| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 48,555 | A→G | 18.7% | S263G (AGC→GGC) | kefC → | potassium:proton antiporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 48,555 | 0 | A | G | 18.7% | 96.6 / 2.2 | 47 | S263G (AGC→GGC) | kefC | potassium:proton antiporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (7/29); new base G (7/3); total (15/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.56e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TCGGCGTTAAAAGTGGCGGGTGCGCTGGTGCTGGTGGTATTGCTGGGGCGCTATGTCACGCGTCCGGCGCTGCGTTTTGTAGCCCGCTCTGGCTTGCGGGAAGTGTTTAGTGCCGTGGCGTTATTCCTCGTGTTTGGCTTTGGTTTGCTGCTGGAAGAGGTCGGCTTGTCGATGGCGATGGGCGCGTTTCTGGCGGGCGTACTGCTGG‑CAAGCTCGG‑AATACCGTCATGCGCTGGAGAGCGATATCGAACCATTTAAAGGTTTG‑C‑TGTTGGGGCTGTTTTTCATCGGTGTTGGCATGTCGAT‑AG‑ACTTTGGCACGCTGCTT‑G‑AAAACCCATTGCGCATTGTCATTTTGCTGCTCGGTTTCCTCATCATCAAAATCGCCATGCTGTGGCTGATTGCCCGACCGTTGCAAGTGCCAAATAAACAGCGTCGTTGGTTTGCGGTGTTGTTAGGGCAGGGCAGTGAGTTTGCCT > NC_000913/48318‑48786 | tgggggTTAAAAGGGGGGGGTGCGCTGGGGCTGGTGGTATTGCTGGGTTGGTATGTCACGCGTCCGGCGCTGCGTTTTGTAGCCCGCTCTGGCTTGCGGGAAGTGTTTAGTGCCGTGGCGTTATTCCTCGTGTTTGGCTTTGGTTTGCTGCTGGAAGAGGTCGGCTTGTCGATGGCGATGGGCGCGTTTCTGGCGGGCGTACTGCTGG‑CAAGCTCGG‑AATACCGTCATGCGCTGGagag < 1:893373/234‑1 (MQ=255)tcGGCGTTAAAAGTGGCGGGTGCGCTGGTGCTGGTGGTATTGCTGGGGCGGTATGTCACGCGTCCGGCGCTGCGTTTTGTAGCCCGCTCTGGCTTGCGGGAAGTGTTTAGTGCCGTGGCGTTATTCCTCGTGTTTGGCTTTGGTTTGCTGCTGGAAGAGGTCGGCTTGTCGATGGCGATGGGCGCGTTTCTGGCGGGCGTACTGCTGG‑CAAGCTCGG‑AATACCGTCATGCGCTGGagag < 1:697404/239‑1 (MQ=255) aaaGGGGCGGGTGCGCTGGGGCTGGTGGTATTGCTGGGGCGCTATGTCACGCGTCCGGCGCTGCGTTTTGTAGCCCGCTCTGGCTTGCGGGAAGTGTTTAGTGCCGGGGCGTTATTCCTCGTGTTTGGCTTTGGTTTGCTGCTGGAAGAGGTCGGCTTGTCGATGGCGATGGGCGCGTTTCTGGCGGGCGTACTGCTGG‑CAAGCTCGG‑AATACCGTCATGCGCTGGAGAGCGATATCGa < 1:713413/239‑1 (MQ=255) aaGTGGCGGGTGCGCTGGTGCTGGTGGTATTGCTGGGGCGCTATGTCACGCGTCCGGCGCTGCGTTTTGTAGCCCGCTCTGGCTTGCGGGAAGTGTTTAGTGCCGTGGCGTTATTCCTCGTGTTTGGCTTTGGTTTGCTGCTGGAAGAGGTCGGCTTGTCGATGGCGATGGGCGCGTTTCTGGCGGGCGTACTGCTGG‑CAAGCTCGG‑AATACCGTCATGCGCTGGAGAGCGATATCGaa < 1:679041/239‑1 (MQ=255) aaGTGGCGGGTGCGCTGGTGCTGGTGGTATTGCTGGGGCGCTATGTCACGCGTCCGGCGCTGCGTTTTGTAGCCCGCTCTGGCTTGCGGGAAGTGTTTAGTGCCGTGGCGTTATTCCTCGTGTTTGGCTTTGGTTTGCTGCTGGAAGAGGTCGGCTTGTCGATGGCGATGGGCGCGTTTCTGGCGGGCGTACTGCTGG‑CAAGCTCGG‑AATACCGTCATGCGCTGGAGAGCGATATCGaa < 1:515293/239‑1 (MQ=255) aaGGGGGGGGTGCGCTGGTGCTGGTGGTATTGCCTGGGCGCTATGTCACGCGTCCGGCGCTGTGTTTTGTAGCACGCTCTGGCTTGCGGGAAGTGTTTAGTGCCGTGGCGTTATTCCTCGTGTTTGGCTTTGGTTTGCTGCTGGAAGAGGTCGGCTTGTCGATGGCGATGGGCGCGTTTCTGGCGGGCGTACTGCTGG‑CAAGCTCGG‑AATACCGTCATGCGCTGGAGAGCGATATCGaa < 1:482963/239‑1 (MQ=255) aaGGGGCGGGTTCGCTGGTGCTGGTTGTATTGCTGGGGCGCTATGTCACGCGTCCGGCGCTGCGTTTTGTAGCCCGCTCTGGCTTGCGGGAAGTGTTTAGTGCCGTGGCGTTATTCCTCGTGTTTGGCTTTGGTTTGCTGCTGGAAGAGGTCGGCTTGTCGATGGCGATGGGCGCGTTTCTGGCGGGCGTACTGCTGG‑CAAGCTCGG‑AATACCGTCATGCGCTGGAGGGCGATATCGaa < 1:483725/239‑1 (MQ=255) aaGGGGCGGGTGCGGTGGTGCGGGTGGTATTGCTGGGGCGCTATGTCACGCGTCCGGCGCTGCGTTTTGTAGCCCGCTCTGGCTTGCGGGAAGTGTTTAGTGCCGTGGCGTTATTCCTCGTGTTTGGCTTTGGTTTGCTGCTGGAAGAGGTCGGCTTGTCGATGGCGATGGGCGCGTTTCTGGCGGGCGTACTGCTGG‑CAAGCTCGG‑AATACCGTCATGCGCTGGAGAGCGATATCGaa < 1:868974/239‑1 (MQ=255) gTGCGCTGGTGCTGGTGGTATTGCTGGGGCGCTATGTCACGCGTCCGGCGCTGCGTTTTGTAGCCCGCTCTGGCTTGCGGGAAGTGTTTAGGGCCGTGGCGTTATTCCTCGTGTTTGGCTTTGGTTTGCTGCTGGAAGAGGTCGGCTTGTCGATGGCGATGGGCGCGTTTCTGGCGGGCGTACTGCTGG‑CAAGCTCGG‑AATACCGTCATGCGCTGGAGAGCGATATCGAACCATTTaa < 1:825501/238‑1 (MQ=255) ggtggtATTGCTGGGGCGCTATGTCACGCGTCCGGCGCTGCGTTTTGTAGCCCGCTCTGGCTTGCGGGAAGTGTTTAGTGCCGTGGCGTTATTCCTCGTGTTTGGCTTTGGTTTGCTGCTGGAAGAGGTCGGCTTGTCGATGGCGATGGGCGCGTTTCTGGCGGGCGTACTGCTGG‑CCAGCTCGG‑GATACCGTCATGGGCTGTGGCGGGGGATCGAACCATTTTCAGGTTTT‑C‑GGTTgg > 1:872382/1‑239 (MQ=255) 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tggGCGCGTTTCTGGCGGGCGTACTGCTGG‑CCACCTCGG‑TATACCGCCATGCGCTGGTGGGCGATATCGAACCAATTTACGGGTTT‑C‑TGTTTGGGCTTTTTTTCTTCGGTGGTGGCATTGTGGT‑AG‑ACTTTGACACCCGGCTT‑T‑CAAACCCATTTGCCCTTGTCATTTTGTTGCTGGGGTGGCTCACACTCAAACTCGCCATGCGTGGGCTGTTTgacagccccgagaaagggcagaac > 2:713944/1‑216 (MQ=255) cgTACTGCTGG‑CAAGCTCGG‑AATACCGTCATGCGCTGGGGAGCGGTATCGAACCATTTAAAGGGTTG‑C‑TGTTGGGGCCGTTTTTCATCGGTGTTGGCATGTCGAT‑AG‑AGTTTGGCACGCTGCTT‑G‑AAAACCCATTGCGCATTTTCATTTTGCTGCTCGGTTTCCTCATCCTCCAAATCGCCATGCTGTGGCTGATTGCCCCACCCGTGCAAGAGCaaaaaaaaaacagcgggtggtttg > 2:194612/1‑223 (MQ=255) cgTACTGCTGG‑CAAGCTCGG‑AATACCGTCATGCGCTGGAGAGCGATATCGAACCATTTAAAGGTTTG‑C‑TGTTGGGGCTGTTTTTCATCGGTGTTGGCATGTCGAT‑AG‑ACTTTGGCACGCTGCTT‑G‑AAAACCCATTGCGCATTGTCATTTttctgc > 1:854364/1‑155 (MQ=255) cgTACTGCTGG‑CAAGCTCGG‑AATACCGTCATGCGCTGGAGAGCGATATCGAACCATTTAAAGGTTTG‑C‑TGTTGGGGCTGTTTTTCATCGGTGTTGGCATGTCGAT‑AG‑ACTTTGGCACGCTGCTT‑G‑AAAACCCATTGCGCATTGTCATTTtgctgc < 2:854364/155‑1 (MQ=255) 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tGCGCTGGAGAGCGATATCGAACCATTTAAAGGTTTG‑C‑TGTTGGGGCTGTTTTTCATCGGTGTTGGCATGTCGAT‑AG‑ACTTTGGCACGCTGCTT‑G‑AAAACCCATTGCGCATTGTCATTTTGCTGCTCGGTTTCCTCATCATCAAAATCGCCATGCTGTGGCTGATTGCCCGACCGTTGCAAGTGCCAAATAAACAg < 1:280962/196‑1 (MQ=255) tGCGCTGGAGAGCGATATCGAACCATTTAAAGGTTTG‑C‑TGTTGGGGCTGTTTTTCATCGGTGTTGGCATGTCGAT‑AG‑ACTTTGGCACGCTGCTT‑G‑AAAACCCATTGCGCATTGTCATTTTGCTGCTCGGTTTCCTCATCATCAAAATCGCCATGCTGTGGCTGATTGCCCGACCGTTGCAAGTGCCAAATAAACAg > 2:280962/1‑196 (MQ=255) cTGGAGAGCGATATCGAACCATTTAAAGGTTTG‑C‑TGTTGGGGCTGTTTTTCATCGGTGTTGGCATGTCGAT‑AG‑ACTTTGGCACGGTGCTT‑G‑AAAACCCATTGCGCATTGTCATTTTGCTGCTCGGTTTCCTCATCATCAAAATCGCCATGCTGTGGCTGATTGCCCGACCGTTGCAAGTGCCAAATAAACAGCGGCGTTGGTTTGCGGTGTTGTTAGGGCAGGGCAGTGAGTTTGCCt < 1:213075/238‑1 (MQ=255) | TCGGCGTTAAAAGTGGCGGGTGCGCTGGTGCTGGTGGTATTGCTGGGGCGCTATGTCACGCGTCCGGCGCTGCGTTTTGTAGCCCGCTCTGGCTTGCGGGAAGTGTTTAGTGCCGTGGCGTTATTCCTCGTGTTTGGCTTTGGTTTGCTGCTGGAAGAGGTCGGCTTGTCGATGGCGATGGGCGCGTTTCTGGCGGGCGTACTGCTGG‑CAAGCTCGG‑AATACCGTCATGCGCTGGAGAGCGATATCGAACCATTTAAAGGTTTG‑C‑TGTTGGGGCTGTTTTTCATCGGTGTTGGCATGTCGAT‑AG‑ACTTTGGCACGCTGCTT‑G‑AAAACCCATTGCGCATTGTCATTTTGCTGCTCGGTTTCCTCATCATCAAAATCGCCATGCTGTGGCTGATTGCCCGACCGTTGCAAGTGCCAAATAAACAGCGTCGTTGGTTTGCGGTGTTGTTAGGGCAGGGCAGTGAGTTTGCCT > NC_000913/48318‑48786 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |