| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,838,901 | C→T | 15.7% | L219L (CTG→TTG) | yicL → | EamA family inner membrane putative transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,838,901 | 0 | C | T | 15.7% | 168.9 / 7.5 | 83 | L219L (CTG→TTG) | yicL | EamA family inner membrane putative transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (18/51); new base T (12/2); total (30/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.75e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.27e-01 | |||||||||||
ACACACGGTAATCCGACGTCATTATCGATCTCTCCTGCCGCGTTGTTCTGGGGCATTGCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTCT‑GGCGTTTTTTTA‑TTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGTC‑TG‑TACCTGAAAG‑GAGCACAA‑TT‑AA‑TTGGC‑GG‑TCCAAAAGCCAGCATTTTGAGCTGTGCAGAACCATTAAGTAGCGCGCTACTCTCTTTGCTGTTGCTGGGGA‑TCACGTTCACATTACCGGACTGGCTGGGAACGCTGCTGATTCTGTCATCGGTGATTTTGATTTCAATGGA > NC_000913/3838679‑3839121 | caccccGGTTATCCGTCGTCATTTTCGATCTCCCCTGCCGCGTTGTTCTGGGGCATTGCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTCT‑GGCg < 1:415436/223‑1 (MQ=255) gTAATCCGACGTCATTATCGATCTCTCCTGCCGCGTTGTTCTGGGGCATTGCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAGCAACCTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTCT‑GGCGttttt > 2:90655/1‑226 (MQ=255) attcgtcGTCATTATCGGTCCCTCCTTGCGCGTTGTTCTGGGGCCTTGCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGTTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTCT‑GGCGTTTTTTTA‑tt < 1:394668/222‑1 (MQ=255) cgcattCATTTACGAACTCTCCGGCCGCGTTGTTCTGGGGCATTGCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACGTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTCT‑GGCGTTTTTTTA‑TTtg < 2:424276/222‑1 (MQ=255) cGTCATTATCGATCTCTCCTGCCGCGTTGTTCTGGGGCATTGCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGTGTATGCTGATTGGCGGGCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACACGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGGTTGATTTT‑GGCTGTTTTTTA‑ATtggtgg > 2:369836/1‑228 (MQ=255) cGTCATTATCGATCTCTCCTGCCGCGTTGTTCTGGGGCATTGCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGGTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTCACGGCAGGTTGATTCT‑TGGGTTTTTTTA‑TTttgtgg > 2:575527/1‑228 (MQ=255) tCATTATCGATCTCTCCTGCCGCGTTGTTCTGGGGCATTGCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAAATTTGTCGTTAACGGCCGTTTGGTTCT‑GGCGTTTTTTTA‑TTTtgtggt > 2:208018/1‑227 (MQ=255) gttccctccgtccgctgttttttGGGGCATTGCCGCGCCATTTGCTGTTGGATTCTATCCCGCCTTGCCCTCAACGCTAATCGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTCT‑GGCGTTTTTTTA‑TTTGGTGGTCATTGGTAc < 1:430871/206‑1 (MQ=255) gATCTCTCCTGCCGCCTTGTTCTGGGGCATTGCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTCT‑GGCGTTTTTTTA‑TTTGGTGGTCATTGGTAc < 2:378881/228‑1 (MQ=255) 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< 1:572384/228‑1 (MQ=255) ccGCGTTGTTCTGGGGCATTGCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTTTCGTTAACGGCCGTTTGATTCT‑GGCGTTTTTTTA‑TTTGGTGGTCATTTGTACGGTCCTGACa > 2:482550/1‑227 (MQ=255) ttgttTTGGGGCATTGCCTGGGCTGTTGCGGTTTCCTTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGGTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGGCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTCT‑GGCGTTTTTTTA‑TTTGGTGGTCATTGGTGCGTCCCTGACATTTAGt < 1:365437/228‑1 (MQ=255) ttgttCTGGGGCATTGCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGGCTTATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGGACAAAGCTTTTCGGTTACGGGCGGTTTTTTTG‑GGCGTGTTTTTACTTTGTGGGTCATT‑GTACGGcccccgactttatt > 1:307096/1‑217 (MQ=255) 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aTCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTCTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTCT‑GGCGGTTTTTTA‑TTTGGTGGGCACTGGTACGTTCCTTGCCTTTATTCTTA‑TACCTAAAGG‑GGGCA‑AA‑TT‑CA‑TGTGC‑GGATCCAAAA‑CCAGCActt > 2:374201/1‑228 (MQ=255) aTCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTAGTTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCCGGTTGTTTTT‑TGCGGTTTTTTT‑TTTGGTGGGACTTGGTAGATCCCTGAACTTTTGTT‑TG‑TACCTTAAAGAGAG‑ACAA‑TT‑AA‑TTGAC‑gggaccaaaaccaacaatt > 1:272287/1‑211 (MQ=255) ttgaaggttaatgtgccGTTATGGGTCGTTACCAGGCGTCGGCTGTAGTATGCTGAGTGGCGGTATGATTCTGGTGCCTTTTTATGCCATGCAAGGAACCAACGGTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTCT‑GGCGTTTTTTTA‑TTTGGGGGGCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGTC‑GG‑TACCTGAAAG‑GAGCAGAA‑GT‑AA‑TTGGC‑GG‑TCCAAAAGCCAGCATTTTGAg < 1:628048/213‑1 (MQ=255) 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tAACGGCAGTTTGATTCT‑GGCGTTTTTTTA‑TTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGTC‑TG‑TACCTGAAAG‑GAGCACAA‑TT‑AA‑TTGGC‑GG‑TCCAAAAGCCAGCATTTTGAGCTGTGCAGAACCATTAAGTAGCGCGCTACTCTCTTTGCTGTTGCTGGGGA‑TCACGTTCACATTTCCGGACTGTCTGGGGACGCTGCTGGTTCTGTCATCGGggattttgt > 2:506286/1‑226 (MQ=255) aaCGGCAGTTTTATTCT‑GGCGTTTTTTGA‑TTTGGTGGTCATTGGTTCGTCCCTGACATTTAGTC‑GG‑TACCTGAAAG‑GAGCACAA‑TT‑AA‑TTGGC‑GG‑TCCAAAAGCCAGCATTTTGAGCTGTGCAGAACCATTAAGTAGCGCGCTACTCTCGTTGCTGTTGCTGGGGA‑TCACGTTCACATTACCGGACTGGCTGGGAACGCTGCTGATTCTGTCATCGGtgattttgat < 2:256558/227‑1 (MQ=255) tttGATTCT‑GGCGTTTTTTTA‑TTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGTC‑TG‑TACCTGAAAG‑GAGCACAA‑TT‑AA‑TTGGC‑GG‑GCCAAAAGCCAGCCTTTTTAGCTGTGCAGAACCATTAAGTAAGCCGCTACCCTCTTTGCTGTTGCTGGGGG‑TAACGTTACCATTACCGGACTGGCTGGGTAAGCCGCGGGTTTTTTCAACGGGGGTTTTGTTTTAAATGGa > 1:249348/1‑228 (MQ=255) | ACACACGGTAATCCGACGTCATTATCGATCTCTCCTGCCGCGTTGTTCTGGGGCATTGCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTCT‑GGCGTTTTTTTA‑TTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGTC‑TG‑TACCTGAAAG‑GAGCACAA‑TT‑AA‑TTGGC‑GG‑TCCAAAAGCCAGCATTTTGAGCTGTGCAGAACCATTAAGTAGCGCGCTACTCTCTTTGCTGTTGCTGGGGA‑TCACGTTCACATTACCGGACTGGCTGGGAACGCTGCTGATTCTGTCATCGGTGATTTTGATTTCAATGGA > NC_000913/3838679‑3839121 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |