| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,242,926 | T→C | 13.6% | E52G (GAG→GGG) | ldcA ← | murein tetrapeptide carboxypeptidase, LD‑carboxypeptidase A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,242,926 | 0 | T | C | 13.6% | 157.5 / 2.2 | 69 | E52G (GAG→GGG) | ldcA | murein tetrapeptide carboxypeptidase, LD‑carboxypeptidase A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (23/34); new base C (10/2); total (33/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.84e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGCTACCAGCATGGGGCCGCTAAAGGTGATGACATTGCCATGCGCCAGAAGACCGCACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGT‑CCGCAAATGAGCAACGGGTCATGTTGTTGGCGAGCCACCAGTGCCTGCCAGTCAATAT‑CTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTA‑CCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTAACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGACAACAGAAACGAAATGTATATCATGCCGCTTAGGTGTGCCGTTGTCACCTCAACGGCGATTCCAGGCT > NC_000913/1242688‑1243164 | tGCTACCAGCATGGGGCCGCTAAAGGTGATGACATTGCCAGGCGCAAGAAGACCGCACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGT‑CCGCAAATGAGCAACGGGTCATGTTGTTGGCGAGCCACCAGTGCCTGCCAGTCAATAT‑CTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGct < 1:118113/239‑1 (MQ=255) gCCGCTAAAGGTGATGACATTGCCATGCGCCAGAAGACCGCACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGT‑CCGCAAATGAGCAACGGGTCATGTTGTTGGCGAGCCACCAGTGCCTGCCAGTCAATAT‑CTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGCTGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTA‑ccc > 1:299991/1‑238 (MQ=255) gCCGCTAAAGGTGATGACATTGCCATGCGCCAGAAGACCGCACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGT‑CCGCAAATGAGCAACGGGTCATGTTGTTGGCGAGCCACCAATGCCTGCCAGTCAATAT‑CTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCCCGGAAAACCAGCCCGATGGGGGTGGGGGGAGTCAGCCCGGCCAGGGAATTTAGATCTTCCAGACCCCCCGTTTCCGAA‑ccc > 1:864958/1‑238 (MQ=255) cTAAAGGTGATGACATTGCCATGCGCCAGAAGACCGCACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGT‑CCGCAAATGAGCAACGGGTCATGTTGTTGGCGAGCCACCAGTGCCTGCCAGTCAATAT‑CTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTAAAGCCAGCCCGATGGGGTTGGGGGTAGGCAGCCTGGCAAGGGAATTGGGAATTTCCAAAAGCCCGGTTTCCGTA‑ccccccaa > 1:840304/1‑234 (MQ=255) 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cGGGTCATGTTGTTGGCGAGCCACCAGTGCCTGCCAGTCAATAT‑CTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCATCACGATGGAGTTGGGGGGAGCCAGTCTGGCAAGGGAATTTCGATCTTCCAGACGCCCTGTTTCCGTA‑CCCGCAACACGCTAACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTCCTCGCCTTGATGCCCCGCGCCGGAAAGGCGCTGGATACCaacca > 2:629851/1‑235 (MQ=255) cGGGTCATGTTGTTGGCGAGCCACCAGTGCCTGCCAGTCAATAT‑CTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGCAAAGGGAATTGAGTTCGTCCAGAACCCCTGTTTCCGCA‑CCCGCAAAACGCTCCCAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTTATGCCCCCCCTGGGACAGGCGTTGGAAACCAccgc > 2:694887/1‑236 (MQ=255) tgttgGCGAGCCACCAGTGCCTGCCAGTCAATAT‑CTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTA‑CCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTg < 1:601545/239‑1 (MQ=255) 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tctGTTTCCGTA‑CCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTAACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGCAAACAGAAACGAAATGTATATCATGCCGCTTAGGTGTGCCGTTGTCACCTCAACGGCGATTCCAGGCt > 1:811348/1‑239 (MQ=255) tctGTTTCCGTA‑CCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTAACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTCCTGACAACAGAAACGAAATGTATATAATGCCGCTTAGGTGTGCCGGTGTAACCACAACGGGGAATCCAggga > 2:290973/1‑237 (MQ=255) | TGCTACCAGCATGGGGCCGCTAAAGGTGATGACATTGCCATGCGCCAGAAGACCGCACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGT‑CCGCAAATGAGCAACGGGTCATGTTGTTGGCGAGCCACCAGTGCCTGCCAGTCAATAT‑CTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTA‑CCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTAACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGACAACAGAAACGAAATGTATATCATGCCGCTTAGGTGTGCCGTTGTCACCTCAACGGCGATTCCAGGCT > NC_000913/1242688‑1243164 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |