| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,468,901 | Δ1 bp | 8.9% | coding (690/921 nt) | gtrB → | CPS‑53 (KpLE1) prophage, bactoprenol glucosyl transferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,468,901 | 0 | A | . | 8.9% | 162.4 / 7.4 | 45 | coding (690/921 nt) | gtrB | CPS‑53 (KpLE1) prophage, bactoprenol glucosyl transferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (17/24); new base . (2/2); total (19/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.81e-01 | |||||||||||
GGTTCTATAAGCTCCACAATAAAATAAGCAATCCTAAAATTGAAGAGAATGTTGGTGATTTCAGGCTGATGAGCCGTGATGTTGTCGAAAATATTAAACTTATGCCAGAACGAAACCTTTTCATGAAAGGTATTCTGAGCTGGGTAGGAGGAAAGACAGATATTGTTGAATACGTGCGAGCGGAAAGAATTGCTGGAGATACAAAATTTAATGGATGGAAACTTTGGAATTTAGCACTTGAGGGTATTACAAGCTTTTCCACATTCCCTCTTCGCATCTGGACATACATAGGGTTAGTGGTAGCCAGTGTAGCATTTATTTATGGGGCGTGGATGATTTTAGATACTATCATATTTGGAAATGCTGTTAGGGGATATCCTTCACTACTTGTTTCAATACTGTTTTTAGGTGGAATTCAGATGATTGGAATAGGAGTATTAGGTGAATATATTGGACGCACATACATTGAAACCAAAAAACGCCCGAAATACATCATCAAGAGAGTCAAAAAATGAATAAAGCAATAAAAG > NC_000913/2468618‑2469147 | ggTTCTATAAGCTCCACAATAAAATAAGCAATCCTAAAATTGAAGAGAATGTTGGTGATTTCAGGCTGATGAGCCGTGATGTTGTCGAAAATATTAAACTTATGCCAGAACGAAACCTTTTCATGAAAGGTATTCTGAGCTGGGTAGGAGGAAAGACAGATATTGTTGAATACGTGCGAGCGGAAAGAATTGCTGGAGATACAAAATTTAATGGATGGAAACTTTGGAATTTAGCACTTGAGGGTATTACAAGCTTTTCCACATTCCCTCTTCGCATCTGGacatacat < 2:210668/289‑1 (MQ=255) tataAGCTCCACAATAAAATAAGCAATCCTAAAATTGAAGAGAATGTTGGTGATTTCAGGCTGATGAGCCGTGATGTTGTCGAAAATATTAAACTTATGCCAGAACGAAACCTTTTCATGAAAGGTATTCTGAGCTGGGTAGGAGGAAAGACAGATATTGTTGAATACGTGCGAGCGGAAAGAATTGCTGGAGATACAAAATTTAATGGATGGAAACTTTGGAATTTAGCACTTGAGGGTATTACAAGCTTTTCCACATTCCCTCTTCGCATCTGGACATACATAGGGt < 1:213829/289‑1 (MQ=255) tataAGCTCCACAATAAAATAAGCAATCCTAAAATTGAAGAGAATGTTGGTGATTTCAGGCTGATGAGCCGTGATGTTGTCGAAAATATTAAACTTATGCCAGAACGAAACCTTTTCATGAAAGGTATTCTGAGCTGGGTAGGAGGAAAGACAGATATTGTTGAATACGTGCGAGCGGAAAGAATTGCTGGAGATACAAAATTTAATGGATGGAAACTTTGGAATTTAGCACTTGAGGGTATTACAAGCTTTTCCACATTCCCTCTTCGCATCTGGACATACATAGGGt < 2:537856/289‑1 (MQ=255) taAGCTCCACAATAAAATAAGCAATCCTAAAATTGAAGAGAATGTTGGTGATTTCAGGCTGATGAGCCGTGATGTTGTCGAAAATATTAAACTTATGCCAGAACGAAACCTTTTCATGAAAGGTATTCTGAGCTGGGTAGGAGGAAAGACAGATATTGTTGAATACGTGCGAGCGGAAAGAATTGCTGGAGATACAAAATTTAATGGATGGAAACTTTGGAATTTAGCACTTGAGGGTATTACAAGCTTTTCCACATTCCCTCTTCGCATCTGGACATACATAGGGTTa > 2:466801/1‑289 (MQ=255) tCCACAATAAAATAAGCAATCCTAAAATTGAAGAGAATGTTGGTGATTTCAGGCTGATGAGCCGTGATGTTGTCGAAAATATTAAACTTATGCCAGAACGAAACCTTTTCATGAAAGGTATTCTGAGCTGGGTAGGAGGAAAGACAGATATTGTTGAATACGTGCGAGCGGAAAGAATTGCTGGAGATACAAAATTTAATGGATGGAAACTTTGGAATTTAGCACTTGAGGGTATTACAAGCTTTTCCACATTCCCTCTTCGCATCTGGACATACATAGGGTTAGTGGt > 2:224891/1‑289 (MQ=255) tCCACAATAAAATAAGCAATCCTAAAATTGAAGAGAATGTTGGTGATTTCAGGCTGATGAGCCGTGATGTTGTCGAAAATATTAAACTTATGCCAGAACGAAACCTTTTCATGAAAGGTATTCTGAGCTGGGTAGGAGGAAAGACAGATATTGTCGAATACGTGCGAGCGGAAAGAATTGCTGGAGATACAAAATTTAATGGATGGAAACTTTGGAATTTAGCACTTGAGGGTATTACAAGCTTTTCCACATTCCCTCTTCGCATCTGGACATACATAGGGTTAGTGGt > 1:415805/1‑289 (MQ=255) aaGCAATCCTAAAATTGAAGAGAATGTTGGTGATTTCAGGCTGATGAGCCGTGATGTTGTCGAAAATATTAAACTTATGCCAGAACGAAACCTTTTCATGAAAGGTATTCTGAGCTGGGTAGGAGGAAAGACAGATATTGTTGAATACGTGCGAGCGGAAAGAATTGCTGGAGATACAAAATTTAATGGATGGAAACTTTGGAATTTAGCACTTGAGGGTATTACAAGCTTTTCCACATTCCCTCTTCGCATCTGGACATACATAGGGTTAGTGGTAGCCAGTGTAGCa < 2:749681/289‑1 (MQ=255) 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tCCTAAAATTGAAGAGAATGTTGGTGATTTCAGGCTGATGAGCCGTGATGTTGTCGAAAATATTAAACTTATGCCAGAACGAAACCTTTTCATGAAAGGTATTCTGAGCTGGGTAGGAGGAAAGACAGATATTGTTGAATACGTGCGAGCGGAAAGAATTGCTGGAGATACAAAATTTAATGGATGGAAACTTTGGAATTTAGCACTTGAGGGTATTACAAGCTTTTCCACATTCCCTCTTCGCATCTGGAC‑TACATAGGGTTAGTGGTAGc > 2:255942/1‑272 (MQ=255) tCCTAAAATTGAAGAGAATGTTGGTGATTTCAGGCTGATGAGCCGTGATGTTGTCGAAAATATTAAACTTATGCCAGAACGAAACCTTTTCATGAAAGGTATTCTGAGCTGGGTAGGAGGAAAGACAGATATTGTTGAATACGTGCGAGCGGAAAGAATTGCTGGAGATACAAAATTTAATGGATGGAAACTTTGGAATTTAGCACTTGAGGGTATTACAAGCTTTTCCACATTCCCTCTTCGCATCTGGAC‑TACATAGGGTTAGTGGTAGc < 1:255942/272‑1 (MQ=255) tCCTAAAATTGAAGAGAATGTTGGTGATTTCAGGCTGATGAGCCGTGATGTTGTCGAAAATATTAAACTTATGCCAGAACGAAACCTTTTCATGAAAGGTATTCTGAGCTGGGTAGGAGGAAAGACAGATATTGTTGAATACGTGCGAGCGGAAAGAATTGCTGGAGATACAAAATTTAATGGATGGAAACTTTGGAATTTAGCACTTGAGGGTATTACAAGCTTTTCCACATTCCCTCTTCGCATCTGGAC‑TACATAGGGTTAGTGGTAGc < 1:557196/272‑1 (MQ=255) tCCTAAAATTGAAGAGAATGTTGGTGATTTCAGGCTGATGAGCCGTGATGTTGTCGAAAATATTAAACTTATGCCAGAACGAAACCTTTTCATGAAAGGTATTCTGAGCTGGGTAGGAGGAAAGACAGATATTGTTGAATACGTGCGAGCGGAAAGAATTGCTGGAGATACAAAATTTAATGGATGGAAACTTTGGAATTTAGCACTTGAGGGTATTACAAGCTTTTCCACATTCCCTCTTCGCATCTGGAC‑TACATAGGGTTAGTGGTAGc > 2:557196/1‑272 (MQ=255) gaATGTTGGTGATTTCAGGCTGATGAGCCGTGATGTTGTCGAAAATATTAAACTTATGCCAGAACGAAACCTTTTCATGAAAGGTATTCTGAGCTGGGTAGGAGGAAAGACAGATATTGTTGAATACGTGCGAGCGGAAAGAATTGCTGGAGATACAAAATTTAATGGATGGAAACTTTGGAATTTAGCACTTGAGGGTATTACAAGCTTTTCCACATTCCCTCTTCGCATCTGGACATACATAGGGTTAGTGGTAGCCAGTGTAGCATTTATTTATGGGGCGTGga < 1:466801/287‑1 (MQ=255) tgaGCCGTGATGTTGTCGAAAATATTAAACTTATGCCAGAACGAAACCTTTTCATGAAAGGTATTCTGAGCTGGGTAGGAGGAAAGACAGATATTGTTGAATACGTGCGAGCGGAAAGAATTGCTGGAGATACAAAATTTAATGGATGGAAACTTTGGAATTTAGCACTTGAGGGTATTACAAGCTTTTCCACATTCCCTCTTCGCATCTGGACATACATAGGGTTAGTGGTAGCCAGTGTAGCATTTATTTATGGGGCGTGGATGAttt < 2:659673/270‑1 (MQ=255) tgaGCCGTGATGTTGTCGAAAATATTAAACTTATGCCAGAACGAAACCTTTTCATGAAAGGTATTCTGAGCTGGGTAGGAGGAAAGACAGATATTGTTGAATACGTGCGAGCGGAAAGAATTGCTGGAGATACAAAATTTAATGGATGGAAACTTTGGAATTTAGCACTTGAGGGTATTACAAGCTTTTCCACATTCCCTCTTCGCATCTGGACATACATAGGGTTAGTGGTAGCCAGTGTAGCATTTATTTATGGGGCGTGGATGAttt > 1:659673/1‑270 (MQ=255) gCCGTGATGTTGTCGAAAATATTAAACTTATGCCAGAACGAAACCTTTTCATGAAAGGTATTCTGAGCTGGGTAGGAGGAAAGACAGATATTGTTGAATACGTGCGAGCGGAAAGAATTGCTGGAGATACAAAATTTAATGGATGGAAACTTTGGAATTTAGCACTTGAGGGTATTACAAGCTTTTCCACATTCCCTCTTCGCATCTGGACATACATAGGGTTAGTGGTAGCCAGTGTAGCA‑TTATTTATGGGGCGTGGATGATTTTAGATACTATCATATTTGGaaa < 2:380787/288‑1 (MQ=255) gTGATGTTGTCGAAAATATTAAACTTATGCCAGAACGAAACCTTTTCATGAAAGGTATTCTGAGCTGGGTAGGAGGAAAGACAGATATTGTTGAATACGTGCGAGCGGAAAGAATTGCTGGAGATACAAAATTTAATGGATGGAAACTTTGGAATTTAGCACTTGAGGGTATTACAAGCTTTTCCACATTCCCTCTTCGCATCTGGACATACATAGGGTTAGTGGTAGCCAGTGTAGCATTTATTTATGGGGCGTGGATGATTTTAGATACTATCATATTTGGAAATGc < 1:704755/289‑1 (MQ=255) 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tAAACTTATGCCAGAACGAAACCTTTTCATGAAAGGTATTCTGAGCTGGGTAGGAGGAAAGACAGATATTGTTGAATACGTGCGAGCGGAAAGAATTGCTGGAGATACAAAATTTAATGGATGGAAACTTTGGAATTTAGCACTTGAGGGTATTACAAGCTTTTCCACATTCCCTCTTCGCATCTGGACATACATAGGGTTAGTGGTAGCCAGTGTAGCATTTATTTATGGGGCGTGGATGATTTTAGATACTATCATATTTGGAAATGCTGTTAGGGGATATCCTTc > 1:507717/1‑288 (MQ=255) ttATGCCAGAACGAAACCTTTTCATGAAAGGTATTCTGAGCTGGGTAGGAGGAAAGACAGATATTGTCGAATACGTGCGAGCGGAAAGAATTGCTGGAGATACAAAATTTAATGGATGGAAACTTTGGAATTTAGCACTTGAGGGTATTACAAGCTTTTCCACATTCCCTCTTCGCATCTGGACATACATAGGGTTAGTGGTAGCCAGTGTAGCATTTATTTATGGGGCGTGGATGATTTTAGATACTATCATATTTGGAAATGCTGTTAGGGGATATCCTTCactact < 2:415805/289‑1 (MQ=255) ttttCATGAAAGGTATTCTGAGCTGGGTAGGAGGAAAGACAGATATTGTTGAATACGTGCGAGCGGAAAGAATTGCTGGAGATACAAAATTTAATGGATGGAAACTTTGGAATTTAGCACTTGAGGGTATTACAAGCTTTTCCACATTCCCTCTTCGCATCTGGACATACATAGGGTTAGTGGTAGCCAGTGTAGCATTTATTTATGGGGCGTGGATGATTTTAGATACTATCATATTTGGAAATGCTGTTAGGGGATATCCTTCACTACTTGTTTCAATACTGttttt < 2:8950/289‑1 (MQ=255) 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aGCTGGGTAGGAGGAAAGACAGATATTGTTGAATACGTGCGAGCGGAAAGAATTGCTGGAGATACAAAATTTAATGGATGGAAACTTTGGAATTTAGCACTTGAGGGTATTACAAGCTTTTCCACATTCCCTCTTCGCATCTGGACATACATAGGGTTAGTGGTAGCCAGTGTAGCATTTATTTATGGGGCGTGGATGATTTTAGATACTATCATATTTGGAAATGCTGtt > 2:771762/1‑231 (MQ=255) aGCTGGGTAGGAGGAAAGACAGATATTGTTGAATACGTGCGAGCGGAAAGAATTGCTGGAGATACAAAATTTAATGGATGGAAACTTTGGAATTTAGCACTTGAGGGTATTACAAGCTTTTCCACATTCCCTCTTCGCATCTGGACATACATAGGGTTAGTGGTAGCCAGTGTAGCATTTATTTATGGGGCGTGGATGATTTTAGATACTATCATATTTGGAAATGCTGtt < 1:771762/231‑1 (MQ=255) gaggaAAGACAGATATTGTTGAATACGTGCGAGCGGAAAGAATTGCTGGAGATACAAAATTTAATGGATGGAAACTTTGGAATTTAGCACTTGAGGGTATTACAAGCTTTTCCACATTCCCTCTTCGCATCTGGACATACATAGGGTTAGTGGTAGCCAGTGTAGCATTTATTTATGGGGCGTGGATGATTTTAGATACTATCATATTTGGAAATGCTGTTAGGGGATATCCTTCACTACTTGTTTCAATACTGTTTTTAGGTg > 2:33675/1‑264 (MQ=255) 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aaGACAGATATTGTTGAATACGTGCGAGCGGAAAGAATTGCTGGAGATACAAAATTTAATGGATGGAAACTTTGGAATTTAGCACTTGAGGGTATTACAAGCTTTTCCACATTCCCTCTTCGCATCTGGACATACATAGGGTTAGTGGTAGCCAGTGTAGCATTTATTTATGGGGCGTGGATGATTTTAGATACTATCATATTTGGAAATGCTGTTAGGGGATATCCTTCACTACTTGTTTCAATACTGTTTTTAGGTGGAATTCAGATGATTGGAATAGGAGTATTAg > 1:463664/1‑289 (MQ=255) tACGTGCGAGCGGAAAGAATTGCTGGAGATACAAAATTTAATGGATGGAAACTTTGGAATTTAGCACTTGAGGGTATTACAAGCTTTTCCACATTCCCTCTTCGCATCTGGACATACATAGGGTTAGTGGTAGCCAGTGTAGCATTTATTTATGGGGCGTGGATGATTTTAGATACTATCATATTTGGAAATGCTGTTAGGGGATATCCTTCACTACTTGTTTCAATACTGTTTTTAGGTGGAATTCAGATGATTGGAATAGGAGTATTAGGTGAATATATTGGACGc > 1:687626/1‑288 (MQ=255) aCGTGCGAGCGGAAAGAATTGCTGGAGATACAAAATTTAATGGATGGAAACTTTGGAATTTAGCACTTGAGGGTATTACAAGCTTTTCCACATTCCCTCTTCGCATCTGGACATACATAGGGTTAGTGGTAGCCAGTGTAGCATTTATTTATGGGGCGTGGATGATTTTAGATACTATCATATTTGGAAATGCTGTTAGGGGATATCCTTCactact > 2:479309/1‑217 (MQ=255) 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gCGAGCGGAAAGAATTGCTGGAGATACAAAATTTAATGGATGGAAACTTTGGAATTTAGCACTTGAGGGTATTACAAGCTTTTCCACATTCCCTCTTCGCATCTGGACATACATAGGGTTAGTGGTAGCCAGTGTAGCATTTATTTATGGGGCGTGGATGATTTTAGATACTATCATATTTGGAAATGCTGTTAGGGGATATCCTTCACTACTTGTTTCAATACTGTTTTTAGGTGGAATTCAGATGATTGGAATAGGAGTATTa > 1:557901/1‑265 (MQ=255) cGGAAAGAATTGCTGGAGATACAAAATTTAATGGATGGAAACTTTGGAATTTAGCACTTGAGGGTATTACAAGCTTTTCCACATTCCCTCTTCGCATCTGGACATACATAGGGTTAGTGGTAGCCAGTGTAGCATTTATTTATGGGGCGTGGATGATTTTAGATACTATCATATTTGGAAATGCTGTTAGGGGATATCCTTCACTACTTGTTTCAATACTGTTTTTAGGTGGAATTCAGATGATTGGAATAGGAGTATTAGGTGAATATATTGGACGCACATACATTGa > 2:219731/1‑289 (MQ=255) gCTGGAGATACAAAATTTAATGGATGGAAACTTTGGAATTTAGCACTTGAGGGTATTACAAGCTTTTCCACATTCCCTCTTCGCATCTGGACATACATAGGGTTAGTGGTAGCCAGTGTAGCATTTATTTATGGGGCGTGGATGATTTTAGATACTATCATATTTGGAAATGCTGTTAGGGGATATCCTTCACTACTTGTTTCAATACTGTTTTTAGGTGGAATTCAGATGATTGGAATAGGAGTATTAGGTGAATATATTGGACg < 1:758699/266‑1 (MQ=255) 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GGTTCTATAAGCTCCACAATAAAATAAGCAATCCTAAAATTGAAGAGAATGTTGGTGATTTCAGGCTGATGAGCCGTGATGTTGTCGAAAATATTAAACTTATGCCAGAACGAAACCTTTTCATGAAAGGTATTCTGAGCTGGGTAGGAGGAAAGACAGATATTGTTGAATACGTGCGAGCGGAAAGAATTGCTGGAGATACAAAATTTAATGGATGGAAACTTTGGAATTTAGCACTTGAGGGTATTACAAGCTTTTCCACATTCCCTCTTCGCATCTGGACATACATAGGGTTAGTGGTAGCCAGTGTAGCATTTATTTATGGGGCGTGGATGATTTTAGATACTATCATATTTGGAAATGCTGTTAGGGGATATCCTTCACTACTTGTTTCAATACTGTTTTTAGGTGGAATTCAGATGATTGGAATAGGAGTATTAGGTGAATATATTGGACGCACATACATTGAAACCAAAAAACGCCCGAAATACATCATCAAGAGAGTCAAAAAATGAATAAAGCAATAAAAG > NC_000913/2468618‑2469147 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |