| Predicted mutation | ||||||
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| MC JC | NC_000913 | 1,411,925 | Δ23,060 bp | [ttcA]–[ttcC] | 33 genes [ttcA], intR, ydaQ, ydaC, ralR, recT, recE, racC, ydaE, kilR, sieB, ydaF, ydaG, racR, ydaS, ydaT, ydaU, ydaV, ydaW, rzpR, rzoR, trkG, ynaK, ydaY, tmpR, lomR, insH1, lomR, stfR, tfaR, pinR, ynaE, [ttcC] |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
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| * | * | ÷ | NC_000913 | 1411925 | 1434984 | 23060 | 111 [2] | [0] 110 | [ttcA]–[ttcC] | 33 genes [ttcA], intR, ydaQ, ydaC, ralR, recT, recE, racC, ydaE, kilR, sieB, ydaF, ydaG, racR, ydaS, ydaT, ydaU, ydaV, ydaW, rzpR, rzoR, trkG, ynaK, ydaY, tmpR, lomR, insH1, lomR, stfR, tfaR, pinR, ynaE, [ttcC] |
| New junction evidence | |||||||||||
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| * | ? | NC_000913 | = 1411924 | 2 (0.020) | 93 (1.350) | 67/232 | 0.0 | 99.1% | coding (25/936 nt) | ttcA | tRNA s(2)C32 thioltransferase, iron sulfur cluster protein |
| ? | NC_000913 | 1434985 = | 0 (0.000) | pseudogene (24/51 nt) | ttcC | pseudogene, prophage Rac integration site ttcA duplication,Phage or Prophage Related | |||||
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AAAGGGGCAAAAAAAGAGTGGATTATCGTAGCTTATTGTTGTCGCTGATGATATTTAACACATTGAAAAATAAGTAAAATACTTATGAGTCAGAGAGTTGTGATTTTTGCCCTTACTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTACTAATTTCTTGATTTTGCGACATTTAAAAGCGACTCAATTCGTTATATGGCATCAGAAGAGTATGCGTCATGCCGGAACGCCCAGCATAAGAAATCTGATATAAAAAACTGTGGCGTGTATGGTACGGATTAGAGGGGAAAA > NC_000913/1434843‑1435127 | gcatggtatagctttctttacccccggagaggcaaaccatgatgcgatcgccttcttcaatcatattgaagtcagcaatggcttcgcccacgttacgacgcagacgtttttgtaatttgttcaggttgtattgttctttctta < 2:432109‑M2/1‑1 (MQ=255)gcatggtatagctgtctttacccccggagaggcaaaccatgatgcgatcgccttcttcaatcatattgaagtcagcaatggcttcgcccatgttacgccgcagacgtttttgtaatttgttcaggttgtattgttctttctta < 1:52834‑M2/1‑1 (MQ=255)gcatggtatagctgtctttacccccggagaggcaaaccatgatgcgatcgccttcttcaatcatattgaagtcagcaatggcttcgcccacgttacgacgcagacgtttttgtaatttgttcaggttgtattgttctttctta < 2:647137‑M2/1‑1 (MQ=255)gcatggtatagctgtctttacccccggagaggcaaaccatgatgcgatcgccttcttcaatcatattgaagtcagcaatggcttcgcccacgttacgacgcagacgtttttgtaatttgttcaggttgtattgttctttctta < 2:452779‑M2/1‑1 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gttcaggttgtattgttctttcttATGAATTTCTTGATTTTGCGACATTTAAAAGCGACTCAATTCGTTCGATGGCATCAGAAGAGTATGCGTCATGCCGGAACGCCCAGCATAAGAAATCTGATATAAAAAACTGTGGCgtg < 1:1445024‑M2/119‑1 (MQ=255) tcaggttgtattgttctttcttACTAATTTCTTGATTTTGCGACATTTAAAAGCGACTCAATTCGTTATATGGCATCAGAAGAGTATGCGTCATGCCGGAACGCCCAGCATAAGAAATCTGATATAAAAAACTGTGGCGTGTa > 2:1123198‑M2/23‑143 (MQ=255) gttgtattgttctttcttACTAATTTCTTGATTTAGCGACATTTAAAAGCGACTCAATTCGTTATATGGCATCAGAAGAGTATGCGTCATGCCGCAACGCCCAGCATAAGAAATCTGATATAAAACACTCTGGCGTGTATGGt > 1:958211‑M2/19‑143 (MQ=255) tgtattgttctttcttACTAATTTCTTGATTTTGCGACATTTAAAAGCGACTCAATTCGTTATATGGCATCAGAAGAGTATGCGTCATGCCGGAACGCCCAGCATAAGAAATCTGATATAAAAAACTGTGGCGTGTATGGTAc > 2:568932‑M2/17‑143 (MQ=255) gtattgttctttcttACTAATTTCTTGATTTTGCGACATTTAAAAGCGACTCAATTCGTTATATGGCATCAGAAGAGTATGCGTCATGCCGGAACGCCCAGCATAAGAAATCTGATATAAAAAACTGTGGCGTGTATGGTACg > 1:628535‑M2/16‑143 (MQ=255) attgttcttccttACTAATTTCTTGATTTTGCGACATTTAAAAGCGACTCAATTCGTTATATGGCATCAGAAGAGTATGCGTCATGCCGGAACGCCCAGCATAAGAAATCTGATATAAAAAACTGTGGCGTGTATGGTACGGa < 2:863922‑M2/130‑1 (MQ=255) ttgttctttcttACTAATTTCTTGATTTTGCGACATTTAAAAGCGACTCAATTCGTTATATGGCATCAGAAGAGTATGCGTCATGCCGGAACGCCCAGCATAAGAAATCTGATATAAAAAACTGTGGCGTGTATGGTACGgag > 2:1238132‑M2/13‑142 (MQ=255) ttgttctttcttACTAATTTCTTGATTTTGCGACATTTAAAAGCGACTCAATTCGTTATATGGCATCAGAAGAGTATGCGTCATGCCGGAACGCCCAGCATAAGAAATCTGATATAAAAAACTGTGGCGTGTATGGTACGGAt > 2:255840‑M2/13‑143 (MQ=255) ttgttctttcttACTAATTTCTTGATTTTGCGACATTTAAAAGCGACTCAATTCGTTATATGGCATCAGAAGAGTATGCGTCATGCCGGAACGCCCAGCATAAGAAATCTGATATAAAAAACTGTGGCGTGCATGGTACGGAt < 2:1305795‑M2/131‑1 (MQ=255) gttctttcttACTAATTTCTTGATTTTGCGACATTTAAAAGCGACTCAATTCGTTATATGGCATCAGAAGAGTATGCGTCATGCCGGAACGTCCAGCATAAGAAATCTGATATAAAAAACTGTGGCGTGTATGGTACGGATTa < 2:377574‑M2/133‑1 (MQ=255) ctttcctCCTAATTTCTTGATTTTGCGAAATTTAAAAGCGACTCAATTCGTTATAGGGCATCAGACGAGTATGCGTCATGCCGGAACGCCCAGCATAAGAAATCTGATATAAAAAACTGTGGCGTGTATGGTACGGATTagag < 1:513546‑M2/136‑1 (MQ=255) tttcttACTAATTTCTTGATTTTGCGACATTTAAAAGCGACTCAATTCGTTATATGGCATCAGAAGAGTATGCGTCATGCCGGAACGCCCAGCATAAGAAATCTGATATAAAAAACTGTGGCGTGTATGGTACGGATTAGAgg < 1:431185‑M2/137‑1 (MQ=255) tttcttACTAATTTCATGATTTTGCGACATTTAAAAGCGACTCAATTCGTTATATGGCATCAGAAGAGTATGCGTCATGCCGGAACGCCCAGCATAAGAAATCTGATATAAAAAACTGTGGCGTGTATGGTACGGATTAGAgg < 2:113855‑M2/137‑1 (MQ=255) tcttACTAATTTCTTGATTTTGCGACATTTAAAAGCGACTCAATTCGTTATATGGCATCAGAAGAGTATGCGTCATGCCGGAACGCCCAGCATAAGAAATCTGATATAAAAAACTGTGGCGTGTATGGTACGGATTAGCgggg > 2:95233‑M2/5‑143 (MQ=255) aCTAATTTCTTGATTTTGCGACATTTAAAAGCGACTCAATTCGTTATATGGCATCAGAAGAGTATGCGTCATGCCGGAACGCCCAGCATAAGAAATCTGATATAAAAAACTGTGGCGTGTATGGTACGGATTAGAGGGGaaaa < 1:684691/143‑1 (MQ=255) | AAAGGGGCAAAAAAAGAGTGGATTATCGTAGCTTATTGTTGTCGCTGATGATATTTAACACATTGAAAAATAAGTAAAATACTTATGAGTCAGAGAGTTGTGATTTTTGCCCTTACTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTACTAATTTCTTGATTTTGCGACATTTAAAAGCGACTCAATTCGTTATATGGCATCAGAAGAGTATGCGTCATGCCGGAACGCCCAGCATAAGAAATCTGATATAAAAAACTGTGGCGTGTATGGTACGGATTAGAGGGGAAAA > NC_000913/1434843‑1435127 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |