| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | NC_000913 | 1426189 = | 97 (1.160) | intergenic (+107/‑265) | ydaY/tmpR | pseudogene, Rac prophage,Phage or Prophage Related/Rac prophage, pseudogene, tail protein family,Phage or Prophage Related, putative alpha helix protein | |||||
Only 100 of 111 total aligned reads displayed.
GCAGGATACGATAAAAAAGCCATAGCTGCCCAGCGGTGGTTATCGGAGTTCGGGGGAGAAAGGGGGGAAAAGGC‑AAGATGGAAGCGAGAAAAACTCAGGTTGCCACCGATACCGGAACCAGAAATAGACCCGGTGCTTAAGGAGTTGTTGTACGCCTATTCGGTAATATCCCGTGCCCGACGTTATGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATC‑TTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTG‑TTACAGAGATGTGATGGTGTCTTTAATTAAATCGATGATGCTCCTGGAGAAAAGCATTGCGTGGCCTCGTAATCGCTATATCTACTATTATGTCGCCTGAAACCCACTTCGCGGT > NC_000913/1425956‑1426424 | gCAGGATACGATAAAAAAGCCATAGCTGCCCAGCGGTGGTTATCGGAGTTCGGGGGAGAAAGGGGGGAAAAGGC‑AAGATGGAAGCGAGAAAAACTCAGGTTGCCACCGATACCGGAACCAGAAATAGACCCGGTGCTTAAGGAGTTGTTGTACGCCTATTCGGTAATATCCCGTGCCCGACGTTATGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACAGAGATAAATGAata > 1:526430/1‑239 (MQ=255) aTACGATAAAAAAGCCATAGCTGCCCAGCGGTGGTTATCGGAGTTCGGGGGAGAAAGGGGGGAAAAGGC‑AAGATGGAAGCGAGAAAAACTCAGGTTGCCACCGATACCGGAACCAGAAATAGACCCGGTGCTTAAGGAGTTGTTGTACGCCTATTCGGTAATATCCCGTGCCCGACGTTATGCTGGAATGGCTGGGGGGCCTTTGCCTTTATTCCTGACAGAGATAAATGAATATTTa > 1:246824/1‑238 (MQ=255) tAAAAAAGCCATAGCTGCCCAGCGGTGGTTAGCGGAGTTCGGGGGAGAAAGGGGGGAAAAGGC‑AAGATGGAAGCGAGAAAAACTCAGGTTGCCACCGATACCGGAACCAGAAATAGACCCGGTGCTTAAGGAGTTGTTGTACGCCTATTCGGTAATATCCCGTGCCCGACGTTATGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCAc < 1:174623/237‑1 (MQ=255) aaaagGGCATCGCTGCCCAGGGGTGGGTATCGGAGTTCGGGGGGGAAAGGGGGGAAATGGC‑AAGATGGAAGGGAAAAAAACTCAGGTTGCCACCGATTCCGGAACCAGAAATAGACCCGGTGCTTAAGGAGTTGTTGTACGCCTATTCGGTAATATCCCGTGCCCGACGTTATGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCAt < 2:246824/239‑1 (MQ=255) aaaacGCCATAGCCGCCCAGCGGTGGTTATCGGAGTTCGGGGGAGAAAGGGGGGAAAAGGC‑AAGATGGAAGCGAGAAAAACTCAGGTTGCCACCGATACCGGAACCAGAAATAGACCCGGTGCTTAAGGAGTTGTTGTACGCCTATTCGGTAATATCCCGTGCCCGACGTTATGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCAt < 2:142478/239‑1 (MQ=255) aaaaaGCCTTAGCTGCCCAGGGGTGGTGATCGGAGGTCGGGGGAAAAAGGGGGGAAAAGGC‑AAGATGGAAGCGAGAAAAACTCAGGTTGCCCCCGATACCGGAACCAGAAATAGACCCGGTGCTTAAGGAGTTGTTGTACGCCTATTCGGTAATATCCCGTGCCCGACGTTATGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCAt < 2:3404/239‑1 (MQ=255) aaaaaGCCATAGGTGCCAAGGGGTGGTTAGGGGAGTTCGGGGGAGAAAGGGGGGAAAGGGA‑AAGATTGAAGCGAGAAAAACTCAGGTTGCCACCGATTCCGGAACCAGAAATAGACCCGGTGCTTAAGGAGTTGTTGTACGCCTATTCGGTAATATCCCGTGCCCGACGTTATGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCAt < 2:322038/239‑1 (MQ=255) 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tAAGGAGTTGTTGTACGCCTATTCGGTAATATCCCGTGCCCGACGTTATGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTTAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATC‑TTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCATTGGGTGTAGTTGTTAATTACGTCCACTCTG‑TTACAGAGATGTGATgggtggt > 2:705035/1‑234 (MQ=255) ttgttgTACGCCTATTCGGTAATATCCCGTGCCCGACGTTATGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATC‑TTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTG‑TTCCAGAGATGTGATGGTGTCTttaatta > 1:584890/1‑239 (MQ=255) tgttgtACGCCTATTCGGTAATATCCCGTGCCCGACGTTATGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATC‑TTTGCACTGGATGCCCAGTATTTTCAGGAGCAgt > 2:547064/1‑180 (MQ=255) tgttgtACGCCTATTCGGTAATATCCCGTGCCCGACGTTATGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATC‑TTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAgt < 1:547064/180‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) cGTTATGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATC‑TTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCCGGAGCCGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTG‑TTACAGGATTGGGTTGGTGTCTTTAATTAAATCGTAGATGCTCCTGGAGAAAACAATTggaggg > 2:157086/1‑233 (MQ=255) cGTTATGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATC‑TTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTG‑TTACAGAGATGTGATGGTGTCTTTAATTAAATCGATGATGCTCCTGGAGAAAAGCATTGCGTgg > 1:653234/1‑238 (MQ=255) gTTATGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGGCAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATC‑TTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTG‑TTACAGAGATGTGATGGTGTCTTTAATTAAATCGATGATGCTCCTGGAGAAAAGCATTGCGTGGcc < 2:774822/239‑1 (MQ=255) tcaataccggatgagtggctaaataatcatttatctctgacagagataaaTGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATC‑TTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAgt < 1:906181‑M2/92‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |