| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,782,276 | G→C | 6.8% | A150G (GCG→GGG) | ypjA ← | adhesin‑like autotransporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,782,276 | 0 | G | C | 6.8% | 238.8 / 2.0 | 82 | A150G (GCG→GGG) | ypjA | adhesin‑like autotransporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (40/34); new base C (4/3); total (45/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TCGTGTCCAGCGCACGGCTCTCATATACTCTTTGCTCACCGCCATTTTTAATGGTTGTTGTTTCTACTGTGCTCTGTTCAACATACTGTCGACCACCATTTATGGTTGTGTTCGTTGCCAGACTTCCTTGTACTACGTCCTGAGAGCCAGACTTATTTATCGTTGTACCATCAGCATGCCCTTGAACTTTTACTATCTGGCTACCACCATCAATGAGTATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTA > NC_000913/2782049‑2782503 | gtgtttccaccgcggctttttaatatTCTCGTTGCTCCCCGTACTTTTTAAGGGTTGGTTTTTCTGCTTTGTTCTGGTCAACATACTGTCGACCACCATTTATGGTTGTGTTCGTTGCCAGACTTCCTTGTACTACGTCCTGAGAGCCAGACTTATTTATCGTTGTACCATCAGCATGCCCTTGAACTTTTACTATCTGGCTCCCACCATCAATGAGTATTCCATTCg < 1:214809/206‑1 (MQ=255) tCCAGCGCACGGCTCTCATATACTCTTTGCTCACCGCCATTTTTAATGGTTGTTGTTTCTACTGTGCTCTGTTCAACATACTGTCGACCACCATTTATGGTTGTGTTCGTTGCCAGACTTCCTTGTACTACGTCCTGAGAGCCAGACTTATTTATCGTTGTACCTTCCGCTTGCCCTTGAACTTTTACTATTTGGTTACAACCACCAATGAGTTTTCCATTCCCAccc > 1:6391/1‑226 (MQ=255) tCCAGCGCACGGCTCTCATATACTCTTTGCTCACCGCCATTTTTAATGGTTGTTGTTTCTACTGTGCTCTGTTCAACATACTGTCGACCACCATTTATGGTTGTGTTCGTTGCCAGACTTCCTTGTACTACGTCCTGAGAGCCAGACTTATTTATCGTTGTACCATCAGCATGCCCTTGAACTTTTACTATCTGGCTACCACCATCAATGAGTATTCCATTCGCActc > 1:345869/1‑228 (MQ=255) gcACGGCTCTTATTCACTCTTTGCTCACCGCCATTTTTAATGGTTGTTGTTTCTACTGTGCTCTGTTCAACATACTGTCGACCACCATTTATGGTTGTGTTCGTTGCCAGACTTCCTTGTACTACGTCCTGAGAGCCAGACTTATTTATCGTTGTACCA‑CAGCATGCCCTTGAACTTTTACTATCTGGCTACCACCATCAATGAGTATTCCATTCGCACTccctccct < 2:310934/228‑1 (MQ=255) tctttttGCCCACCGTCATTTTTAATGGTTGTTGTTTCTACTGTTCTCTGTTCAACATACTGTCGACCACCATTTATGGTTGTGTTCGTTGCCAGACTTCCTTGTACTACGTCCTGAGAGCCAGACTTATTTATCGTTGTACCATCAGCATGCCCTTGAACTTTTACTATCTGGCTACCACCATCAATGAGTATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCa < 2:491935/224‑1 (MQ=255) ctctTTGCTCACCGCCATTTTTAATGGTTGTTGTTTCTACTGTGCTCTGTTCAACATACTGTCGACCACCATTTATGGTTGTGTTCGTTGCCAGACTTCCTTGTACTACGTCCTGAGAGCCAGACTTATTTATCGTTGTACCATCAGCATGCCCTTGAACTTTTCCTACCTGGCTACCCCCACCAATGAGCATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTCCGCTTGaatccc > 2:643439/1‑224 (MQ=255) tttttGCTCACCGACATTTTTAATGGTTGTTGTTTCTACTGTGCTCTGTTCAACATACTGTCGACCACCATTTATGGTTGTGTTCGTTGCCAGACTTCCTTGTACTACGTCCTGAGAGCCAGACTTATTTATCGTTGTACCATCAGCATGCCCTTGAACTTTTACTATCTGGCTACCACCATCAATGAGTATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCAc < 2:607810/225‑1 (MQ=255) tttGCTCACCGCCATTTTTAATGGTTGTTGTTTCTACTGTGCTCTGTTCAACATACTGTCGACCACCATTTATGGTTGTGTTCGTTGCCAGACTTCCTTGTACTACGTCCTGAGAGCCAGACTTATTTATCGTTGTACCATCAGCATGCCCTTGAACTTTTACTATCTGGCTACCACCATCAATGAGCATTCAATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGc > 2:140311/1‑228 (MQ=255) tttGCTCACCGCCATTTTTAATGGTTGTTGTTTCTACTGTGCTCTGTTCAACATACTGTCGACCACCATTTATGGTTGTGTTCGTTGCCAGACTTCCTTGTACTACGTCCTGAGAGCCAGACTTATTTATCGTTGTACCATCAGCATGCCCTTGAACTTTTACTATCTGGCTACCACCATCAATGAGAATTCCATTCGc > 2:306627/1‑199 (MQ=255) tttGCTCACCGCCATTTTTAATGGTTGTTGTTTCTACTGTGCTCTGTTCAACATACTGTCGACCACCATTTATGGTTGTGTTCGTTGCCAGACTTCCTTGTACTACGTCCTGAGAGCCAGACTTATTTATCGTTGTACCATCAGCAGGCCCTTGAACTTTTATTATCTGGCTACCACCATCAATTAGGATTCCATTCCCCCCCCCTCCCCCTAccactgaacccccgc > 1:159127/1‑214 (MQ=255) tttcTCACCGCCATTTTTAATGGTTGTTGTTTCTACTGTGCTCTGTTCAACATACTGTCGACCACCATTTATGGTTGTGTTCGTTGCCAGACTTCCTTGTACTACGTCCTGAGAGCCAGACTTATTTATCGTTGTACCATCAGCATGCCCTTGAACTTTTACTATCTGGCTACCACCATCAATGAGTATTCCATTCGCa < 1:306627/196‑1 (MQ=255) tGCTCACCGCCATTTTTAATGGTTGTTGTTTCTACTGTGCTCTGTTCAACATACTGTCGACCACCATTTATGGTTGTGTTCGTTGCCAGACTTCCTTGTACTACTTCCTGCGAGCCAGACTTATTTATCGTTGTACCATCAGCATGCCCTTGAACTTTTACTATCTGGCTACCACCATCAATTAGTATTCCATTCGCACTCCTTCCCTCTAcccccaaacacccccc > 1:329409/1‑212 (MQ=255) tGCTCACCGCCATTTTTAATGGTTGTTGTTTCTACTGTGCTCTGTTCAACATACTGTCGACCACCATTTATGGTTGTGTTCGTTGCCAGACTTCCTTGTACTACGTCCTGAGAGCCAGACTTATTTATCGTTGTCCCATCAGCATTCCCTTGAACTTTTATTATCTGGCAACCACCATCAATGAGTTTTCCATTCGACATCCTTCCCTCTaaccatcatgaccctcc > 1:152990/1‑211 (MQ=255) tGCTCACCGCCATTTTTAATGGTTGTTGTTTCTACTGTGCTCTGTTCAACATACTGTCGACCACCATTTATGGTTGTGTTCGTTGCCAGACTTCCTTGTACTACGTCCTGAGAGCCAGACTTATTTATCGTTGTACCATCAGCATGCCCTTGAACTTTTACTATCTGGCTACCACCATCAATGAGTATTCCATTCCCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGccc > 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1:583549/1‑209 (MQ=255) tgCTCTGTTCAACATACTGTCGACCACCATTTATGGTTGTGTTCGTTGCCAGACTTCCTTTTACTACGTCCTGAGAGCCAGACTTATTTATCGTTCTTCCATCACCTTGCCCTTGAACTTTTCCTTTCTGGCTACCACAATCAATGAGTATTCCATTTGCACTCCCTCCCACTACTCGTGCAGACCCGACCTTAATGTGCTTTCCATCCTTCATCCCCCCTTTTTaa > 1:21505/1‑227 (MQ=255) tgCTCTGTTCAACATACTGTCGACCACCATTTATGGTTGTGTTCGTTGCCAGACTTCCTTGTACTACGTCCTGAGAGCCAGACTTATTTATCGTTGTACCATCAGCATGCCCTTGAACTTTTACTATCTGGCTCCCACCATCAATAAGTATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTTTCTTTCCATTGCGATTACCCCCCTTTTaa > 1:132801/1‑227 (MQ=255) tgCTCTGTTCAACATACTGTCGACCACCATTTATGGTTGTGTTCGTTGCCAGACTTCCTTGTACTACGTCCTGAGAGCCAGACTTATTTATCGTTGTACCATCAGCATGCCCTTGAACTTTTACTATCTGGCTACCACCATCACTGATTATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACCCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGTTACCCCCTTTATaa > 2:321268/1‑227 (MQ=255) 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1:393085/1‑227 (MQ=255) gCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATACACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCCTTa > 2:93741/1‑228 (MQ=255) gCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCCCCACATTCAAAAAGACATCCATTa > 1:648324/1‑228 (MQ=255) | TCGTGTCCAGCGCACGGCTCTCATATACTCTTTGCTCACCGCCATTTTTAATGGTTGTTGTTTCTACTGTGCTCTGTTCAACATACTGTCGACCACCATTTATGGTTGTGTTCGTTGCCAGACTTCCTTGTACTACGTCCTGAGAGCCAGACTTATTTATCGTTGTACCATCAGCATGCCCTTGAACTTTTACTATCTGGCTACCACCATCAATGAGTATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTA > NC_000913/2782049‑2782503 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |