| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,991,593 | A→C | 13.7% | S9R (AGT→AGG) | yecA ← | UPF0149 family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,991,593 | 0 | A | C | 13.7% | 185.2 / 2.6 | 73 | S9R (AGT→AGG) | yecA | UPF0149 family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (43/18); new base C (3/9); total (46/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.49e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.79e-01 | |||||||||||
TCTGCGGTATCGGCCATATGTTGAAAAG‑CCAGATTCATAAAGCGCGTCATCTCTTTCTCTGACGCCCAGCG‑CGGCACATAGTCAGCCCCA‑CCCCACACGG‑CAACCAG‑CCACTGTTCCGG‑TTCAATCTCTT‑GCGGAGAACTCAACACCGCCGTCAATAAACCGTCC‑AGCTCCGCCACATCAAGGATGGCGTGGTCAGTGTTGTATTTGGTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGATTAAAAATTAAGGAGGGTGTAACGACAAGTTGCAGGCACAAAAAAACCACCCGAAGGTGGTTTCACGACACTGCTTATTGCTTTGATTTTATTCTTATCTTTCCCATGGT > NC_000913/1991357‑1991818 | tctGCGGTATCGGCCATATGTTGAAAAG‑CCAGATTCATAAAGCGCGTCATCTCTTTCTCTGACGCCCAGCG‑CGGCACATAGTCAGCCCCA‑CCCCACACGG‑CAACCAG‑CCACTGTTCCGG‑TTCAATCTCTT‑GCGGAGAACTCAACACCGCCGTCAATAAACCGTCC‑AGCTCCGCCACATCAAGGATGGCGAGGTCAGTGGTCTATTTGGTCCGAACATCGTCCAGCCTTTCCACCCCACt > 1:446518/1‑239 (MQ=255) cGGTATCGGCCATATGTTGAAACG‑CCAGATTCATAAAGCGCGTCATCTCTTTCTCTGACGCCCAGCG‑CGGCACATAGTCAGCCCCA‑CCCCACACGG‑CAACCAG‑CCACTGTTCCGG‑TTCAATCTCTT‑GCGGAGAACTCAACACCGCCGTCAATAAACCGTCC‑AGCTCCGCCACATCAAGCATGCCGTGGTCAACGTTGTATTTGGTCAGAATATCGTCCAGCCCTTACAACTCACTTTCg > 1:463797/1‑239 (MQ=255) tCGGCCATATGTTGAAAAG‑CCAGATTCATAAAGCGCGTCATCTCTTTCTCTGACGCCCAGCG‑CGGCACATAGTCAGCCCCA‑CCCCACACGG‑CAACCAG‑CCACTGTTCCGG‑TTCAATCTCTT‑GCGGAGAACTCAACACCGCCGTCAATAAACCGTCC‑AGCTCCGCCACATCAAGGATGGCGTGGTCAGTGTTGTATTTGGTCAGAATATCGTCCAGCAATTCCAAACAACTTTCGTTTaa > 1:673885/1‑239 (MQ=255) aaaaGCCCAGTTTCATAAAGCCGGTCA‑CTCTTTTCCAGGCCCCCCGGGCCGGCACATAG‑CAGCCCCACCCCCACACGC‑CACCCAG‑CACCTGTCCCGG‑TTCAATCTCTT‑GCGGAAACCCCACCACCGCCGTCAATAAACCGTCC‑AGCTCCGCCACATCAAGGATGGCGTGGTCAGTGTTGTATTTGGTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTc < 1:264226/239‑1 (MQ=255) aaaaG‑CCAGATTCATAAAGCGCGTCATCTCTTTCTCTGACGCCCAGCG‑CGGCACATAGTCAGCCCCA‑CCCCACACGG‑CAACCAG‑CCACTGTTCCGG‑TTCAATCTCTT‑GCGGAGAACTCAACACCGCCGTCAATAAACCGTCC‑AGCTCCGCCACATCAAGGATGGCGTGGTCAGTGTTGTATTTGGTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAAccttcctcttatac > 1:87862/1‑226 (MQ=255) aTTCATAAAGCGCGTCATCTCTTTCTCTGACGCCCAGCG‑CGGCACATAGTCAGCCCCA‑CCCCACACGG‑CAACCAG‑CCACTGTTCCGG‑TTCAATCTCTT‑GCGGAGAACTCAACACCGCCGTCAATAAACCGTCC‑AGCTCCGCCACATCAAGGATGGCGTGGTCAGTGTTGTATTTGGTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCttt > 1:129036/1‑238 (MQ=255) aaacgccccttgcccttctctcTGACCCCCCGCG‑CGTCACATAG‑CCGCCCCC‑CCCCCCCCCG‑CAACCCGCCCTCGGTCCCGT‑TACAACGCCGC‑GGGGAGAACTCAACACGGCCGTCAATAACCCGTCC‑AGCTCCGCCACATCAAGGATGGCGTGGTCAGTGTTGTATTTGGTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTtg < 2:129036/221‑1 (MQ=255) cgTCATCTCTTTCTCTGACGCCCAGCG‑CGGCACATAGTCAGCCCCA‑CCCCACACGG‑CAACCAG‑CCACTGTTCCGG‑TTCAATCTCTT‑GCGCAGAACTCAACACCGCCGTCAATAACCCGTCC‑AGCTCCGCCACATCAAGGATGGCGTGGCCAGGGTTGTCTTTGTTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCCATTTCGTTTTACGGTCCCGTTTTCATCAGATTTTCCTtgtgtcacc > 2:785089/1‑234 (MQ=255) tctcTGACGCCCAGCG‑CGGCACATAGTCAGCCCCA‑CCCCACACGG‑CAACCAG‑CCACTGTTCCGG‑TTCAATCTCTT‑GCGGAGAACTCAACACCGCCGTCAATAAACCGTCC‑AGCTCCGCCACATCAAGGATGGCGTGGTCAGTGTTGTATTTGGGCAGAATATCGTTCAGCCCTTCCCACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGGGGATCTCAACTCTCCac > 2:126758/1‑238 (MQ=255) tGACGCCCAGCG‑CGGCACATAGTCAGCCCCA‑CCCCACACGG‑GAACCAG‑CAACTGTTCCGG‑TTCAATCTCGT‑GCGGAGAACTCAACACCGCCGTCAATAAACAGTCC‑AGCTCAGCAACACCAAGGAAGACGTGGTCAGTTTTGCAATTGTTCAGAATACCGTCAATCCATTCAACCGCACTTTCGTTTAACGGTCCCGCTTCATTAACCTTTTCATTATGGATCTaaaatgaccacaccc > 2:741643/1‑227 (MQ=255) tGACGCCCAGCG‑CGGCACATAGTCAGCCCCA‑CCCCACACGG‑CAACCAG‑CCACTGTTCCGG‑TTCAATCTCTT‑GCGGAGAACTCAACACCGCCGTCAATAAACCGTCC‑AGCTCCGCCACATCAAGGATGGCGTGGTCAGTGTTGTATTTGGTCAGAATATCGTCCAGCCCTTCCCACTCCCTTTCGTTTACCGGTGCCGTTTTCATACGCATTTCCTTGTGGAACTCAACCCCCCAGCAcc > 2:357009/1‑239 (MQ=255) cccgcgcagcccatctccccccccc‑cccccccCGG‑C‑ACCCG‑CCCCTTGTCCGGCTTCAATCCCGT‑GGGGAAAAACCACCCCCGCCTGAAATAACCCGCCC‑GCCCCCGCCACATCAAGGATGGCGTGGTCAGTGTTGTATTTGGTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCtt < 2:446518/219‑1 (MQ=255) cg‑cgGCACATAGTCAGCCCCA‑CCCCACACGG‑CAACCAG‑CCACTGTTCCGG‑TTCAATCTCTT‑GCGGAGAACTCAACACCGCCGTCAATAAACCGTCC‑AGCTCCGCCACATCAAGGATGGCGTGGTCAGTGTTGTATTTGGTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTCCAt > 1:147176/1‑239 (MQ=255) aGTCAGCCCCA‑CCCCACACGG‑CAACCAG‑CCACTGTTCCGG‑TTCAATCTCTT‑GCGGAGAACTCAACACCGCCGTCAATAAACCGTCC‑AGCTCCGCCACATCAAGGATGGCGTGGTCAGTGTTGTATTTGGTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGt > 1:272226/1‑239 (MQ=255) gCCCCA‑CCCCACACGG‑CAACCAG‑CCACTGTTCCGG‑TTCAATCTCTT‑GCGGAGAACTCAACACCGCCGTCAATAAACCGTCC‑AGCTCCGCCACATCAAGGATGGCGTGGTCAGTGTTGTATTTGGTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCCCTTTCGTTTAACGGTCCCGGTTTCATACCCTTTTCCTTATGGATCCCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGTATCag > 1:666686/1‑239 (MQ=255) gCCCCA‑CCCCACACGG‑CAACCAG‑CCACTGTTCCGG‑TTCAATCTCTT‑GCGGAGAACTCAACACCGCCGTCAATAAACCGTCC‑AGCTCCGCCACATCAAGGATGGCGTGGTCAGTGTTGTATTTGGTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGTATCag > 1:222751/1‑239 (MQ=255) gCCCCA‑CCCCACACGG‑CAACCAG‑CCACTGTTCCGG‑TTCAATCTCTT‑GCGGAGAACTCAACACCGCCGTCAATAAACCGTCC‑AGCTCCGCCACATCAAGGATGGCGTGGTCAGGGTTGTATTTGGTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCGTTTCCTTGTGGATCTCAATTCCCCAGCACCTA‑‑TCTTACATGCCAGTCCGTATCac > 2:587059/1‑238 (MQ=255) cccccccacCCGG‑CAACCAG‑CCACTTTTCGGG‑TTCAATCGTGT‑GGGGAAAACTAAACCCCGCCGTAAATAAACCGGCC‑GGCTCCGCCACATCAAGGATGGCGTGGTCAGTGTTGTATTTGGTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCCCTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGTATCAgaga < 1:412022/236‑1 (MQ=255) ccccccacACGGCCACCCCG‑CCCTTTTTCCGT‑TTAAAT‑TCTTGGGGGAAACCTAAACCCCGCCGTCAATAACCCGTCC‑AGCCCCGCCACATCAAGGATGGCGTGGTCAGTGTTGTATTTGGTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGTATCAgaga < 1:73832/237‑1 (MQ=255) cacGG‑CAACCAG‑CCACTGTTCCGG‑TTCAATCTCTT‑GCGGAGAACTCAACACCGCCGTCAATAAACCGTCC‑GGCTCCGCCACATCAAGGATGGCGTGGTCAGTGTTGTATTTGGTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTACAAGCCGGTCCGAATCAAAGAAACttttt > 2:351423/1‑239 (MQ=255) cacGG‑CAACCAG‑CCACTGTTCCGG‑TTCAATCTCTT‑GCGGAGAACTCAACACCGCCGTCAATAAACCGTCC‑AGCTCCGCCACATCAAGGATGGCGTGGTCAGTGTTGTATTTGGTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGTATCAGCGATACttttt > 1:537838/1‑239 (MQ=255) cacGG‑CAACCAG‑CCACTGTTCCGG‑TTCAATCTCTT‑GCGGAGAACTCAACACCGCCGTCAATAAACCGTCC‑AGCTCCGCCACATCAAGGATGGCGTGGTCAGTGTTGTATTTGGTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCCAAACTCCCCAGCACCTA‑‑TCTTACATGCCGGGCCCTACAAAAGAAACttttg > 2:412022/1‑238 (MQ=255) g‑CAACCAG‑CCACTGTTCCGG‑TTCAATCTCTT‑GCGGAGAACTCAACACCGCCGTCAATAAACCGTCC‑AGCTCCGCCACATCAAGGATGGCGTGGTCAGTGTTGTATTTGGTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTT‑‑TCTTACATCCCGGTCCGTATCAGACATCCTTTTTGatt > 1:843705/1‑237 (MQ=255) ccGT‑TTCAATCTCTG‑GCGGAAAACTCAACGCCGCCGTCAATAAACCTTCC‑AGCCCCGCCACATCAAGGATGGCGTGGTCAGTGTTGTATTTGGTCAGAATATCGTCTAGCCATTCCAACTCCCTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGAtt < 1:250688/239‑1 (MQ=255) ggttttCAACCTCTG‑GCAGAAACCCCAACCCCGCCGTCAATAACCCGTCC‑AGCTCCGCCACATCAAGGATGGCGTGGTCAGTGTTGTATTTGGTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGAtt < 1:537572/235‑1 (MQ=255) cggttcaactcttggggggtgaACTCACCACCG‑CGTGAAATAACCGGCCGACCCCCCCCACATCAAGGATGGCGTGGTCAGTTTTTTATTTGGTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCCCTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGAtt < 2:105150/219‑1 (MQ=255) g‑TTCAATCTCTT‑GCGGAGAACTCAACACCGCCGTCAATAAACCGTCC‑AGCTCCGCCACATCAAGGATGGCGTGGTCAGTGTTGTATTTGGTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGACTGGCTTTCATGGCGATTaaa > 1:105150/1‑239 (MQ=255) ttgggggaaactccacgcccgcggTAATTAATCCGTCC‑GGCCCCGCCACATCAAGGATGGCGTGGTCAGTGTTGTATTTGGTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGATTAAAAATTAagga < 2:222751/221‑1 (MQ=255) ctggggagaagctaaccccgtccgTAATTAACCCGGCC‑AGCTCCGCCACAGCAAGGATGGCGTGGTCAGTGTTGTATTTGGTAAGAATATGGTCCAGCCATTCCAACTCCCTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGATTAAAAATTAagga < 1:587059/218‑1 (MQ=255) ctggggaagaaccaaccacCCCCGTCAATAACCCGTCC‑AGCTCCGCCACATCAAGGATGGCGTGGTCAGTGTTGTATTTGGTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGATTAAAAATTAagga < 1:81801/223‑1 (MQ=255) t‑GCGGAGAACTCAACACCGCCGTCAATAAACCGTCC‑AGCTCCGCCACATCAAGGATGGCGTGGTCAGTGTTGTATTTGGTAAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGAACTCAACTAGCCAGACCCTA‑‑TCTTCCATGCCGGTCGGTATCAGCGATACTTTTTGAGTGGATTTGTTGGTGTTTAACCATAAaggagg > 1:829880/1‑239 (MQ=255) cTCAACACCGCCGTCAATAAACCGTCC‑AGCTCCGCCACATCAAGGATGGCGTGGTCAGTGTTGTATTTGGTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCtt > 1:202119/1‑166 (MQ=255) ccgTCAATAAACCGTCC‑AGCTCCGCCACATCAAGGATGGCGTGGTCAGTGTTGTATTTGGTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTACATTCCGGCCCGTATCAAGGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGTTTAAAAATTATGGGGGGGGTAAAGCAAAATTGCAg > 2:792654/1‑239 (MQ=255) ccgTCAATAAACCGTCC‑AGCTCCGCCACATCAAGGATGGCGTGGTCAGTGTTGTATTTGGTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGGGTGGCTTTGCTGGGGATTAAAAATTAAGAAGGGGGGAAAGAAAAATTGCAg > 2:59468/1‑239 (MQ=255) ccgTCAATAAACCGTCC‑AGCTCCGCCACATCAAGGATGGCGTGGTCAGTGTTGTATTTGGTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGATTAAAAATTAAGGAGGGTGTAACGAAAAGTTGCAg > 1:629337/1‑239 (MQ=255) tCAATAAACCGTCC‑AGCTCCGCCACATCAAGGATGGCGTGGTCAGTGTTGTATTTGGTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGATTAAACATTAAGGGGGGGTGAACGACAAGTTGCAGGca > 1:795496/1‑239 (MQ=255) gTCC‑AGCTCCGCCACATCAAGGATGGCGTGGTCAGTGTTGTATTTGGTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTT‑ACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGATTAAAAATTAAGGAGGGTGTAACGAc > 2:582253/1‑216 (MQ=255) gTCC‑AGCTCCGCCACATCAAGGATGGCGTGGTCAGTGTTGTATTTGGTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTT‑ACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGATTAAAAATTAAGGAGGGTGTAACGAc < 1:582253/216‑1 (MQ=255) tCC‑AGCTCCGCCACATCAAGGATGGCGTGGTCAGTGTTGTATTTGGTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGATTAAAAATTAAGGAGGGGGTAACGCCAAGTTGCAGGCACAAAAAAacc > 1:669075/1‑238 (MQ=255) tCC‑AGCTCCGCCACATCAAGGATGGCGTGGTCAGTGTTGTATTTGGTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGGGATTAAAAATTAAGGAGGGTGTAACGACAAGTTGCAGGCACAAAAAAacc > 1:719974/1‑238 (MQ=255) gccaactaaagtgtGGGGTGGTCAGTGTTGTTTTTGGTCAAAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTAATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGTATCTGAGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGATTAAAAATTAAGGAGGGTGTAACGACAAGTTGCAGGCACAAAAAAACCACCCGAAggt < 2:147176/226‑1 (MQ=255) aagtttttttaaggtgaatGGTTAGTTTTTTTTTTTGGCCGAATTTCCTCCGTCCATTCCCACCCCCTTTCGTTTACCCGTCCCGTTTTCATCCCCTTTTCCTGTTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGATTAAAAATTAAGGAGGGTGTAACGACAAGTTGCAGGCACAAAAAAACCACCCGAAggt < 2:51690/221‑1 (MQ=255) ccACATCAAGGATGGCGTGGTCAGTGTTGTATTTGGTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGAGTGGCTTTTCCTGGGATTAAAAATTAAGGAGGGGGTCACGCCAAGTTGCAGGCCCAAAAAAACCAcccacagggg > 2:630638/1‑232 (MQ=255) ccACATCAAGGATGGCGTGGTCAGTGTTGTATTTGGTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGTTTAAAAATTAAGGAGGGTGTAACg > 2:582089/1‑204 (MQ=255) ccACATCAAGGATGGCGTGGTCAGTGTTGTATTTGGTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGATTAAAAATTAAGGAGGGTGTAACg < 1:582089/204‑1 (MQ=255) cAAGGTTGGCGTTGTTGTTTTGGTTTTGGGTCAGAATTTCGTCCAGCCATCCCAACTCCCTTTCGTTTACCGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAAGTGGCCAGCGCCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGATTAAAAATTAAGGAGGGTGTAACGACAAGTTGCAGGCACAAAAAAACCACCCGAAGGTGGTTTCa < 2:843705/239‑1 (MQ=255) cAAGGATGGCGTGGTCAGTGTTGTATTTGGTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGATTAAAAATTAAGGAGGGTGTAACGACAAGTTGCAGGCACAAAAAAACCACCCGAAGGTGGTTTCa < 1:351423/239‑1 (MQ=255) aGGATGGCGTGGTCAGTGTTGTATTTGGTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGCTTAAAAATTAAGGAGGGTGTACAGCCAAGTTGCAGGCACAAAAAAACCACCCAAAGGGGGTTTAAca > 2:239248/1‑238 (MQ=255) tgtgttGGTCTGTGTTTTTTTTGTGCAGAATATCGGCAAGCCTGTCCAACCTCTTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATTTCACCTCGCCAGCCCCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGATTAAAAATTAAGGAGGGTGTAACGACAAGTTGCAGGCACAAAAAAACCACCCGAAGGTGGTTTCACGaca < 2:795496/233‑1 (MQ=255) tggtgtgttccttgttttTTTTGGTCAAATTTTCGGCCAGCCATTCCAATCCCATTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTGCCTTGTGGAGCTCAACTCGCCAGCCCCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGAGAGGCTTTGCTGGTGAATAAAAATTAAGGAGGGTGTAACGACAAGTTGCAGTCACAAAAAAACCACCCGAAGGTGGTTTCACGaca < 2:402533/226‑1 (MQ=255) tGGCGTGGTCAGTTTTTTTTTTGGTCAAAATACCGTCCAGCCATTCCATCTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTGGCCTGGGGGAACTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGATTAAAAATTAAGGAGGGTGTAACGACAAGTTGCAGGCACAAAAAAACCACCCGAAGGTGGTTTCACGaca < 2:272226/238‑1 (MQ=255) tGGCGTGGTCAGTGTTGTATTTGGTCAGAATTGCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTGTCCATGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGATTAAAAATTAAGGAGGGTGTAACGACAAGTTGCAGGCACAAAAAAACCACCCGAAGGTGGTTTCACGaca < 1:126758/238‑1 (MQ=255) cGTGGTCAGTGTTGTATTTGGTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGCTTAAAAATTAAGGAGGGTGTAACGACAAGTTGCAGGCACAAAAAAACCACCCGAAGGTGGTTTCACGACACt > 1:83006/1‑237 (MQ=255) ggTCAGTGTTGTATTTGGTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTATCTCTTACATGCCGGTCCGTATCAgaga < 1:483434/138‑1 (MQ=255) ggTCAGTGTTGTATTTGGTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTATCTCTTACATGCCGGTCCGTATCAgaga > 2:483434/1‑138 (MQ=255) tCAGTGTTGTATTTGGTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGATTAAAAATTAaggag > 1:616145/1‑175 (MQ=255) tCAGTGTTGTATTTGGTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGATTAAAAATTAaggag < 2:616145/175‑1 (MQ=255) tgttgtATTTGGTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGGGTGGCTTTGCTGGTGATTAAAAATTAAGGAGGGTGTAACGCCAAGTTGCCGGCCCAAAAAAACCACCCGAAggggggtcaacgatatgcattcttgttt > 2:888480/1‑216 (MQ=255) tttttttttGGTCAGAATTTCGGCCAGCTATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACCGTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGATTAAAAATTAAGGAGGGTGTAACGACAAGTTGCAGGCACAAAAAAACCACCCGAAGGTGGTTTCACGACACTGCTTATTGCtt < 2:669075/232‑1 (MQ=255) tATTTGGTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGATTAAAAATTAAGGAGGGTGTAACGACAAGTTGCAGGCACAAAAAAACCACCCGAAGAGGGTTTCACGa > 1:51690/1‑219 (MQ=255) ggTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTtg > 2:275487/1‑70 (MQ=255) ggTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTtg < 1:275487/70‑1 (MQ=255) ggTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTC‑‑TCTTCCATGCCGGTCCGTATCAGCGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGATTAAAAATTAAGGAGGGTGTAACGCAAAGTTGCAGGCACAAAAAAACCACCCGAAGGTGGTTTCACGAAATTGCTTCTTGCTTTGATTTTAtt > 1:436889/1‑239 (MQ=255) ggTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGTATCaga > 2:554163/1‑118 (MQ=255) ggTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGTATCaga < 1:554163/118‑1 (MQ=255) ggTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGTATCAGGGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGATTAAAAATTAAGGAGGGTGTAACGCCAAGTTGCAGGCACAAAAAAACCACCCCAAGGGGGTTTCACGAACATGCTTATTGCTTTACTTTTAtt > 2:461882/1‑239 (MQ=255) tCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCCCTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGAtt < 2:801538/146‑1 (MQ=255) tCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGAtt > 1:801538/1‑146 (MQ=255) gAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGATTAAAAATTAAGGAGGGTGTAACGACAAGTTGCAGGCACCAAAAAACCACCCGAAGGTGGTTTCACGaca > 1:174690/1‑211 (MQ=255) gTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGATTAAAAATTAAGGAGGGTGTAACGACAAGTTGCAGGCACAAAAAAACCACCCGAAGGTGGTTTCACGACACTGCTTTTTGCTTTGATTTTATTCTTATTTTTccc > 2:665157/1‑239 (MQ=255) aGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGATTAGAAATTAAGTAGGGCGTAACGACACGTTGCATGCACAACAAAACCACCCCAAGGTGGTTTCACGACACTGCTTATTGCTTTGGTTTTATCTTTATCTTTCCCTTgg > 1:572817/1‑239 (MQ=255) aGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTCTTTGAGTGGCTTTGCTCGTGATTAGAACTTAAGGAGGGTGTAACGACAAGTTGCAGGCACAACAAAACCACCCGAAGGTGGTTTCACGACACCGCTTATGGCTTTGATTTTATTCTTATCTTTCCCATgg > 1:460632/1‑239 (MQ=255) ccATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGATTAAAAATTAAGGAGGGTGTAACGACAAGTTGCAGGCACAAAAAAACCACCCGAAGGTGGTTTCACGACACTGCTTATTGCTTTGGTTTTATTCTTATCTTTCCCATGGt > 1:122846/1‑238 (MQ=255) | TCTGCGGTATCGGCCATATGTTGAAAAG‑CCAGATTCATAAAGCGCGTCATCTCTTTCTCTGACGCCCAGCG‑CGGCACATAGTCAGCCCCA‑CCCCACACGG‑CAACCAG‑CCACTGTTCCGG‑TTCAATCTCTT‑GCGGAGAACTCAACACCGCCGTCAATAAACCGTCC‑AGCTCCGCCACATCAAGGATGGCGTGGTCAGTGTTGTATTTGGTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGATTAAAAATTAAGGAGGGTGTAACGACAAGTTGCAGGCACAAAAAAACCACCCGAAGGTGGTTTCACGACACTGCTTATTGCTTTGATTTTATTCTTATCTTTCCCATGGT > NC_000913/1991357‑1991818 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |