| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,295,699 | T→G | 20.1% | V407G (GTG→GGG) | gltP → | glutamate/aspartate:proton symporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,295,699 | 0 | T | G | 20.1% | 223.5 / 5.6 | 105 | V407G (GTG→GGG) | gltP | glutamate/aspartate:proton symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (20/58); new base G (23/3); total (44/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.60e-08 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
GCATTGACCTGTCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGG‑CGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATTG‑CCAAGTGGGAACACAAATTTGACCG‑TAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGC‑TGGG‑C‑AAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGT‑GATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTTATGCCGCAT > NC_000913/4295474‑4295935 | gCATTGACCTGTCCAGCCGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGG‑CGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATTG‑CCAAGTgg < 1:765024/239‑1 (MQ=255) 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GCATTGACCTGTCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGG‑CGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATTG‑CCAAGTGGGAACACAAATTTGACCG‑TAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGC‑TGGG‑C‑AAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGT‑GATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTTATGCCGCAT > NC_000913/4295474‑4295935 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |