| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 896,963 | A→G | 14.0% | E277G (GAG→GGG) | potH → | putrescine ABC transporter permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 896,963 | 0 | A | G | 14.0% | 172.0 / 2.1 | 72 | E277G (GAG→GGG) | potH | putrescine ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (30/30); new base G (7/4); total (38/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.18e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTTATGGTACTGCCGATTTATACCGCGTTGATTCGTATTGATTATTCGCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTGTGATCCCGGAACTGCTCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAA‑GAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGCGATCATCATGTTGCTGCTGCTAATTGTGCCGATAA‑TGTGGTTCCACAAACACCAGCAAAAAAGC‑GTGGGA‑GAACACGGATGAATAATTTACCGGTAGTTCGTTCGCCCTGGCGGATTGTGATTTTGCTGCTGGGCTTTACCTTTCTCTACGCGCCAATGC‑TGATGCTGGTTATCTATTCGTTTAACAGCTCGAA > NC_000913/896725‑897199 | tttATGGTACTGCCGATTTATACCGCGTTGATTCGTATTGATTATTCGCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTGTGATCCCGGAACTGCCCGGTGGCCCGGACCGCATCATGATCGGGCGCGTGCAATGGCAa‑ga > 1:896440/1‑239 (MQ=255) tATGGTACTGCCGATTTATACCGCGTTGATTCGTATTGATTATTCGCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTGTGATCCCGGAACTGCTCGGTGGCCCGGACGCCATCATGATCGGGCGCGGGCTATGGCAA‑GAGt > 1:158378/1‑239 (MQ=255) tGCCGATTTATACCGCGTTGATTCGTATTGATTATTCGCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGCTTATTGCCGGATCGATGCTGGGGTTTATACCGGCTGTGGGCGAGTTTGGGATCCCGGAACTGGCCGGTGGCCCGGACCGCATCCGAATCGGGGGAGGGCTTTGGGAA‑GGGATTTTCaaa > 2:717479/1‑238 (MQ=255) tGCCGATTTATACCGCGTTGATTCGTATTGATTATTCGCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTGTGATCCCGGAACTGCTCGGTGGCCCGGACGGCATTATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAA‑GAGGTTTTTAAt > 1:559260/1‑239 (MQ=255) tGCCGATTTATACCGCGTTGATTCGTATTGATTATTCGCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTGTGATCCCGGAACTGCTCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAA‑GAGTTTTTCaa > 1:832084/1‑238 (MQ=255) cgTTGATTCGTATTGATTATTCGCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTGTGATCCCGGAACTGCTCGGTGGGCCGGACACCATCATGATCGGGCGGGAGCTATGGCAG‑AAGTTTTTCAATAAcccggcccgtccg > 1:716373/1‑228 (MQ=255) cgTTGATTCGTATTGATTATTCGCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGAGGGATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGGGTTTGTGATCCCGGAACCGCCCGGTGGCCCGGGCAGCATCATGATCGGGGCCGTGCTATGGCAA‑AGGTTTTTAAAAAACcgcgcaaggcgg > 2:119056/1‑231 (MQ=255) 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2:225549/1‑233 (MQ=255) cTCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAA‑GAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGCGATCATCATGTTGCTGCTGCTAATTGTGCCGATAA‑TGTGTGTCCACAAACACCAGCAAAAAAGC‑GAGGGG‑GAAACAGGATGGATAATTTACCCGTAGGTCGTTCCCCCCGGGGGGTTGTGATTTTTGTTCTGGGCCTTACCTTTctctcc > 2:637339/1‑237 (MQ=255) cTCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAA‑GAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGCGATCATCATGTTGCTGCTGCTAATTGTGCCGATAA‑TGTGGTTCCACAAACACCAGCAAAAAAGC‑GTGGGA‑GAACACGGATGATTAATTTTACGGGAATTCGTTCGCCCTGGGGGATTGGGATTTTTCTGCTGGGGTTTACCTTTATCTAc > 2:129548/1‑239 (MQ=255) cTCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAA‑GAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGCGATCATCATGTTGCTGCTGCTAATTGTGCCGATAA‑TGTGGTTCCACAAACACCAGCAAAAAAGC‑GTGGGA‑GAACACGGATGAATAATTTACCGGTAGTTCGTTCGCCCTGGCGGATTGTGATTTTGCTGTTGGGCTTTACCTTTTTCTa > 1:154661/1‑238 (MQ=255) cTCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAA‑GAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGCGATCATCATGTTGCTGCTGCTAATTGTGCCGATAA‑TGGGGGTCCCCAACCACCAGCAAAAAAACGGTGGGG‑AAACA‑GGAGGGATAATTTACCCGAAGATCGTTCGCCCCGGCGGATTGGGGATTTGCTTTGGGGCTTTACATTTttctcg > 2:296960/1‑237 (MQ=255) tGGCCCGGACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAA‑GAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGCGATCATCATGTTGCCGCTGCTAATTGTGCCGATAA‑TGTGGTTCCACAAACCCCAGCAAAAAAGC‑GGTGGA‑GAACACGGATGAAAAATTTACCGGACGTTCGTTTGCCCTGGCGGGTTGGGATTTTGTTGCTGGGCTTTACCTTTTTCTACGCGcc > 2:738787/1‑239 (MQ=255) ggCCCGGACGGCATCATGACGGGGCGGGTGTTAGGGCAA‑GAGTTTTGCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGCGATCATCATGTTGCTGCTGCTAATTGTGCCGATAA‑TGTGGTTCCACAAACACCAGCAAAAAAGC‑GTGGGA‑GAACACGGATGAATAATTTACCGGTAGTTCGTTCGCCCTGGCGGATTGTGATTTTGCTGCTGGGCTTTACCTTTCTCTACGCGcc < 2:864067/238‑1 (MQ=255) cgCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAA‑GAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGCGATCATCATGTTGCTGCTGCTAATTGTGCCGATAA‑TGTGGTTCCACAAACACCAGCAAAAAAGC‑GTGGGA‑GAACACGGATGAATAATTTACCGGTAGTTCGTTCGCCCTGGCGGATTGTGATTTTGCTGCTGGGCTTTACCTTTCTCTACGCGCCAatgc‑tgatg < 1:129548/238‑1 (MQ=255) aGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAA‑GAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGCGATCATCATGTTGCTGCTGCTAATTGTGCCGATAA‑TGTGGTTCCACAAACACCAGCAAAAAAGC‑GTGGGA‑GAACACGGATGAATAATTTACCGGTAGTTCGTTCGCCCTGGCGGATTGTGATTTTGCTGCTGGGCTTTACCTTTCTCTACGCGCCAatgc‑tgatg < 1:809430/239‑1 (MQ=255) tttgtgggcggggggtggttATGGCAA‑GAGTTTTTCAATAACCGGGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGCGATCATCATGTTGCTGCTGCTAATTGTGCCGATAA‑TGTGGTTCCACAAACACCAGCAAAAAAGC‑GTGGGA‑GAACACGGATGAATAATTTACCGGTAGTTCGTTCGCCCTGGCGGATTGTGATTTTGCTGCTGGGCTTTACCTTTCTCTACGCGCCAatgc‑tga < 2:635287/215‑1 (MQ=255) ttttGATCGGGCCCGTGCTATGACAC‑GAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGGAACGGTCATCATGATGTTGCTGCAAATTGGGCCGATAA‑GGTGGTTGCACCAACCCCCAGATAACACC‑GTAGAA‑GAACAAGGGTTAAGAATGTACCGGTAGCTCGCTCCCCCTGGGGGATTTGGATTTTGCGTCTGGGGTTTCCCTTTTCCCCGGCGCCGaggc‑tgatggggt > 2:501658/4‑235 (MQ=255) tCGGGCGTGTTTTAGGGCAA‑GAGTTTTTCAATGCCCGCCGCTGGGCGGTGGCCTCGGCGGTAGCCATCATCATGTTGCTGCTGCTAATTTGGCCGATAA‑TGTGGTTCCACAAACACCAGCAAAAAAGC‑GTGGGA‑GAACACGGATGAATAATTTACCGGTAGTTCGTTCGCCCTGGCGGATTGTGATTTTGCTGCTGGGCTTTACCTTTCTCTACGCGCCAATGC‑TGATGCTGGTTATCt < 2:731007/239‑1 (MQ=255) ggggccgTGCTTTGGTAT‑GAGTTTTTCAATAACCGGGGCTGGCCGGTGGCCTCGGGGGTAGCGATCATCATGTTGCTGCTGCTAATTGTGCCGATAA‑TGTGGTTCCACAAACACCAGCAAAAAAGC‑GTGGGA‑GAACACGGATGAATAATTTACCGGTAGTTCGTTCGCCCTGGCGGATTGTGATTTTGCTGCTGGGCTTTACCTTTCTCTACGCGCCAATGC‑TGATGCTGGTTATCTAt < 2:441527/234‑1 (MQ=255) gggctgggtcTATGGCAA‑GAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGCGATCATCATGTTGCTGCTGCTAATTGTGCCGATAA‑TGTGGTTCCACAAACCCCAGCAAAAAAGC‑GTGGGA‑GAACACGGATGAATAATTTACCGGTAGTTCGTTCGCCCTGGCGGATTGTGATTTTGCTGCTGGGCTTTACCTTTCTCTACGCGCCAATGC‑TGATGCTGGTTATCTAt < 1:493809/230‑1 (MQ=255) gggCGCGTGCTATGGCAA‑GAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGCGATCATCATGTTGCTGCTGCTAATTGTGCCGATAA‑TGTGGTTCCACAAACACCAGCAAAAAAGC‑GTGGGA‑GAACACGGATGAATAATTTACCGGTAGTTCGTTCGCCCTGGCGGATTGTGATTTTTCTGCTGGGCTTTACCTTTCTCTACGCGCCAATGT‑TGCTGCTGGTTATCTAt > 1:731007/1‑239 (MQ=255) ggCGCGTGCTATGGCAA‑GAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGCGATCATCATGTTGCTGCTGCTAATTGTGCCGATAA‑TGTGGTTCCACAAACACCAGCAAAAAAGC‑GTGGGA‑GAACACGGATGAATAATTTACCGGTAGTTCGTTCGCCCTGGCGGATTGTGATTTTGCTGCTGGGCTTTACCTTTCTCTACGCGCCAATGC‑TGATGCTGGTTTTCttt > 1:774377/1‑236 (MQ=255) 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aa‑GGGTTTTTCAATACCCGGGGCGGGCCGGGTGCCTCGGGTGTAGCGATCAGCATGTTGCCGCTGCTAATTGTGCCGATAA‑TGTGGTTCCACAAACCGCAGCAAAAAAGC‑GTGGGA‑GAACACGGATGAATAATTTACCGGTAGTTCGTTCGCCCTGGCGGATTGTGATTTTGCTGCTGGGCTTTACCTTTCTCTACGCGCCAATGC‑TGATGCTGGTTATCTATTCGTTTAACAGCTCg < 2:528933/238‑1 (MQ=255) a‑gagTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGCGATCATCATGTTGCTGCTGCTAATTTTGCCGATAA‑TGTGGTTCCACAAAAACCAGCAAAAAATC‑GGGGGA‑GAACACCGGTGAATAATTTCCCGGTAGTTCGTTCGCCCTGGTGGATTGTGATTTTCCTCCTCGGCTTTACCTTTCTCCCCGCGCCAATGCGTGA‑GCTTGTTATTTTTTCTTTTAACAGTCCGaa > 2:593637/1‑239 (MQ=255) | TTTATGGTACTGCCGATTTATACCGCGTTGATTCGTATTGATTATTCGCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTGTGATCCCGGAACTGCTCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAA‑GAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGCGATCATCATGTTGCTGCTGCTAATTGTGCCGATAA‑TGTGGTTCCACAAACACCAGCAAAAAAGC‑GTGGGA‑GAACACGGATGAATAATTTACCGGTAGTTCGTTCGCCCTGGCGGATTGTGATTTTGCTGCTGGGCTTTACCTTTCTCTACGCGCCAATGC‑TGATGCTGGTTATCTATTCGTTTAACAGCTCGAA > NC_000913/896725‑897199 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |