑TTTACGGCTGCCTGCTGTGG‑CCGCCGTTTTTCTTCTTGCCAGGGATTTTGGCGGGCGCGGCCGT‑CGGATTTTCTTCCCGGAAT‑CAGAGCGGTGGGGTTTaaag > 1:209057/1‑226 (MQ=255) cGTTGCATCAACACAGCATGTTCACCATTCTGGTCGGTCGTTTTGTTGGCCCGACGCGTCCGCTGGTGCCAATGGTGGCGGGAATG‑CTGGATCTGCCGGTGGCTAAATTTATTACGCCGAATA‑TTATCGGCTGCCTGCTGTGG‑CCGCCGTTTTACTTCCTGCCAGGGATTCTGGCGGGCGCGGCGGT‑C‑GCTATTCCTGCCGGAATGCCGAGCGGG‑GGGTTTAAATggc > 2:155575/1‑227 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |