| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,879,935 | T→G | 24.0% | T62P (ACC→CCC) | gyrB ← | DNA gyrase, subunit B |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,879,935 | 0 | T | G | 24.0% | 131.2 / 8.1 | 78 | T62P (ACC→CCC) | gyrB | DNA gyrase, subunit B |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (23/33); new base G (19/2); total (43/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.51e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GAATTTTACCCTCGCGCTGGATAACCAGCTCCA‑GTTTTTGCGACAGGGCGTTTACT‑ACCGAAACACCAACGCCGTGCAGACCGCCGGACACTTTAT‑AGGAGTTATCGTCAAA‑TTTACCGCCTGCGTGCAGAACGGTCATGATCACTTCCGCCGCCGATACGCCCTCTTCCGGGTGAATACCGGTCGGAATGCCGCGCCCGTCATCC‑TGT‑ACAGAGACAGAGTTATCGGCGTGAATGGTGACGATAATTTCTTTACAGTGACCCGCGAGCGCTTCGTCGATAGCGTTATCT‑ACCACCTCGAATACCATGTGGTGCAGACCGGTGCCGTCATCCGTGTCGCCGATATACATACCCGGGCGCTTACGCACCGCATCCAGCCCTTTCAGGACTTTGATACTGGAGGAGTCATAAGAATTCGACATCAACGTTTCTCGCTCATTTATACTTGGGTTAATCCGTTATTTTACC > NC_000913/3879698‑3880164 | tatatttCCCCGCGCGGTGGATACCCAG‑TCTAGGTTTGTGGGACAGGGC‑TTTGCTCACCGAACCACCACCGCCGTGCAGACCGCGGGATCTTTTAT‑GGGTGTTAGCGCCAAA‑TTTGCCGCCTGCGTGCAGAACGGTCATGATCACTCCCGCCGCCGATACGCCCTCTTCCGGGTGAATACCGGTCGGAATGCCGCGCCCGTCATCC‑TGT‑ACAGAGACAGAGTTATCGGCGTGAATGGTg < 2:320698/235‑1 (MQ=255) tCGCGCTGGATAACCAGCTCCA‑GTTTTTGCGACAGGGCGTTTACT‑ACCGAAACACCAACGCCGTGCAGACCGCCGGACACTTTAT‑AGGAGTTATCGTCAAA‑TTTACCGCCTGCGGGCAGAACGGTCATGATCACTTCCGCCGCCGATCCGCCCCCTTCCGGGAGAATACCGGTCGGACTCCCGCGCCCGACATCC‑TGT‑ACAGAGACAGAGGTATAGAGGAGGATGGGGACGAAAAta > 2:309357/1‑236 (MQ=255) tCGCGCTGGATAACCAGCTCCA‑GTTTTTGCGACAGGGCGTTTACT‑ACCGAAACACCAACGCCGTGCAGACCGCCGGACACTTTAT‑AGGAGTTATCGTCAAA‑TTTACCGCCTGCGGGCAGAACGGTCATGATCACTTCCGCCGCCGATACGCCTCCTTCCGGGTGAATACCGGTCGGAATCCCGCGCCCGCCATCC‑TGTAACAG‑GCAAGGGTTATCGGCGTGGAGGGGGAGGAAAAtttt > 2:698734/1‑238 (MQ=255) tCCA‑GTTTTTGCGACAGGGCGTTTACT‑ACCGAAACACCAACGCCGTGCAGACCGCCGGACACTTTAT‑AGGAGTTATCGTCAAA‑TTTACCGCCTGCGTGCAGAACGGTCATGATCACTTCCGCCGCCGATACGCCCTCTTCCGGGTGAATACCGGTCGGAATGCCGCGCCCGTCATCC‑TGT‑ACAGAGACAGAGTTATCGGCGTGAATGGGGCGGGTAATTTTTTTCCACGGACCCCCGAg > 1:229065/1‑239 (MQ=255) tCCA‑GTTTTTGCGACAGGGCGTTTACT‑ACCGAAACACCAACGCCGGGCAGACCGCCGGACACTTTAT‑AGGAGTTATCGTCAAA‑TTTACCGCCTGCGTGCAGAACGGTCATGATCACTTCCGCCGCCGATACGCCCTCTTCCGGGTGAATACCGGTCGGAATGCCGCGCCCGTCATCC‑TGT‑ACAGAGCCAGAGTTATCGGCGTGCATGTGGACGAGAATTTTTTTACAGGGACCcgcgc > 1:1107007/1‑237 (MQ=255) tGCGACAGGGCGTTTACT‑ACCGAAACACCAACGCCGTGCAGACCGCCGGACACTTTAT‑AGGAGTTATCGTCAAA‑TTTACCGCCTGCGTGCAGAACGGTCATGATCACTTCCGCCGCCGATACGCCCTCTTCCGGGTGAATACCGGTCGGAATGCCGCGCCCGTCATCC‑TGT‑ACAGAGACAGAGTTATCGGCGGGAAAGGGGACGGTAATTTCTTTACAGTGACCCGCGAGCGCTtcgtc > 2:125018/1‑239 (MQ=255) gtcggggCGTTTCTG‑ACCCAACCCCCAACGCGTGGCAGACCGCC‑GACAATTTTTAAGGAGTTATCACAAAA‑TTTACCCACTGGGTGAAGAAGGGTCAGGATCATTTCCGCCGCCGATACGCCCTCTTCCGGGTGAATACCGGTCGGAATGCCGCGCCCGTCATCC‑TGT‑ACAGAGACAGAGTTATCGGCGTGAATGGTGACGATAATTTCTTTACAGTGACCCGCGAGCGCTTCGTCGa < 2:870482/234‑1 (MQ=255) 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1:125018/235‑1 (MQ=255) ttttaagggAGTTTCCGTAAAT‑TTTCCCGCCTGCGTGCAGAACGGTCATGATCCCTTCCGCCGCCGATACGCCCTCTTCCGGGTGAATACCGGTCGGAATGCCGCGCCCGTCATCC‑TGT‑ACAGAGACAGAGTTATCGGCGTGAATGGTGACGATAATTTCTTTACAGTGACCCGCGAGCGCTTCGTCGATAGCGTTATCT‑ACCACCTCGAATACCATGTGGTGCAGACCGGTGCCGTCa < 1:413180/232‑1 (MQ=255) tttAT‑AGGAGTTATCGTCAAA‑TTTACCGCCTGCGTGCAGAACGGTCATGATCACTTCCGCCGCCGATACGCCCTCTTCCGGGTGAATACCGGTCGGAATGCCGCGCCCGTCATCC‑TGT‑ACAGAGACAGAGTTATCGGCGTGAAAGGTGACGATAATTTCTTTTCAGTGACCCGCGAGCCCTTCGTCGGTGGCGGTTTAT‑ACCACCCCCAATACCACGTGGGGGAGACCGGTCCCGGCa > 2:761159/1‑238 (MQ=255) tat‑aGGAGTTATCGTCAAA‑TTTACCGCCTGCGGGCAGAACGGTCATGATCACTTCCGCCGCCGATACGCCATCTTCCGGGTGAATACCGGTCGGAATGCCGCGCCCGTCATCC‑TGT‑ACAGAGACAGAGTTTTCGGCGTGAATGGGGACGATAATTTATTTACAGTGCCACCCGAGAGCTCCTTCTAGAGCGGTATTT‑AACACCCCGAAAACCCTTTGTTGcggcacgtgtccggaatac > 2:325292/1‑221 (MQ=255) gTTTTCGTCATT‑TTTCCCGCTGGCGTGCGGAGCGGTCAGTGTCCCTCCCGCCGCCTGTACGCCCTGTTACGGGTGAACGCCGGTCGGAATGCCGCGCCCGTCATCC‑TGT‑ACAGAGACAGAGTTATCGGCGTGAATGGTGACGATAATTTCTTTACAGTGACCCGCGAGCGCTTCGTCGATAGCGTTATCT‑ACCACCTCGAATACCATGTGGTGCAGACCGGTGCCGTCATCCGTGTCg < 2:691464/238‑1 (MQ=255) ttATCGTCAAA‑TTTACCGCCTGCGTGCAGAACGGTCATGATCACTTCCGCCGCCGATACGCCCTCTTCCGGGTGAATACCGGTCGGAATGCCGCTCCCGTCATCC‑TGT‑ACAGAGACAGAGTTATCGGCGTGAATGGTGACGATAATTTCTTTACAGTGACCCGCGAGCGCCTCGGAGCTAGCGTTAACT‑AACACCTCGAAAAACATGTGGTGCCGACCGGGGGCGGCAACCGTGACGca > 2:793951/1‑238 (MQ=255) ttATCGTCAAA‑TTTACCGCCTGCGTGCAGAACGGTCATGATCACTTCCGCCGCCGATACGCCCTCTTCCGGGTGAATACCGGTCGGAATGCCGCGCCCGTCATCC‑TGT‑ACAGAGACAGAGTTATCGGCGTGAATGGTGACGGTAATTTCTTTTCAGTGACCCCCGAGCGCTTCGGCGATAGCGTTATCT‑ACCCCCCCGAATACCCCTTGGGGCAGAccccgtcctttttaaacacttcc > 1:614825/1‑218 (MQ=255) 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tcctGATCACTTCCGCCGCCGATACGCCCTCTTCCGGGTGAATACCGGTCGGAATGCCGCGCCCGTCATCC‑TGT‑ACAGAGACAGAGTTATCGGCGTGAATGGTGACGATAATTTCTTTACAGTGACCCGCGAGCGCTTCGTCGATAGCGTTATCT‑ACCACCTCGAATACCATGTGGTGCAGACCGGTGCCGTCATCCGTGTCGCCGATATACATACCCggg < 1:391191/218‑1 (MQ=255) aTCACTTCCGCCGCCGATACGCCCTCTTCCGGGTGAATACCGGTCGGAATGCCGCGCCCGTCATCC‑TGT‑ACAGAGACAGAGTTATCGGCGTGAATGGGGACGATAATTTCTTTACAGTGACCCGCGAGCGCTTCGTCGCTAGCGTTATCT‑ACCACCCCGAATACCAGTGGGTGCCGACCGGGGCCGCCCTCCGTGTCGCCGCAATACATAACCCGGCGCTTACGCACCGCACCCAGc > 2:339936/1‑237 (MQ=255) ctccccccgccgATACCCCCTATTCCGGGTGAATACCTGTCGGAATGCCGCGCCCGTCATCC‑TGT‑ACAGAGACAGAGTTATCGGCGTGAATGGTGACGATAATTTCTTTACAGTTACCCGCGAGCGCTTCGTCGATAGCGTTATCT‑ACCACCTCGAATACCATGTGGTGCAGACCGGTGCCGTCATCCGTGTCGCCGATATACATACCCGGGCGCTTACGCACCGCATCCAGCCCTTTc < 2:184758/233‑1 (MQ=255) 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aaTGCCGCGCCCGTCATCC‑TGT‑ACAGAGACAGAGTTATCGGCGTGAATGGTGACGATAATTTCTTTACAGTGACCCGCGAGCGCTTCGTCGATAGCGTTATCT‑ACCACCTCGAATACCATGTGGTGCAGACCGGTGCCGTCATCCGTGTCGCCGATATACATACCCGGGCGCTTACGCACCGCATCCAGCCCTTTCAGGACTTTGATACTGGGGGAGTCCTAAGAATTCGACATCaaag > 1:714792/1‑237 (MQ=255) gcgcCCGTCATCC‑TGT‑ACAGAGACAGAGTTATCGGCGTGAATGGTGACGATAATTTCTTTACAGTGACCCGCGAGCGCTTCGTCGATAGCGTTATCT‑ACCACCTCGAATACCATGTGGTGCAGACCGGTGCCGTCATCCGTGTCGCCGATATACATACCCGGGCGCTTACGCACCGCATCCAGCCCTTTCAGGACTTTGATACTGGAGGGGGCCTAAGAATTCGACATCAACGttttc > 1:908296/1‑236 (MQ=255) ccccctttaccc‑TGT‑ACAGAGACAGAGTTTTCGGCGTGAATGGTGACGATAATTTCTTTACAGTGACCCGCGAGCGCTTCGTCGATAGCGTTATCT‑ACCACCTCGAATACCATGTGGTGCAGACCGGTGCCGTCATCCGTGTCGCCGATATACATACCCGGGCGCTTATGCACCGCATCCAGCCCTTTCAGGACTTTGATACTGGAGGAGTCATAAGAATTCGACATCAACGTTTCTCg < 2:412792/229‑1 (MQ=255) cATCC‑TGT‑ACAGAGACAGAGTTATCGGCGTGAATGGTGACGATAATTTCTTTACAGTGACCCGCGAGCGCTTCGTCGATAGCGTTATCT‑ACCACCTCGAATACCATGTGGTGCAGACCGGTGCCGTCATCCGTGTCGCCGATATACATACCCGGGCGCTTACGCACCGCATCCAGCCCTTTCAGGACTTTGATACTGGAGGAGTCATAAGAATTCGACATCAACGTTTCTCGCTCAtt < 1:20228/238‑1 (MQ=255) c‑TGT‑ACAGAGACAGAGTTATCGGTGTGAATGGTGACGATAATTTCTTTACCGTGACCCGCGGGCGCTTCGTCGATAGCGTTATCT‑ACCACCTCGAATACCATGTGGTGCAGACCGGTGCCGTCATCCGTGTCGCCGATATACATACCCGGGCGCTTACGCACCGCATCCAGCCCTTTCAGGACTTTGATACTGGAGGAGTCATAAGAATTCGACATCAACGTTTCTCGCTCATTTATAc < 1:309357/239‑1 (MQ=255) cttt‑ACAGAGACAGAGTTATCGGTGTTAATGGTGACGATAATTTCTTTACAGTGACCCGCGAGCGCTTCGTCGATAGCGTTATCC‑ACCCCCTCGAATACCATGTGGTGCAGACCGGTGCCGTCATCCGTGTCGCCGATATACATACCCGGGCGCTTACGCACCGCATCCAGCCCTTTCAGGACTTTGATACTGGAGGAGTCATAAGAATTCGACATCAACGTTTCTCGCTCATTTATAc < 1:698734/236‑1 (MQ=255) 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GAATTTTACCCTCGCGCTGGATAACCAGCTCCA‑GTTTTTGCGACAGGGCGTTTACT‑ACCGAAACACCAACGCCGTGCAGACCGCCGGACACTTTAT‑AGGAGTTATCGTCAAA‑TTTACCGCCTGCGTGCAGAACGGTCATGATCACTTCCGCCGCCGATACGCCCTCTTCCGGGTGAATACCGGTCGGAATGCCGCGCCCGTCATCC‑TGT‑ACAGAGACAGAGTTATCGGCGTGAATGGTGACGATAATTTCTTTACAGTGACCCGCGAGCGCTTCGTCGATAGCGTTATCT‑ACCACCTCGAATACCATGTGGTGCAGACCGGTGCCGTCATCCGTGTCGCCGATATACATACCCGGGCGCTTACGCACCGCATCCAGCCCTTTCAGGACTTTGATACTGGAGGAGTCATAAGAATTCGACATCAACGTTTCTCGCTCATTTATACTTGGGTTAATCCGTTATTTTACC > NC_000913/3879698‑3880164 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |