| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,219,538 | C→T | 10.6% | A315V (GCG→GTG) | aceK → | isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,219,538 | 0 | C | T | 10.6% | 181.3 / 9.8 | 73 | A315V (GCG→GTG) | aceK | isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (33/29); new base T (4/3); total (39/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.21e-01 | |||||||||||
CCTGCCTGACGACGACCGCCGAAGCGAGCATTGTTTTTGGCTTTGCGCGTTCTTATTTTATGGTTTATGCGCCGCTGCCCGCAGCGCTGGTCGAGTGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGTCATCAAAGACAGGTTCGCGCCGCAGAAAGAGATGTCTGCCGCTCACGTTCGTGCCTGCTATCAACTGGTGAAAGAGCACGATCGCGTGGGCCGAATGGCGGACACCCAGGAGTTTGAAAACTTTGTGCTGGAGAAGCGGCATATTTCCCCGGCATTAATGGAATTACTGCTT > NC_000913/4219307‑4219776 | ctgcgcgatgtcgccccgccgAAGCGGGCATTGTTTTTGGCGTTGGGCGTTCTTTTTTTATGGTTTATGCGCCGCTGCCCGCAGCGCTGGTCGAGTGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGt < 2:700998/224‑1 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ttCATTGAAGCGGCGGGTATTCGTGGAATGGTGCTGTTGGAGGTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGGCATCCAAGACAGGTTCGCGCCGCAGAAAGAGATGTCTGCCGCTCACGTTCGTGCTTGCTATCAACTGTTGAAAGAGAACGATCGCCAGGGCCGAAAGCCTGCCACCCAGGAGGGTGAAACATTTGTGCTGAGGAAGCGGCATATATGCCCGGCAATaaagaa > 2:115899/1‑235 (MQ=255) ttCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGTCATCAAAGACAGGTTCGCGCCGCAGAAAGAGATGTCTGCCGCTCACGTTCGTGCCTGCTATCAACTGGTGAAAGAGCACGATCGCGTGGGCCGAATGGCGGTCACCCAGGGGTTTGAAAACTTTGGGCTGGGGAAAGGGCGAATTTACCCGGCATTAATGGa > 2:228578/1‑239 (MQ=255) ttCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGTCATCAAAGACAGGTTCGCGCCGCAGAAAGAGATGTCTGCCGCTCACGTTCGTGCCTGCTATCAACTGGTGAAAGAGCACGATCGCGTGGGCCGAATGGCGGACACCCAGGGGTTTGAAAACTTTGTGCTGGAGAAGCGGCATATTTCCCCGGCATTAATGGa > 1:327727/1‑239 (MQ=255) ttCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGTCATCAAAGACAGGTTCGCGCCGCAGAAAGAGATGTCTGCCGCTCACGTTCGTGCCTGCTATCAACTGGTGAAAGAGCACGATCGCGTGGGCCGAATGGCGGACACCCAGGAGTTTGa < 1:343091/194‑1 (MQ=255) ttCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGTCATCAAAGACAGGTTCGCGCCGCAGAAAGAGATGTCTGCCGCTCACGTTCGTGCCTGCTATCAACTGGTGAAAGAGCACGACCGCGTGGGCCGAATGGCGGACACCCAGGGGTTTGAAAACTTTGTGCGGGGGAAGGGGCAAAATTCCCCGGCTTTCAGGGa > 2:851170/1‑239 (MQ=255) ttCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGTCATCAAAGACAGGTTCGCGCCGCAGAAAGAGATGTCTGCCGCCAACGTTCGTGCCTGCTATCAACTGGTGAAAGAGCCCGAACGCGTGGGCCGAAGGGCGGCACCCCAGGAGTTTGAAAAACTTGTGTGGGGGCAGGGGAATATTTCCCCgcgcttaaagaa > 2:488529/1‑228 (MQ=255) cATTGAAGCGGCGGGTATTCGTTGAATGGTGATGTTGGTGTGTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGTCATCAAAGACAGGTTCGCGCCGCAGAAAGAGATGTCTGCCGCTCACGTTCGTGCCTGCTATCAACTGGTGAAAGAGCACGATCGCGTGGGCCGAATGGCGGACACCCAGGAGTTTGAAAACTTTGTGCTGGAGAAGCg < 1:907183/213‑1 (MQ=255) ttGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGTCATCAAAGACAGGTTCGCGCCGCAGAAAGAGATGTCTGCCGCTCACGTTCGTGCCTGCTATCAACTGGTGAAAGAGCACGATCGCGTGGGCCGAATGGCGGACACCCAGGAGTTTGAAAACTTTGTGCTGGAGAAGCGGCATATTTCCCCGGCATTAATGGAATTa < 1:228578/239‑1 (MQ=255) cgcCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGTCATCAAAGACAGGTTCGCGCCGCAGAAAGAGATGTCTGCCGCTAACGTTCGTGCCTGCTATCAACTGGTGAAAGAGCACGATCGCGTGGGCCGAATGGCGGACACCCAGGAGTTTGAAAACTTTTGGCTGGAGAAGCGGCAAATTTCACCGGAATTAATGAAAATactacta > 2:223491/1‑238 (MQ=255) cgcCGGGGATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGTCATCAAAGACAGGTTCGCGCCGCAGAAAGAGATGTCTGCCGCTCACGTTCGTGCCTGCTATCAACTGGTGAAAGGGCACGATCGCGGGGGCCGAATGGCGGCCACCACGGAGTTTGAAACATTTGTGCTGGGAAAGCGGGAGTTTTCCACCGCCATAAGTGAAATACTGttt > 2:615767/1‑239 (MQ=255) | CCTGCCTGACGACGACCGCCGAAGCGAGCATTGTTTTTGGCTTTGCGCGTTCTTATTTTATGGTTTATGCGCCGCTGCCCGCAGCGCTGGTCGAGTGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGTCATCAAAGACAGGTTCGCGCCGCAGAAAGAGATGTCTGCCGCTCACGTTCGTGCCTGCTATCAACTGGTGAAAGAGCACGATCGCGTGGGCCGAATGGCGGACACCCAGGAGTTTGAAAACTTTGTGCTGGAGAAGCGGCATATTTCCCCGGCATTAATGGAATTACTGCTT > NC_000913/4219307‑4219776 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |