| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 422,231 | A→T | 15.8% | I416F (ATC→TTC) | proY → | proline‑specific permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 422,231 | 0 | A | T | 15.8% | 165.9 / 3.3 | 69 | I416F (ATC→TTC) | proY | proline‑specific permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (14/43); new base T (6/6); total (20/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.21e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GATGACTACCGCGCTGCTGTTTGCGGTGTATCTGAACTACATCATGCCGGAAAACGTCTTCCTGGTGATCGCTTCGCTGGCAACCTTCGCCACGGTGTGGGTGTGGATTATGATCCTGCTGTCGCAAATTGCCTTCCGTCGCCGTTTGCCGCCAGAAGAAGTTAAGGCGCTGAAATTTAAAGTGCCGGGTGGGGTAGCAACGACCATCGGCGGGCTGATTTTCCTGCTC‑TTTATTATCGGGTTGATTGGT‑TATCACCCGGATACGCGTATCTCGCTGTATGTCGGTTTCGCGTGGATTGTTGTGCTG‑TTGATTGGCTGGATGTTTAAACGCCGCCACGATCGTCAGCTGGCTG‑AAAACCAGTAATCCTTGCGTTCTGTAAGCCGGTTCAGGAGGAAATCCTGATCCGGCTATTCCGAAAGTTATCCGCCCCCGTCCTCCTCCCCCAAATATCCTTCAGATGATGAGTGATC > NC_000913/421996‑422466 | tgtgccgtccggggtgttgTTTGCGGGGTTTTTGAACTACATCATGCCGGAAAACGGCTTCCTGGTGATCGCTTCGCTGGCAACCTTCGCCCCGGTGTGGGTGTGGATTATGAGCCTGCTGTCGCAAATTGCCTTCCGTCGCCGTTTGCCGCCAGAAGAAGTTAAGGCGCTGAAATTTAAAGTGCCGGGTGGGGTAGCAACGACCATCGGCGGGCTGATTTTCCTGCTC‑TTTATTATc < 2:862129/221‑1 (MQ=255)gatgaCTACCGCGCTGCTGTTTGCGGTGTATCTGAACTACATCATGCCGGAAAACGTCTTCCTGGTGATCGCTTCGCTGGCAACCTTCGCCACGGTGTGGGTGTGGATTATGATCCTGCTGTCGCAAATTGCCTTCCGTCGCCGTTTGCCGCCAGAAGAAGTTAAGGCGCTGAAATTTAAAGTGCCGGGTGGGGTAGCAACGACCATCGGCGGGCTGATTTTCCTGCTC‑TTTATTATc < 1:409601/238‑1 (MQ=255) tACCGCGCTGCTGTTTGCGGTGTATCTGAACTACATCATGCCGGAAAACGTCTTCCTGGTGATCGCTTCGCTGGCAACCTTCGCCACGGTGTGGGTGTGGATTATGATCCTGCTGTCGCAAATTGCCTTCCGTCGCCGTTTGCCGCCAGAAGAAGTTAAGGCGCTGAAATTTAAAGTGCCGGGTGGGGTAGCAACGACCATCGGCGGGCGGGTTTTCCTGCTC‑TTTATTTTTGGGtgtg > 1:159248/1‑236 (MQ=255) tccggggttctgTTTGGGGTGTTACCGAACTACATCATGCCGGAAAACGTCTTCCTGGTGATCGCTTCGCTGGCAACCTTCGCCACGGTGTGGGTGTGGATTATGATCCTGCTGTCGCAAATTGCCTTCCGTCGCCGTTTGCCGCCAGAAGAAGTTAAGGCGCTGAAATTTAAAGTGCCGGGTGGGGTAGCAACGACCATCGGCGGGCTGATTTTCCTGCTC‑TTTATTATCGGGTTGAt < 1:396602/230‑1 (MQ=255) tccGCGCTTTTGTTTGCGGTGTATCTGAACTACATCATGCCGGAAAACGTTTTCCTGGTGATCGCTTCGCTGGCAACCTTCGCCACGGTGTGGGTGTGGATTATGATCCTGCTGTCGCAAATTGCCTTCCGTCGCCGTTTGCCGCCAGAAGAAGTTAAGGCGCTGAAATTTAAAGTGCCGGGTGGGGTAGCAACGACCATCGGCGGGCTGATTTTCCTGCTC‑TTTATTATCGGGTTGAt < 2:334528/238‑1 (MQ=255) tccGCGCGGCTGTTTGCGGTGTATCTGAACTACATCATGCCGGAAAACGTCTTCCTGGGGTTCGCTTCGCTGGGAACTTTCGCCACGGTGTGGGTGTGGATTATGATCCTGCTGTCGCAAATTGCCTTCCGTCGCCGTTTGCCGCCAGAAGAAGTTAAGGCGCTGAAATTTAAAGTGCCGGGTGGGGTAGCAACGACCATCGGCGGGCTGATTTTCCTGCTC‑TTTATTATCGGGTTGAt < 1:871150/238‑1 (MQ=255) ccGCGCTGCTGTTTGCGGTGTATCTGAACTACATCATGCCGGAAAACGTCTTCCTGGTGATCGCTTCGCTGGCAACCTTCGCCACGGTGTGGGTGTGGATTATGATCCTGCTGTCGCAAATTGCCTTCCGTCGCCGTTTGCCGCCAGAAGAAGTTAAGGCGCTGAAATTTAAAGGGCCGGGTGGGGTAGCAACGACCATCGGCGGGCTGATTTTCCTCGTC‑TTTTTTATCgctttttct > 1:73032/1‑231 (MQ=255) 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(MQ=255) tgtgggtgtggATTATGATCCTGCTGTCGCAAATTGCCTTCCGTCGCCGTTTGCCGCCAGAAGAAGTTAAGGCGCTGAAATTTAAAGTGCCGGGTGGGGTAGCAACGACCATCGGCGGGCTGATTTTCCTGCTC‑TTTATTATCGGGTTGATTGGT‑TATCACCCGGATACGCGTATCTCGCTGTATGTCGGTTTCGCGTGGATTGTTGTGCTG‑TTGATTGGCTg < 1:115368/223‑1 (MQ=255) ggttgtggATTTTGATCCGGCGTTCGCAAATTGCCTTCCGTCGCCGTTTGCCGCCAGAAGAAGTTAAGGGGGTGAAATTTAAAGTGCCGGGTGGGGTAGCAACGACCATCGGCGGGCTGATTTTCCTGCTC‑TTTATTATCGGGTTGATGGGT‑TATCACCCGGATACGCGTATCTCGCTGTATGTCGGTTTCGCGTGGATTGTTGTGCTG‑TTGATTGGCTGGATGTTTAAACGCCGCCa < 2:766446/235‑1 (MQ=255) gggtgtggATTATGATCCTGCTGTCGAAAATTGCCTTCCGTCGGCGTTTGCCGCCAGAAGAAGTTAAGGCGCTGAAATTTAAAGGGCCGGGTGGGGTAGCAACGACCATCGGCGGGCTGATTTTCCTGCTC‑TTTATTATCGGGTTGATTGGT‑TATCACCCGGATACGCGTATCTCGCTGTATGTCGGTTTCGCGTGGATTGTTGTGCTG‑TTGATTGGCTGGATGTTTAAACGCCGCCa < 1:438579/238‑1 (MQ=255) 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tattatCGGGTTGATTGGG‑TATCACCCGGATATCCGTGTCTCGCTGTATGTCGGTTTCGCGTGGCTTGTTGTGCTG‑TTGATTTGCTGGATGTTTAAACGCCGCCACGATCGTCAGCTGGGTG‑AAAACCAGTAACCCTTGCTGTTTGCAAGCCGGTTCCGGTGGAAACCCTGATCCGGCCATTGGGCACGCTTTCCCCCCCCGTCACCCCCCCCCCAAACCCCTTCAgatacatacacg > 2:555753/1‑229 (MQ=255) attatCGGGTTGATTGGT‑TATCACCCGGATCCGCGTATCTCGCTGTATGTCGGTTTCGCGTGGATTGTTGTGCTG‑TTGATTGGCTGGATGTTTAAACGCCGCCACGATCGTCAGCTGGCTG‑AAAACCAGTAATCCTTGCGTTCTGTAAGCCGGTTCAGGAGGAAATCCTGATCCGGCTATTCCGAAAGTTATCCGCCCCCGTCCTCCTCCCCCAAATATCCTTCAGATGATGAGTGATc < 1:107425/239‑1 (MQ=255) attatCGGGTTGATTGGT‑TATCACCCGGATACGCTTATCTCGCTGTATGTCGGTTTCGCGTGGATTGTTGTGCTG‑TTGATTGGCTGGATGTTTAAACGCCGCCACGATCGTCAGCTGGCTG‑AAAACCAGTAATCCTTGCGTTCTGTAAGCCGGTTCAGGAGGAAATCCTGATCCGGCTATTCCGAAAGTTATCCGCCCCCGTCCTCCTCCCCCAAATATCCTTCAGATGATGAGTGATc < 1:517412/239‑1 (MQ=255) | GATGACTACCGCGCTGCTGTTTGCGGTGTATCTGAACTACATCATGCCGGAAAACGTCTTCCTGGTGATCGCTTCGCTGGCAACCTTCGCCACGGTGTGGGTGTGGATTATGATCCTGCTGTCGCAAATTGCCTTCCGTCGCCGTTTGCCGCCAGAAGAAGTTAAGGCGCTGAAATTTAAAGTGCCGGGTGGGGTAGCAACGACCATCGGCGGGCTGATTTTCCTGCTC‑TTTATTATCGGGTTGATTGGT‑TATCACCCGGATACGCGTATCTCGCTGTATGTCGGTTTCGCGTGGATTGTTGTGCTG‑TTGATTGGCTGGATGTTTAAACGCCGCCACGATCGTCAGCTGGCTG‑AAAACCAGTAATCCTTGCGTTCTGTAAGCCGGTTCAGGAGGAAATCCTGATCCGGCTATTCCGAAAGTTATCCGCCCCCGTCCTCCTCCCCCAAATATCCTTCAGATGATGAGTGATC > NC_000913/421996‑422466 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |