Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 3,022,272 | T→G | 16.3% | V320G (GTG→GGG) | xdhD → | putative hypoxanthine oxidase, molybdopterin‑binding/Fe‑S binding |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,022,272 | 0 | T | G | 16.3% | 250.0 / 3.3 | 111 | V320G (GTG→GGG) | xdhD | putative hypoxanthine oxidase, molybdopterin‑binding/Fe‑S binding |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (28/56); new base G (22/4); total (51/60) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.20e-06 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
TACCCCGGGTGGTCAGAGCGCACCGGAACCGTCACCGCTTGACCGCCGTATGTTCGGCAAGAAAATGCGTCACGTCGGCGATCGTGTTGCTGCGGTCGTCGCAGAAAGTGAAGAAATTGCGCTCGAAGCACTGAAGCTCATCGACGTTG‑AATATGAAGTGCTTAAGCCGGTAATGTCGATCGACGAAGCAATGGCGGAA‑GATGCGCCTGTCGTGCACGATGAACCGGTGGTGTATGTTGC‑TGGTGCGCCAGATACTCTGGAAGACGATAACAGCCATGCAGCCCAGCGCGGCGAGCATATGATCATCAACTTCCCGATCGGTTCTCGCCCTCGCAAAAATATCGCCGCCAGTATTCATGGTCATATTGGCGATATGGACAAAGGCTTTGCCGATGCCGATGTGATCATTGAGCGAACCTATAACTCAACGCAAGCGCAGCAGTGCCCGACTGAAACACATATCTGC > NC_000913/3022042‑3022507 | taCCCCGGGTGGTCAGAGCGCACCGGAACCGTCACCGCTTGACCGCCGTATGTTCGGCAAGAAAATGCGTCACGTCGGCGATCGTGTTGCTGCGGTCGTCGCAGAAAGTGAAGAAATTGCGCTCGAAGCACTGAAGCTCATCGACGTTG‑AATATGAAGTGCTTAAGCCGGTAATGTCGATCGACGAAGCAATGGCGGAA‑GATGCGCCCTCCGTGCACGATGAACCGGTGGTGTAGGttt > 1:881154/1‑238 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |