| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,287,637 | A→C | 18.2% | T72P (ACT→CCT) | yraH → | putative fimbrial‑like adhesin protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,287,637 | 0 | A | C | 18.2% | 175.6 / 4.3 | 90 | T72P (ACT→CCT) | yraH | putative fimbrial‑like adhesin protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (40/29); new base C (8/11); total (48/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.99e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ACAAGGATAAGGTTATATATGAATAAAGTTACAAAAACAGCTATTGCGGGCTTACTTGCGCTTTTCGCAGGTAATGCCGCTGCAACCGATGGTGAAAT‑AGTTTTTGATGGCGAGATTTTAAAATCCGCTTGTGAAATCAATGACTCTGATAAGAAAATTGAAGTTGCTCTTGGTCACTATAATGCCGAACAGTTTCGTAATATTGGCGAGCGTAGCCCAAAAATTCCATTCACTATTCCTTTAGTTAACTGCCCAATGACTGGGTGGGAGCACGATAACGGCAACGTTGAAGCGTCTTTCCGTCTATGGCTGGAAACGCGAGATAATGGCACCGTCCCTAACTTCCCTAATCTGGCAAAAGTAGGCTCTTTTGCTGGCATAGCGGCAACAGGTGTGGGTATCCGTATTGACGATGCGGAAAGCGGAAACATTATGCCACTGAATGCTATGGGCAATGATAACA > NC_000913/3287406‑3287868 | aCAAGGATAAGGTTATATATGAATAAAGTTACAAAAACAGCTATTGCGGGCTTACTTGCGCTTTTCGCAGGTAATGCCGCTGCAACCGATGGTGAAAT‑AGTTTTTGATGGCGAGATTTTAAAATCCGCTTGTGAAATCAATGACTCTGATAAGCAAATTGAAGTTGCTCTTGTTCACTATAATGCCGAAAAGTTTCGTAATATTTGCTAGCGTGGCCCAAAAAATCCATTCaacatt > 2:481990/1‑232 (MQ=255) tttttttatGAATAAAGTTACAAATACACTTAATGCGGGCTTTCTTGCGCTTTTCGCAGGTAATGCCGCTGCAACCGATGGTGAAAT‑AGTTTTTGATGGCGAGATTTTAAAATCCGCTTGTGAAATCAATGACTCTGATAAGAAAATTGAAGTTGCTCTTGGTCACTATAATGCCGAACAGTTTCGTAATATTGGCGAGCGTAGCCCAAAAATTCCATTCACTATTCCTTTAGTTAAc 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NC_000913/3287406‑3287868 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |