Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 4,143,144 | A→G | 15.0% | I206V (ATT→GTT) | frwC → | putative enzyme IIC component of PTS |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,143,144 | 0 | A | G | 15.0% | 179.5 / 4.1 | 80 | I206V (ATT→GTT) | frwC | putative enzyme IIC component of PTS |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (27/38); new base G (11/2); total (39/41) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.79e-03 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TTCTGCGCTCGGTGATGCCTATCTTCATTATTCCTATCGTCGGCACACTGATTACCGCAGGCATCATGATGTGGGGCTTGGGCGAGCCTGTAGGGGCGTTGACCAACAGCCTGACTCAGTGGCTTCAGGGGATGCAGCAGGGCAGCATTGTTATGCTGGCGGTGAT‑CATGGGTCTGATGCTGGCGTTCGATATGGGC‑GGTCCGGTT‑AACAAAGTGGCCTATGCC‑TTCATGCTGATTTGCGTTGCTCAGGGTGTTTATACCG‑TGGTGG‑CCATCGCTGCCGTG‑GGTATTTGTATCCCGC‑CGCTGGGGATGGGGCTGGCGACGCTGATTGGTCGTAAAAATTTCTCCGCAGAAGAGCGCGAAACCGGCAAAGCGGCACTGGTGATGGGCTGT‑GTTGGCGTTACTGAAGGGGCGATTCCTTTCGCCGCTGCCGATCCGCTGCGTGTCATTCCTTCCATCATGGTCGGTTCAGT > NC_000913/4142911‑4143379 | ttctggccgcgggtgtgtcttttttCATTTTTCCTGCCGGCGGCAGACTGATTCCCGGAGGCATGGTTGTGCGGCGCTTGGGCGAGCCTGTAGGGGCGTTGACCAACAGCCTGACTCAGTGGCTTCAGGGGATGCAGCAGGGCAGCATTGTTATGCTGGCGGTGAT‑CATGGGTCTGATGCTGGCGTTCGATATGGGC‑GGTCCGGTT‑AACAAAGTGGCCTATGCC‑TTCATGCTGATTTGc < 2:800819/216‑1 (MQ=255) tCTGCGCTCGGTGATGCCTATCTTCATTATTCCTATCGTCGGCACACTGATTACCGCAGGCATCATGATGTGGGGCTTGGGCGAGCCTGTAGGGGCGTTGACCAACAGCCTGACTCAGTGGCTTCAGGGGATGCAGCAGGGCAGCATTGTTATGCTGGCGGTGAT‑CATGGGTCTGATGCTGGCGTTCGATATGGGC‑GGTCCGGTT‑AACAAAGTGGCCTATGCC‑TTCATGCTGATTTGc < 1:156968/238‑1 (MQ=255) gcgcTCGGTGATGCCTATCTTCATTATTCCTATCGTCGGCACACTGATTACCGCAGGCATCATGATGTGGGGCTTGGGCGAGCCTGTAGGGGCGTTGACCAACAGCCTGACTCAGTGGCTTCAGGGGATGCAGCAGGGCAGCATTGTTATGCTGGCGGGGTA‑CATGGGTTCTATCCTGGCGTTCGCTATGGGCGGGCCCGTTT‑AACAAA‑TGGCCCTTGCC‑TTCAAGGTGGTTTTCGtt > 1:477281/1‑238 (MQ=255) ggTGATGCCTATTTTCATTGTTCCTATCGGCGGCACACTGATTACCGCAGGCATCATGATGGGGGGCTTGGGCGAGCCTGTAGGGGCGTTGACCAACAGCCTGACTCAGTGGCTTCAGGGGATGCAGCAGGGCAGCATTGTTATGCTGGCGGTGAT‑CATGGGTCTGATGCTGGCGTTCGATATGGGC‑GGTCCGGTT‑AACAAAGTGGCCTATGCC‑TTCATGCTGATTTGCGTTGCTc < 2:462343/236‑1 (MQ=255) ggTGATGCCTATCTTCATTATTCCTATCGTCGGCACACTGATTACCGCAGGCATCATGATGTGGGGCTTGGGCGAGCCTGTAGGGGCGTTGACCAACAGCCTGACTCAGTGGCTTCAGGGGATGCAGCAGGGCAGCATTGTTATGCTGGCGGTGGT‑CCATGGTCTGGTGCCTGGGTTCGATATGGGG‑GGCCCGGTT‑AACAAAGGGGCCCAGTCC‑TTCATGTCGATTTGGGtttgtccgg > 2:156968/1‑232 (MQ=255) ggTGATGCCTATCTTCATTATTCCTATCGTCGGCACACTGATTACCGCAGGCATCATGATGTGGGGCTTGGGCGAGCCTGTAGGGGCGTTGACCAACAGCCTGACTCAGTGGCTTCAGGGGATGCAGCAGGGCAGCATTGTTATGCTGGCGGTGAT‑CATGGGGCTGATGCTGTCGTTCGATATGGGC‑GGTCCGGTT‑TACAAAGTGGCCTATTCC‑TTACTGTTGGTTTTCGTTGCTCAgg > 1:468214/1‑239 (MQ=255) gtgctgcttttttttatttttCCTTTCGTGGGCACCCTGATTACCGCAGGCATCATGATGTGGGGCTTGGGCGAGCCTGTAGGGGCGTTGACCAACAGCCTGACTCAGTGGCTTCAGGGGATGCAGCAGGGCAGCATTGTTATGCTGGCGGTGAT‑CATGGGTCTGATGCTGGCGTTCGATATGGGC‑GGTCCGGTT‑AACAAAGTGGCCTATGCC‑TTCATGCTGATTTGCGTTGCTCAggg < 2:451797/224‑1 (MQ=255) ttaTGCCTATCTTCATTATTCCTATCGTCGGCACACTGATTACCGCAGGCATCATGATGTGGGGCTTGGGCGAGCCTGTAGGGGCGTTGACCAACAGCCTGACTCAGTGGCTTCAGGGGATGCAGCAGGGCAGCATTGTTATGCTGGCGGTGAT‑CATGGGTCTGATGCTGGCGTTCGATATGGGC‑GGTCCGGTT‑AACAAAGTGGCCTATGCC‑TTCATGCTGATTTGCGTTGCTCAggg < 1:825670/236‑1 (MQ=255) tGATCCCTAGCTTCATTATTCCTATCGGCGGCACACGGATTACCGCAGGCAACATGATGTGGGGCTTGGGCGAGCCTGTAGGGGCGTTGACCAACAGCCTGACTCAGTGGCTTCAGGGGATGCAGCAGGGCAGCATTGTTATGCTGGCGGTGAT‑CATGGGTCTGATGCTGGCGTTCGATATGGGC‑GGTCCGGTT‑AACAAAGTGGCCTATGCC‑TTCATGCTGATTTGCGTTGCTCAggg < 1:669403/238‑1 (MQ=255) tgcttttttttatttttCTTTTCGTCGGCCCACTGATTACCGCAGGCATAATGATTGGGGGCTTGGGCGAGCCTGTAGGGGCGTTGACCAACAGCCTGACTCAGTGGCTTCAGGGGATGCAGCAGGGCAGCATTGTTATGCTGGCGGTGAT‑CATGGGTCTGATGCTGGCGTTCGATATGGGC‑GGTCCGGTT‑AACAAAGTGGCCTATGCC‑TTCATGCTGATTTGCGTTGCTCAGGgtgt < 2:53663/227‑1 (MQ=255) aTCTTCATTATTCCTATCGTCGGCACACTGATTACCGCAGGCATCATGATGTGGGGCTTGGGCGAGCCTGTAGGGGCGTTGACCAACAGCCTGACTCAGTGGCTTCAGGGGATGCAGCAGGGCAGCATTGTTATGCTGGCGGGGAT‑CATGGGTCTGATGCTGGCGTTCGATATGGGC‑GGGCCGGGT‑AACAAAATGGCCTATGCC‑TTCATGCTGATTTGCGTTGCGCGGGGGGtttt > 1:462343/1‑235 (MQ=255) ttCCTATCGTCGGCACACTGATTACCGCAGGCATCATGATGTGGGGCTTGGGCGAGCCTGTAGGGGCGTTGACCAACAGCCTGACTCAGTGGCTTCAGGGGATGCAGCAGGGCAGCATTGTTATGCTGGCGGTGAT‑CATGGGTCTGATGCTGGCGTTCGATATGGGC‑GGTCCGGTT‑AACAAAGTGGCCTATGCC‑TTCATGCTGATTTGCGTTGCTCAGGgtgt < 1:166671/223‑1 (MQ=255) ccTATCGTCGGCACACTGATTACCGCAGGCATCATGATGTGGGGCTTGGGCGAGCCTGTAGGGGCGTTGACCAACAGCCTGACTCAGTGGCTTCAGGGGATGCAGCAGGGCAGCATTGTTATGCTGGCGGTGAT‑CATGGGGCTGCTGCTGGCGTTCGATATGGGC‑GGTCCGGTT‑AACAAAAGGGCCTATGCC‑CTCTTTCTTGTTTGCTTTGCTCAGGGGGTTTATACCG‑TGGTGG‑CCa > 1:450141/1‑238 (MQ=255) cTATCGTCGGCACACTGATTACCGCAGGCATCATGATGTGGGGCTTGGGCGAGCCTGTAGGGGCGTTGACCAACAGCCTGACTCAGTGGCTTCAGGGGATGCAGCAGGGCAGCATTGTTATGCTGGCGGTGAT‑CATGGGTCTGATGCTGGCGTTCGATATTGGC‑GGTCCGGTT‑AACAAATGTGCCTATGCC‑TTCATCCTGCTTTGCGTTGCTCCGGGGGTTTTATCCG‑GGGTGG‑CCAt > 1:197646/1‑238 (MQ=255) tATGGTGGGCACACGGAGTGCCGCAGGCATCGTGATGGGGGGCTTGGGCGAGCCTGTGGGGGCGTTGACCAACAGCCTGACTCAGTGGCTTCAGGGGATGCAGCAGGGCAGCATTGTTATGCTGGCGGTGAT‑CATGGGTCTGATGCTGGCGTTCGATATGGGC‑GGTCCGGTT‑AACAAAGTGGCCTATGCC‑TTCATGCTGATTTGCGTTGCTCAGGGTGTTTATACCG‑TGGTGG‑CCATCg < 2:82962/239‑1 (MQ=255) aTCGTCGGCACACTGATTACCGCAGGCATCATGATGTGGGGCTTGGGCGAGCCTGTAGGGGCGTTGACCAACAGCCTGACTCAGTGGCTTCAGGGGATGCAGCAGGGCAGCATTGTTATGCTGGCGGTGGT‑CCTGGGGCCGGTGCTGGCGTTCGATATGGTG‑GGTCCGGTT‑GAAAAAAGGGCCTAAGCC‑TTCATGCTGGGTTTCGGTGCTTAGGGGGTTTTTACCG‑GGGGGG‑GCATCGc > 2:838243/1‑239 (MQ=255) cggcggtacctttgttACCGCAGGCATTGTGGTGTGGGGCTTGGGCGAGCCTGTAGGGGCGTTGACCAACAGTCTGACTCAGTGGCTTCAGGGGATGCAGCAGGGCAGCATTGTTATGCTGGCGGTTAT‑CATGGGTCTGATGCTGGCGTTCGATATGGGC‑GGTCCGGTT‑AACAAAGTGGCCTATGCC‑TTCATGCTGATTTGCGTTGCTCAGGGTGTTTATACCG‑TGGTGG‑CCATCGCTg < 2:1019191/225‑1 (MQ=255) tcgGCACACTGATTTCCGCAGGCATCCTGATGTGGGGATTGGGCGAGCCTGTAGGGGCGTTGACCAACAGCCTGACTCAGTGGCTTCAGGGGATGCAGCAGGGCAGCATTGTTATGCTGGCGGTGAT‑CATGGGTCTGATGCTGGCGTTCGATATGGGC‑GGTCCGGTT‑AACAAAGTGGCCTATGCC‑TTCATGCTGATTTGCGTTGCTCAGGGTGTTTATACCG‑TGGTGG‑CCATCGCTGcc < 1:312823/239‑1 (MQ=255) cgGCACACTGATTACCGCAGGCATCATGATGTGGGGCTTGGGCGAGCCTGTAGGGGCGTTGACCAACAGCCTGACTCAGTGGCTTCAGGGGATGCAGCAGGGCAGCATTGTTATGCTGGCGGTGGT‑CCTGGGGCTGGTGCTGGGGGTCGGTATGGGG‑GGTCCGGTT‑AACAAAAGTGCCTATGGC‑TTTATGCTTATTTGCGGTGCTCCGGGGGTTTATACCg‑tgggtggctcttataca > 2:166671/1‑224 (MQ=255) ccttGATTACCGAAGGCATCATGAGGTGGGGCTTGGGCGAGCCTGTAGGGGAGTTGACCAACAGCCTGACTCAGTGGCTTCAGGGGATGCAGCAGGGCAGCATTGTTATGCTGGCGGTGAT‑CATGGGTCTGATGCTGGCGTTCGATATGGGC‑GGTCCGGTT‑AACAAAGTGGCCTATGCC‑TTCATGCTGATTTGCGTTGCTCAGGGTGTTTATACCG‑TGGTGG‑CCATCGCTGCCGTg‑gg < 1:94613/235‑1 (MQ=255) ggCATCATGCAGTGGGGCTTGGGCGAGCCTGTAGGGGCGTTGACCAACAGCCTGGCTCAGTGGCTTCAGGGGATGCAGGAGGGCAGCATTGTTATGCTGGCGGTGAT‑CATGGGTCTGATGCTGGCGTTCGATATGGGC‑GGTCCGGTT‑AACAAAGTGGCCTATGCC‑TTCATGCTGATTTGCGTTGCTCAGGGTGTTTATACCG‑TGGTGG‑CCATCGCTGCCGTG‑GGTATTTGTATCccgc < 1:205526/238‑1 (MQ=255) gCATCATGATGTGGGGCTTGGGCGAGCCTGTAGGGGCGTTGACCAACAGCCTGACTCAGTGGCTTCAGTGGATGCAGCAGGGCAGCATTGTTATGCTGGCGGTGGA‑TATTGGTCTCAAGACGGGGGTCGGTAAGGGC‑GGGTCGGTT‑TCACAAGGGGCCCATGCG‑TTCAGTCTAGTTTTGGTTGCACCCGGGGTTTATACCGAGGGTGG‑CC‑CAGCTGCCGTG‑GGGAttgagaggcgccac > 2:928908/1‑227 (MQ=255) 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gggCTTGGGCGAGCCTGTAGGGGCGTTGACCAACAGCCTGACTCAGTGGCTTCAGGGGATGCAGCAGGGCAGCATTGTTATGCTGGCGGTGAT‑CATGGGGCTGATGCTGGCGTTCGATATGGGC‑GGTCCGGTT‑AACAAAGTGGCCTATGCC‑TTCATGCTGATTTGCGTTGCTCCGGGGGTTTTTACCC‑GGGTGG‑GCATCGCTGCCGTG‑GGTATTTTGATCCCCC‑CGCTGGGGATggggg > 1:928451/1‑238 (MQ=255) gCTTGGGCGAGCCTGTAGGGGCGTTGACCAACAGCCTGACTCAGTGGCTTCAGGGGATGCAGCAGGGCAGCATTGTTATGCTGGCGGTGAT‑CATGGGGCTGATGCTGGGGTTCGATCTGGGC‑GGGCCGGGT‑AACAAAGGGGGCTATGGC‑TTCCTGCTGGTTTGCGTTGCTCAGGGTGTTTATAACG‑TGGCGGCCCCCCGCTCCCG‑G‑GGGATTTGGATACCGC‑CCGGGGGGGTggggggg > 2:421429/1‑236 (MQ=255) tGGGCGAGCCTGTAGGGGCGTTGACCAACAGCCTGACTCAGTGGCTTCAGGGGATGCAGCAGGGCAGCATTGTTATGCTGGCGGTGAT‑CATGGGTCTGATGCTGGCGTTCGATATGGGC‑GGTCCGGTT‑AACAAAGTGGCCTATGCC‑TTCATGCTGATTTTCGTTGCTCCGGGGGTTTTTACCG‑TGGTGG‑CCCTCGCTGCCGTG‑GGGATTTGTATCCCGC‑CCCTGGGGATGGGGGTgggg > 1:296746/1‑237 (MQ=255) tGGGCGAGCCTGTAGGGGCGTTGACCAACAGCCTGACTCAGTGGCTTCAGGGGATGCAGCAGGGCAGCATTGTTATGCTGGCGGGGGG‑CATGGGGCTGGGGCCGGGGTTCGATATTGGC‑GGGCCGGTT‑CACAAAGGGGCCTATGCC‑TTCATGCTGGTTTGCGGTGCTCAGGGGGTTTTTACCC‑GGGTGG‑CCATCGCGGCCGGG‑GGGGTTTGTATCccgc‑ccgcggggggggggggggcg > 2:111619/1‑220 (MQ=255) gggcggtccttgaGGGGCGTTGACCAACAGCCTGCCTCAGTGGCTTGGGGGGAGGCAGCAGGGCAGCATTGTTATGCTGGGGTTGAC‑AATGGGTCTGATGCGGGCGTTCGATATGGGC‑GGTCCGGTT‑AACAAAGTGGCCTATGCC‑TTCATGCTGATTTGCGTTGCTCAGGGTGTTTATACCG‑TGGTGG‑CCATCGCTGCCGTG‑GGTATTTGTATCCCGC‑CGCTGGGGATGGGGCTGGCGa < 2:610741/227‑1 (MQ=255) aGCCTGTAGGGGCGTTGACCAACAGCCTGACTCAGTGGCTTCAGGGGCTGCAGGAGGGCAGCATTGTTCTGCTGGCGGGGAT‑CATGCGGCCGATTTTGGAGTTCGGTATGGGG‑CGTGCGGTTCCGCAATGGGGCC‑ATTCC‑TACAGGCCGGTTTGATGTGGCCAGGGGGTTTATACCG‑TTGTGG‑CCCT‑GCTGCCCCGCGGTCTTTGTTTCCCGCGCTCTGGGGGTggcgggggcagcgtg > 2:681296/1‑226 (MQ=255) aGCCTGTAGGGGCGTTGACCAACAGCCTGACTCAGTGGCTTCAGGGGATGCAGCAGGGCAGCATTGTTATGCTGGCGGTGAT‑CATGGGTCTGATGCTGGCGTTCGATATGGGC‑GGTCCGGTT‑AACAAAGTGGCCTATGCC‑TTCATGCTGATTTGCGTTGCTc > 1:276634/1‑162 (MQ=255) aGCCTGTAGGGGCGTTGACCAACAGCCTGACTCAGTGGCTTCAGGGGATGCAGCAGGGCAGCATTGTTATGCTGGCGGTGAT‑CATGGGTCTGATGCTGGCGTTCGATATGGGC‑GGTCCGGTT‑AACAAAGTGGCCTATGCC‑TTCATGCTGATTTGCGTTGCTc < 2:276634/162‑1 (MQ=255) tAGGGGCGTTGACCAACAGCCTGACTCAGTGGCTTCAGGGGATGCAGCAGGGCAGCATTGTTATGCTGGCGGTGAT‑CATGGGTCTGATGCTGGCGTTCGATATGGGC‑GGTCCGGTT‑AACAAAGTGGCCTATGCC‑TTCATGCTGATTTGCGTTGCTCAGGGTGTTTATACCG‑TGGTGG‑CCATCGCTGCCGTg‑gg < 1:869815/193‑1 (MQ=255) tAGGGGCGTTGACCAACAGCCTGACTCAGTGGCTTCAGGGGATGCAGCAGGGCAGCATTGTTATGCTGGCGGTGAT‑CATGGGTCTGATGCTGGCGTTCGATATGGGC‑GGTCCGGTT‑AACAAAGGGGCCTATGCC‑TTCATGCTGATTTGCGTTGCTCAGGGGGGTTTTACCG‑GGGGGG‑CCATCGCTGCCGTG‑GGGATTTGTATCCCGC‑CGCTGGGGTGGGGGCTgggcgccctggttggt > 1:176122/1‑225 (MQ=255) gTTGACCAACAGCCTGACTCAGTGGCTTCAGGGGATGCAGCAGGGCAGCATTGTTATGCTGGCGGTGAT‑CATGGGGCTGATGCTGGCGTTCGATATGGGC‑GGTCCGGTT‑AACAAAATGGCCTATGCC‑TTCATGCTGATTTGCGTTGCTCAGGGTGTTTTTACCG‑TGGTGG‑CCATCGCTGCCGTG‑GGGATTTGTATTCCGC‑CGCTGGGGGTGGGGCTGGGGACGCTGCTTggcgggcaaa > 1:395337/1‑231 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |