| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,959,900 | T→G | 14.0% | intergenic (‑88/+111) | ppiC ← / ← yifN | peptidyl‑prolyl cis‑trans isomerase C (rotamase C)/PemK toxin family pseudogene |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,959,900 | 0 | T | G | 14.0% | 220.3 / 2.5 | 95 | intergenic (‑88/+111) | ppiC/yifN | peptidyl‑prolyl cis‑trans isomerase C (rotamase C)/PemK toxin family pseudogene |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (33/44); new base G (14/2); total (49/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.77e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CTAAATCACCGCCGCGTTTGCCTGATGGGCAAATGGAGTGTTTCTTCGCCAGCTTGCCGAAATCGGCCCCGTTCTTAATCTGCTCGAGAAGATCCAGAGCCAGTTTCTCTTCTTTTACAAGGATATGCAGTGCTGCTGCTGTTTTTGCCATGATCGTGCCTTGAGTGAATAATTGTCAGGCGGCGATTTTAGCATGATCCGCAGATGCTAACGTAATTGTCAGTCAGGGAGTGGCT‑GGTACA‑TAT‑ATGGCAAAA‑GCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAA‑GGGGAGAAAACTTAG‑GG‑CCTCTATGGGCT‑ACAAAGT‑CATTAT‑CGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTGTAAGTCCTTGCTCTGTTTAAT > NC_000913/3959662‑3960128 | ccaactccccgccgCGTTTGCCTGATGGGCAAATGGGGTGTTTCTTCGCCAGCTTGCCGAAATCGGCCCCGTTCTTAATCTGCTCGAGAAGATCCAGAGCCAGTTTCTCTTCTTTTACAAGGATATGCAGTGCTGCTGCTGTTTTTGCCATGATCGTGCCTTGAGTGAATAATTGTCAGGCGGCGATTTTAGCATGATCCGCAGATGCTAACGTAATTGTCAGTCAGGGAGTGGCT‑GGt < 2:901068/231‑1 (MQ=255)ccaaaaccccgcctgttttGCCTGATGGGCAAATGGGGTTTTTCTTCGCCAGCTTGCCGAAATCGGCCGCGTTCTTAATCTGCTCGAGAAGATCCAGAGCCAGTTTCTCTTCTTTTACAAGGATATGCAGTGCTGCTGCTGTTTTTGCCATGATCGTGCCTTGAGTGAATAATTGTCAGGCGGCGAGTTTAGCATGATCCGCAGATGCTATCGTAATTGTCAGTCAGGGAGTGGCT‑AGt < 2:653569/223‑1 (MQ=255)cTAAATCACCCGCGGGTTTGCCTGATGGGCAAATGGAGTGTTTCTTCGCCAGCTTGCCGAAATCGGCCCCGTTCTTAATCTGCTCGAGAAGATCCAGAGCCAGTTTCTCTTCTTTTACAAGGATATGCAGTGCTGCTGCTGTTTTTGCCATGATCGTGCCTTGAGTGAATAATTGTCAGGCGGCGATTTTAGCATGATCCGCAGATGCTAACGTAATTGTCAGTCAGGGAGTGGCT‑GGt < 1:1053963/239‑1 (MQ=255)cTAAACCCCCGCCGCGTTTGCCTGATGGGCAAATGGTGTGTTTCTTCGTCAGCTTGCCGAAATCGGCCCCGTTCTTAAGCTGCTCGAGAAGTTCCAGAGCCAGTTTCTCTTCTTTTACAAGGATATGCAGTGCTGCTGCTGTTTTTGCCATGATCGTGCCTTGAGTGAATAATTGTCAGGCGGCGATTTTAGCATGATCCGCAGATGCTAACGTAATTGTCAGTCAGGGAGTGGCT‑GGt < 2:165798/239‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |