| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,206,504 | C→A | 24.1% | T15K (ACA→AAA) | ttdA → | L‑tartrate dehydratase, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,206,504 | 0 | C | A | 24.1% | 76.4 / 3.1 | 39 | T15K (ACA→AAA) | ttdA | L‑tartrate dehydratase, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (15/14); new base A (2/8); total (17/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.40e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.82e-01 | |||||||||||
CGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACA‑TTTTTAGTG‑G‑TAGTTTGTGGCGGTGAATTTTTCCAGACAAATACAAAAA‑CTGGAGTTGCC‑ATGATGAGC‑GAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTGAATAAGTTGACAGAGATTGTCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATGCCGAAACGTCGTCGATGGGGAAAATTATCTACCATACGATGTTCGACAACATGCAAAAAGCGATTGACCTGAATCGTCCTGCCTGTCAGGACACCGGGGAGATTATGTTCTTCGTTAAAGTCGGTTCCCGCTTCCCACTGCTTGGCGAGCTGCAA > NC_000913/3206281‑3206742 | cgcAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACA‑TTTTTAGTG‑G‑TAGTTTGTGGCGGTGAATTTTTCCAATCAAATACAAAAA‑AAAGAGTTTCC‑ATGGTGAGG‑GCAAGAAATAAACAACAAGAAGTGGATAAAATGAAAGAGAATGTCTCTaa > 1:485897/1‑239 (MQ=255) 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ttttttttttttttttCGTTTTTATTCACAATTTTTTAATTCAATATTGGCGGTGGAAAAAAATAAAAACCAACA‑TTTTTAGTG‑G‑TAGTTTGGGGGGGTGAATTTTTCAAGAAAAATACAAAAA‑GTGGTGTTGCA‑ATGATGAGC‑AAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTGAATAAGTTGACAGATATTGTCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGa < 2:257161/227‑1 (MQ=255) tATTTTGGTGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATTTTCACGGGGGAAAAAAATATAAACCCAAA‑TTTTTGGGG‑G‑TAGTTGGGGGCGGTGAATTTTCCCAGAAAAATAAAAAAA‑CTGGAGTTGCC‑ATGATGAGC‑GAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTGAATAAGTTGACAGAGATTGTCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTaaaa < 1:729240/239‑1 (MQ=255) aagtatccgggtgtaaaaaaaTAAAAACCCCCA‑TTTTTTGTG‑T‑TAGTTTGTGGCGGTTAATTTGTCCAAACAAATACAAAAA‑CTGGGTTTGCT‑ATGATGAGC‑GAAATTAATAAGCAACAGGCATTGAATAAGTTGCCAGAGATTGTCGCAAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATGCCGAAACGTCGTCGATggg < 1:648869/224‑1 (MQ=255) 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cAGAGATTGTCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATCAACTAAAACAGCTAAAGGATGCCGAAACGTCGTCGATGGGGAAAATTATCTACCATACGATGTTCGACAACATGCAAAAAGCGATTGACCTGAATCGTCCTGCCTGTCAGGACACCGGGGAGATTATGTTCTTCGTTAAAGTCGGTTCCCGCTTCCCACTGCTTGGCGAGCTGCaa > 1:242875/1‑239 (MQ=255) | CGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACA‑TTTTTAGTG‑G‑TAGTTTGTGGCGGTGAATTTTTCCAGACAAATACAAAAA‑CTGGAGTTGCC‑ATGATGAGC‑GAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTGAATAAGTTGACAGAGATTGTCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATGCCGAAACGTCGTCGATGGGGAAAATTATCTACCATACGATGTTCGACAACATGCAAAAAGCGATTGACCTGAATCGTCCTGCCTGTCAGGACACCGGGGAGATTATGTTCTTCGTTAAAGTCGGTTCCCGCTTCCCACTGCTTGGCGAGCTGCAA > NC_000913/3206281‑3206742 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |