| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 458787 = | 50 (0.660) | 28 (0.370) | 24/420 | NT | 36.2% | intergenic (+87/‑101) | clpX/lon | ATPase and specificity subunit of ClpX‑ClpP ATP‑dependent serine protease/DNA‑binding ATP‑dependent protease La |
| ? | NC_000913 | 608011 = | NA (NA) | intergenic (+23/‑54) | hokE/insL1 | toxic polypeptide, small/IS186 transposase | |||||
CCAAACCCGAACAATTTGGATGGTAGTCCCTTCTTCGCATGGAGGCAATATAAACATGCTGACGAAATATGCCCTTGCGGCAGTCATAGTGCTGTGTTTAACGGTGCTGGGATTTACGCTTCTGGTCGGAGACTCGCTGTGTGAGTTTACGGTGAAGGAACGTAATATTGAGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCC‑GTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAAC‑TTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACGTAATGCCGGGGCTCTAACCCGCCGCCGCGAAATTCGTGATGCTGCAACTCTGCTACGTCTGGGGCTGGCTTACGGCCCCGGGGGGATGTCATTA > NC_000913/607781‑608235 | ccAAACCCGAACAATTTGGATGGTAGTCCCTTCTTCGCATGGAGGCAATATAAACATGCTGACGAAATATGCCCTTGCGGCAGTCATAGTGCTGTGTTTAACGGTGCTGGGATTTACGCTTCTGGTCGGAGACTCGCTGTGTGAGTTTACGGTGAAGGAACGTAATATTGAGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCC‑GTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCt > 1:279832/1‑239 (MQ=255)ccAAACCCGAACAATTTGGATGGTAGTCCCTTCTTCGCATGGAGGCAATATAAACATGCTGACGAAATATGCCCTTGCGGCAGTCATAGTGCTGTGTTTAACGGTGCTGGGATTTACGCTTCTGGTCGGAGACTCGCTGTGTGAGTTTACGGTGAAGGAACGTAATATTGAGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCC‑GTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCt < 1:37739/239‑1 (MQ=255)ccAAACCCGAACAATTGGGATGGTAGTCCCTTCTTCGCATGGAGGCAATATAAACATGCTGACGAAATATGCCCTTGCGGCAGTCATAGTGCTGTGTTTAACGGTGCTGGGATTTACGCTTCTGGTCGGAGACTCGCTGTGTGAGTTTACGGTGAAGGAACGTAATATTGAGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCC‑GTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCt < 1:239630/239‑1 (MQ=255) cGAACAATTGTGATTGTAGTTCCTTCTTCGCATGGGATCAATATAAACATGCTGACGAAATATGCCCTTGCGGCAGTCATAGTTCTGTGTTTAACGGTGCTGGGATTTACGCTTCTGGTCGGAGACTCGCTGTGTTAGTTTACGGTGAAGGAACGTAATATTGAGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCC‑GTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAAC‑TTaa < 1:131794/239‑1 (MQ=255) aCAATTTGGATGGTAGGCCCTTATTCGCATGGAGGCAATATAAACATGCTGACGAAATATGCCCTTGCGGCAGTCATAGTGCTGTGTTTAACGGTGCTGGGATTTACGCTTCTGGTCGGAGACTCGCTGTGTGAGTTTACGGTGAAGGAACGTAATATTGAGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCC‑GTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAAC‑TTAAggg < 1:188016/239‑1 (MQ=255) aTTTGGATGGTAGTCCCTTCTTCGCATGGAGGCAATATAAACATGCTGACGAAATATGCCCTTGCGGCAGTCATAGTGCTGTGTTTAACGGTGCTGGGATTTACGCTTCTGGTCGGAGACTCGCTGTGTGAGTTTACGGTGAAGGAACGTAATATTGAGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCC‑GTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAAC‑TTAAGGGTtg < 1:199679/239‑1 (MQ=255) tGGTTGTCCCTTTTTCGCAGGGAGGAAATTTAAACATGTTGACGAAATATGCCCTTGCGGCAGTCATAGTGCTGTGTTTAACGGTGCTGGGATTTACGCTTCTGGTCGGAGACTCGCTGTGTGAGTTTACGGTGAAGGAACGTAATATTGAGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCC‑GTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAAC‑TTAAGGGTTGTGGTAt < 2:57871/238‑1 (MQ=255) tCCCTTCTTCGCATGGAGGCAATATAAACATGCTGACGAAATATGCCCTTGCGGCAGTCATAGTGCTGTGTTTAACGGTGCTGGGATTTACGCTTCTGGTCGGAGACTCGCTGTGTGAGTTTACGGTGAAGGAACGTAATATTGAGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAAAAGTATCC‑GTTGTGCGGGGGGTAATCCCATAAACGCACAC‑TTAAGGGGTGTGGGATTACg > 2:804191/1‑236 (MQ=255) cttctctgactGGAGGCAATTTAAACAGTCTGACTAAATATTGCCTTGGGGTATTCATAGTGTTGTGTTTAACGGTGCTGGGATTTACGCTTCTGGTCGGAGACTCGCTGTGTGAGTTTACGGTGAAGGAACGTAATATTGAGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCC‑GTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAAC‑TTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGat < 2:398690/229‑1 (MQ=255) tcttcGCATGGAGGCAATATAAACATGCTGACGAAATATGCCCTTGCGGCAGTCATAGTGCTGTGTTTAACGGTGCTGGGATTTACGCTTCTGGTCGGAGACTCGCTGTGTGAGTTTACGGTGAAGGAACGTAATATTGAGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGGAAAAGTAGCC‑GTTGGGGGGGGGGTAATCCCATAAGCGCGAAC‑TTAAGGGTTGTgggttttacccggaaat > 2:594365/1‑224 (MQ=255) aTGGAGGCAATATAAACATGCTGACGAAATATGCCCTTGCGGCAGTCATAGTGCTGTGTTTAACGGTGCTGGGATTTACGCTTCTGGTCGGAGACTCGCTGTGGGAGTTTACGGTGAAGGAACGTAATATTGAGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCC‑GTTTTGCGGGGGGGAATCCCATAAGCGCTAAC‑TTAAGGGTGGGGGGATTTGGCCTGAAATGATTTaa > 2:618183/1‑239 (MQ=255) 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ttGTGGCAGTCATAGTGCTGTGTTTAACGGTGCTGGGATTTACGCTTCTGGTCGGAGACTCGCTGTGTGAGTTTACGGTGAAGGAACGTAATATTGAGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCC‑GTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAAC‑TTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGc < 1:468857/239‑1 (MQ=255) gCAGTCATAGTGCTGTGTTTAACGGTGCTGGGATTTACGCTTCTGGTCGGAGACTCGCTGTGTGAGTTTACGGTGAAGGAACGTAATATTGAGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCC‑GTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAAC‑TTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAAtt < 1:618183/238‑1 (MQ=255) cATAGTGCTGTGTTTAACGGTGCTGGGATTTACGCTTCTGGTCGGAGACTCGCTGTGTGAGTTTACGGTGAAGGAACGTAATATTGAGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCC‑GTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAAC‑TTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGc < 1:207039/238‑1 (MQ=255) 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ttCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCC‑GTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAAC‑TTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACGTAATGCCGGTGCTCTAACCCGCCGCCGCGAAATTCGTGATGCTGCAACTCTGCTACgctt > 1:493340/1‑236 (MQ=255) ttCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCC‑GTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAAC‑TTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACGTAATGCCGGGGCTCTAACCCGCCGCCGCGAAATTCGTGATGCTGCaa > 1:812601/1‑226 (MQ=255) ttCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCC‑GTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAAC‑TTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACGTAATGCCGGGGCTCTAACCCGCCGCCGCGAAATTCGTGATGCTGCAACTCTGc < 1:768050/232‑1 (MQ=255) ttCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCC‑GTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAAC‑TTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACGTAATGCCGGGGCTCTAACCCGCCGCCGCGAAATTCGTGATGCTGCAACTCTGCTACGTcc > 1:877146/1‑238 (MQ=255) ttCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCC‑GTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAAC‑TTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACGTAATGCCGGGGCTCTAACCCCCCCCCCCGAAATTCGTGAGGCTGAAACCCTggcccg > 2:27725/1‑231 (MQ=255) ttCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCC‑GTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAAC‑TTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCAAGTAATCCCGGGGCTCTAACCCGCCGCCGCGAAAATCGTGAGGCGGAAAcccgggaacgtcg > 2:366764/1‑227 (MQ=17) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |