| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,412,896 | C→T | 14.6% | A190T (GCC→ACC) | acrS ← | acrAB operon transcriptional repressor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,412,896 | 0 | C | T | 14.6% | 179.9 / 13.2 | 73 | A190T (GCC→ACC) | acrS | acrAB operon transcriptional repressor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (49/13); new base T (2/9); total (51/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.88e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CTGTTTGATACTTTACTGATGCAGTGGATTGAACTGCTGGCAACAGAAACAGACAAATGCCGCAATATGAACTCAGTTAATCCACTAAAACTGGTTAACT‑GT‑GACGAACTGAATTTTCAGGACAGAATGTGAATTTACATGACACTTAATTCATTCGTTTG‑ATGAATTAATTTCG‑TTATGTTTTCATCTGGCATGAACA‑TTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGG‑GCTTGTTTATAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCAATAATAAT‑CATCACAACATCTAAATCGAGGTTATTTGCTACACAACCTTGTTGCTGACACGCCTGCAATACTTCGCGGAGAGTCTGCGGATTAAAGCCCATCTTTTCGCGTATCACTCCCTCGGCCAGCATCTCATCATTAAATTCACATTTGTGATATA > NC_000913/3412667‑3413126 | ctgttttattttttgttgagtcAGTGGATTGAACTGCTGGCAACAAAAACAGACAAATGCCGCAATATGAACTAAGTTAATCCACTAAAACTGGTTAACT‑GT‑GACGAACTGAATTTTCAGGACAGAATGTGAATTTACATGACACTTAATTCATTCGTTTG‑ATGAATTAATTTCG‑TTATGTTTTCATCTGGCATGAACA‑GTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGG‑GCTTGTTtata < 2:589559/218‑1 (MQ=255)cTGTTTTATTTTTTACTGATTCAGTGGATTGAACTGCTGGCAACAAAAACAGAAAAATGCCGCAATATGAACTCAGTTAATCCACTAAAACTGGTTAACT‑GT‑GACGAACTGAATTTTCAGGACAGAATGTGAATTTACATGACACTTAATTCATTCGTTTG‑ATGAATTAATTTCG‑TTATGTTTTCATCTGGCATGAACA‑TTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGG‑GCTTGTTtata < 2:706008/239‑1 (MQ=255)cTGTTTGATACTTTACTGATTCAGTGGATTGAACTGCTGGCAACAGAAACAGACAAATGCCGCAATATGAACTCAGTTAATCCACTAAAACTGGTTAACT‑GT‑GACGAACTGAATTTTCAGGACAGAATGTGAATTTACATGACACTTAATTCATTCGTTTG‑ATGAATTAATTTCG‑TTATGTTTTCATCTGGCATGAACA‑TTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGG‑GCTTGTTtata < 1:943684/239‑1 (MQ=255)cTGGTTGATACTTTACTGATGCAGTGGATTGAACTGCTGGCAACAGAAACAGACAAATGCCGCAATATGAACTCAGTTAATCCACTAAAACTGGTTAACT‑GT‑GACGAACTGAATTTTCAGGACAGAATGTGAATTTACATGACACTTAATTCATTCGTTTG‑ATGAATTAATTTCG‑TTATGTTTTCATCTGGCATGAACA‑TTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGG‑GCTTGTTtata < 1:735381/239‑1 (MQ=255) tttttgtttattttCTGATGTAGTGGATTGAACTGCTGGCAACAGAAACAGACAAATGCCGCAATATGAACTCAGTTAATCCACTAAAACTGTTTAACT‑GT‑GACGAACTGAATTTTCAGGACAGAATGTGAATTTACATGACACTTAATTCATTCGTTTG‑ATGAATTAATTTCG‑TTATGTTTTCATCTGGCATGAACA‑TTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGG‑GCTTGTTTATaa < 2:477933/229‑1 (MQ=255) tGTTTGATTCTTTTCTGATGCAGTGGATTTAACTGCTGGCAACAGAAACAGACAAATGCCGCAATATGAACTCAGTTAATCCACTAAAACTGGTTAACT‑GT‑GACGAACTGAATTTTCAGGACAGAATGTGAATTTACATGACACTTAATTCATTCGTTTG‑ATGAATTAATTTCG‑TTATGTTTTCATCTGGCATGAACA‑TTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGG‑GCTTGTTTATaa < 2:5651/239‑1 (MQ=255) tGATACTTTACTGATGCAGTGGATTGAACTGCTGGCAACAGAAACAGACAAATGCCGCAATATGAACTCAGTTAATCCACTAAAACTGGTTAACT‑GT‑GACGAACTGAATTTTCAGGACAGAATGTGAATTTACATGACACTTAATTCATTCGTTTG‑ATGAATTAATTTCG‑TTATGTTTTCATCTGGCATGAACA‑TTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGG‑GCTTGTTTATAAAGAt > 1:309194/1‑239 (MQ=255) tACTGATGCAGTGGATTGAACTGCTGGCAACAGAAACAGACAAATGCCGCAATATGAACTCAGTTAATCCACTAAAACTGGTTAACT‑GT‑GACGAACTGAATTTTCAGGACAGAATGTGAATTTAAATGAAACTTAATTCATCCGTTTG‑ATGAATTAATTTCG‑TTATGTTTTCATCTGGCTTGAACA‑TTCTTAAAACGTTATCGCCCATCGCGGGG‑GTTTGTTTATAAGGATCATatac > 2:223052/1‑235 (MQ=255) gATGCAGTGGATTGAACTGCTGGCAACAGAAACAGACAAATGCCGCAATATGAACTCAGTTAATCCACTAAAGCTGGTTAACT‑GT‑GACGAACTGAATTTTCAGGACAGAATGGGAATTTACATGACACTTAATTCATTCGTTTG‑AGGAATAAATTTCG‑TTATGTTTGCATCTGGCATAAACA‑TTCTTAATACGTTCTCGACACGATCGGGG‑GCCTGtctcttaaacacctctcaagct > 2:482076/1‑217 (MQ=255) aTGCAGTGGATTGAACTGCTGGCAACAGAAACAGACAAATGCCGCAATATGAACTCAGTTAATCCACTAAAACTGGTTAACT‑GT‑GACGAACTGAATTTTCAGGACAGAATGTGAATTTACATGACACTTAATTCATTCGTTTG‑ATGAATTAATTTCG‑TTATGTTTTCATCTGGCATGAACA‑TTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGG‑GCTTGTTTATAAAGATCATAACCCGCCat > 1:500019/1‑239 (MQ=255) gATTGAACTGCTGGCAACAGAAACAGACAAATGCCGCAATATGAACTCAGTTAATCCACTAAAACTGGTTAACT‑GT‑GACGAACTGAATTTTCAGGACAGAATGTGAATTTACATGACACTTAATTCATTCGTTTG‑ATGAATTAATTTCG‑TTATGTTTTCATCTGGCATGAACA‑TTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGG‑GCTTGTTTATaaa < 1:808454/215‑1 (MQ=255) tGAACTGCTGGCAACAGAAACAGACAAATGCCGCAATATGAACTCAGTTAATCCACTAAAACTGGTTAACT‑GT‑GACGAACTGAATTTTCAGGACAGAATGTGAATTTACATGACACTTAATTCATTCGTTTG‑ATGAATTAATTTCG‑TTATGTTTTCATCTGGCATGAACA‑TTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGG‑GCTTGTTTATAAAGATCATAACCCGCCATATTCCTTAAcc > 1:78516/1‑239 (MQ=255) ctgctgGAAAAAAAAAAAGAAAAAGGCCGAAATATGAACTCAATTAACCCAAT‑AAACTTGTTTACT‑GTGGACAACCTAAATTTTCAGAACAAATTGTAATTTTACATGCCCCTAAATTCATTCGTTTG‑ATAAATTAATTTTT‑TTATTTTTTCATCGGGAATAAACA‑TTCTTAATACGTTACCGACAAGGGCGGGG‑GTTTGTTTAAAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGtt < 1:68269/239‑1 (MQ=255) ctgGCAACAGAAACAGACAAATGCCGCAATATGAACTCAGTTAATCCACTAAAACTGGTTAACT‑GT‑GACGAACTGAATTTTCAGGACAGAATGTGAATTTACATGACACTTAATTCATTCGTTTG‑ATGAATTAATTTCG‑TTATGTTTTCATCTGGCATGAACA‑TTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGG‑GCTTGTTTATAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTg > 1:185447/1‑239 (MQ=255) cAAATGCCGCAATATGAACTCAGTTAATCCACTAAAACTGGTTAACT‑GT‑GACGAACTGAATTTTCAGGACAGAATGTGAATTTACATGACACTTAATTCATTCGTTTG‑ATGAATTAATTTCG‑TTATGTTTTCATCTGGCATGAACA‑TTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGG‑GCTTGTTTATAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAg > 1:630455/1‑238 (MQ=255) aaaTGCCGCAATATGAACTCAGTTAATCCACTAAAACTGGTTAACT‑GT‑GACGAACTGAATTTTCAGGACAGAATGTGAATTTACATGACACTTAATTCATTCGTTTG‑ATGAATTAATTTCG‑TTATGTTTTCATCTGGCATGAACA‑TTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGG‑GCTTGTTTATAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCCCTGAAgg > 1:561464/1‑238 (MQ=255) cgaaatagaaaCTCAGTAAACCCACAAAAATTGGTTAATG‑GT‑GACAATTTAAATTTTAAGGAAAGAATGTGAATTAACATGACTCTAAATTCATTCTTTTG‑ATAAATTAATTTCT‑TTATTTTTTCATCTGGCATGAACA‑TTTTTAATACTTTATCGCCCAGAGGGGGG‑GTTTGTTAATAAAGATCATACCCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCAt < 1:431266/229‑1 (MQ=255) caaattatgatattttttAACCCAATAAAATTTGTTATGT‑GT‑GAAACATTGTATTTGCGAGAGAGAATGTTATTTTAGTTGACTCTAAATTTGTTTGTTTT‑ATAAATTTATTTGT‑TTGTTTTTTCTTCTGGAATGAACA‑TTCTTAATCCGTTATCGCCCAGGGCGGGG‑TTTTGATTAAAAAGACAATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCAt < 2:78516/222‑1 (MQ=255) cAATATGAACTCAGTTAATCCACTAAAACTGGTTAACT‑GT‑GACGAACTGAATTTTCAGGACAGAATGTGAATTTACTTGACACTTAATTCATTCGTTTG‑ATGAATTAATTTCG‑TTATGTTTTCATCTGGCATGAACA‑TTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGG‑GCTTGTTTATAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATcca > 1:656812/1‑237 (MQ=255) cAATATGAACTCAGTTAATCCACTAAAACTGGTTAACT‑GT‑GACGAACTGAATTTTCAGGAAAGAATGTGAATTTACATGACACTTAATTCATTCGTTTG‑ATGAATTAATTTCG‑TTATGTTTTCATCTGGCATGAACA‑TTCTTATTACGTTTTCGACCAGATCGGGG‑GCTGGTTTATAAAGATCATAACCCGCAATATTCATTAACCAGTTTTGAACAAATCGGCTGAAGACACCACCaa > 2:857164/1‑239 (MQ=255) cAATATGAACTCAGTTAATCCACTAAAACTGGTTAACG‑GT‑GACGAACTGACTTTTCAGGCCAGATTGCGAATTTACGTGACACTTAATTAATTAGTTTG‑ATGAATTAATTTCG‑TTATGTTTTCATATGGCCTGCACA‑TTCTTAATACGTTATCGACCCGACCGGGG‑GTTTGTTTATAAAGATCTTAACCCGCCATTTTCATTAACCAGCTTTGACCCATACTCCTGCAGGCACCATcgc > 1:149383/1‑237 (MQ=255) cAGTTAATCCACTAAAACTGGTTAACT‑GT‑GACGAACTGAATTTTCAGGACAGAATGTGAATTTACATGACACTTAATTCATTCGTTTG‑ATGAATTAATTTCG‑TTATGTTTTCATCTGGCATGAACA‑TTCTTAATACGTTATCGACAAGAGCGGGG‑GCTTGTTTATAAAGATCATAACCCGCCATTTTCATTAACCAGTTTTGACCAATTCCGCTGAAGGCACCATCATTATTAac‑catc > 1:1044157/1‑239 (MQ=255) gTTAACCCAAAAAATCT‑GTTAACTGGT‑GAGGAACTGATTTTGCGGGAGAGATTGTGTATGTAGAGGACATTAAATTCATTTGTTTG‑ATAAATTATTTTGT‑TTATTTTTTCATCTGGCATGAACA‑TTCTTATTATTTTACCGAGCAGAGGGGGG‑GTTTTTTTATAAAGATCAAAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCAATAATAAT‑CATcac < 1:452138/239‑1 (MQ=255) cTAAAACTGGTTAACT‑GT‑GACGAACTGAATTTTCAGGACAGAATGTGAATTTACATGACACTTAATTCATTCGTTTG‑ATGAATTAATTTCG‑TTATGTTTTCATCTGGCATGAACA‑TTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGG‑GCt < 2:518168/147‑1 (MQ=255) cTAAAACTGGTTAACT‑GT‑GACGAACTGAATTTTCAGGACAGAATGTGAATTTACATGACACTTAATTCATTCGTTTG‑ATGAATTAATTTCG‑TTATGTTTTCATCTGGCATGAACA‑TTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGG‑GCt > 1:518168/1‑147 (MQ=255) cTAAAACTGGTTAACT‑GT‑GACGAACTGAATTTTCAGGACAGAATGTGAATTTACATGACACTTAATTCATTCGTTTG‑ATGAATTAATTTCG‑TTATGTTTTCATCTGGCATGAACA‑TTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGG‑GCTTGTTTATAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCAATAATAAT‑CATCACAACATCTaa > 1:143818/1‑239 (MQ=255) cTAAAACTGGTTAACT‑GT‑GACGAACTGAATTTTCAGGACAGAATGTGAATTTACATGACACTTAATTCATTCGTTTG‑ATGAATTAATTTCG‑TTATGTTTTCATCTGGCATGAACA‑TTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGG‑GCTTGTTTATAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCAGCTGAAGGCACCATCAATAATAAT‑CATAACAACATCTaa > 1:764177/1‑239 (MQ=255) cTAAAACTGGTTAACT‑GT‑GACGAACTGAATTTTCAGGACAGAATGTGAATTTACATGACACTTAATTCATTCGTTTG‑ATGAATTAATTACG‑TAATGTTTTCATCTGGCATGAACA‑TTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGG‑GCTTGTTTATAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACAAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGAACCATCACTAATAAT‑AATCacaacaccaca > 1:702001/1‑234 (MQ=255) aaaTTGTTTAACT‑GG‑AACAAATTGAATTTTAAGGACAGATTGTAATTTTACTTGCCTATTAATTCATTTGTTTG‑ATGAATTAATTTGG‑TTATTTTTTAATCTGGCATGAACA‑TTCTTAATCCGTTACCGCCCAGAGCGGGG‑GTTTGTTTAAAAAGATCAAAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCAATAATAAT‑CATCACAACATCTAAATc < 1:857164/239‑1 (MQ=255) cTGGTTAACT‑GT‑GACGAACTGAATTTTCAGGACAGAATGTGAATTTACATGACACTTAATTCATTCGTTTG‑ATGAATTAATTTCG‑TTATGTTTTCATCTGGCATGAACA‑TTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGG‑GCTTGTTTATAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCAATAATAat‑catccaaa > 1:940880/1‑222 (MQ=255) tGGTTAATG‑GT‑GACAAACTGAATTGTCAGACAAGTATTTTATTTTACATGTCTTCTAATTTATT‑GTTTGTAATAATTATTTTGT‑TTATTTTTCAATCTGGCATAAACA‑TTTTTAATCCGTTATCGACGAG‑GCGGGGTGTTTTTTTATAAAAATCAAAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCAATAATAAT‑CATCACAACATCTAAATCGAgg < 1:724425/239‑1 (MQ=255) ggTTAACT‑GT‑GACGAACTGAATTTTCAGGACAGAATGTGAATTTACATGACACTTAATTCATTCGTTTG‑ATGAATTAATTTCG‑TTATGTTTTCATCTGGCATGAACA‑TTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGG‑GCTTGTTTATAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGGTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCAATAATAAT‑CATcccacacttcaaatcaaggt > 1:629407/1‑223 (MQ=255) gTTAACT‑GT‑GACGAACTGAATTTTCAGGACAGAATGTGAATTTACATGACACTTAATTCATTCGTTTG‑ATGAATTAATTTCG‑TTATGTTTTCATCTGGCATGAACA‑TTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGG‑GCTTGTTTATaa > 2:471945/1‑147 (MQ=255) gTTAACT‑GT‑GACGAACTGAATTTTCAGGACAGAATGTGAATTTACATGACACTTAATTCATTCGTTTG‑ATGAATTAATTTCG‑TTATGTTTTCATCTGGCATGAACA‑TTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGG‑GCTTGTTTATaa < 1:471945/147‑1 (MQ=255) gTTAACT‑GT‑GACGAACTGAATTTTCAGGACAGAATGTGAATTTACATGACACTTAATTCATTCGTTTG‑ATGAATTAATTTCG‑TTATGTTTTCATCTGGCATGAACA‑TTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGG‑GCTTGTTTATATAGATCATAACCCGCCCTATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGATGAAGGCCCCATAAAAAATAATACAAC‑CAACACCAAAATCGAGGta > 2:299350/1‑238 (MQ=255) gTTAACT‑GT‑GACGAACTGAATTTTCAGGACAGAATGTGAATTTACATGACACTTAATTCATTCGTTTG‑ATGAATTAATTTCG‑TTATGTTTTCATCTGGCATGAACA‑TTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGG‑GCTTGTTTATAAAGATCATAACCCGCCTTATTCATTAACCAGTTTTTAACAATTCCGCTCAAGCCACCATCAATAAAATT‑CAACACACAATCTAAATAGGGGta > 2:22017/1‑238 (MQ=255) ttAACT‑GT‑GACGAACTGAATTTTCAGGACAGAATGTGAATTTACATGACACTTAATTCATTCGTTTG‑ATGAATTAATTTCG‑TTATGTTTTCATCTGGCATGAACA‑TTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGG‑GCTTGTTTATAAAGATCATAACCCGCCTTATTCATTAACCAGTTTTGaa > 2:1092526/1‑183 (MQ=255) actgtggaagatcttatttttCAGGATAGTGTGTTATTTTAAATGACATTATATTATTTCGTTTA‑ATG‑ATTTATTTCGTTTATTTGTGCATCT‑GCAAGAAAATTTTTTAATCCGTTACAGACAAGGTGGGGG‑GTTTTTTTAAAAAGATCATACCCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCAATAATAAT‑CATCACAACATCTAAATCGAGGTTAtt < 1:223052/222‑1 (MQ=255) aaggggacagAAATGAATTTACAGGAAAAAATGTATATTTACATGACTCTTAATTCCTTGTTTTG‑ATGAATTAATTTCT‑TTATTTTTTCATGTGGAAAGAACA‑TTCTTAATACGTTATCGACCAGAGGGGGG‑GCTTGTTTATAAAGATCAAACCCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCAATAATAAT‑CATCACAACATCTAAATCGAGGTTAtt < 1:479695/230‑1 (MQ=255) aCGAACTGAATTTTCAGGACAGAATGTGAATTTACATGACACTTAATTCATTCGTTTG‑ATGAATTAATTTCG‑TTATGTTTTCATCTGGCATGAACA‑TTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGG‑GCTTGTTtata > 1:532891/1‑136 (MQ=255) aCGAACTGAATTTTCAGGACAGAATGTGAATTTACATGACACTTAATTCATTCGTTTG‑ATGAATTAATTTCG‑TTATGTTTTCATCTGGCATGAACA‑TTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGG‑GCTTGTTtata < 2:532891/136‑1 (MQ=255) aCGAACTGAATTTTCAGGACAGAATGTGAATTTACATGACACTTAATTCATTCGTTTG‑ATGAATTAATTTCG‑TTATGTTTTCATCTGGCATGAACA‑TTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGG‑GCTTGTTTATAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGAACCATCAATAATAAT‑CATCACACCATCAAAACCGAGGTTATTTGcacaa > 2:908825/1‑235 (MQ=255) tagaattgagaaagaaGAATGTGAATTTCAATGACATTTATTTCATTGTTTTG‑AATAATAATTGTGG‑TTATGTTTTCAGTTATGAGAAAAT‑TTCTAAATAGGTTAAGGTCCGGAGCGTGG‑GTTTGTTAAAAAAGTCCATATCCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCAATAATAAT‑CATCACAACATCTAAATCGAGGTTATTTGCTACACAAcc < 1:39565/224‑1 (MQ=255) aaTTTTCAGGACAGAATGCGAATTTACATGACACTTAATTCATTCGTTTG‑ATGAATTAATTTCG‑TTATGTTTTCATCTGGCATGAACA‑TTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGG‑GCTTGTTTATAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCAATAAAAAT‑CCTCACAAAATCTAAATCAAGGTTATTTGATACaaaa > 2:479695/1‑234 (MQ=255) ggACAGAATGTGAATTTACATGACACTTAATTCATTCGTTTG‑ATGAATTAATTTCG‑TTATGTTTTCATCTGGCATGAACA‑TTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGG‑GCTTGTTTATAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCCCCATCAATAATAAT‑CATCACAACATCTAAATCGAGGTTATTTGCTAAACAACATTGTTACTCac > 2:494027/1‑239 (MQ=255) tACATGACACTTAATTCATTCGTTTG‑ATGAATTAATTTCG‑TTATGTTTTCATCTGGCATGAACA‑TTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGG‑GCTTGt < 2:770272/99‑1 (MQ=255) tACATGACACTTAATTCATTCGTTTG‑ATGAATTAATTTCG‑TTATGTTTTCATCTGGCATGAACA‑TTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGG‑GCTTGt > 1:770272/1‑99 (MQ=255) attcGTTTG‑ATGAATTAATTTCG‑TTATGTTTTCATCTGGCATGAACA‑TTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGG‑GCTTGTTTATACAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCATTAATAAT‑CATCACAACATCTAAATCGAGGTTATTTGCTACACACACTTGTTGCTGACACCCCTGCAAATCTTCCCGGCGATTCTTCGGAt > 2:1029153/1‑239 (MQ=255) ttcGTTTG‑ATGAATTAATTTCG‑TTATGTTTTCATCTGGCATGAACA‑TTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGG‑GCTTGTTTATAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCAATAATAAT‑CATCACAACATCTAAATCGAGGTTATTTGCTACACAACCTTGTTGCTGACACGCCTGCAATACTTCGCGGGGAGTCTGCGGGtt > 1:931989/1‑239 (MQ=255) ttcGTTTG‑ATGAATTAATTTCG‑TTATGTTTTCATCTGGCATGAACA‑TTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGG‑GCTTGTTTATAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCAATAATAAT‑CATCACAACATCTAAATCGAGGTTATTTGCTACACAACCTTGTTGCTGACACGCCTGCAATACTTCGCGGAGAGTCTGCGGAtt > 1:879123/1‑239 (MQ=255) tcGTTTG‑ATGAATTAATTTCG‑TTATGTTTTCATCTGGCATGAACA‑TTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGG‑GCTTGTTtata < 1:661025/85‑1 (MQ=255) tcGTTTG‑ATGAATTAATTTCG‑TTATGTTTTCATCTGGCATGAACA‑TTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGG‑GCTTGTTtata > 2:661025/1‑85 (MQ=255) tcGTTTG‑ATGAATTAATTTCG‑TTATGTTTTCATCTGGCATGAACA‑TTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGG‑GCTTGTTTATAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCCTCAATAATAAT‑CATCACAACATCTAAATCGAGGTTATTTGCTACACAACCTTTTTGCTGACACGCCTGCAATACTTCCCGGAAAATCTCCGGAtaa > 2:523767/1‑237 (MQ=255) tcGTTTG‑ATGAATTAATTTCG‑TTATGTTTTCATCTGGCATGAACA‑TTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGG‑GCTTGTTTATAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCAATAATAAT‑CATCACAACATCTAAATCGAGGTTATTTGCTACACAACCTTGTTGCTGACACGCCTGCAATACTTCGCGGAGAGTCTGCGGATTa > 1:288552/1‑239 (MQ=255) ttCG‑TTATGTTTTCATCTGGCATGAACA‑TTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGG‑GCTTGTTTATAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCAATAATAAT‑CATCACAACATCTAAATCGAGGTTATTTGCTACACAACCTTGTTGCTGAAACGCCTGCAATACTTCGCGGCAAGTCTGCGGATTAAAGCCCATCTTTTcgcg > 1:370643/1‑239 (MQ=255) aaCA‑TTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGG‑GCTTGTTTATAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCAATAATAAT‑CATCACAACATCTAAATCGAGGTTATTTGCTACACAACCTTGTTGCTGACACGCCTGCAATACTTCGCGGAGAGTCTGCGGATTAAAGCCCATCTTTTCGCGTATCACTCCCTCGGCCAGCAtctc > 1:671709/1‑239 (MQ=255) aaCA‑TTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGG‑GCTTGTTTATAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCAATAATAAT‑CATCACAACATCTAAATCGAGGTTATTTGCTACACAACCTTGTTGCTGACACGCCTGCAATACTTCGCGGAGAGTCTGCGGATTAAAGCCCATCTTTTCGCGTATAACTCCCTCGGCCAGCAtctc > 1:371788/1‑239 (MQ=255) tCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGG‑GCTTGTTTATAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCAATAATAAT‑CATCACAACATCTAAATCGAGGTTATTTGCTACCCAACCTTGTTGCTGCAACGCCTGCAATACTTCCCGGGGAGTCTGAGGATTACACCCCACCTTTTCGCGTTTCACTCCCCCGGCCGGCCACTcatcat > 2:317727/1‑239 (MQ=255) tCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGG‑GCTTGTTTATAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCAATAATAAT‑CATCACAACATCTAAATCGAGGTTATTTGCTACACAACCTTGTTGCTGACACGCCTGCAATACTTCGCGGAGAGTCTGCGGATTAAAGCCCATCTTTTCGCGTATCACTCCCTCGGCCAGCACCtcat > 1:232987/1‑236 (MQ=255) ttATCGACCAGAGCGGGG‑GCTTGTTTATAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCAATAATAAT‑CATcaca > 1:445130/1‑105 (MQ=255) ttATCGACCAGAGCGGGG‑GCTTGTTTATAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCAATAATAAT‑CATCACAACATCTAAATCGAGGTTATTTGCTACACAACCTTGTTGCTGACACGCCTGCAATa > 1:225829/1‑160 (MQ=255) ttATCGACCAGAGCGGGG‑GCTTGTTTATAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCAATAATAAT‑CATCACAACATCTAAATCGAGGTTATTTGCTACACAACCTTGTTGCTGACACGCCTGCAATACTTCGCGGAGAGTCTGCGGATTAAAg > 1:943593/1‑186 (MQ=255) ttATCGACCAGAGCGGGG‑GCTTGTTTATAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCAATAATAAT‑CATCACAACATCTAAATCGAGGTTATTTGCTACACAACCTTGTTGCTGACACGCCTGCAATACTTCGCGGAGAGTCTGCGGATTAAAGCCCATCTTTTCGCGTATCACTCCCTCGGCCAGCATCTCATCATTAAATTcaca > 1:184263/1‑239 (MQ=255) ttATCGACCAGAGCGGGG‑GCTTGTTTATAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCAATAATAAT‑CATCACAACATCTAAATCGAGGTTATTTGCTACACAACCTTCTTGCTGACACGCATGCAATACTTCGCGGAGAGCCTGCGGATTAAAGCCCCTCATTCCGCCTATCCCCCCCCCGCCCAggcctccaaccataaattaaaa > 2:563451/1‑218 (MQ=255) tATCGACCAGAGCGGGG‑GCTTGTTTATAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCAATAATAAT‑CATCACAACATCTAAATCGAGGTTATTTGCTACACAACCTTGTTGCTGACACGCCTGCAATACTTCGCGGAGAGTCTGCGGATTAAAGCCCATCTTTTCGCGTATCACTCCCTCGGCCAGCATCTCATCATTAAATTCACAt > 1:994642/1‑239 (MQ=255) aTCGACCAGAGCGGGG‑GCTTGTTTATAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGTACAATTCCGCTGAAGGCACCATCAATAATAAT‑CATCACAACATCTAAATCGAGGTTATTTGCTACACAACCTTGTTGCTGACACGCCTGCAATACTTCGCGGCGAGTCTGCGGATTAAAGCCCCTCTTTTCGCGTATCACACCCTCTGCCAGCAGCTACTCATTAAATTACCAtt > 2:1063100/1‑239 (MQ=255) aTCGACCAGAGCGGGG‑GCTTGTTTATAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCAATAATAAT‑CATCACAACATCTAAATCGAGGTTATTTGCTACACACCCTTGTTGCTGACACGCCTGCAATCCTTCGCGGACAGTCTCCGGATTAAATCCCATCTTTTCGCGTATCACCCCCTCGGCACCCCTCTCATCATAAAATTCACAtt > 2:906432/1‑239 (MQ=255) aTCGACCAGAGCGGGG‑GCTTGTTTATAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCAATAATAAT‑CATCACAACATCTAAATCGAGGTTATTTGCTACACAACCTTGTTGCTGACACGCCTGCAATa > 1:741241/1‑158 (MQ=255) aTCGACCAGAGCGGGG‑GCTTGTTTATAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCAGCTGAAGGCACCATCAATAATAAT‑CATCACAACATCTAAATCGAGGTTATTTGCTACACAACCTTGTTGCTGACACGCCTGCAATACTTCGCGGAGAGTCTACGGATTAAAGCCCATCTTTTCCCGTATCACTCCTTCGGCCAGCATCTCATCATTAAATTCACCtt > 1:513774/1‑239 (MQ=255) gagCGGGG‑GCTTGGTTATAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACACTTCCGCTGTCGGCACCATCACTAATAAT‑CATCACAACATCTAAATCGAGGTTATTTCCTACACAACCTTGTTGCTGACACCCCTGCAATACTTCCCGGTGATCCTGCGAATTAAAGCCCATCTTTTCCAGTATCCCTCCCCCGCCACACATCTCATCATTAAATTCACAATTGTGaaaa > 2:460031/1‑236 (MQ=255) agCGGGG‑GCTTGTTTATAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCAATAATAAT‑CATCACAACATCTAAATCGAGGTTATTTGCTACACAACCTTGTTGCTGACACGCCTGCAATACTTCGCGGAGAGTCTGCGGATTAAAGCCCATCTTTTCGCGTATCACTCCCTCGGCCAGCATCTCATCATTAAATTCACATTTGTGAtata > 1:718209/1‑239 (MQ=255) agCGGGG‑GCTTGTTTATAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCAATAATAAT‑CATCACAACATCTAAATCGAGGTTATTTGCTACACAACCTTGTTGCTGACACGCCTGCAATACTACGCGGAGAGTCTGCGGATTAAAACCCATCTTTTCGCGAATTACTCCCTCGGCCAGCATCTCATCATTAAATTCACATTtgtgtaata > 1:502102/1‑234 (MQ=255) gggggg‑gTTTTGTTAAAAAAAACATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCAATAATAAT‑CATCACAACATCTAAATCGAGGTTATTTGCTACACAACCTTGTTGCTGACACGCCTGCAATACTTCGCGGAGAGTCTGCGGATTAAAGCCCATCTTTTCGCGTATCACTCCCTCGGCCAGCATCTCATCATTAAATTCACATTTGTGAtata < 1:317727/236‑1 (MQ=255) | CTGTTTGATACTTTACTGATGCAGTGGATTGAACTGCTGGCAACAGAAACAGACAAATGCCGCAATATGAACTCAGTTAATCCACTAAAACTGGTTAACT‑GT‑GACGAACTGAATTTTCAGGACAGAATGTGAATTTACATGACACTTAATTCATTCGTTTG‑ATGAATTAATTTCG‑TTATGTTTTCATCTGGCATGAACA‑TTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGG‑GCTTGTTTATAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCAATAATAAT‑CATCACAACATCTAAATCGAGGTTATTTGCTACACAACCTTGTTGCTGACACGCCTGCAATACTTCGCGGAGAGTCTGCGGATTAAAGCCCATCTTTTCGCGTATCACTCCCTCGGCCAGCATCTCATCATTAAATTCACATTTGTGATATA > NC_000913/3412667‑3413126 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |