| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 422,247 | A→T | 14.7% | Y421F (TAT→TTT) | proY → | proline‑specific permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 422,247 | 0 | A | T | 14.7% | 163.6 / 2.3 | 79 | Y421F (TAT→TTT) | proY | proline‑specific permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (21/44); new base T (8/5); total (29/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.19e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGCTGTTTGCGGTGTATCTGAACTACATCATGCCGGAAAACGTCTTCCTGGTGATCGCTTCGCTGGCAACCTTCGCCACGGTGTGGGTGTGGATTATGATCCTGCTGTCGCAAATTGCCTTCCGTCGCCGTTTGCCGCCAGAAGAAGTTAAGGCGCTGAAATTTAAAGTGCCGGGTGGGGTAGCAACGACCATCGGC‑GGGCTGATTTTCCTGCTC‑TTTATTATCGGGTTGATT‑G‑GTTATCACCCGGATACGCG‑TA‑TCTCGCTGTATGTC‑GGTTTCGCGTGGATTGTTGTGCTGTTGATTGGCTGGATGT‑TTAAACGCCGCCACGATCGTCAGCTGGCTGAAAACCAGTAATCCTTGCGTTCTGTAAGCCGGTTCAGGAGGAAATCCTGATCCGGCTATTCCGAAAGTTATCCG‑CCCCCGT‑CCTCCTCCCCCAAATATCCTTCAGATGATGAGTGATCCTGCATTAGGCTATGGCAA > NC_000913/422010‑422485 | gttttttttcggttttttttaaCTCCATCTTTCCGCAAAACTTTTTCCGTGTTTTCGCTTCGCTTGAAACCTTCGCCCCGTGTTGGGTGTGGATTATGTTCCTGCTTTCGCAAATTGCCTTCCGTCGCCGTTTGCCGCCAGAAGAAGTTAAGGCGCTGAAATTTAAAGTGCCGGGTGGGGTAGCAACGACCATCGGC‑GGGCTGATTTTCCTGCTC‑TTTATTATCGGGTTGATT‑G‑GTTAt < 2:454901/219‑1 (MQ=255) gtgttGGGGTGTTTCTGAACTGCAGAAGGCCGGAAAAGGTCTCACTGGTGATCGCTTCGCTGGCAACCTTCGCCACGGTGTGGGTGTGGATTATGAGCCTGCTGTCGCAAATGGCCTTCCGTGGCCGTTTGCCGCCAGAAGAAGTTAAGGCGCTGAAATTTAAAGTGCCGGGTGGGGTAGCAACGACCATCGGC‑GGGCTGATTTTCCTGCTC‑TTTATTATCGGGTTGATT‑G‑GTTATCAc < 2:847380/236‑1 (MQ=255) gTTTGCGGTGTTGCGGCACTTCATCCTGCCGGAAACGGTTTTTCTGGTGATCGCTTCGCTGGCAACCTTCGCCCCGGTGTGGGTGTGGATTATGATCCTGGTGTCGCAAATTGCCTTCCGTCGCCGTTTGCCGCCAGAAGAAGTTAAGGCGCTGAAATTTAAAGTGCCGGGTGGGGTAGCAACGACCATCGGC‑GGGCTGATTTTCCTGCTC‑TTTATTATCGGGTTGATT‑G‑GTTATCAcc < 2:156160/239‑1 (MQ=255) gTTTGCGGTGTATCTGAACTACATCATGCCGGAAAACGTCTTCCTGGTGATCGCTTCGCTGGCAACCTTCGCCACGGTGTGGGTGTGGATTATGATCCTGCTGTCGCAAATTGCCTTCCGTCGCCGTTTGCCGCCAGAAGAAGTTAAGGCGCTGAAATTTAAAGTGCCGGGTGGGGTAGCAACGACCATCGGC‑GGGCTGATTTTCCTGCTC‑TTTATTATCGGGTTGATT‑G‑GTTATCAcc < 1:336759/239‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |