| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,421,767 | G→T | 20.6% | E149* (GAG→TAG) | yhdY → | putative amino acid ABC transporter permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,421,767 | 0 | G | T | 20.6% | 109.6 / 2.5 | 61 | E149* (GAG→TAG) | yhdY | putative amino acid ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (5/42); new base T (12/2); total (17/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.65e-07 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CACAAAAGCCGGTGCCTGTTGGGTCTTCATCCACGAACGATTTGGTCAGTTTATGTATGGGCTTTACCCACACGACCAACGCTGGCGAATTAACCTCGCATTACTGATTGGGCTTGTGTCGATCGCACCAATGTTCTGGAAAATACTCCCGCATCGCGGTCGCTATATTGCGGCCTGGGCGGTGATTTACCCACTGATTGTCTGGTGGCTGATGTATGGC‑GGTTTTTTTGCTC‑TTG‑AGCGGGTTGAAACCCGGCAATGGGGC‑GGGCTGACGCTAA‑CTTTAATTATTGCATCAG‑TTGGGATTGCGGGGGCGCTACCGTGGGGGATCTTACTGGCGTTAGGTCGCCGCTCCCATA‑TGCCGATTGTGCGTATCTTATCGGTCATTTTTATCGAATTCTGGCGCGGCGTGCCGCTGATTACCGTTCTGTTTATGTCTTCGGTCATGCTGCCGTTGTTTATGGCAGAA > NC_000913/3421532‑3421994 | cacaAAAGCCGGTGCCTGTTGGGTCTTCATCCACGAACGATTTGGTCAGTTTATGTATGGGCTTTACCCACACGACCAACGCTGGCGAATTAACCTCGCATTACTGATTGGGCTTGTGTCGATCGCCCCAATGTTCTGGAAAATACTCACGCATCGCGGTCGCTATATTGCGGCCTGGGCGG‑GATTTACCCACTGATTGTCTGGTGGCGTGTGTTTGGC‑GGTTTTTTTGTGC‑TTgtgag > 1:557520/1‑235 (MQ=255) 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ttgttGCTC‑TTG‑AGCGGGTTGAAACCCGGCAATGGGGC‑GGGCTGACGCTAA‑CTTTAATTATTGCATCAG‑TTGGGATTGCGGGGGCGCTACCGTGGGGGATCTTACTGGCGTTAGGTCGCCGCTCCCATA‑TGCCGATTGTGCGTATCTTATCGGTCATTTTTATCGAATTCTGGCGCGGCGTGCCGCTGATTACCGTTCTGTTTATGTCTTCGGTCATGCTGCCGTTGTTTATGGCAGaa < 1:344363/236‑1 (MQ=255) | CACAAAAGCCGGTGCCTGTTGGGTCTTCATCCACGAACGATTTGGTCAGTTTATGTATGGGCTTTACCCACACGACCAACGCTGGCGAATTAACCTCGCATTACTGATTGGGCTTGTGTCGATCGCACCAATGTTCTGGAAAATACTCCCGCATCGCGGTCGCTATATTGCGGCCTGGGCGGTGATTTACCCACTGATTGTCTGGTGGCTGATGTATGGC‑GGTTTTTTTGCTC‑TTG‑AGCGGGTTGAAACCCGGCAATGGGGC‑GGGCTGACGCTAA‑CTTTAATTATTGCATCAG‑TTGGGATTGCGGGGGCGCTACCGTGGGGGATCTTACTGGCGTTAGGTCGCCGCTCCCATA‑TGCCGATTGTGCGTATCTTATCGGTCATTTTTATCGAATTCTGGCGCGGCGTGCCGCTGATTACCGTTCTGTTTATGTCTTCGGTCATGCTGCCGTTGTTTATGGCAGAA > NC_000913/3421532‑3421994 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |