| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,255,499 | G→C | 25.6% | A384G (GCG→GGG) | yhaM ← | putative L‑serine dehydratase alpha chain |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,255,499 | 0 | G | C | 25.6% | 105.4 / 3.2 | 53 | A384G (GCG→GGG) | yhaM | putative L‑serine dehydratase alpha chain |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (7/31); new base C (11/4); total (18/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.87e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.85e-01 | |||||||||||
AATTAAACAACCCGTAGGCCGGACAAGATGCGCCAGCATCGCATCCGGCACGATCCCCAAAACCTGGCGTTTATCTGGCCTTGCTCGCCATAATCTCGATAATCTGCCGATCCGTTTGCTGCATCGAATGGCTTGCTAACGCACACAGGTTGGCAATCGACTGCTCAACATCATGCGCCACAATCCCTTCATTGCCGGTCACGGCGGTATCATCCAGCGCCATTAA‑C‑ACCGCTTTCCACGCAGCCGAAGCACTGGTCGAAACCTTCATCGCGCAGCTGTTCGACGCACCATCGCAAATCATGCCGCTGACATCGCCGATCATACTGCTGATCGCCATCGAGATGGTTTCATAACGCCCATCCACCAGCCATGCCATCCCGGCGGCG‑GCCCCCATTGCTGCGGTCGTTGCGGCACACAGCGCAGACAAACGCGGTAACTGGTTATGGATGTAAATTGCGCTCAAATGCGA > NC_000913/3255269‑3255737 | aaTTAAACAACCCGTAGGCCGGACAAGATGCGCCAGCATCGCATCCGGCACGATCCCCAAAACCTGGCGTTTATCTGGCCTTGCTCGCCATAATCTCGATAATCTGCCGATCCGTTTGCTGCATCGAATGGCTTGCTAACGCCCACAGGTTGGCAATCGACGGCTCAACATCATGCGCCACAATCCCTTCATTTCCGGTACCCGCGGTATCATCCACCGCCCTTAA‑A‑ACCCCTTTccc > 1:535087/1‑237 (MQ=255) ttAAACCACCCGTAGGCCGGACAAGATGCGCCAGCATCGCATCCGGCCCGATCCCCAAAACCTGGCGTTTATCTGGCCTTGCGCGCCATAATCTCGATAATCTGCCGATCCGTTTGCTGCATCGAATGGCTTGCTAACGCACACAGGTTGGCAATCGACTGCTCAACATCATGCGCCACAATCCCTTCATTGCCGGTCACGGCGGTATCATCCAGCGCCATTAA‑C‑ACCGCTTTCCACGc < 1:252530/239‑1 (MQ=255) ttAAACCACCCGTAGGCCGGACAAGATGCGCCAGCATCGCATCCGGCACGATCCCCAAAACCTGGCGTTTATCTGGCCTTGCTCGCCATAATCTCGATAATCTGCCGATCCGTTTGCTGCATCGAATGGCTTGCTAACGCACACAGGTTGGCAATCGACTGCTCAACATCATGCGCCACAATCCCTTCATTGCCGGTCACGGCGGTATCATCCAGCGCCATTAA‑C‑ACCGCTTTCCACGc < 1:94067/239‑1 (MQ=255) ttAAACAACCCGTAGGCCGGACAAGATGCGCCAGCATCGCATCCGGCACGATCCCCAAAACCTGGCGTTTATCTGGCCTTGCTCGCCATAATCTCGATAATCTGCCGATCCGTTTGCTGCATCGAATGGCTTGCTAACGCACACAGGTTGGCAATCGACTGCTCAACATCATGCGCCACAATCCCTTCATTGCCGGTCACGGCGGTATCATCCCGGGCCATTAA‑A‑ACCCCTTTCCACg > 1:209555/1‑238 (MQ=255) ttAAACAACCCGTAGGCCGGACAAGATGCGCCAGCATCGCATCCGGCACGATCCCCAAAACCTGGCGTTTATCTGGCCTTGCTCGCCATAATCTCGATAATCTGCCGATCCGTTTGCTGCATCGAATGGCTTGCTAACGCACACAGGTTGGCAATCGACTGCTCAACATCATGCGCCACAATCCCTTCATTGCCGGTCACGGCGGAGTCATCCAGCACCATTAACC‑ACCGCttccaccc > 1:918241/1‑233 (MQ=255) cGTATGCCGGACAAGATCCGCCAGCATCGAATCCGGCACGATCCCCAAAACCGGGCGTTTAGCGGGCCTTGCTCGCCATAATCTCGATAATCTGCCGATCCGTTTGCTGCATCGAATGGCTTGCTAACGCACACAGGTTGGCAATCGACTGCTCAACATCATGCGCCACAATCCCTTCATTGCCGGTCACGGCGGTATCATCCAGCGCCATTAA‑C‑ACCGCTTTCCACGCAGCCGAAGCa < 1:117678/239‑1 (MQ=255) aGGCCGGACAAGATGCGCCAGCATCGCATCCGGCACGATCCCCAAAACCTGGCGTTTATCTGGCCTTGCTCGCCATAATCTCGATAATCTGCCGATCCGTTTGCTGCATCGAATGGCTTGCTACCGCACACAGGTTGGCAATCGACTGCTCAACATCATGCGCCACAATCCCTTCATTGCCGGTCACGGCGGGTGACCCCAGCGCCATTAC‑CAACCCCTTTcccccccccgaagccccc > 2:3879/1‑223 (MQ=255) gACAAGATGCGCCAGCATCGCATCCGGCACGATCCCCAAAACCTGGCGTTTATCTGGCCTTGCTCGCCATAATCTCGATAATCTGCCGATCCGTTTGCTGCATCGAATGGCTTGCTAACGCACCCAGGTTGGCAATCGACTGCTCAACATCATGCGCACAAATCCCTTCATGTCCGGTCACAGCGGGATCATCCACCGCCCTTAA‑A‑ACCGCTTTCCAcaccacccaaacaacgggcaga > 2:618221/1‑218 (MQ=255) gACAAGATGCGCCAGCATCGCATCCGGCACGATCCCCAAAACCTGGCGTTTATCTGGCCTTGCTCGCCATAATCTCGATAATCTGCCGATCCGTTTGCTGCATCGAATGGCTTGCTAACGCACACAGGTTGGCAATCGACTGCTCAACATCATGCGCCCAAACCCCTTCATTGCCGGTCACGGCGGTATCATCCAGCGCCCTTAA‑A‑ACCCCCTTCCACACAACCCAAACaacggcggaa > 2:444896/1‑230 (MQ=255) gACAAGATGCGCCAGCATCGCATCCGGCACGATCCCCAAAACCTGGCGTTTATCTGGCCTTGCTCGCCATAATCTCGATAATCTGCCGATCCGTTTGCTGCATCGAATGGCTTGCTAACGCACACAGGTTGGCAATCGACTGCTCAACATCATGCGCCACAATCCCTTCATTGCCGGTCCCGGCGGGTTCATCCACCCCCCCTAA‑CAACCCCTTCCCAC‑CACCCGAAgacacggtcgga > 1:777644/1‑228 (MQ=255) aTGCGCCAGCATCGCATCCGGCACGATCCCCAAAACCTGGCGTTTATCTGGCCTTGCTCGCCATAATCTCGATAATCTGCCGATCCGTTTGCTGCATCGAATGGCTTGCTAACGCACACAGGTTGGCAATCGACTGCTCAACATCATGCGCCACAATCCCTTCATTGCCGGTCACGGCGGTATATTCCCGACCCAATAA‑C‑ACCCCCTTCCACCCAGCCGAAGGACTTGTCGGAAccct > 1:674819/1‑236 (MQ=255) tGCGCCAGCATCGCATCCGGCACGATCCCCAAAACCTGGCGTTTATCTGGCCTTGCTCGCCATAATCTCGATAATCTGCCGATCCGTTTGCTGCATCGAATGGCTTGCTAACCCACACAGGTTGGCAATCGACTGCTCAACATCATGCGCCACAAACCCTTCATTGCCGGTCACGGCGGTAGCATCCACCGCCCTAAC‑A‑ACCCCCTTCCACGCAACCGAAACACCAGTCGaaaacctc > 2:873409/1‑233 (MQ=255) ccgctgcggatcCGGTACGATCACCAAAACCGGGTGTTTTTCTGGCGTGGCTGGCGATAATCCCGGTGATCTTCGCGTCCGTGTGCTGCATCGAATGGCTTGCTAGCGAACACCGGTTGGCAATCGACTGCTCAACATCATGCGGCACAATCCCGTCATTGCCGGTCACGGCGGTATCATCCAGCGCCATTAA‑C‑ACCGCTTTCCACGCAGCCGAAGCACTGGTCGAAACCTTCATcgcg < 2:695218/230‑1 (MQ=255) cAGCATCGCATCCGGACCGATCCCCAAAACCTGGCGTTTATCTGGCCTTGCCCGCCATAATCTCGATAATCTGCCGATCCGTTTGCTGCATCGAATGGCTTGCTAACGCACACAGGTTGGCAATCGACTGCTCAACATCATGCGCCACAATCCCTTCATTGCCGGTCACGGCGGTATCATCCAGCGCCATTAA‑C‑ACCGCTTTCCACGCAGCCGAAGCACTGGTCGAAACCTTCATcgcg < 1:767239/239‑1 (MQ=255) cAGCACCGCATCCGGCACGATCCCCAAAACCTGGCGTTTATCTGGCCTTGCTCGCCATAATCTCGATAATCTGCCGATCCGTTTGCTGCATCGAATGGCTTGCTAACGCACACAGGTTGGCAATCGACTGCTCAACATCATGCGCCACAATCCCTTCATTGCCGGTCACGGCGGTATCATCCAGCGCCATTAA‑C‑ACCGCTTTCCACGCAGCCGAAGCACTGGTCGAAACCTTCATcgcg < 1:21490/239‑1 (MQ=255) aCGATCCCCAAAACCTGGGGTTTACCTGGCCTTGCTCGCCATAATCTCGATAATCTGCCGATCCGTTTGCTGCATCGAATGGCTTGCTAACGCACACAGGTTGGCAATCGACTGCTCAACATCATGCGCCACAATCCCTTCATTGCCGGTCACGGCGGTATCATCCAGCGCCATTAA‑C‑ACCGCTTTCCACGCAGCCGAAGCACTGGTCGAAACCTTCATCGCGCAGCTGTTCGACGCa < 1:839854/238‑1 (MQ=255) aCGATCCCCAAAACCTGGCGTTTATCTGGCCTTGCTCGCCATAATCTCGATAATCTGCCGATCCGTTTGCTGCATCGAATGGCTTGCTAACGCACACAGGTTGGCAATCGACTGCTCAACATCATGCGCCACAATCCCTTCATTGCCGGTCACGGCGGTATCATCCAGCGCCATTAA‑C‑ACCGCTTTCCACGCAGCCGAAGCACTGGTCGAAACCTTCATCGCGCAGCTGTTCGACGCAc < 1:672113/239‑1 (MQ=255) ggCGTTTATCTGGCCTTGCTCGCCATAATCTCGATAATCTGCCGATCCGTTTGCTGCATCGAATGGCTTGCTAACGCACACAGGTTGGCAATCGACTGCTCAACATCATGCGCCACAATCCCTTCATTGCCGGTCACGGCGGTATCATCCAGCCCCATTAA‑C‑ACCCCTTTCCACGCAGCCGAAGCACAGGTCGGAACCTTCATCGCGCAGCTGTTCGACGCCCCCTCGCAAATCAAGc > 1:174855/1‑238 (MQ=255) ttcccggCCTTGCTCGCACTAACCTCGAGAAACCGCCGTGCCTTTTGCTGCAGCGAATGGCTTGCTAACGCACACAGGTTGGCAATCGACTGGCCAACATCAGGCGCCCCAATCCCTTCATTGCCGGTCACGGCGGTATCATCCAGCGCCATTAA‑C‑CCCGCTTTCCACGCAGCCGAAGCACTGGTCGAAACCTTCATCGCGCAGCTGTTCGACGCACCATCGCAAATCATGCCGCTGAc < 2:678188/234‑1 (MQ=255) cTGGCCTTGCTCGCCTTATTCCCGATAATCTTCCGAGCCGTTTGCGGCATCGAATGGCGTGCTAACGCACACAGGTTGGCAATCGACTGCTCAACATCATGCGCCACAATCCCTTCATTGCCGGTCACGGCGGTATCATCCAGCGCCATTAA‑C‑ACCGCTTTCCACGCAGCCGAAGCACTGGTCGAAACCTTCATCGCGCAGCTGTTCGACGCACCATCGCAAATCATGCCGCTGACATc < 2:174855/239‑1 (MQ=255) gtcTTTCTCGCCATATGCGCGATAAACTGCCGATCCGTTTGCTTCATCGAATGGCTTGCTAACGCACACAGGTTGGCAATCGACTGCTCAACATCATGCGCCACAATCCCTTCATTGCCGGTCACGGCGGTATCATCCAGCGCCATTAA‑C‑ACCGCTTTCCACGCAGCCGAAGCACTGGTCGAAACCTTCATCGCGCAGCTGTTCGACGCACCATCGCAAATCATGCCGCTGACATCGcc < 1:444896/237‑1 (MQ=255) gCCTTGCTCGCCATAATCTCGATAATCTGCCGATCCGTTTGCTGCATCGAATGGCTTGCTAACGCACACAGGTTGGCAATCGACTGCTCAACATCATGCGCCACAATCCCTTCATTGCCGGTCACGGCGGGATCCTCCCACCCCCTTAA‑A‑ACCCCCTTCCCCCCCCACGCAACACACGTCGAGACCCTCATCCCGCACCTCTCCAGCGCACCAACCCaaacaaagccccccacaaccc > 2:396178/1‑220 (MQ=255) gCCTTGCTCCCCATAAGCCCGATAAGCCGCCGATCCGTTTGCTGCATCGAATGGCTTGCTAACGCACACAGGTTGGCAATCGACTGCTCAACATCATGCGCCACAATCCCTTCATTGCCGGTCACGGCGGTATCATCCAGCGCCATTAA‑C‑ACCGCTTTCCACGCAGCCGAAGCACTGGTCGAAACCTTCATCGCGCAGCTGTTCGACGCACCATCGCAAATCATGCCGCTGACATCGcc < 1:231026/239‑1 (MQ=255) ccTTGCTCGCCATAATCTCGATAATCTGCCGATCCGTTTGCTGCATCGAATGGCTTGCTAATGCACACAGGTTGGCAATCGACTGCTCAACATCATGCGCCACAATCCCTTCATTGCCGGTCACGGCGGTATCATCCAGCGCCATTAA‑C‑ACCGCTTTCCACGCAGCCGAAGCACTGGTCGAAACCTTCATCGCGCAGCTGTTCGACGCCCCATCGCAAATCATGCCGCTGACATCGcc < 1:608874/238‑1 (MQ=255) gCTCGCCATAATCTCGATAATCTGCCGATCCGTTTGCTGCATCGAATGGCTTGCTAACGCACACAGGTTGGCAATCGACTGCTCAACATCATGCGCCACAATCCCTTCATTGCCGGTCACGGCGGTATCATCCAGCGCCATTAA‑C‑ACCCCTTTCCACGCCGCCGAAGAACTGGTCGAAACCTTCATCCCGCACCCGTTCGCCCCCCCCTACCAAACCTAGCCCCTGCCAACCCCGATCa > 1:906339/1‑239 (MQ=255) 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2:777644/232‑1 (MQ=255) cGTTTGCTGCATCGAATGGCTTGCTAACGCACACAGGTTGGCAATCGACTGCTCAACATCATGCGCCACAATCCCTTCAGTGCCGGTCACGGCGGTATCATCCAGCGCCATTAA‑C‑ACCGCTTTCCACGCAGCCGAAGCACTGGTCGAAACCTTCATCGCGCAGCTGTTCGACGCACCATCGCAAATCATGCCGCTGACATCGCCGATCATACTGCTGATCGCCATCGAGATGGTTTCAt < 1:264698/239‑1 (MQ=255) ctccccccaaTGGCTTGCTAACGCCCCACGGTTGGCAACCGCCTGCTCAACATCATGCGCCACAATCCCTTCATTGCCGGGCCCGGCGGTATCATCCAGCGCCATTAA‑C‑ACCGCTTTCCACGCAGCCGAAGCACTGGTCGAAACCTTCATCGCGCAGCTGTTCGACGCACCATCGCAAATCATGCCGCTGACATCGCCGATCATACTGCTGATCGCCATCGAGATGGTTTCATAACGcc < 2:906339/231‑1 (MQ=255) gCAATCGACTGCTCAACATCATGCGCCACAATCCCTTCATTGCCGGTCACGGCGGTATCATCCAGCGCCATTAA‑C‑ACCGCTTTCCACGCAGCCGAAGCACTGGTCGAAACCTTCATCGCGCAGCTGTTCGACGCACCATCGCAAATCATGCCGCTGACATCGCCGATCATACTGCTGATCGCCATCgaga < 1:110330/190‑1 (MQ=255) tCGACTGCTCAACATCATGCGCCACAATCCCTTCATTGCCGGTCACGGCGGTATCATCCAGCGCCATTAA‑C‑ACCCCTTTCCCCGCAGCCGAAGCACTCGTCGAAACCTTCATCGCCCACCTCTTCGCCGCACCACCCCCAATCATGCCCCTGACAACCCCCATCATACTGCTCATCGCCCACCGGATGTTTTCATAACCCCCAACCCCCCCCCCTTCCACCCCGGCCGGG‑Gccccccc > 2:497816/1‑236 (MQ=255) tCGACTGCTCAACATCATGCGCCACAATCCCTTCATTGCCGGTCACGGCGGGATCATCCCGCGCCATTAA‑C‑ACCGCTTTCCACGCAACCCAAGCCACGGTCGCAACCTTCATCTCGCCGCTGTTCGACCCACCCTCGCAAAACCAGCCCCCGGCAACGCCGAGCCTACTGCCTATCGCCCACGCAGTGGGTTCATAACCCCCCACCCCCCCCCCAGCCATCCCCGGGGCGCGccccctt > 2:613520/1‑237 (MQ=255) caccacagggcccccaACCCCCTCCTTGCCGGGCCCGGCGGTTCCCTCCAGGGCCCTTAA‑C‑CCCCCTTTCCACGCACCCGAAGCACTGGTCGAAACCTTCAACGCGCAGCTGTTCGACGCACCATCGCAAATCATGCCGCTGACATCGCCGATCATACTGCTGATCGCCATCGAGATGGTTTCATAACGCCCATCCACCAGCCATGCCATCCCGGCGGCG‑GCCCCCATTGCTGCGGTCg < 2:802097/225‑1 (MQ=255) 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tccaggcggTATCATCCAGCCCCATTAA‑C‑CCCGCTTTCCACGCAGCCGAAGCACTGGTCGAAACCTTCATCGCGCAGCTGTTCGACGCACCATCGCAAATCATGCCGCTGACATCGCCGATCATACTGCTGATCGCCATCGAGATGGTTTCATAACGCCCATCCACCAGCCATGCCATCCCGGCGGCG‑GCCCCCATTGCTGCGGTCGTTGCGGCACACAgcg < 1:452350/218‑1 (MQ=255) tCACGGGGGTATCATCCAGCGCCATTAA‑C‑ACCGCTTTCCACGCAGCCGAAGCACTGGTCGAAACCTTCATCGCGCAGCTGTTCGACGCACCATCGCAAATCATGCCGCTGACATCGCCGATCATACTGCTGATCGCCATCGAGATGGTTTCATAACGCCCATCCACCAGCCATGCCATCCCGGCGGCG‑GCCCCCATTGCTGCGGTCGTTGCGGCACACAGCGCAGACAAACGCGGTaa < 1:441874/238‑1 (MQ=255) tCACGGCGGTACTGTCCGGCGCCATTAA‑C‑ACCCCTTTCCACGCAGCCGAAGCACTGGTCGAAACCTTCATCGCGCAGCTGTTCGACGCCCCATCGCAAATCATGCCGCGGACATCGCCGATCATACTGCTGATCGCCAGCGAGATGGTTTCATAACGCCCATCCACCAGCCATGCCATCCCGGCGGCG‑GCCCCCATTGCTGCGGTCGTTGCGGCACACAGCGCAGACAAACGCGGTaa < 1:382151/238‑1 (MQ=255) gcggttaccccccgccccATTAC‑C‑CCCCCTTTCCCCCGAGCCCAACCCCTGGTCGAAACCTTCACCGCGCAGCTTTTCGACGCCCCATCGCAAATCCTGCCGCTGACATCGCCGATCATACTGCTGATCGCCATCGGGATGGTTTCATAACGCCCATCCACCAGCCATGCCATCCCGGCGGCG‑GCCCCCATTGCTGCGGTCGTTGCGGCACACAGCGCAGACAAACGCGGTAACTGGtt < 2:209555/223‑1 (MQ=255) cggTATCAACCAGCGCCATTAA‑C‑ACCGCTTTCCACGCAGCCGAAGCACTGGTCGAAACCTTCATCGCGCAGCTGTTCGACGCACCATCGCAAATCATGCCGCTGACATCGCCGATCATACTGCTGATCGCCATCGAGATGGTTTCATAACGCCCATCCACCAGCCATGCCATCCCGGCGGCG‑GCCCCCATTGCTGCGGTCGTTGCGGCACACAGCGCAGACAAACGCGGTAACTGGtt < 1:813252/238‑1 (MQ=255) ggTATCATCCAGCGCCATTAA‑C‑CCCGCTTTCCACGCAGCCGAAGCACTGGTCGAAACCTTCATCGCGCAGCTGTTCGACGCACCATCGCAAATCATGCCGCTGACATCGCCGATCATACTGCTGATCGCCATCGAGATGGTTTCATAACGCCCATCCACCAGCCATGCCATCCCGGCGGCG‑GCCCCCATTGCTGCGGTCGTTGCGGCACACAGCGCAGACAAACGCGGTAACTGGTTa < 1:497816/238‑1 (MQ=255) 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AATTAAACAACCCGTAGGCCGGACAAGATGCGCCAGCATCGCATCCGGCACGATCCCCAAAACCTGGCGTTTATCTGGCCTTGCTCGCCATAATCTCGATAATCTGCCGATCCGTTTGCTGCATCGAATGGCTTGCTAACGCACACAGGTTGGCAATCGACTGCTCAACATCATGCGCCACAATCCCTTCATTGCCGGTCACGGCGGTATCATCCAGCGCCATTAA‑C‑ACCGCTTTCCACGCAGCCGAAGCACTGGTCGAAACCTTCATCGCGCAGCTGTTCGACGCACCATCGCAAATCATGCCGCTGACATCGCCGATCATACTGCTGATCGCCATCGAGATGGTTTCATAACGCCCATCCACCAGCCATGCCATCCCGGCGGCG‑GCCCCCATTGCTGCGGTCGTTGCGGCACACAGCGCAGACAAACGCGGTAACTGGTTATGGATGTAAATTGCGCTCAAATGCGA > NC_000913/3255269‑3255737 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |